INSTITUTOS NACIONALES DE SALUD<\/p>\n
El Instituto Broad y el Instituto Sanger anunciaron ayer (28 de marzo) detalles de sus bases de datos separadas de l\u00edneas de c\u00e9lulas cancerosas, los repositorios m\u00e1s grandes de perfiles gen\u00f3micos y de f\u00e1rmacos. datos hasta la fecha. Con los resultados preliminares publicados en dos art\u00edculos de Nature<\/em>, las bases de datos deber\u00edan ayudar a los investigadores a identificar qu\u00e9 medicamentos usar contra qu\u00e9 tipos de c\u00e1ncer para agilizar los esfuerzos de desarrollo de medicamentos.<\/p>\n “Esto contin\u00faa acerc\u00e1ndonos entendiendo el c\u00e1ncer como una enfermedad molecular en lugar de una enfermedad anat\u00f3mica” dijo Eileen Dolan, quien estudia farmacogen\u00f3mica en la Universidad de Chicago y no particip\u00f3 en ninguno de los estudios. \u00abNos ayudar\u00e1 a comprender nuestros medicamentos existentes, as\u00ed como los nuevos medicamentos, para tomar decisiones m\u00e1s informadas en los ensayos de fase I y fase II\u00bb.<\/p>\n En los \u00faltimos a\u00f1os, los investigadores se han vuelto cada vez m\u00e1s conscientes de que si la respuesta de un tumor a un tratamiento farmacol\u00f3gico dado depende de su perfil gen\u00f3mico. Pero debido a…<\/p>\n Para cualquier variedad de medicamentos contra el c\u00e1ncer que se est\u00e9n desarrollando, no necesariamente podemos saber de antemano qu\u00e9 tipos de c\u00e1ncer van a ser vulnerables, dijo Levi Garraway, bi\u00f3logo oncol\u00f3gico de Dana Farber. Instituto del C\u00e1ncer que encabez\u00f3 el proyecto Broad. Si tiene una gran colecci\u00f3n de l\u00edneas celulares que est\u00e1n profundamente anotadas gen\u00e9tica y molecularmente, puede sondear la biolog\u00eda vinculada a muchos tipos de alteraciones gen\u00e9ticas de inter\u00e9s.<\/p>\n Hace cuatro a\u00f1os, Garraway y sus colegas comenzaron una investigaci\u00f3n masiva pantalla de 947 l\u00edneas de c\u00e9lulas cancerosas, secuenciaci\u00f3n de genes asociados con el c\u00e1ncer, elaboraci\u00f3n de perfiles de f\u00e1rmacos, recopilaci\u00f3n de datos de expresi\u00f3n de ARN mediante micromatrices y combinaci\u00f3n de genomas de c\u00e1ncer para regiones repetidas. Y no hab\u00edan avanzado mucho cuando se enteraron de un proyecto paralelo en el Instituto Sanger, dirigido por el genomicista Mathew Garnett.<\/p>\n Los proyectos no son id\u00e9nticos; examinan diferentes genes y diferentes f\u00e1rmacos usando m\u00e9todos ligeramente diferentes. Por esta raz\u00f3n, Garnett ve las dos bases de datos como complementarias. Hubo suficiente no superposici\u00f3n para que fuera posible hacer diferentes observaciones, estuvo de acuerdo Garraway. (Consulte la tabla para obtener m\u00e1s detalles).<\/p>\n Adem\u00e1s, tener dos bases de datos separadas en lugar de agrupar los datos, como lo han hecho las bases de datos anteriores, podr\u00eda dar m\u00e1s peso a ciertos hallazgos. Creo que tener dos recursos independientes es algo bueno, dijo Jian Ma, genomicista computacional de la Universidad de Illinois, que no particip\u00f3 en la investigaci\u00f3n. Si dos grupos diferentes tienen el mismo resultado para una l\u00ednea celular, ser\u00eda m\u00e1s confiable.<\/p>\n Los dos art\u00edculos de Nature <\/em>, presentados como un par, describen c\u00f3mo los datos para cada proyecto fueron recopilados e incluyen experimentos de confirmaci\u00f3n para demostrar c\u00f3mo las bases de datos podr\u00edan mejorar el desarrollo de f\u00e1rmacos contra el c\u00e1ncer. El proyecto de Garnett, llamado Cancer Cell Line Encyclopedia, identific\u00f3 una mutaci\u00f3n en las c\u00e9lulas del sarcoma de Ewings que es altamente sensible a los inhibidores de PARP, por ejemplo. Mientras tanto, la base de datos Garraways, el proyecto Genomics of Drug Sensitivity in Cancer, incluye datos que sugieren que los inhibidores de MEK, una clase de medicamentos contra el c\u00e1ncer que se dirigen al oncog\u00e9n RAS, pueden tener una mayor eficacia en los c\u00e1nceres con una mutaci\u00f3n en otro gen, AHR. <\/em><\/p>\n La \u00faltima esperanza es que las