Cr\u00e9dito: CC0 Public Domain <\/p>\n
Despu\u00e9s de a\u00f1os de desarrollo, ingenier\u00eda y mejoras, los investigadores del St. Jude Children’s Research Hospital han puesto a disposici\u00f3n del p\u00fablico un sistema de software que permite una mejor detecci\u00f3n de fusiones de genes. El sistema, llamado CICERO, ofrece informaci\u00f3n adicional sobre los c\u00e1nceres, as\u00ed como nuevos objetivos para los tratamientos farmacol\u00f3gicos. La \u00faltima versi\u00f3n de CICERO se public\u00f3 en Genome Biology. <\/p>\n
\u00abTanto en los c\u00e1nceres pedi\u00e1tricos como en los adultos, las fusiones de genes pueden ser objetivos valiosos para el tratamiento farmacol\u00f3gico\u00bb, dijo Jinghui Zhang, Ph.D., presidente del Departamento de Biolog\u00eda Computacional de St. Jude. \u00abEn muchos c\u00e1nceres pedi\u00e1tricos, son las alteraciones gen\u00f3micas iniciales las que impulsan la tumorig\u00e9nesis de un c\u00e1ncer, lo que significa que los medicamentos que se dirigen a esa fusi\u00f3n de genes pueden tratar el c\u00e1ncer de manera eficaz\u00bb.<\/p>\n
La importancia de las fusiones de genes<\/p>\n
Las fusiones de genes son errores que se cometen durante la replicaci\u00f3n de los cromosomas cuando las c\u00e9lulas se dividen para producir nuevas c\u00e9lulas. Los genes h\u00edbridos se forman por error cuando se unen partes de dos genes previamente independientes. Tales fusiones pueden consistir en reordenamientos, duplicaciones, truncamiento o inversi\u00f3n de genes.<\/p>\n
Los genes son los planos de las prote\u00ednas en la c\u00e9lula, y las fusiones que causan c\u00e1ncer pueden activar genes para producir prote\u00ednas en exceso. Tambi\u00e9n pueden crear prote\u00ednas que se encienden continuamente, impulsando la proliferaci\u00f3n excesiva de c\u00e9lulas cancerosas. Adem\u00e1s, la interrupci\u00f3n del gen supresor de tumores a trav\u00e9s de la fusi\u00f3n de genes tambi\u00e9n podr\u00eda desencadenar c\u00e1nceres.<\/p>\n
Al desarrollar CICERO, Zhang y sus colegas aprovecharon una tecnolog\u00eda llamada secuenciaci\u00f3n de ARN. Usando esta t\u00e9cnica, analizaron las c\u00e9lulas cancerosas para detectar eventos de fusi\u00f3n. CICERO distingue los eventos de fusi\u00f3n comparando la secuencia de ARN de las c\u00e9lulas, llamada \u00abtranscriptoma\u00bb, con la versi\u00f3n de referencia publicada de la secuencia de ADN del genoma humano.<\/p>\n
La secuencia de ARN de una c\u00e9lula es la plantilla transcrita a partir de el ADN de la c\u00e9lula, que es el modelo gen\u00e9tico de la c\u00e9lula. La c\u00e9lula utiliza la plantilla de ARN para fabricar las prote\u00ednas del caballo de batalla de la c\u00e9lula. Entre estas prote\u00ednas hay interruptores celulares que pueden funcionar de manera anormal para provocar c\u00e1nceres.<\/p>\n
El laboratorio de Zhang program\u00f3 a CICERO para buscar segmentos de ARN en el transcriptoma con segmentos de ADN normales que coincidan parcialmente con el genoma humano de referencia, pero que tambi\u00e9n contengan fragmentos que no no coincide con el genoma humano de referencia. Por lo tanto, CICERO pudo distinguir las firmas reveladoras de las fusiones de genes.<\/p>\n
El sistema en funcionamiento<\/p>\n
\u00abLa clave de la capacidad de CICERO para distinguir las fusiones que causan c\u00e1ncer de los artefactos t\u00e9cnicos fue un conjunto de se\u00f1ales -a-procedimientos de reconocimiento de ruido programados en el sistema\u00bb, dijo el primer autor Liqing Tian, Ph.D., cient\u00edfico investigador bioinform\u00e1tico en el laboratorio de Zhang. \u00abEstos incluyeron el ensamblaje de las lecturas aberrantes en un mini-genoma que representa la fusi\u00f3n de genes, el filtrado de artefactos t\u00e9cnicos y la realizaci\u00f3n de anotaciones extensas para priorizar posibles fusiones que causan c\u00e1ncer\u00bb.<\/p>\n
Adem\u00e1s del an\u00e1lisis automatizado, una visualizaci\u00f3n Se ha desarrollado una herramienta, llamada FusionEditor.<\/p>\n
