NHGRI<\/p>\n
El mercado cient\u00edfico actual, obsesionado con las \u00f3micas, est\u00e1 repleto de programas de bioinform\u00e1tica. Cualquiera que sea su problema de an\u00e1lisis de secuencias, probablemente haya un programa o aplicaci\u00f3n para resolverlo. Muchas de estas herramientas son de c\u00f3digo abierto, pero pueden ser dif\u00edciles de usar; algunos requieren un profundo conocimiento computacional. Sin embargo, existen varias alternativas comerciales que re\u00fanen m\u00faltiples programas bioinform\u00e1ticos en paquetes independientes y f\u00e1ciles de usar. Aunque bellamente dise\u00f1adas, estas suites de software pueden tener un precio elevado, lo que significa que la mayor\u00eda de los investigadores tienen suerte si pueden pagar solo una. Al igual que comprar un autom\u00f3vil, elegir entre las muchas suites de software puede ser un desaf\u00edo y, sorprendentemente, hay poca informaci\u00f3n disponible para evaluar los diferentes programas. Aqu\u00ed describo mi propia experiencia con la evaluaci\u00f3n y la compra de algunos paquetes comerciales de bioinform\u00e1tica.<\/p>\n
Al principio era reacio a comprar software de bioinform\u00e1tica. Sent\u00ed que pagar por este tipo de programas iba en contra del esp\u00edritu de la investigaci\u00f3n acad\u00e9mica y que usar el usuario gr\u00e1fico…<\/p>\n
Despu\u00e9s de probar una variedad de paquetes comerciales de bioinform\u00e1tica, me decid\u00ed por Biomatterss Geneious. Eleg\u00ed Geneious en gran parte porque la empresa ofrece descuentos para estudiantes. Hace siete a\u00f1os, pagu\u00e9 alrededor de $200 por una licencia de estudiante, lo que me permiti\u00f3 instalar el software en una sola computadora. A partir de mayo de 2014, una licencia de estudiante cuesta $395 (una licencia acad\u00e9mica est\u00e1ndar cuesta $795), lo que a\u00fan la coloca entre las suites comerciales todo en uno m\u00e1s econ\u00f3micas del mercado.<\/p>\n
Desde entonces he pasado a probar, y en algunos casos comprar, otras plataformas bioinform\u00e1ticas. La mayor\u00eda de las veces, para obtener detalles de precios, ten\u00eda que solicitar cotizaciones a los representantes de ventas, lo que dificultaba comparar r\u00e1pidamente los costos de diferentes paquetes de software. Despu\u00e9s de una prueba exitosa de CLC bios Genomics Workbench, por ejemplo, llen\u00e9 un formulario de solicitud de precios en l\u00ednea y dos d\u00edas despu\u00e9s me contact\u00f3 un agente de ventas que me proporcion\u00f3 una cotizaci\u00f3n formal (un estimado de $5500 por una licencia acad\u00e9mica est\u00e1ndar). Pas\u00e9 por procesos similares para obtener el precio de DNAStars Lasergene (aproximadamente $6000 por una licencia acad\u00e9mica) y Sequencher de Gene Code ($2500 por una licencia acad\u00e9mica). Cuando solicite cotizaciones de precios, espere recibir varios correos electr\u00f3nicos de seguimiento y llamadas telef\u00f3nicas de los representantes de ventas. Entonces, \u00bfqu\u00e9 obtienes?<\/strong><\/p>\n Comprar una suite comercial de an\u00e1lisis de secuencias no es tan simple como un pago \u00fanico seguido de toda una vida de felicidad bioinform\u00e1tica. Puede haber costos ocultos y cl\u00e1usulas asociadas con la ejecuci\u00f3n del software. La mayor\u00eda de los paquetes comerciales incluyen 12 meses de actualizaciones y soporte gratuitos. Poco despu\u00e9s de que compr\u00e9 una licencia de estudiante para Geneious, la empresa lanz\u00f3 una nueva versi\u00f3n del software. Debido a que esto ocurri\u00f3 dentro del a\u00f1o siguiente a la compra del programa, pude actualizar a la versi\u00f3n m\u00e1s reciente de forma gratuita. Geneious y la mayor\u00eda de los dem\u00e1s fabricantes de bioinform\u00e1tica han cambiado a licencias basadas en versiones, lo que significa que los usuarios reciben actualizaciones gratuitas de su versi\u00f3n del software sin importar cu\u00e1ndo se publiquen, pero el acceso a versiones m\u00e1s nuevas requiere una actualizaci\u00f3n, que generalmente cuesta entre 25 por ciento y 75 por ciento del precio de lista del software.<\/p>\n El a\u00f1o pasado, por aproximadamente $6,000, compr\u00e9 una licencia acad\u00e9mica \u00fanica de CLC Genomics Workbench y un complemento de finalizaci\u00f3n del genoma (m\u00e1s sobre complementos m\u00e1s adelante) como parte de un paquete. . La inscripci\u00f3n en el programa de actualizaci\u00f3n y soporte durante los primeros 12 meses, que era obligatorio, fue de $ 1,500 adicionales, lo que hace que el costo inicial del software sea de $ 7,500. La renovaci\u00f3n del programa de mantenimiento fue del 25 por ciento del precio de compra por a\u00f1o y autom\u00e1tica. En otras palabras, nueve meses despu\u00e9s de comprar el software, me enviaron una factura por $1500, con un inter\u00e9s del 2 por ciento mensual si no se pagaba. Aunque es costoso, suscribirse al contrato de mantenimiento puede ser una buena idea. Los programas comerciales de bioinform\u00e1tica suelen sufrir cambios importantes, que pueden mejorar significativamente el software. M\u00e1s de una vez he vuelto a comprar programas a precio completo porque dej\u00e9 expirar el periodo de mantenimiento de licencias anteriores.