{"id":34893,"date":"2022-09-01T04:48:44","date_gmt":"2022-09-01T09:48:44","guid":{"rendered":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/identidades-erroneas\/"},"modified":"2022-09-01T04:48:44","modified_gmt":"2022-09-01T09:48:44","slug":"identidades-erroneas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/identidades-erroneas\/","title":{"rendered":"Identidades err\u00f3neas"},"content":{"rendered":"

FLICKR, KEVIN MACKENZIE, UNIVERSIDAD DE ABERDEENInvestigadores del King’s College de Londres estaban trabajando en algunos experimentos de expresi\u00f3n g\u00e9nica humana en 2008 cuando obtuvieron una fuerte coincidencia con una de las secuencias de la sonda en un microarreglo Affymetrix. La \u00fanica informaci\u00f3n disponible sobre el gen del chip era que se trataba de una secuencia humana, record\u00f3 William Langdon, quien ayud\u00f3 en el proyecto. As\u00ed que el equipo hizo una b\u00fasqueda BLAST para buscar m\u00e1s informaci\u00f3n. \u00abY lo primero que obtienes es, por supuesto, la secuencia humana en s\u00ed misma\u00bb. dijo Langdon, quien ahora est\u00e1 en el University College London. Pero cuando revis\u00f3 la lista de las otras secuencias relacionadas que aparecieron en la b\u00fasqueda, era evidente que algo andaba mal. \u00abTodas [eran] especies diferentes de Mycoplasma<\/em>\u00ab.<\/p>\n

Parec\u00eda un caso de identidad equivocada; el remitente original de la secuencia a GenBank debe haber tenido contaminaci\u00f3n por Mycoplasma<\/em> en…<\/p>\n

Hasta el d\u00eda de hoy, la secuencia todav\u00eda est\u00e1 etiquetada como Homo sapiens<\/em> desconocido en la base de datos Genbank del Centro Nacional de Informaci\u00f3n Biotecnol\u00f3gica (NCBI). Este nombre inapropiado representa uno de los cientos, quiz\u00e1s miles, de secuencias depositadas en GenBank y en otros lugares que han sido asignadas al tax\u00f3n equivocado.<\/p>\n

Que existan errores en GenBank y otras bases de datos es una perogrullada. Pero corregir secuencias mal etiquetadas es una tarea dif\u00edcil, que los administradores de bases de datos y los inform\u00e1ticos ahora est\u00e1n tratando de automatizar. Aqu\u00ed tengo una visi\u00f3n de que en los pr\u00f3ximos a\u00f1os tendremos una variedad de enfoques computacionales. . . para crear subconjuntos seleccionados en todo GenBank, dijo David Lipman, director del NCBI.<\/p>\n

Identificaci\u00f3n de problemas<\/strong><\/p>\n

Hay varias razones por las que un investigador podr\u00eda asignar una secuencia al organismo equivocado, incluida la contaminaci\u00f3n microbiana en las muestras, el quimerismo (cuando los genomas de dos organismos se combinan durante el proceso de amplificaci\u00f3n del ADN), una identificaci\u00f3n taxon\u00f3mica deficiente o incluso simples confusiones humanas durante la preparaci\u00f3n de la muestra.<\/p>\n

El alcance del problema de la secuencia mal etiquetada sigue siendo un tema de especulaci\u00f3n, pero algunos estudios han arrojado alguna luz. A principios de este a\u00f1o, por ejemplo, Langdon busc\u00f3 una posible contaminaci\u00f3n en un subconjunto de datos del Proyecto 1000 Genomas. Alrededor del 7 por ciento de las muestras tienen contaminaci\u00f3n por Mycoplasma<\/em>, dijo.<\/p>\n

Otro estudio de este a\u00f1o encontr\u00f3 Bradyrhizobium<\/em> como un contaminante de secuencia com\u00fan en secuencias eucariotas. Por ejemplo, las secuencias asignadas a taxones tan diversos como un ant\u00edlope tibetano, un hongo, un protozoo y Homo sapiens<\/em> son todos Bradyrhizobium. <\/em>El problema es mucho m\u00e1s extenso, le dijo a The Scientist<\/em> en un correo electr\u00f3nico Martin Laurence, el fundador de los laboratorios ShipShaw que dirigi\u00f3 el estudio. Tengo una lista larga e in\u00e9dita de secuencias contaminadas, ya que los kits de extracci\u00f3n de ADN que uso tambi\u00e9n est\u00e1n contaminados, as\u00ed que termino viendo un zool\u00f3gico de animales en mi especie cl\u00ednica humana (las secuencias de loros son particularmente populares), continu\u00f3. Obviamente, no hab\u00eda loros ni ant\u00edlopes tibetanos en ninguna parte cerca de mis muestras.<\/p>\n

El bi\u00f3logo evolutivo Stephen Smith de la Universidad de Michigan construye grandes \u00e1rboles filogen\u00e9ticos de plantas. En un proyecto, en un grupo de plantas que inclu\u00eda cactus y especies carn\u00edvoras, Smith analiz\u00f3 alrededor de 4000 organismos que ten\u00edan suficientes secuencias superpuestas en GenBank para hacer un \u00e1rbol. Algo del orden del 1 al 2 por ciento de lo que us\u00e9 para construir este \u00e1rbol est\u00e1 mal etiquetado, dijo. No es un gran n\u00famero, pero si le importa d\u00f3nde se ubican las especies dentro de la filogenia, lo convierte en un gran problema.<\/p>\n

