FLICKR, JOHN MARTINEZ PAVLIGAEn los Estados Unidos, como en tantos otros pa\u00edses del mundo, los cient\u00edficos est\u00e1n aprendiendo a sobrevivir con presupuestos reducidos. La reducci\u00f3n de los fondos federales tiene a la comunidad biom\u00e9dica buscando formas de sacar m\u00e1s provecho de cada subvenci\u00f3n. En una era de austeridad, el \u00e9xito depende de cu\u00e1n inteligentes seamos con cada d\u00f3lar invertido en la empresa de investigaci\u00f3n del pa\u00eds.<\/p>\n
Una forma de obtener m\u00e1s valor de esos d\u00f3lares de investigaci\u00f3n y desarrollo es extraer m\u00e1s conocimiento de los datos y hallazgos cient\u00edficos que ya hemos generado. D\u00e9cadas de inversi\u00f3n han producido una gran cantidad de informaci\u00f3n de proyectos de investigaci\u00f3n b\u00e1sica, estudios traslacionales y ensayos cl\u00ednicos. Pero nosotros, como comunidad, a menudo no sabemos lo que est\u00e1 disponible, y carecemos de un recurso coherente que re\u00fana toda esta informaci\u00f3n: un dep\u00f3sito masivo que se pueda consultar o una herramienta poderosa que pueda recopilar inteligencia de una serie de… <\/p>\n
Los esfuerzos recientes dentro de la comunidad de acceso abierto est\u00e1n avanzando hacia la mejora del acceso a datos y publicaciones, pero sigue existiendo una falta general de conciencia sobre la existencia de datos relevantes, as\u00ed como los desaf\u00edos de elegir los m\u00e1s altos. datos de calidad y reutilizarlos para nuevos usos. Los conjuntos de datos primarios est\u00e1n enterrados en una cantidad cada vez mayor de silos de datos que no son pr\u00e1cticos para el cient\u00edfico promedio de rastrear, y los datos generalmente se formatean de una manera conveniente para el productor, no para el consumidor. Esto dificulta la b\u00fasqueda, extracci\u00f3n y reutilizaci\u00f3n de descubrimientos y conocimientos clave. Como resultado, a menudo es m\u00e1s f\u00e1cil para los investigadores obtener fondos para regenerar datos que para reutilizarlos.<\/p>\n
Las herramientas dise\u00f1adas para recopilar, consultar y extraer datos existentes podr\u00edan generar informaci\u00f3n \u00fatil. Considere Google Maps, que a trav\u00e9s de poderosos algoritmos crea direcciones de conducci\u00f3n personalizadas, predice los tiempos de viaje y sugiere alternativas de viaje. Estos algoritmos se basan en la base de datos central de informaci\u00f3n geogr\u00e1fica actualizada, bien estructurada y de alta calidad de Google. Los coches de Google Street View mantienen el mapa actualizado para que los usuarios no tengamos que preocuparnos por ello. Los cient\u00edficos necesitan una soluci\u00f3n similar: un Google Maps de conocimiento biom\u00e9dico global y accesible a trav\u00e9s de Internet, de modo que las nuevas t\u00e9cnicas y herramientas bioinform\u00e1ticas puedan empoderar a los investigadores y m\u00e9dicos de todo el mundo que buscan comprender, diagnosticar y tratar mejor las enfermedades humanas.<\/p>\n
Si esto suena como la visi\u00f3n color de rosa de una persona del campo cient\u00edfico, no lo es. Mi empresa, QIAGEN Silicon Valley, trabaja en el campo de la miner\u00eda de datos basada en el conocimiento en medicina y biolog\u00eda. Un proyecto de prueba de principio que hicimos para el Departamento de Defensa de los EE. UU. mostr\u00f3 que el conocimiento latente en la literatura cient\u00edfica se puede organizar y reutilizar para predecir de manera efectiva nuevos conocimientos fundamentales.<\/p>\n
Nuestro estudio utiliz\u00f3 potentes algoritmos para predecir dianas farmacol\u00f3gicas contra la infecci\u00f3n por agentes virales y bacterianos de alto riesgo. Entrenamos nuestra base de datos aliment\u00e1ndola con toda la evidencia experimental que pudimos encontrar en la literatura de investigaci\u00f3n que describ\u00eda las interacciones hu\u00e9sped-pat\u00f3geno y la biolog\u00eda molecular y de v\u00eda asociada de estos organismos. Nuestro enfoque abarc\u00f3 d\u00e9cadas de conocimiento en virolog\u00eda, bacteriolog\u00eda, inmunolog\u00eda y biolog\u00eda b\u00e1sica, mucho m\u00e1s de lo que cualquier investigador individual podr\u00eda leer y asimilar, y mucho menos mantenerse actualizado. Nuestras t\u00e9cnicas especializadas de construcci\u00f3n de conocimiento incluyeron la exploraci\u00f3n de cada fuente de datos, la integraci\u00f3n de la informaci\u00f3n en modelos de datos sem\u00e1nticos estandarizados de biolog\u00eda de enfermedades y la alimentaci\u00f3n en un solo modelo de datos basado en gr\u00e1ficos, que procesaron nuestras computadoras de alto rendimiento.<\/p>\n
