{"id":34750,"date":"2022-09-01T04:37:24","date_gmt":"2022-09-01T09:37:24","guid":{"rendered":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/atlas-de-potenciadores-y-promotores\/"},"modified":"2022-09-01T04:37:24","modified_gmt":"2022-09-01T09:37:24","slug":"atlas-de-potenciadores-y-promotores","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/atlas-de-potenciadores-y-promotores\/","title":{"rendered":"Atlas de potenciadores y promotores"},"content":{"rendered":"

NHGRI Los investigadores del instituto RIKEN de Jap\u00f3n, en colaboraci\u00f3n con cient\u00edficos de todo el mundo, han producido dos atlas de elementos reguladores gen\u00e9ticos en todo el genoma humano, como se informa en un par de art\u00edculos publicados hoy (26 de marzo) en Naturaleza<\/em>. El primer art\u00edculo presenta un atlas de los sitios de inicio de la transcripci\u00f3n, donde la ARN polimerasa comienza a transcribir el ADN en ARN; el segundo mapea potenciadores activos, tramos de ADN no promotores que regulan al alza la transcripci\u00f3n de ciertos genes. Diecis\u00e9is art\u00edculos adicionales relacionados con este trabajo (resultados de la quinta edici\u00f3n del proyecto Functional Annotation of the Mammalian Genome (FANTOM)) tambi\u00e9n se publican hoy en otras revistas, incluidas Blood<\/em> y BMC Genomics <\/em>.<\/p>\n

“Ambos trabajos son muy significativos” dijo el bioqu\u00edmico Wei Wang de la Universidad de California en San Diego, que no particip\u00f3 en el trabajo. \u00abEste ser\u00e1 un recurso muy valioso para la comunidad\u00bb.<\/p>\n

\u00abHicimos una enciclopedia de la definici\u00f3n de la c\u00e9lula normal:…<\/p>\n

Esta es una muy un amplio estudio de la actividad transcripcional en diversos tipos de c\u00e9lulas, [lo que lo convierte] en un recurso muy valioso y, en la actualidad, bastante \u00fanico, dijo Zhiping Weng, de la Facultad de Medicina de la Universidad de Massachusetts, que no particip\u00f3 en el trabajo. Weng se\u00f1al\u00f3 que el \u00fanico recurso comparable es el Programa de Expresi\u00f3n de Genotipo-Tejido (GTEX), que en comparaci\u00f3n con FANTOM, no es tan completo en este momento, dijo. En este momento, esta es la colecci\u00f3n de datos de transcripci\u00f3n m\u00e1s completa y extensa disponible, especialmente en tipos de c\u00e9lulas primarias. Encuentro que eso es muy significativo. Creo que mucha gente va a encontrar los datos muy \u00fatiles.<\/p>\n

FANTOM es uno de varios proyectos que tienen como objetivo anotar el genoma humano y determinar c\u00f3mo la expresi\u00f3n de sus genes puede producir una variedad de tipos de c\u00e9lulas. Los miembros del proyecto Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE), en el que participaron algunos investigadores de RIKEN, utilizaron an\u00e1lisis de inmunoprecipitaci\u00f3n de cromatina y mapearon sitios hipersensibles a la ADNasa, entre otras cosas, para determinar d\u00f3nde se unen los factores de transcripci\u00f3n al ADN y d\u00f3nde est\u00e1 abierta la cromatina y, por lo tanto, vulnerable. a la escisi\u00f3n por la ADNasa. El equipo de ENCODE utiliz\u00f3 muchas l\u00edneas celulares y examin\u00f3 solo unos pocos tipos de c\u00e9lulas, mientras que el grupo FANTOM estudi\u00f3 innumerables tipos de c\u00e9lulas y tejidos primarios, as\u00ed como l\u00edneas celulares.<\/p>\n

Veo que FANTOM y ENCODE son muy complementarios, porque FANTOM genera principalmente datos de transcripci\u00f3n y ENCODE genera una diversidad mucho m\u00e1s amplia, muchos m\u00e1s tipos de datos. Pero FANTOM tiene una gran representaci\u00f3n en la dimensi\u00f3n del tipo de c\u00e9lula, mientras que ENCODE se enfoca principalmente en las l\u00edneas celulares y solo en unos pocos tipos de c\u00e9lulas primarias y tipos de tejidos, dijo Weng, quien form\u00f3 parte de ENCODE. Se pueden imaginar dos proyectos muy grandes, muy extensos en diferentes dimensiones.<\/p>\n