<\/p>\n Las cosas se complican a\u00fan m\u00e1s cuando se compran licencias de red (o flotantes) de programas de bioinform\u00e1tica. A diferencia de una licencia para una sola computadora, que solo funciona en una computadora, una licencia de red\/flotante permite que varias personas usen un paquete de bioinform\u00e1tica simult\u00e1neamente. Las licencias de red\/flotantes son m\u00e1s costosas que sus contrapartes para una sola computadora, pero pueden ser m\u00e1s econ\u00f3micas para grandes laboratorios o aulas, donde la compra de m\u00faltiples licencias para un solo usuario tiene menos sentido.<\/p>\n La computaci\u00f3n en la nube tambi\u00e9n se ha infiltrado bioinform\u00e1tica. Compa\u00f1\u00edas como DNAnexus est\u00e1n vendiendo acceso en l\u00ednea a computadoras poderosas y su software asociado, almacenamiento y capacidades para compartir. Illumina vende acceso en l\u00ednea a su infraestructura de computaci\u00f3n en la nube de gen\u00f3mica BaseSpace; 10 terabytes de almacenamiento le costar\u00e1n $ 12,000 por a\u00f1o. Alternativamente, la popular plataforma basada en la web Galaxy es una herramienta bioinform\u00e1tica gratuita basada en la nube. Es seguro asumir que las nubes bioinform\u00e1ticas solo crecer\u00e1n y se har\u00e1n m\u00e1s populares en los pr\u00f3ximos a\u00f1os y es donde se basar\u00e1 el nuevo software m\u00e1s innovador.<\/p>\n \u00bfQu\u00e9 hace?<\/strong> <\/p>\n Una vez considerados inferiores a sus contrapartes de c\u00f3digo abierto, los algoritmos de ensamblaje patentados han mejorado enormemente en los \u00faltimos a\u00f1os y ahora son utilizados por algunos de los mejores laboratorios de investigaci\u00f3n del mundo.<\/p>\n Bioinform\u00e1tica comercial Los paquetes re\u00fanen, en una \u00fanica plataforma basada en navegador, una diversidad de herramientas de an\u00e1lisis de nucle\u00f3tidos y prote\u00ednas. Dada la prevalencia de la secuenciaci\u00f3n de alto rendimiento en la investigaci\u00f3n de ciencias de la vida, muchas de las herramientas est\u00e1n dise\u00f1adas para analizar y visualizar datos de secuenciaci\u00f3n de pr\u00f3xima generaci\u00f3n (NGS), incluidos ensamblajes de genoma de novo r\u00e1pidos, eficientes y de alta calidad.<\/p>\n El mapeo de lectura es otra caracter\u00edstica central de los paquetes comerciales de bioinform\u00e1tica. Las empresas de bioinform\u00e1tica se jactan regularmente de sus algoritmos de mapeo ultrarr\u00e1pidos y altamente ajustados para alineaciones guiadas por referencia. La prueba definitiva para cualquier ensamblador o mapeador de lectura es si se cita en revistas revisadas por pares. No hay duda de que los programas de c\u00f3digo abierto se citan m\u00e1s que los propietarios. Pero las citas de paquetes de software comercial van en aumento.<\/p>\n Adem\u00e1s de ensamblar y mapear datos NGS, los paquetes bioinform\u00e1ticos comerciales son excelentes para organizar informaci\u00f3n de secuencias moleculares. Sus interfaces gr\u00e1ficas e intuitivas permiten a los usuarios crear f\u00e1cilmente jerarqu\u00edas de carpetas y listas desplegables de datos de secuencia, mover o exportar estos datos a diferentes carpetas y cambiar los formatos de archivo para usarlos en otras aplicaciones. En la mayor\u00eda de los casos, el software puede conectarse a recursos en l\u00ednea, como GenBank y UniProt, lo que brinda acceso r\u00e1pido y directo a grandes cantidades de informaci\u00f3n de secuencias de nucle\u00f3tidos y prote\u00ednas, que luego se pueden buscar, descargar, interpretar y analizar a trav\u00e9s de visores de secuencias interactivos. <\/p>\n La mayor\u00eda de los paquetes vienen con software para alinear secuencias de nucle\u00f3tidos y amino\u00e1cidos (y cromosomas completos), as\u00ed como herramientas para inferir relaciones evolutivas entre secuencias y construir \u00e1rboles filogen\u00e9ticos y matrices de distancia. Otras herramientas \u00fatiles incluyen la predicci\u00f3n de la estructura de prote\u00ednas, la repetici\u00f3n de nucle\u00f3tidos y los buscadores de motivos, y la predicci\u00f3n de cebadores. Una ventaja de realizar este tipo de an\u00e1lisis dentro del software comercial es que los resultados se representan en gr\u00e1ficos coloridos y editables, que se pueden exportar y usar para figuras en conferencias y publicaciones.