{"id":34871,"date":"2022-09-01T04:47:02","date_gmt":"2022-09-01T09:47:02","guid":{"rendered":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/kits-de-extraccion-de-adn-contaminados\/"},"modified":"2022-09-01T04:47:02","modified_gmt":"2022-09-01T09:47:02","slug":"kits-de-extraccion-de-adn-contaminados","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/kits-de-extraccion-de-adn-contaminados\/","title":{"rendered":"Kits de extracci\u00f3n de ADN contaminados"},"content":{"rendered":"

FLICKR, CIMMYTLos investigadores que estudian los microbiomas pueden hacer todo lo posible para prevenir la contaminaci\u00f3n, pero un nuevo estudio revela una contaminaci\u00f3n generalizada y de bajo nivel en los kits de extracci\u00f3n de ADN. En un informe de BMC Biology<\/em> de hoy (11 de noviembre), Alan Walker de la Universidad de Aberdeen en el Reino Unido y sus colegas enumeran docenas de taxones contaminantes que pueden inundar la verdadera se\u00f1al microbiana de una muestra, si las concentraciones iniciales son bajo.<\/p>\n

“Es realmente importante secuenciar un control de extracci\u00f3n negativo” dijo Patrick Schloss, investigador de microbiomas de la Universidad de Michigan que no particip\u00f3 en este estudio. \u00abEso es algo que la gente deber\u00eda estar haciendo y no est\u00e1 haciendo\u00bb.<\/p>\n

\u00bfContaminaci\u00f3n o se\u00f1al?<\/strong><\/p>\n

La presencia de ADN microbiano en reactivos de laboratorio no es nada nuevo Los estudios incluso han encontrado ADN bacteriano en agua ultrapura, y hace solo unas semanas los investigadores se\u00f1alaron una contaminaci\u00f3n ubicua en las secuencias de pr\u00f3xima generaci\u00f3n. En muchos casos, este ADN extra\u00f1o puede no ser un problema…<\/p>\n

El grupo de Walkers realiz\u00f3 diluciones en serie de Salmonella bongori<\/em>, comenzando con 100 millones de c\u00e9lulas y reduciendo la muestra a 1000. c\u00e9lulas. Cuando la muestra de S. bongori<\/em> ten\u00eda 10\u00a0000 c\u00e9lulas o menos, la abundancia de ADN de otros taxones microbianos exced\u00eda el 50 por ciento de las secuencias. Esto sucedi\u00f3 usando cuatro kits de extracci\u00f3n comerciales diferentes. Bradyrhizobiaceae, Burkholderiaceae, Pseudomonadaceae y docenas de otros grupos bacterianos estaban presentes, aunque cada kit ten\u00eda un perfil diferente.<\/p>\n

Se supon\u00eda que eran est\u00e9riles, dijo Walker, y agreg\u00f3 que, para ser justos, la extracci\u00f3n de ADN Los kits no se comercializan como tales. Lo que [los investigadores] deben hacer es regresar y hacer algunos controles negativos y, con un poco de confianza, decir que realmente est\u00e1n en las muestras, en los casos en que tal vez haya resultados potencialmente sospechosos, dijo. Schloss se\u00f1al\u00f3 que los investigadores no deben confiar en la lista que produjo el equipo de Walkers como un cat\u00e1logo completo de posibles contaminantes, sino asegurarse de hacer sus propios controles dado que la contaminaci\u00f3n puede variar de un lote a otro.<\/p>\n

Protecci\u00f3n de muestras<\/strong><\/p>\n

El art\u00edculo de Walkers se\u00f1al\u00f3 un par de estudios en los que las enfermedades humanas se han relacionado con microbios inesperados. En uno, por ejemplo, Delphine Lee del John Wayne Cancer Institute en Santa M\u00f3nica, California, y sus colegas encontraron diferentes perfiles microbianos en tejido mamario de pacientes con c\u00e1ncer y controles normales, a saber, diferentes cantidades de Methylobacterium radiotolerans<\/em>  y Sphingomonas yanoikuyae<\/em>. Aunque Metilobacteriaceae y Shingomonadaceae aparecieron en algunos de los kits de extracci\u00f3n de ADN que prob\u00f3 el grupo Walkers, Lee dijo que ella y su equipo son muy conscientes de los problemas de contaminaci\u00f3n, especialmente dado que su trabajo involucra muestras de baja biomasa y que realizaron los controles correctos.<\/p>\n