\u00abAl presentar visualmente las fusiones de genes predichas, FusionEditor permite a los investigadores incorporar su conocimiento biol\u00f3gico sobre esta enfermedad para determinar si las fusiones descubiertas por CICERO probablemente sean relevantes a partir de desde el punto de vista de la enfermedad\u00bb, dijo Zhang.<\/p>\n
Para probar la capacidad de CICERO para detectar fusiones que causan c\u00e1ncer, los investigadores realizaron pruebas comparativas en las que aplicaron el sistema a los transcriptomas de 170 leucemias pedi\u00e1tricas, tumores s\u00f3lidos y tumores cerebrales. tumores cuyas fusiones conductoras hab\u00edan sido previamente analizadas por tecnolog\u00eda alternativa. CICERO super\u00f3 a otros m\u00e9todos de uso com\u00fan para detectar fusiones impulsoras.<\/p>\n
Para aplicar CICERO a un c\u00e1ncer en adultos, los investigadores volvieron a analizar los datos de la secuencia de ARN del glioblastoma, un c\u00e1ncer cerebral en adultos, y compararon los resultados con las fusiones de genes informadas previamente en esta enfermedad.<\/p>\n
\u00abEncontrar fusiones novedosas en un nuevo an\u00e1lisis de este tipo ser\u00eda dif\u00edcil, pero si lo hici\u00e9ramos, demostrar\u00eda que CICERO tambi\u00e9n puede ser una herramienta \u00fatil para el c\u00e1ncer en adultos\u00bb. dijo Zhang. \u00abDe hecho, descubrimos varias fusiones que fueron pasadas por alto por otros m\u00e9todos que son definitivamente objetivos de los medicamentos\u00bb.<\/p>\n
Las fusiones de glioblastoma no descubiertas anteriormente inclu\u00edan aquellas que involucraban un gen llamado EGFR, uno de los genes mutados con mayor frecuencia en ese c\u00e1ncer de cerebro. El an\u00e1lisis de glioblastoma revel\u00f3 una cantidad sorprendente de fusiones de EGFR que dan como resultado que a una prote\u00edna le falte un extremo, dijo Zhang. Esto podr\u00eda conducir a la p\u00e9rdida del interruptor de apagado de la prote\u00edna y provocar el c\u00e1ncer.<\/p>\n
St. Los investigadores de Jude implementaron CICERO en St Jude Cloud, llamado RapidRNA-seq, para permitir un an\u00e1lisis r\u00e1pido de RNA-seq, que puede ser importante en el tiempo de entrega cr\u00edtico, para que est\u00e9 ampliamente disponible. <\/p>\n
Explore m\u00e1s<\/p>\n
Caracterizaci\u00f3n de las alteraciones del ARN en el c\u00e1ncer M\u00e1s informaci\u00f3n:<\/strong> Liqing Tian et al, CICERO: un m\u00e9todo vers\u00e1til para detectar fusiones de controladores complejas y diversas utilizando datos de secuenciaci\u00f3n de ARN del c\u00e1ncer, Genome Biology ( 2020). DOI: 10.1186\/s13059-020-02043-x Informaci\u00f3n de la revista:<\/strong> Genome Biology <\/p>\n Proporcionado por St. Jude Children’s Research Hospital Cita<\/strong>: El software CICERO permite la detecci\u00f3n del c\u00e1ncer -causing gene fusions (2020, 15 de junio) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https:\/\/medicalxpress.com\/news\/2020-06-cicero-software-enables-cancer-causing-gene.html Este documento est\u00e1 sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigaci\u00f3n privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona \u00fanicamente con fines informativos.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Cr\u00e9dito: CC0 Public Domain Despu\u00e9s de a\u00f1os de desarrollo, ingenier\u00eda y mejoras, los investigadores del St. Jude Children’s Research Hospital han puesto a disposici\u00f3n del p\u00fablico un sistema de software que permite una mejor detecci\u00f3n de fusiones de genes. El sistema, llamado CICERO, ofrece informaci\u00f3n adicional sobre los c\u00e1nceres, as\u00ed como nuevos objetivos para los … Continuar leyendo \u00abEl software CICERO permite la detecci\u00f3n de fusiones de genes que causan c\u00e1ncer\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-29614","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/29614","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=29614"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/29614\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=29614"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=29614"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=29614"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}