<\/p>\n Opciones y acceso<\/strong><\/p>\n Si compra un programa de bioinform\u00e1tica y descubre que falta una funci\u00f3n en particular, no se asuste: probablemente haya un complemento que pueda hacer el trabajo. Los complementos son aplicaciones descargables que brindan funciones adicionales a los paquetes de software. Las empresas de bioinform\u00e1tica est\u00e1n constantemente dise\u00f1ando nuevos complementos, lo que significa que el repertorio de herramientas dentro de los paquetes se expande continuamente. Los complementos tambi\u00e9n traen algunos de los software de c\u00f3digo abierto m\u00e1s utilizados a los programas propietarios, brindando a los usuarios los beneficios de una GUI f\u00e1cil de usar y el poder de los algoritmos revisados por pares.<\/p>\n En el futuro, las innovaciones en la secuenciaci\u00f3n dan como resultado programas bioinform\u00e1ticos m\u00e1s sofisticados, y es crucial que estos programas sean accesibles para una amplia gama de usuarios. Pronto podr\u00edamos estar en un punto en el que las cl\u00ednicas m\u00e9dicas ambulatorias tengan escritorios de bioinform\u00e1tica y secuenciaci\u00f3n del genoma, donde los pacientes puedan desempe\u00f1ar un papel activo en la interpretaci\u00f3n de sus secuencias de genes y contribuir a los tratamientos gen\u00e9ticos, y donde los estudiantes de secundaria ensamblan genomas para la tarea. El papel cada vez m\u00e1s integral de la bioinform\u00e1tica en la sociedad tambi\u00e9n significa que se convertir\u00e1 en una industria m\u00e1s lucrativa, en la que los usuarios tendr\u00e1n que pagar por los mejores productos.<\/p>\n Mis propias experiencias con el software patentado de bioinform\u00e1tica han sido positivas. Las herramientas que he comprado me han hecho m\u00e1s productivo, pero a un costo aunque uso herramientas de an\u00e1lisis de secuencias casi todos los d\u00edas, mis habilidades bioinform\u00e1ticas, en ciertos aspectos, se han estancado. Adem\u00e1s, los costos de licencia y actualizaci\u00f3n del uso de software comercial representan una proporci\u00f3n significativa del presupuesto operativo de mi laboratorio.<\/p>\n Si est\u00e1 considerando programas comerciales, le recomiendo que aproveche las pruebas gratuitas que ofrece la mayor\u00eda de las empresas. Es posible que descubra que estos programas optimizan su investigaci\u00f3n y fortalecen su sal\u00f3n de clases, o que son una p\u00e9rdida de tiempo y es mejor que use alternativas de c\u00f3digo abierto. Independientemente de su posici\u00f3n sobre el tema, le insto a que comparta sus opiniones y experiencias con los dem\u00e1s.<\/p>\n Este art\u00edculo es una adaptaci\u00f3n de una revisi\u00f3n publicada hoy (2 de septiembre) en <\/em>Briefings in Bioinformatics .<\/em><\/p>\n David Roy Smith es profesor asistente de biolog\u00eda en la Universidad de Western Ontario. Se le puede encontrar en l\u00ednea en www.arrogantgenome.com y @arrogatgenome, y no tiene ning\u00fan conflicto de intereses que declarar con respecto a ninguno de los programas o empresas mencionados en este art\u00edculo.<\/em><\/strong><\/p>\n Reciba acceso completo a m\u00e1s de 35 a\u00f1os de archivos <\/strong>, as\u00ed como TS Digest<\/em><\/strong>, ediciones digitales de The Scientist<\/em><\/strong>, art\u00edculos destacados <\/strong>, \u00a1y mucho m\u00e1s!\u00danase gratis hoy \u00bfYa es miembro?Inicie sesi\u00f3n aqu\u00ed<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" NHGRI El mercado cient\u00edfico actual, obsesionado con las \u00f3micas, est\u00e1 repleto de programas de bioinform\u00e1tica. Cualquiera que sea su problema de an\u00e1lisis de secuencias, probablemente haya un programa o aplicaci\u00f3n para resolverlo. Muchas de estas herramientas son de c\u00f3digo abierto, pero pueden ser dif\u00edciles de usar; algunos requieren un profundo conocimiento computacional. Sin embargo, existen … Continuar leyendo \u00abOpini\u00f3n: Software de bioinform\u00e1tica: Gu\u00eda del comprador\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-34852","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/34852","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=34852"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/34852\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=34852"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=34852"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=34852"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}} \u00bfLe interesa leer m\u00e1s?<\/h2>\n
El cient\u00edfico <\/em>ARCHIVOS<\/h4>\n
Convi\u00e9rtase en miembro de<\/h2>\n