Cr\u00e9dito: CC0 Public Domain <\/p>\n
Las regiones codificantes de genes constituyen el 2 % del genoma humano. Los cient\u00edficos del St. Jude Children’s Research Hospital han desarrollado una herramienta inform\u00e1tica para identificar las alteraciones que impulsan la formaci\u00f3n de tumores en el 98 % restante del genoma. El m\u00e9todo ayudar\u00e1 al descubrimiento de oncogenes y avances en medicina de precisi\u00f3n para ni\u00f1os y adultos con c\u00e1ncer. <\/p>\n
El enfoque, detallado hoy en la revista Nature Genetics, se denomina expresi\u00f3n cis o cis-X. Los investigadores desarrollaron el innovador m\u00e9todo anal\u00edtico para identificar nuevas variantes patog\u00e9nicas y oncogenes activados por dichas variantes en el ADN regulador no codificante de los tumores de los pacientes. Cis-X funciona identificando la expresi\u00f3n anormal del ARN tumoral. Los investigadores analizaron la leucemia y los tumores s\u00f3lidos y demostraron el poder del enfoque.<\/p>\n
El ADN no codificante, que no codifica genes, constituye el 98 % del genoma humano. Sin embargo, la creciente evidencia sugiere que m\u00e1s del 80% del genoma no codificante es funcional y puede regular la expresi\u00f3n g\u00e9nica. Los estudios de poblaci\u00f3n han identificado variantes en el ADN no codificante que est\u00e1n asociadas con un riesgo elevado de c\u00e1ncer. Pero solo se ha descubierto una peque\u00f1a cantidad de variantes no codificantes en los genomas tumorales que contribuyen al inicio del tumor. Encontrar estas variantes requiri\u00f3 el an\u00e1lisis de secuenciaci\u00f3n del genoma completo de una gran cantidad de muestras de tumores.<\/p>\n
\u00abCis-X es un cambio fundamental con respecto a los enfoques existentes que requieren miles de muestras de tumores y solo identifican variantes no codificantes que ocurren de manera recurrente\u00bb. dijo Jinghui Zhang, Ph.D., presidente del Departamento de Biolog\u00eda Computacional de St. Jude. Ella y Yu Liu, Ph.D., anteriormente de St. Jude y ahora del Shanghai Children’s Medical Center, son los autores correspondientes. Liu tambi\u00e9n es uno de los primeros autores.<\/p>\n
\u00abAl usar la transcripci\u00f3n de genes aberrantes para revelar la funci\u00f3n de variantes no codificantes, desarrollamos cis-X para permitir el descubrimiento de variantes no codificantes que provocan c\u00e1ncer en genomas tumorales individuales\u00bb, dijo Zhang. \u00abLa identificaci\u00f3n de variantes que conducen a la desregulaci\u00f3n de los oncogenes puede ampliar el alcance de la medicina de precisi\u00f3n a regiones no codificantes para identificar opciones terap\u00e9uticas para suprimir los oncogenes activados de forma an\u00f3mala en los tumores\u00bb.<\/p>\n
Inspiraci\u00f3n<\/p>\n
Cis- X se inspir\u00f3 en un art\u00edculo cient\u00edfico de 2014 de Thomas Look, MD, del Dana-Farber Cancer Institute y sus colegas. Look es coautor del art\u00edculo actual. Trabajando en l\u00edneas celulares, el equipo de Look identific\u00f3 variantes de ADN no codificantes responsables de la activaci\u00f3n anormal de un oncog\u00e9n (TAL1) que condujo a la leucemia linfobl\u00e1stica aguda de c\u00e9lulas T (T-ALL). La investigaci\u00f3n impuls\u00f3 a Zhang a continuar con su antiguo inter\u00e9s por examinar las variaciones en la expresi\u00f3n de cada copia de un gen.<\/p>\n
Cis-X funciona buscando genes con expresi\u00f3n alterada de dos maneras. Los investigadores utilizaron el genoma completo y la secuenciaci\u00f3n del ARN para encontrar genes que se expresan en un solo cromosoma y se expresan en niveles aberrantemente altos.<\/p>\n
+ \u00abPuede ser ruidoso cuando se analiza el desequilibrio de la expresi\u00f3n g\u00e9nica entre los alelos\u00bb, dijo Liu. . \u00abEste an\u00e1lisis utiliz\u00f3 un modelo matem\u00e1tico novedoso que convierte a cis-X en una herramienta robusta para el descubrimiento\u00bb.<\/p>\n
