Sharon Peacock, autora proporcionada <\/p>\n
El Reino Unido es l\u00edder mundial en la secuenciaci\u00f3n del SARS-CoV-2, el virus que causa la COVID-19. De todos los genomas de coronavirus que se han secuenciado en el mundo, casi la mitad ha sido secuenciado por COVID-19 Genomics UK Consortium (Cog-UK). El consorcio comenz\u00f3 a funcionar el 4 de marzo cuando Sharon Peacock, profesora de salud p\u00fablica y microbiolog\u00eda en la Universidad de Cambridge, envi\u00f3 un correo electr\u00f3nico a un pu\u00f1ado de cient\u00edficos y les pidi\u00f3 ayuda. The Conversation habl\u00f3 con el profesor Peacock sobre ese d\u00eda y lo que sucedi\u00f3 despu\u00e9s. <\/p>\n
P: \u00bfCu\u00e1ndo se te ocurri\u00f3 por primera vez la idea de crear Cog-UK? \u00bfY c\u00f3mo se form\u00f3?<\/p>\n
A fines de febrero de 2020, me di cuenta de que \u00edbamos a necesitar capacidades de secuenciaci\u00f3n del genoma en todo el Reino Unido para el nuevo coronavirus. Era predecible que el virus iba a desarrollar mutaciones que podr\u00edan volverse problem\u00e1ticas.<\/p>\n
El 4 de marzo, envi\u00e9 un correo electr\u00f3nico a cinco colegas, pregunt\u00e1ndoles si estar\u00edan interesados en ayudarme a establecer un consorcio de secuenciaci\u00f3n en el Reino Unido. Una semana despu\u00e9s nos reunimos en el edificio Wellcome de Euston Road en Londres con el objetivo de elaborar un plan. Buscamos atraer a personas que pudieran ayudarnos a armar un plan y una red para la secuenciaci\u00f3n en el Reino Unido. <\/p>\n
Hab\u00eda unas 20 personas en la reuni\u00f3n. Eran vir\u00f3logos cl\u00ednicos, expertos en genomas humanos y genomas de pat\u00f3genos, epidemi\u00f3logos e inmun\u00f3logos. Durante ese d\u00eda, analizamos lo que pens\u00e1bamos que ser\u00eda una canalizaci\u00f3n de secuenciaci\u00f3n de extremo a extremo y debatimos si la secuenciaci\u00f3n ser\u00eda centralizada, distribuida o ambas, y qui\u00e9n har\u00eda qu\u00e9. Al final del d\u00eda, ten\u00edamos el plano. <\/p>\n
Las notas de la reuni\u00f3n se redactaron en una propuesta formal para Sir Patrick Vallance, el principal asesor cient\u00edfico del gobierno del Reino Unido. <\/p>\n
Es inusual porque si tienes cuatro agencias de salud p\u00fablica y muchos investigadores de diferentes instituciones y el NHS, llevar\u00eda un a\u00f1o o m\u00e1s hacer algo as\u00ed normalmente. Pero simplemente nos sentamos y lo hicimos, y as\u00ed naci\u00f3 Cog-UK. <\/p>\n
P: \u00bfC\u00f3mo conseguiste financiaci\u00f3n? <\/p>\n
La solicitud estuvo en el escritorio de Sir Patrick Vallance el 15 de marzo. \u00c9l y el profesor Chris Whitty, director m\u00e9dico de Inglaterra, ten\u00edan lo que llamaron un \u00abfondo de lucha contra el COVID-19\u00bb. Revisaron nuestra propuesta y la apoyaron firmemente.<\/p>\n
Tambi\u00e9n me comuniqu\u00e9 con Sir Mike Stratton, director del Instituto Wellcome Sanger en Cambridge. Le pregunt\u00e9 a Mike si pod\u00edan ayudarnos, ya que tienen la tecnolog\u00eda para realizar secuenciaciones a gran escala. Dijo que s\u00ed, y desde entonces, Sanger ha contribuido mucho. <\/p>\n
Entonces, al principio, recibimos alrededor de 14,5 millones del gobierno, adem\u00e1s de fondos en especie de Sanger, que sumaron un total de alrededor de 20 millones. <\/p>\n
Comenzamos el 1 de abril, pero para entonces ya hab\u00edamos hecho bastante secuenciaci\u00f3n. Alrededor de 260 secuencias de coronavirus ya estaban en la bolsa. <\/p>\n
P: Entonces, \u00bfla secuencia comenz\u00f3 incluso antes de que se lanzara Cog-UK? <\/p>\n
Debido a que muchas personas ten\u00edan instrumentos de secuenciaci\u00f3n y experiencia, ya hab\u00edan comenzado a trabajar. Hay instrumentos de secuenciaci\u00f3n en laboratorios de todo el pa\u00eds. No hab\u00edamos catalogado d\u00f3nde o qu\u00e9 en esa etapa. Y, de hecho, no fuimos particularmente prescriptivos sobre qu\u00e9 tipos de instrumentos de secuenciaci\u00f3n les pedimos a los laboratorios que usaran. Las personas usaron lo que pensaron que funcionaba bien para ellos.<\/p>\n