bases de datos se utilicen para ayudar a las personas con c\u00e1ncer al hacer coincidir mejor un tipo de c\u00e1ncer con un medicamento e identificar qu\u00e9 pacientes inscribir en ensayos cl\u00ednicos en funci\u00f3n de su sabor gen\u00e9tico. de c\u00e1ncer. A menudo, los medicamentos fallan [en las pruebas cl\u00ednicas] simplemente porque no se prueban en las personas adecuadas, dijo Garnett. Una mejor comprensi\u00f3n de c\u00f3mo responden los medicamentos a las mutaciones gen\u00e9ticas, con la ayuda de las bases de datos, podr\u00eda ayudar a los m\u00e9dicos a identificar qu\u00e9 poblaciones tienen m\u00e1s probabilidades de responder.<\/p>\n Enciclopedia de l\u00edneas celulares de c\u00e1ncer<\/strong> Gen\u00f3mica de la sensibilidad a f\u00e1rmacos en el c\u00e1ncer<\/strong> Instituto<\/strong> Broad Sanger Cient\u00edfico principal<\/strong> Levi Garraway Mathew Garnett # l\u00edneas celulares de c\u00e1ncer<\/strong> 947 639 # genes secuenciados<\/strong> 1,600 64 # f\u00e1rmacos<\/strong> 24 130 Datos gen\u00f3micos (algunos a\u00fan no publicados)<\/strong> 100 Terabytes 20 Terabytes <\/p>\n Es importante destacar que toda la informaci\u00f3n de las bases de datos es de dominio p\u00fablico, disponible para todos los investigadores. Lo que ser\u00e1 \u00fatil de inmediato es que muchos grupos expertos en bioinform\u00e1tica podr\u00e1n descargar los datos, dijo Scott Powers, un gen\u00f3mico del c\u00e1ncer en el Laboratorio Cold Spring Harbor que no particip\u00f3 en los proyectos. No hay duda de que va a ser valioso relacionar los genotipos del c\u00e1ncer con compuestos potenciales y medicamentos contra el c\u00e1ncer.<\/p>\n Es un recurso que, una vez que est\u00e9 disponible, la gente utilizar\u00e1 para publicar m\u00e1s estudios, estuvo de acuerdo Ma.<\/p>\n p><\/p>\n Sin embargo, las bases de datos no son muy f\u00e1ciles de usar en este momento, lament\u00f3 Powers. Tienen un largo camino por recorrer para producir un sitio web realmente \u00fatil, dijo. Los sitios tienen un poco de errores y son dif\u00edciles de navegar en este punto, especialmente en comparaci\u00f3n con el est\u00e1ndar de oro para las bases de datos de c\u00e1ncer, Oncomine de la Universidad de Michigan, que contiene datos gen\u00f3micos y de expresi\u00f3n g\u00e9nica pero carece de los extensos datos de perfiles de f\u00e1rmacos que Broad y Sanger Las bases de datos tienen como objetivo proporcionar.<\/p>\n Ambos proyectos tienen como objetivo limpiar la interfaz de usuario y continuar\u00e1n depositando nuevos datos con el tiempo, agregando m\u00e1s l\u00edneas celulares y medicamentos, as\u00ed como perfiles metab\u00f3licos, datos epigen\u00e9ticos y m\u00e1s. secuencias gen\u00f3micas.<\/p>\n Soy optimista, esto ser\u00e1 un recurso muy \u00fatil para que las personas prueben hip\u00f3tesis, dijo Garnett. Garraway estuvo de acuerdo: necesitamos este tipo de recurso y, con suerte, el campo lo usar\u00e1 para hacer muchos m\u00e1s descubrimientos.<\/p>\n J. Barretina et al., The Cancer Cell Line Encyclopedia permite el modelado predictivo de la sensibilidad a los f\u00e1rmacos contra el c\u00e1ncer, <\/strong>Nature<\/em><\/strong>, 483:603-7, 2012.<\/strong><\/p>\n M. Garnett et al., Identificaci\u00f3n sistem\u00e1tica de marcadores gen\u00f3micos de sensibilidad a f\u00e1rmacos en c\u00e9lulas cancerosas, <\/strong>Nature<\/em><\/strong>, 483:570-5, 2012.<\/strong><\/p>\n Reciba acceso completo a m\u00e1s de 35 a\u00f1os de archivos<\/strong>, as\u00ed como TS Digest<\/em><\/strong>, ediciones digitales de The Scientist<\/em><\/strong>, art\u00edculos destacados<\/strong> y mucho m\u00e1s !\u00danase gratis hoy \u00bfYa es miembro?Inicie sesi\u00f3n aqu\u00ed<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" INSTITUTOS NACIONALES DE SALUD El Instituto Broad y el Instituto Sanger anunciaron ayer (28 de marzo) detalles de sus bases de datos separadas de l\u00edneas de c\u00e9lulas cancerosas, los repositorios m\u00e1s grandes de perfiles gen\u00f3micos y de f\u00e1rmacos. datos hasta la fecha. 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