Para crear estos atlas, los investigadores de FANTOM utilizaron el an\u00e1lisis cap de la expresi\u00f3n g\u00e9nica (CAGE) para secuenciar los comienzos de las transcripciones de ARN. Mediante el mapeo de etiquetas CAGE en el genoma humano, el equipo dirigido por RIKEN identific\u00f3 las regiones promotoras aguas arriba de los sitios de inicio de la transcripci\u00f3n. Los investigadores utilizaron CAGE para identificar promotores en c\u00e9lulas primarias humanas, as\u00ed como en muestras de tejido y l\u00edneas celulares inmortalizadas. Descubrieron que muchos genes tienen m\u00faltiples sitios de inicio de transcripci\u00f3n y que la transcripci\u00f3n comienza en diferentes lugares en diferentes tipos de c\u00e9lulas.  <\/p>\n

Usando CAGE, el equipo tambi\u00e9n identific\u00f3 las secuencias de ARN transcritas de los potenciadores. Otros grupos hab\u00edan demostrado previamente que algunos potenciadores se transcriben bidireccionalmente desde el centro, hacia afuera en ambas direcciones y desde ambas cadenas de ADN. El equipo de FANTOM encontr\u00f3 evidencia que sugiere que las transcripciones bidireccionales son firmas de potenciadores activos. Alrededor del 75 por ciento de los potenciadores detectados por CAGE impulsaron la expresi\u00f3n de un gen informador en las c\u00e9lulas HeLa, un porcentaje mayor que los potenciadores no transcritos identificados previamente a trav\u00e9s de ENCODE.<\/p>\n

Wang dijo que estaba m\u00e1s interesado en el atlas de potenciadores. Esta fue la primera vez que las personas realizaron este [an\u00e1lisis] de ARN potenciador a una escala tan grande, dijo.<\/p>\n

En tantos tipos de c\u00e9lulas, este n\u00famero [de potenciadores activos] es un poco bajo. final, se\u00f1al\u00f3 Wang, particularmente si se compara con ENCODE y otras anotaciones. . . . Creo que la raz\u00f3n est\u00e1 relacionada con la baja abundancia de eRNAs [potenciadores de ARN].<\/p>\n

Otros grupos tambi\u00e9n han descubierto que los potenciadores producen ARN en cantidades bajas. Mi \u00fanica preocupaci\u00f3n es que probablemente se perdieron muchos potenciadores activos, dijo Wang. Tengo entendido que tienen [una] alta tasa de verdaderos positivos y tambi\u00e9n una tasa de falsos negativos. Entonces, sea lo que sea que identificaron, creo que son potenciadores activos reales, pero tambi\u00e9n pueden pasar por alto muchos potenciadores activos debido a esta baja abundancia de ARN potenciador.                               <\/p>\n

En el futuro, dijo Hayashizaki, el conocimiento de los usos de potenciadores y promotores que definen diferentes tipos de c\u00e9lulas plantea la posibilidad de convertir un tipo de c\u00e9lula en otro. Tambi\u00e9n podr\u00eda ayudar a predecir si un c\u00e1ncer en particular va a hacer met\u00e1stasis o no, a\u00f1adi\u00f3.<\/p>\n

El Consorcio FANTOM <\/strong>y RIKEN PMI [Medicina Preventiva e Innovaci\u00f3n en Diagn\u00f3stico Programa] y CLST [<\/strong>Centro de Tecnolog\u00edas de Ciencias de la Vida<\/strong>] (DGT [Divisi\u00f3n de Tecnolog\u00edas Gen\u00f3micas]),<\/strong> Un atlas de expresi\u00f3n de mam\u00edferos a nivel de promotor, Naturaleza<\/em>, <\/strong>doi:10.1038\/nature13182, 2014.<\/strong><\/p>\n

R. Andersson, et al., <\/strong>Un atlas de potenciadores activos en <\/strong>tipos de c\u00e9lulas y tejidos humanos, Nature<\/em>, <\/strong>doi :10.1038\/nature12787, 2014.<\/strong><\/p>\n

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