P: \u00bfC\u00f3mo reaccionaron otros cient\u00edficos? <\/p>\n
Fueron un gran apoyo. Algunas personas estaban preocupadas de que el virus no acumulara suficientes mutaciones para que valiera la pena. Significar\u00eda que terminar\u00edamos secuenciando el mismo virus una y otra vez porque solo muta una o dos veces al mes. Todo podr\u00eda haber sido una p\u00e9rdida de tiempo. <\/p>\n
Lo que no hab\u00edamos previsto eran los 100 millones de casos, pero tal vez hasta mil millones, si se incluyen los casos no diagnosticados. Y cada vez que el virus infecta a una persona tiene la oportunidad de cometer un error en su genoma. <\/p>\n
Consideramos el riesgo de la falta de variaci\u00f3n gen\u00e9tica, pero seguimos adelante. Lo que hicimos fue bastante audaz en ese momento. <\/p>\n
P: \u00bfC\u00f3mo funciona en la pr\u00e1ctica, desde el momento en que se toma una muestra de alguien hasta el momento en que la secuencia se carga en la base de datos compartida de Gisaid que contiene todas las secuencias de SARS-CoV-2 del mundo?<\/p>\n
p> <\/p>\n
Las pruebas de laboratorio para COVID-19 que utilizan la llamada prueba PCR en el Reino Unido se dividen aproximadamente en dos v\u00edas de prueba. Si est\u00e1 hospitalizado con COVID-19, su muestra se analizar\u00e1 en un laboratorio local. A eso lo llamamos pilar uno. <\/p>\n
Cog-UK recolecta muestras de alrededor de 90 laboratorios diferentes en este momento, lo cual es todo un desaf\u00edo log\u00edstico. Estos se env\u00edan a centros de secuenciaci\u00f3n regionales que se centran principalmente en la secuenciaci\u00f3n de su regi\u00f3n. Estas son muestras realmente importantes porque son de las personas m\u00e1s enfermas con COVID-19. <\/p>\n
Las pruebas del pilar dos se realizan en los laboratorios Lighthouse, que se establecieron para analizar muestras de pruebas de la comunidad. Estos se secuencian en el Instituto Wellcome Sanger. <\/p>\n
Tambi\u00e9n proporcionamos secuenciaci\u00f3n para importantes proyectos gubernamentales, como el estudio de la Oficina de Estad\u00edsticas Nacionales. Tambi\u00e9n apoyamos el estudio React, [un importante programa de pruebas caseras de COVID-19 para rastrear el progreso de la infecci\u00f3n en Inglaterra] y los ensayos de vacunas. <\/p>\n
No podemos secuenciar todas las muestras positivas en este momento. Cuando empezamos, apunt\u00e1bamos a un m\u00ednimo del 10%. Por el momento est\u00e1 por debajo del 10 %, pero esperamos llegar a alrededor del 20 % y construiremos a partir de ah\u00ed.<\/p>\n
P: Y como total de los virus secuenciados en el mundo, \u00bfqu\u00e9 proporci\u00f3n es \u00bfSecuenciaci\u00f3n de Cog-UK y c\u00f3mo se compara con otros pa\u00edses?<\/p>\n
Hemos secuenciado entre el 45 % y el 48 % de todos los genomas del SARS-CoV-2 en la base de datos de Gisaid. <\/p>\n
P: Dada la importancia de rastrear mutaciones, \u00bfest\u00e1n otros pa\u00edses comenzando a aumentar sus esfuerzos de secuenciaci\u00f3n? <\/p>\n
S\u00ed. El pa\u00eds donde creo que veremos un gran cambio es EE. UU. debido a todos los cambios que est\u00e1n haciendo en su respuesta a la pandemia. Anticipar\u00eda que algunos otros pa\u00edses tambi\u00e9n comenzar\u00edan a aparecer. S\u00e9 que Alemania est\u00e1 buscando aumentar su capacidad de secuenciaci\u00f3n. Pero hay algunas lagunas realmente grandes en el mapa. <\/p>\n
P: Se ha informado ampliamente sobre variantes preocupantes del coronavirus en los \u00faltimos meses. La llamada \u00abvariante del Reino Unido\u00bb, B117, se plante\u00f3 como una preocupaci\u00f3n en noviembre, pero la muestra era de septiembre. \u00bfEst\u00e1 bien? <\/p>\n