Cis-X luego busca la causa de la expresi\u00f3n anormal buscando alteraciones en las regiones reguladoras del ADN no codificante dentro de una arquitectura gen\u00f3mica tridimensional. \u00abEl enfoque imita la forma en que funcionan las variantes en las c\u00e9lulas vivas\u00bb, dijo Liu. Las alteraciones incluyen cambios como reordenamientos cromos\u00f3micos y mutaciones puntuales.<\/p>\n
\u00abPocas variaciones funcionales no codificantes ocurren con una alta recurrencia, pero son impulsores importantes de la iniciaci\u00f3n y progresi\u00f3n del tumor\u00bb, dijo Zhang. \u00abSin identificar la variante no codificante, es posible que no tengamos una imagen completa de lo que caus\u00f3 el c\u00e1ncer\u00bb.<\/p>\n
Confirmaci\u00f3n<\/p>\n
Los investigadores usaron cis-X para analizar los genomas del c\u00e1ncer de 13 T- TODOS los pacientes con los datos generados como una colaboraci\u00f3n entre St. Jude y el Centro M\u00e9dico Infantil de Shangh\u00e1i. El algoritmo identific\u00f3 variantes no codificantes activadoras de oncogenes conocidas y novedosas, as\u00ed como un posible nuevo oncogen T-ALL, PRLR.<\/p>\n
Los investigadores tambi\u00e9n demostraron que el m\u00e9todo funcion\u00f3 en tumores s\u00f3lidos pedi\u00e1tricos y adultos, incluido el neuroblastoma, un c\u00e1ncer infantil de c\u00e9lulas nerviosas inmaduras. Los tumores s\u00f3lidos plantearon un mayor desaf\u00edo anal\u00edtico. A diferencia de la leucemia, los tumores s\u00f3lidos a menudo tienen una cantidad anormal de cromosomas que no est\u00e1n uniformemente distribuidos en el tumor.<\/p>\n
\u00abCis-X ofrece un enfoque nuevo y poderoso para investigar el papel funcional de las variantes no codificantes en el c\u00e1ncer, que pueden expandir el alcance de la medicina de precisi\u00f3n para tratar el c\u00e1ncer causado por tales variantes\u00bb, dijo Zhang.<\/p>\n
El software Cis-X est\u00e1 disponible p\u00fablicamente sin costo para los investigadores a trav\u00e9s del repositorio de software GitHub, St. Jude Cloud y la p\u00e1gina del laboratorio de Zhang. . <\/p>\n
Explore m\u00e1s<\/p>\n
Perfiles gen\u00f3micos de l\u00ednea germinal de ni\u00f1os, adultos j\u00f3venes con tumores s\u00f3lidos para informar el manejo y el tratamiento M\u00e1s informaci\u00f3n:<\/strong> Liu, Y., Li, C., Shen, S. et Alabama. Descubrimiento de variantes reguladoras no codificantes en genomas de c\u00e1ncer individuales mediante el uso de cis-X. Nat Genet (2020). doi.org\/10.1038\/s41588-020-0659-5 Informaci\u00f3n de la revista:<\/strong> Nature Genetics <\/p>\n Proporcionado por St. Jude Children’s Research Hospital Cita<\/strong>: Los investigadores crean un an\u00e1lisis herramienta que abre una nueva frontera del descubrimiento del c\u00e1ncer (6 de julio de 2020) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https:\/\/medicalxpress.com\/news\/2020-07-rsearchers-analytic-tool-frontier-cancer.html Este documento est\u00e1 sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigaci\u00f3n privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona \u00fanicamente con fines informativos.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Cr\u00e9dito: CC0 Public Domain Las regiones codificantes de genes constituyen el 2 % del genoma humano. Los cient\u00edficos del St. Jude Children’s Research Hospital han desarrollado una herramienta inform\u00e1tica para identificar las alteraciones que impulsan la formaci\u00f3n de tumores en el 98 % restante del genoma. El m\u00e9todo ayudar\u00e1 al descubrimiento de oncogenes y avances … Continuar leyendo \u00abInvestigadores crean una herramienta anal\u00edtica que abre una nueva frontera en el descubrimiento del c\u00e1ncer\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-32869","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/32869","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=32869"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/32869\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=32869"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=32869"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=32869"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}