Kryptonita ©DC ComicsFLICKR, MARK ANDERSONLos estudios sobre secuencias de ARN ribosomal (ARNr) 16s han abierto a los cient\u00edficos’ ojos a la complejidad de las comunidades microbianas, pero algunas bacterias evaden la detecci\u00f3n. En la reuni\u00f3n de usuarios del Instituto Conjunto del Genoma del Departamento de Energ\u00eda de EE. UU. (DOE) celebrada en Walnut Creek, California, la semana pasada, los investigadores anunciaron la identificaci\u00f3n gen\u00f3mica de un posible nuevo filo bacteriano, Candidatus Kryptonia, en base a su estudio de muestras aisladas de cuatro aguas termales. ubicadas en Am\u00e9rica del Norte y Asia. En total, el equipo del DOE secuenci\u00f3 22 genomas de Kryptonia.<\/p>\n
\u00abSiempre es dif\u00edcil reclamar un linaje absolutamente nuevo hasta que no se han realizado algunas pruebas bioqu\u00edmicas\u00bb. dijo el ecologista microbiano Jack Gilbert del Laboratorio Nacional Argonne y la Universidad de Chicago, que no particip\u00f3 en el estudio, \u00abpero, en cuanto a la gen\u00f3mica, esto parece encajar fuera de nuestra comprensi\u00f3n actual\u00bb.<\/p>\n
Los an\u00e1lisis gen\u00f3micos sit\u00faan a Kryptonia en el superfilo Bacteroidetes, cuyos miembros prosperan en el intestino y en el medio marino…<\/p>\n
Este trabajo es muy interesante porque parece contribuir a varias poblaciones presentes en sistemas t\u00e9rmicos de pH neutro elevado eso a\u00fan no se ha tenido en cuenta, dijo a The Scientist<\/em> el geomicrobi\u00f3logo Bill Inskeep del Instituto de Biolog\u00eda T\u00e9rmica de la Universidad Estatal de Montana. Inskeep no particip\u00f3 en el trabajo.<\/p>\n Kryptonia probablemente eludi\u00f3 la detecci\u00f3n del ARNr 16s debido a una eliminaci\u00f3n en el gen donde se unir\u00edan los cebadores universales. Los cient\u00edficos del DOE finalmente identificaron y confirmaron Kryptonia utilizando dos poderosas t\u00e9cnicas, la secuenciaci\u00f3n metagen\u00f3mica y la secuenciaci\u00f3n unicelular. Nikos Kyrpides, que dirigi\u00f3 el trabajo, eligi\u00f3 el nombre griego Kryptonia porque significa oculto o secreto, y porque evoca a Superman y la kryptonita.<\/p>\n El equipo primero utiliz\u00f3 datos de secuenciaci\u00f3n metagen\u00f3mica recopilados para estudios anteriores para volver a analizar las muestras tomadas. de m\u00e1s de 4.000 entornos en todo el mundo. Al observar una cantidad tan grande de metagenomas (m\u00e1s de cinco terabytes de datos), los investigadores descubrieron secuencias bacterianas de cuatro muestras que conten\u00edan un nuevo gen 16s rRNA.<\/p>\n Luego, los investigadores calcularon las secuencias de frecuencias de tetranucle\u00f3tidos para confirmar que los aislamientos ten\u00edan perfiles de ADN similares. En este punto, hab\u00edan reconstruido el 95 por ciento de tres genomas de Kryptonia y el 68 por ciento de un cuarto. Pero a\u00fan era posible que la secuencia pudiera haber sido una quimera de dos o m\u00e1s organismos.<\/p>\n Dada la abundancia de la secuencia dentro de los datos metagen\u00f3micos, los investigadores razonaron que pod\u00edan aislar c\u00e9lulas individuales de Kryptonia. Al realizar una clasificaci\u00f3n de flujo de celda \u00fanica de alto rendimiento en muestras congeladas, encontraron m\u00e1s de una docena. Dado esto, dijo Gilbert, tienen genomas asociados con el ensamblaje metagen\u00f3mico y c\u00e9lulas individuales de estos organismos que prueban que existen como un organismo.<\/p>\n Al escanear los genomas de Kryptonia, el equipo del DOE encontr\u00f3 genes para un flagelo y prote\u00ednas de quimiotaxis. indicando movilidad. Los investigadores tambi\u00e9n encontraron que Kryptonia carece de los genes para sintetizar la mayor\u00eda de los amino\u00e1cidos. Particularmente interesante es la ausencia de genes cr\u00edticos para la bios\u00edntesis de histidina, una v\u00eda bacteriana antigua. Esto ha llevado a la postdoctoral del DOE, Emiley Eloe-Fadrosh, quien present\u00f3 los hallazgos in\u00e9ditos de los equipos en la Reuni\u00f3n de Usuarios del Instituto Conjunto del Genoma, y a sus colegas a especular que Kryptonia podr\u00eda depender de un microbio asociado para producir estos amino\u00e1cidos. Otra variaci\u00f3n novedosa fue el casete CRISPR\/Cas de Kryptonias, que parece ser una fusi\u00f3n de otros dos tipos bacterianos CRISPR\/Cas descritos.<\/p>\n Alrededor del 5 por ciento del genoma no coincide con ninguna secuencia conocida. Eloe-Fadrosh se\u00f1al\u00f3 el potencial para encontrar genes \u00fatiles para la biotecnolog\u00eda. La polimerasa Taq se aisl\u00f3 de aguas termales y sent\u00f3 las bases para la PCR y todo lo que sigui\u00f3, dijo.<\/p>\n El equipo ahora est\u00e1 enviando sus hallazgos para su publicaci\u00f3n y espera comprender mejor a Kryptonia. S\u00e9 que a muchos de mis colegas les encantar\u00eda tener en sus manos [estos], dijo Gilbert.<\/p>\n Reciba acceso completo a m\u00e1s de 35 a\u00f1os de archivos<\/strong>, as\u00ed como a TS Digest<\/em><\/strong>, ediciones digitales de The Scientist<\/em><\/strong>, art\u00edculos destacados<\/strong>, \u00a1y mucho m\u00e1s!\u00danase gratis hoy \u00bfYa es miembro?Inicie sesi\u00f3n aqu\u00ed<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Kryptonita ©DC ComicsFLICKR, MARK ANDERSONLos estudios sobre secuencias de ARN ribosomal (ARNr) 16s han abierto a los cient\u00edficos’ ojos a la complejidad de las comunidades microbianas, pero algunas bacterias evaden la detecci\u00f3n. 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