S\u00ed, 20 de septiembre. Hubo muy pocos casos de B117 inicialmente, y es una de cientos de variantes diferentes. As\u00ed que no hab\u00eda raz\u00f3n para preocuparse por eso inicialmente. Estamos aprendiendo todo el tiempo sobre qu\u00e9 mutaciones pueden ser importantes, particularmente cuando surgen en todo el mundo. Entonces, la primera vez que la variante del Reino Unido estuvo en la base de datos, probablemente no lo pens\u00f3 dos veces. Solo una vez que comienza a aprender sobre lo que realmente significan las mutaciones, o cuando ocurre un evento, comienza a acercarse a variantes espec\u00edficas. Y con B117, Public Health England not\u00f3 que hubo un aumento en los casos en Kent, lo cual fue extra\u00f1o porque hubo un bloqueo y no hubo aumentos en otros lugares. Esa fue una observaci\u00f3n sorprendente.<\/p>\n
Entonces eso podr\u00eda deberse al comportamiento humano, como un evento de superpropagaci\u00f3n. Fue en ese momento, hacia principios de diciembre, que qued\u00f3 claro que no solo hab\u00eda un aumento en los casos, sino que esos casos fueron causados por B117. Ten\u00eda un genoma realmente sorprendente ya que ten\u00eda 23 mutaciones, que eran muchas m\u00e1s de las que est\u00e1bamos acostumbrados a ver. Fue entonces cuando los investigadores comenzaron a encontrar evidencia de que era m\u00e1s transmisible. Y tom\u00f3 un poco m\u00e1s de tiempo hacer la ciencia esencial para que pudi\u00e9ramos estar seguros de que esta variante de hecho estaba asociada con una mayor transmisi\u00f3n.<\/p>\n
P: \u00bfPor qu\u00e9 de repente vemos todas estas mutaciones que le dan al coronavirus una ventaja ahora? <\/p>\n
No es la primera vez que observamos mutaciones que le han dado una ventaja al virus. A fines de marzo de 2020, notamos algo por primera vez en el Reino Unido: una mutaci\u00f3n en la prote\u00edna espiga llamada D614G. Esto no estaba en el virus original que se detect\u00f3 por primera vez en China. Pero el virus con esta mutaci\u00f3n se expandi\u00f3 r\u00e1pidamente y reemplaz\u00f3 a los otros linajes virales que circulaban en ese momento. <\/p>\n
Hablamos de esto en Sage, el grupo asesor cient\u00edfico del gobierno para emergencias, muy pronto. Y calculamos que provoc\u00f3 un aumento en el R0, que representa el n\u00famero promedio de personas infectadas por un individuo infeccioso. Entonces supimos que este tipo de evento podr\u00eda ocurrir, era una pr\u00e1ctica para las variantes m\u00e1s serias por venir. <\/p>\n
La mutaci\u00f3n D614G le dio al virus un modesto aumento en la transmisibilidad. Pero se extendi\u00f3 por todo el mundo. Ahora est\u00e1 presente en casi todos los virus SARS-CoV-2.<\/p>\n
La siguiente variante que preocup\u00f3 a la gente surgi\u00f3 en Dinamarca y estaba relacionada con la transmisi\u00f3n del SARS-CoV-2 entre visones y personas, conocida como el \u00abgrupo 5 variante.\u00bb A la gente le preocupaba que la evoluci\u00f3n se hubiera acelerado al pasar por el vis\u00f3n y se hubiera transmitido a los humanos. Pero solo se descubri\u00f3 que 12 personas en Dinamarca ten\u00edan esa variante. Entonces eso fracas\u00f3. <\/p>\n
Una tercera variante preocupante surgi\u00f3 en Espa\u00f1a en verano. Parec\u00eda estar extendi\u00e9ndose muy r\u00e1pidamente por Europa. Una posible raz\u00f3n de esto fue una mutaci\u00f3n particular en la prote\u00edna espiga. Pero con el tiempo qued\u00f3 claro que se estaba transmitiendo porque la gente se mov\u00eda en sus vacaciones de verano. No hubo evidencia de que fuera m\u00e1s transmisible. <\/p>\n
Tambi\u00e9n informamos a Sage sobre otra mutaci\u00f3n en la prote\u00edna Spike en octubre pasado, llamada N439K. Y ese cambio en la prote\u00edna espiga parece afectar la respuesta inmunol\u00f3gica del cuerpo, al menos seg\u00fan los experimentos de laboratorio. <\/p>\n
Entonces la idea de que las variantes acaban de surgir no es el caso. Hemos estado hablando de variantes desde los primeros d\u00edas de la pandemia, lo que podr\u00eda sorprender a algunas personas. <\/p>\n
P: \u00bfTodav\u00eda existe el virus original de Wuhan? <\/p>\n
Los linajes pueden expandirse y luego extinguirse, por lo que no esperamos que el mismo linaje exista necesariamente para siempre. Esto fue demostrado por el trabajo en Gales y en Escocia, donde observaron los linajes en la primera ola y luego en la segunda ola. <\/p>\n
