CORTES\u00cdA DE ANNA-KARIN GERDIN, EL INSTITUTO SANGER<\/p>\n
Los investigadores que investigan la variaci\u00f3n gen\u00e9tica y su contribuci\u00f3n a las diferencias fenot\u00edpicas han obtenido una gran cantidad de datos, descritos en dos Nature <\/em> documentos publicados hoy (14 de septiembre). Una colaboraci\u00f3n que involucra a m\u00e1s de cuarenta cient\u00edficos del Reino Unido, Alemania y los Estados Unidos ha publicado las secuencias de 17 genomas de rat\u00f3n diferentes, incluidas 13 de las cepas de laboratorio m\u00e1s comunes y 4 cepas de origen silvestre. La amplitud de los datos, disponibles p\u00fablicamente, promete ayudar a la investigaci\u00f3n que rastrea el v\u00ednculo entre la secuencia de ADN y el fenotipo, y arroja luz sobre los fundamentos gen\u00e9ticos de la susceptibilidad a las enfermedades y la evoluci\u00f3n de las especies.<\/p>\n Las nuevas secuencias son “eminentemente m\u00e1s potente que los datos de rat\u00f3n anteriores” dijo David Threadgill, un genetista de la Universidad Estatal de Carolina del Norte que no particip\u00f3 en el proyecto. Aunque la primera secuencia del genoma del rat\u00f3n (cepa C57BL\/6) se public\u00f3 en 2002, los cient\u00edficos que usaban otras cepas ten\u00edan poca secuencia…<\/p>\n Es una percepci\u00f3n err\u00f3nea de que ten\u00edamos secuencias de cepas, explic\u00f3 Threadgill. en el mapeo de polimorfismos de un solo nucle\u00f3tido, o SNP, a la cepa de referencia C57BL\/6, dejando grandes franjas de genomas de rat\u00f3n sin secuenciar. Adem\u00e1s de identificar m\u00e1s de 56 millones de SNP, los nuevos datos tambi\u00e9n identifican muchas variaciones estructurales m\u00e1s grandes, incluidas inserciones, eliminaciones y variaciones en el n\u00famero de copias en \u00e1reas del genoma con secuencias de ADN repetidas.<\/p>\n CORTES\u00cdA DE JENNIFER TORRANCE Y STANTON SHORT, EL LABORATORIO JACKSON <\/p>\n Utilizando la secuencia C57BL\/6 como gu\u00eda, el consorcio de investigadores dividi\u00f3 los genomas de cada una de las 17 cepas en fragmentos de unos 100 pares de bases y los volvi\u00f3 a ensamblar, como si fuera un rompecabezas, dijo Jonathan Flint. , coautor y neurogenetista del Centro de Gen\u00e9tica Humana Wellcome Trust en Oxford, Reino Unido. En el camino, los investigadores identificaron ubicaciones donde el genoma de una cepa difer\u00eda de la secuencia C57BL\/6, construyendo una imagen de la variaci\u00f3n en los SNP y variaciones de secuencia m\u00e1s grandes entre las cepas de rat\u00f3n.<\/p>\n Los investigadores encontraron que las cepas de origen silvestre revel\u00f3 m\u00e1s variaci\u00f3n de secuencia que las l\u00edneas de laboratorio endog\u00e1micas, haci\u00e9ndose eco de las preocupaciones anteriores sobre la extrapolaci\u00f3n de los resultados obtenidos en ratones de laboratorio a poblaciones m\u00e1s exog\u00e1micas, como los humanos, dijo Ira Hall, genetista de la Universidad de Virginia que no particip\u00f3 en la secuenciaci\u00f3n. Donde en la secuencia del genoma la variaci\u00f3n tend\u00eda a caer dentro de las regiones de codificaci\u00f3n ex\u00f3nica, los intrones o intervalos entre g\u00e9nesis tambi\u00e9n se vuelven m\u00e1s claros: los investigadores identificaron una cantidad sorprendentemente grande de variaci\u00f3n atribuible a elementos transponibles, fragmentos de ADN que se insertan o se extraen del genoma. <\/p>\n Flint compar\u00f3 los nuevos datos de secuenciaci\u00f3n con la Navidad y los futuros proyectos de investigaci\u00f3n con la apertura de regalos de Navidad. El proceso antes largo y tedioso de identificar