luego libere nuestros algoritmos en la base de datos, pidi\u00e9ndoles que identifiquen posibles objetivos farmacol\u00f3gicos. Los algoritmos arrojaron una gran cantidad de ellos, priorizados seg\u00fan el nivel y la calidad de la evidencia. Los que parec\u00edan m\u00e1s convincentes para nuestro equipo de investigaci\u00f3n se sometieron a pruebas experimentales, que mostraron que un tercio de los objetivos predichos ten\u00edan un impacto significativo en la supervivencia de los ratones infectados por estas bioamenazas.<\/p>\n
Muchos de los objetivos eran nuevos. y asociado a mecanismos biol\u00f3gicos inusuales, en algunos casos no ampliamente establecidos en inmunolog\u00eda. El enfoque que utilizamos vincul\u00f3 resultados experimentales de diversos campos de investigaci\u00f3n que caracterizaron genes o v\u00edas cr\u00edticas para la patog\u00e9nesis de estos virus y bacterias. La base de datos pudo reutilizar hallazgos experimentales de, por ejemplo, estudios de c\u00e1ncer o cardiovasculares cuando eran relevantes para la inmunolog\u00eda y las enfermedades infecciosas.<\/p>\n
Este proyecto demostr\u00f3 que un enfoque in silico a gran escala puede detectar e identificar con \u00e9xito nuevos dianas farmacol\u00f3gicas, incluso para problemas complejos como el descubrimiento terap\u00e9utico de amplio espectro. El conocimiento de esos objetivos ya estaba disponible, en algunos casos en publicaciones que han estado disponibles durante a\u00f1os. Solo era cuesti\u00f3n de reunir las fuentes correctas y desarrollar una herramienta que pudiera dar sentido a la informaci\u00f3n.<\/p>\n
Cuando se combina este tipo de enfoque con la enorme cantidad de datos nuevos que se generan todos los d\u00edas en la ciencia , las posibilidades parecen infinitas.<\/p>\n
La enfermedad y la fisiolog\u00eda humanas son maravillosamente complejas, y todav\u00eda estamos en las primeras etapas del desarrollo de modelos matem\u00e1ticos y computacionales \u00fatiles de los sistemas vivos. Tenemos un largo camino por delante hasta que las computadoras puedan simular biolog\u00eda compleja o predecir curas para cada enfermedad humana. De hecho, construir y mantener un atlas de conocimiento de investigaci\u00f3n biom\u00e9dica de este tipo ser\u00eda un desaf\u00edo. Pero estamos progresando.<\/p>\n
Hay una enorme cantidad de valor no materializado en la literatura cient\u00edfica y las bases de datos en constante crecimiento. De hecho, como comunidad, nuestra capacidad para generar datos est\u00e1 superando nuestra capacidad para convertir de manera efectiva estos datos en informaci\u00f3n procesable que impulse mejores decisiones en la investigaci\u00f3n cl\u00ednica y el descubrimiento de f\u00e1rmacos. Eso significa que todos se beneficiar\u00e1n no solo de exigir m\u00e1s fondos para la investigaci\u00f3n, sino tambi\u00e9n de capturar la inteligencia que ya est\u00e1 all\u00ed y que est\u00e1 esperando emerger. Juntos, con un poco de creatividad y esfuerzo, podemos aprovechar el conocimiento colectivo de la comunidad cient\u00edfica para permitir que los m\u00e9dicos e investigadores descubran los misterios de las enfermedades humanas y, en \u00faltima instancia, ofrecer mejores diagn\u00f3sticos y terapias a pacientes de todo el mundo.<\/p>\n
Ramon Felciano cofund\u00f3 Ingenuity Systems (ahora QIAGEN Silicon Valley), donde es vicepresidente de investigaci\u00f3n.<\/em><\/strong><\/p>\n Reciba acceso completo a m\u00e1s de 35 a\u00f1os de archivos<\/strong>, as\u00ed como como TS Digest<\/em><\/strong>, ediciones digitales de The Scientist<\/em><\/strong>, art\u00edculos destacados<\/strong> y mucho m\u00e1s m\u00e1s!\u00danase gratis hoy \u00bfYa es miembro?Inicie sesi\u00f3n aqu\u00ed<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" FLICKR, JOHN MARTINEZ PAVLIGAEn los Estados Unidos, como en tantos otros pa\u00edses del mundo, los cient\u00edficos est\u00e1n aprendiendo a sobrevivir con presupuestos reducidos. La reducci\u00f3n de los fondos federales tiene a la comunidad biom\u00e9dica buscando formas de sacar m\u00e1s provecho de cada subvenci\u00f3n. En una era de austeridad, el \u00e9xito depende de cu\u00e1n inteligentes seamos … Continuar leyendo \u00abOpini\u00f3n: valor latente en la literatura\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-34778","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/34778","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=34778"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/34778\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=34778"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=34778"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=34778"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}\u00bfInteresado en leer m\u00e1s?<\/h2>\n
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