En la primera ola, estos fueron importados en gran parte de Europa. En el verano a medida que ca\u00edan los casos, la mayor\u00eda de esos linajes originales desaparecieron. Luego, en la segunda ola, se introdujeron numerosos linajes nuevos desde el extranjero, lo que dio inicio a la segunda ola. As\u00ed que es un proceso bastante din\u00e1mico. Dado que los linajes particulares tienen una ventaja de aptitud, entonces eso es probablemente lo que est\u00e1 circulando en un momento determinado.<\/p>\n
P: \u00bfHay un tipo base con el que compare los cambios? \u00bfY es el virus original o la variante dominante actual?<\/p>\n
Comparamos los cambios con el virus original secuenciado en Wuhan en enero de 2020, es el genoma de referencia. Pero es bastante confuso porque diferentes grupos usan diferentes nombres y diferentes convenciones de nombres. Espero que la Organizaci\u00f3n Mundial de la Salud nos ayude a alcanzar una nomenclatura internacional com\u00fan.<\/p>\n
Me preocupa que las personas nombren las variantes seg\u00fan el lugar donde se identificaron por primera vez. La evoluci\u00f3n no es una funci\u00f3n de la geograf\u00eda, es una funci\u00f3n de la naturaleza. Tengo muchas esperanzas de que dejemos de llamar coronavirus, la variante del Reino Unido o la variante sudafricana o la variante brasile\u00f1a. Tiendo a tratar de decir la variante detectada por primera vez en Sud\u00e1frica, o lo que sea. Porque podr\u00eda ser bastante estigmatizante a largo plazo.<\/p>\n
P: \u00bfSe crea cierta cantidad de presi\u00f3n selectiva evolutiva cuando empezamos a vacunar a mucha gente? \u00bfO es el mayor n\u00famero de personas en las que el virus tiene la oportunidad de mutar el mayor problema de los dos?<\/p>\n
De momento creo que es el n\u00famero de casos lo importante porque la variante detectada en el Reino Unido surgi\u00f3 cuando a\u00fan no se estaban implementando las vacunas, pero cuando los casos eran altos. Y lo mismo ocurre en Sud\u00e1frica y Brasil.<\/p>\n
Algunas personas se han puesto en contacto conmigo para decirme: \u00ab\u00bfCree que fueron los ensayos de vacunas los que llevaron a que surgieran variantes?\u00bb Pero si compara la cantidad relativamente peque\u00f1a de personas que han estado en ensayos de vacunas con la gran cantidad de personas infectadas, 100 millones de personas infectadas. Creo que el mayor impulsor de la mutaci\u00f3n emergente es la cantidad de oportunidades que el virus ha tenido para mutar. <\/p>\n
Y la gente dice: \u00abBueno, \u00bfla vacuna no va a impulsar la aparici\u00f3n de nuevas variantes?\u00bb Puede ser una de las presiones, pero si se encuentra en una poblaci\u00f3n donde, digamos, el 50 % ha sido infectado y tiene la llamada \u00abinmunidad natural\u00bb, entonces no importa c\u00f3mo obtenga la inmunidad al virus, el virus intentar\u00e1 encontrar una grieta en esa armadura. Pero en ese caso, es una infecci\u00f3n adquirida naturalmente en lugar de una inmunizaci\u00f3n. As\u00ed que este problema ha existido mucho antes de la vacunaci\u00f3n. <\/p>\n
P: Y de las variantes de preocupaci\u00f3n que conocemos, \u00bfcu\u00e1l es la m\u00e1s preocupante?<\/p>\n
En este momento, es la variante detectada por primera vez en Sud\u00e1frica. Ya ha sido reportada en 31 pa\u00edses e identificada en 750 secuencias hasta el momento. Aunque probablemente se trate de una gran subestimaci\u00f3n porque bastantes pa\u00edses que rodean a Sud\u00e1frica no tienen capacidad de secuenciaci\u00f3n en este momento. Esta variante parece ser m\u00e1s transmisible en Sud\u00e1frica y reduce la eficacia de nuestra respuesta inmunitaria, ya sea por infecci\u00f3n natural o por vacunaci\u00f3n.<\/p>\n
P1 tambi\u00e9n est\u00e1 en la lista de vigilancia. Esta variante identificada por primera vez en Brasil tiene mutaciones asociadas con ser m\u00e1s transmisible y con una respuesta inmune reducida. Sin embargo, si observa la propagaci\u00f3n global de P1, a diferencia de algunas de las otras variantes, realmente no veo que se afiance en este momento. Se ha vinculado a s\u00f3lo nueve pa\u00edses hasta ahora. <\/p>\n