Con una biomasa baja se puede detectar el m\u00e1s m\u00ednimo cambio, dijo Lee a The Scientist<\/em>. Por el contrario, una muestra fecal tendr\u00eda muchas m\u00e1s c\u00e9lulas microbianas. Podr\u00eda estornudar encima, no afectar\u00e1 los hallazgos.<\/p>\n

Otro estudio, realizado por Matthew Meyerson de la Escuela de Medicina de Harvard y colegas, identific\u00f3 una nueva especie bacteriana, Bradyrhizobium enterica,<\/em> en pacientes con un s\u00edndrome de colitis. Bradyrhizobium<\/em> tambi\u00e9n se detectaron en el estudio de Walkers, aunque Meyerson dijo que su equipo no detect\u00f3 ning\u00fan ADN del organismo en los reactivos utilizados. Adem\u00e1s, su grupo realiz\u00f3 una hibridaci\u00f3n in situ en las muestras, a partir de la cual pudieron ver una se\u00f1al de B. enterica<\/em> en tejidos de pacientes con colitis pero no en controles. Meyerson dijo que la contaminaci\u00f3n siempre es una posibilidad, y la realizaci\u00f3n de ensayos celulares adicionales agrega una capa muy fuerte de confianza en los resultados de secuenciaci\u00f3n. <\/p>\n

Schloss ha experimentado sus propios problemas con la contaminaci\u00f3n de reactivos. En un estudio sobre fibrosis qu\u00edstica, su equipo encontr\u00f3 ADN de Pseudomonas<\/em> presente en un kit comercial. Tal contaminaci\u00f3n es particularmente problem\u00e1tica dado que estas bacterias son un pat\u00f3geno importante en el pulm\u00f3n, especialmente entre las personas con fibrosis qu\u00edstica. Necesitamos ser cuidadosos en la forma en que dise\u00f1amos nuestros experimentos [y determinamos] qu\u00e9 tipos de controles son cr\u00edticos.<\/p>\n

Kits limpios<\/strong><\/p>\n

Martin Laurence, el fundador de ShipShaw Labs, con sede en Montreal, que desarrolla herramientas bioinform\u00e1ticas, dijo que los estudios de secuenciaci\u00f3n se beneficiar\u00edan enormemente de los kits que no contienen ADN microbiano. Eso simplificar\u00eda mucho los estudios, dijo Laurence, quien inform\u00f3 con colegas a principios de este a\u00f1o sobre la presencia de ADN bacteriano en las lecturas de secuenciaci\u00f3n del genoma humano.<\/p>\n

En un correo electr\u00f3nico a The Scientist<\/em> , el portavoz de Qiagen, Przemek Jedrysik se\u00f1al\u00f3 que el QIAamp DNA Stool Mini Kit, uno de los cuatro probados por Walker, no fue dise\u00f1ado para estar libre de ADN o para usarse en aplicaciones de baja biomasa. Sin embargo, agreg\u00f3, Qiagen reconoce que ciertos an\u00e1lisis requieren reactivos m\u00e1s limpios y la compa\u00f1\u00eda ha estado desarrollando productos con columnas de centrifugado de productos ultra limpios (UCP). Los laboratorios independientes han confirmado que los nuevos kits UCP tienen un fondo significativamente m\u00e1s bajo y, por lo tanto, cumplen con los requisitos para los an\u00e1lisis de alta sensibilidad.<\/p>\n

No son solo los investigadores y los fabricantes de kits los que tienen la responsabilidad de gestionar los problemas de contaminaci\u00f3n, sino tambi\u00e9n los pares. revisores tambi\u00e9n, dijo Laurence. En el futuro, este art\u00edculo deber\u00eda hacer que el proceso de revisi\u00f3n por pares sea m\u00e1s estricto para los art\u00edculos que encuentran errores nuevos y los asocian con enfermedades humanas. En particular, eso significa garantizar que los estudios incluyan los controles apropiados. Muchos, muchos estudios han usado estos kits de extracci\u00f3n de ADN, dijo. Estoy muy sorprendido de que alguien haya tardado tanto en informar sobre la contaminaci\u00f3n.<\/p>\n

SJ Salter et al., La contaminaci\u00f3n de reactivos y laboratorios puede tener un impacto cr\u00edtico en los an\u00e1lisis de microbiomas basados en secuencias, BMC Biology ,<\/em> 12:87, 2014.<\/strong><\/p>\n

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