Si bien puede parecer evidente que una secuencia est\u00e1 mal etiquetada en GenBank, solo la persona que envi\u00f3 la entrada errante puede corregirlo. Si bien existen procedimientos para alertar a los administradores de la base de datos sobre los problemas, es una tarea laboriosa para ellos contactar a los remitentes e investigar cada caso. Los env\u00edos mal etiquetados a veces se corrigen, pero a menudo permanecen en la base de datos.<\/p>\n

La limpieza<\/strong><\/p>\n

Alexis Stamatakis, bioinform\u00e1tico del Heidelberg Institute for Theoretical Estudios en Alemania, est\u00e1 acostumbrado a las quejas de sus colegas bi\u00f3logos sobre secuencias mal etiquetadas. Hace unos a\u00f1os, decidi\u00f3 hacer algo al respecto. \u00c9l y los miembros de su grupo han desarrollado un algoritmo para erradicar secuencias mal etiquetadas. En este momento, el m\u00e9todo no es completamente autom\u00e1tico, dijo. Tenemos un m\u00e9todo semiautom\u00e1tico para facilitar el proceso de curaci\u00f3n que luego proporcionar\u00e1 una lista de supuestas secuencias mal etiquetadas al curador. Es trabajo de los usuarios decidir si la secuencia pertenece de hecho a un organismo diferente.<\/p>\n

Los desarrolladores a\u00fan no han publicado su algoritmo, pero Pelin Yilmaz, un postdoctorado en el Instituto Max Planck de Microbiolog\u00eda Marina en Bremen, Alemania, lo ha tomado para una prueba de manejo. Es miembro de la base de datos SILVA, una colecci\u00f3n seleccionada de datos de secuencias de ARN ribosomal. Todos los meses recibe un pu\u00f1ado de preguntas de los usuarios sobre secuencias potencialmente mal etiquetadas. Aplic\u00f3 el software Stamatakiss a un grupo de organismos que constaba \u00fanicamente de cianobacterias. Usando la taxonom\u00eda de GenBank, de 1,000 [secuencias] encontr\u00e9 150 mal etiquetadas, lo cual no es tan malo, dijo. Otros dos conjuntos de datos, Greengenes y Ribosomal Database Project, mostraron cada uno 90 secuencias potencialmente mal etiquetadas, mientras que la taxonom\u00eda SILVA ten\u00eda 30.<\/p>\n

Habr\u00eda sido muy dif\u00edcil encontrar etiquetas err\u00f3neas como esta, dijo Yilmaz. Si tuviera que hacerlo manualmente, supongo que tendr\u00eda que construir \u00e1rboles filogen\u00e9ticos una y otra vez. Esto es mucho mejor.<\/p>\n

El \u00e9xito del algoritmo comienza a desmoronarse a nivel de especie, pero a nivel de g\u00e9nero es bastante preciso, identificando secuencias mal etiquetadas con hasta un 98 por ciento de precisi\u00f3n, dijo Alexey Kozlov, estudiante de posgrado. en el laboratorio de Stamatakiss. En la actualidad, el programa puede manejar unas 10.000 secuencias, por lo que es mejor aplicarlo a conjuntos de datos m\u00e1s peque\u00f1os. Kozlov dijo que aumentar la cantidad de secuencias es un objetivo futuro.<\/p>\n

Mientras tanto, NCBI est\u00e1 haciendo algunos esfuerzos para limpiar las secuencias mal identificadas en GenBank. La agencia ha estado trabajando internamente y con grupos externos para desarrollar un conjunto seleccionado de secuencias 16S vinculadas a cepas tipo y de secuencias espaciadoras transcritas internas (ITS), otro marcador ampliamente utilizado en hongos. Esas son secuencias particularmente importantes para curar y limpiar conjuntos porque muchos los usan para clasificar sus organismos, dijo Lipman.<\/p>\n

Lipman dijo que le complace saber de desarrolladores como Stamatakis que est\u00e1n trabajando para automatizar el proceso de depuraci\u00f3n de bases de datos gen\u00e9ticas. Le gustar\u00eda ver estas herramientas aplicadas en GenBank, particularmente en el punto de env\u00edo. En gran medida, significa que, en lugar de que la base de datos observe cada registro a medida que ingresa en el back-end, luego tenga que volver al remitente, si obtenemos estos modelos de consenso con anticipaci\u00f3n. . . en \u00faltima instancia, puede ver c\u00f3mo esto nos ahorrar\u00eda mucho tiempo.<\/p>\n

Es especialmente importante que GenBank priorice tales esfuerzos dada la forma en que los investigadores ahora usan la base de datos, agreg\u00f3. Tiene que ver con esta transici\u00f3n que la secuenciaci\u00f3n ahora se realiza con fines comparativos, por lo tanto, deber\u00edamos estar haciendo un buen trabajo para limpiarlo y as\u00ed poder dar r\u00e1pidamente una respuesta mucho m\u00e1s informativa a un usuario.<\/p>\n

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FLICKR, KEVIN MACKENZIE, UNIVERSIDAD DE ABERDEENInvestigadores del King’s College de Londres estaban trabajando en algunos experimentos de expresi\u00f3n g\u00e9nica humana en 2008 cuando obtuvieron una fuerte coincidencia con una de las secuencias de la sonda en un microarreglo Affymetrix. La \u00fanica informaci\u00f3n disponible sobre el gen del chip era que se trataba de una secuencia … Continuar leyendo \u00abIdentidades err\u00f3neas\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-34893","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/34893","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=34893"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/34893\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=34893"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=34893"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=34893"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}