una caracter\u00edstica de inter\u00e9s, como la formaci\u00f3n de la memoria, y perfeccionar un tramo de ADN que estaba relacionado con el rasgo se ha acelerado exponencialmente como \u00abdisparar peces en un barril\u00bb, dijo Rob Williams, neurogenetista de la la Universidad de Tennessee, que no particip\u00f3 en el proyecto. Ahora, los investigadores que investigan cepas espec\u00edficas cuidadosamente criadas para la susceptibilidad a la enfermedad simplemente tienen que comparar una secuencia de rat\u00f3n con otra para encontrar el segmento de ADN de inter\u00e9s.<\/p>\n De hecho, los investigadores ya vincularon gran parte de la variaci\u00f3n que identificaron con rasgos complejos. , como el asma o la ansiedad, y descubri\u00f3 que algunas variantes estructurales que alteraban grandes tramos de secuencia parec\u00edan contribuir m\u00e1s a los fenotipos que los SNP simples.<\/p>\n [Es la] primera mirada exhaustiva al nivel de variaci\u00f3n gen\u00e9tica y la efecto que puede tener sobre el fenotipo, dijo el coautor David J. Adams, genetista del c\u00e1ncer en el Instituto Wellcome Trust Sanger en Cambridge, Reino Unido. Adams comenz\u00f3 el proyecto para abordar la escasez de datos que enfrentaba su propio laboratorio mientras investigaban la variaci\u00f3n gen\u00e9tica que conduce a la susceptibilidad al c\u00e1ncer. Ahora, Adams planea usar las secuencias para comprender c\u00f3mo evoluciona el genoma cuando se forma el c\u00e1ncer y qu\u00e9 variaci\u00f3n gen\u00e9tica influye en la susceptibilidad a los diferentes tipos de c\u00e1ncer. Las secuencias proporcionan un modelo para esos estudios de c\u00e1ncer, explic\u00f3 Adams.<\/p>\n Los investigadores tambi\u00e9n compararon c\u00f3mo los diferentes antecedentes de cepas podr\u00edan contribuir a la expresi\u00f3n g\u00e9nica. Los equipos cruzaron dos cepas diferentes y compararon la expresi\u00f3n de ARN de genes espec\u00edficos en la descendencia. Sorprendentemente, los cromosomas de una cepa a veces superaron a la otra, un fen\u00f3meno llamado sesgo al\u00e9lico, en el que se transcribe m\u00e1s ARN de un cromosoma que de otro. Ocasionalmente, una cepa cuyo cromosoma produc\u00eda la mayor cantidad de ARN en un tejido, como el h\u00edgado, produc\u00eda menos ARN en otro tejido.<\/p>\n Rob Williams espera con ansias la oportunidad de finalmente hacer gen\u00e9tica real. La gen\u00e9tica, dijo Williams, es el estudio de la variaci\u00f3n, y con 17 secuencias para comparar, los investigadores de ratones finalmente pueden comenzar a estudiar precisamente eso.<\/p>\n TM Keane, et al., \u00abMouse genomic su efecto sobre los fenotipos y la regulaci\u00f3n g\u00e9nica\u00bb, Nature<\/em>, 477:289-94, 2011.<\/strong><\/p>\n B. Yalcin, et al., \u00abCaracterizaci\u00f3n basada en secuencias de la variaci\u00f3n estructural en el genoma del rat\u00f3n\u00bb, Nature<\/em>, 477:326-29, 2011.<\/strong><\/p>\n Recibe acceso completo a m\u00e1s de 35 a\u00f1os de archivos<\/strong>, as\u00ed como a TS Digest<\/em><\/strong>, ediciones digitales de The Scientist<\/em><\/strong>, art\u00edculos destacados<\/strong>, \u00a1y mucho m\u00e1s!\u00danase gratis hoy \u00bfYa es miembro?Inicie sesi\u00f3n aqu\u00ed<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" CORTES\u00cdA DE ANNA-KARIN GERDIN, EL INSTITUTO SANGER Los investigadores que investigan la variaci\u00f3n gen\u00e9tica y su contribuci\u00f3n a las diferencias fenot\u00edpicas han obtenido una gran cantidad de datos, descritos en dos Nature documentos publicados hoy (14 de septiembre). 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