Tambi\u00e9n estoy viendo qu\u00e9 m\u00e1s podr\u00eda surgir en las pr\u00f3ximas semanas y meses. Lo que me preocupa particularmente es que ahora que B117 causa casi todos los casos de COVID-19 en el Reino Unido, \u00bfqu\u00e9 nuevas mutaciones surgir\u00e1n en esto? Es probable que esta nueva variante comience a desarrollar constelaciones de diferentes mutaciones en sus descendientes. Y lo que estoy buscando es algo como E484K, la \u00abmutaci\u00f3n de escape\u00bb, que se encuentra cada vez m\u00e1s en B117. Hasta ahora, esto ha surgido de forma independiente varias veces e incluye un grupo de casos en Bristol y el suroeste de Inglaterra, pero el n\u00famero de casos es bajo.<\/p>\n
P: \u00bfQu\u00e9 tan importante es lo que hace Cog-UK para el esfuerzo de la vacuna?<\/p>\n
La secuenciaci\u00f3n es absolutamente integral para el desarrollo de la vacuna. Vamos a necesitar tener datos de secuencia. <\/p>\n
Tendremos que seguir secuenciando en el futuro previsible para que podamos adaptar nuestras vacunas para mantener su eficacia. Ser\u00e1 un trabajo a largo plazo ejecutar los dos en paralelo. Los fabricantes de vacunas ya est\u00e1n trabajando para modificar sus vacunas para la variante de Sud\u00e1frica, por ejemplo, para asegurarse de que sea eficaz contra esa variante. <\/p>\n
Van a surgir nuevas variantes en el futuro y vamos a tener que adaptar nuestra respuesta a ellas a medida que avanzamos. La secuenciaci\u00f3n y el desarrollo de vacunas son socios clave. Sospecho que esto va a continuar a lo largo de mi vida y m\u00e1s all\u00e1. Lo preocupante es que no tenemos una cobertura global, por lo que no estamos vistos a nivel mundial en t\u00e9rminos de nuevas variantes.<\/p>\n
P: As\u00ed que ser\u00e1 como la vacuna contra la gripe todos los a\u00f1os, dependiendo de cu\u00e1nto tiempo dure la inmunidad. dura?<\/p>\n
S\u00ed, bastante similar, pero podr\u00eda ser un poco menos predecible que un solo refuerzo de vacuna cada a\u00f1o. El SARS-CoV-2 podr\u00eda aumentar sus caracter\u00edsticas con el tiempo, y la diversidad de combinaciones de mutaciones en diferentes variantes podr\u00eda cambiar con el tiempo. As\u00ed que podr\u00eda ser m\u00e1s complejo que la gripe. <\/p>\n
Tambi\u00e9n sabemos que la inmunidad disminuye con el tiempo. As\u00ed que tendremos que pensar en estrategias a largo plazo con este virus. <\/p>\n
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Este art\u00edculo se vuelve a publicar de The Conversation bajo una licencia Creative Commons. Lea el art\u00edculo original. <\/p>\n
Cita<\/strong>: El cazador de variantes de coronavirus analiza el trabajo (23 de febrero de 2021) recuperado el 30 de agosto de 2022 de https:\/\/medicalxpress.com\/news\/2021-02-coronavirus-variant-hunter-discusses .html Este documento est\u00e1 sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigaci\u00f3n privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona \u00fanicamente con fines informativos.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Sharon Peacock, autora proporcionada El Reino Unido es l\u00edder mundial en la secuenciaci\u00f3n del SARS-CoV-2, el virus que causa la COVID-19. De todos los genomas de coronavirus que se han secuenciado en el mundo, casi la mitad ha sido secuenciado por COVID-19 Genomics UK Consortium (Cog-UK). El consorcio comenz\u00f3 a funcionar el 4 de marzo … Continuar leyendo \u00abCazador de variantes de coronavirus analiza su trabajo\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-14823","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/14823","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=14823"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/14823\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=14823"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=14823"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=14823"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}