{"id":34938,"date":"2022-09-01T04:52:21","date_gmt":"2022-09-01T09:52:21","guid":{"rendered":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/efecto-por-lotes-detras-de-los-resultados-especificos-de-especies\/"},"modified":"2022-09-01T04:52:21","modified_gmt":"2022-09-01T09:52:21","slug":"efecto-por-lotes-detras-de-los-resultados-especificos-de-especies","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/efecto-por-lotes-detras-de-los-resultados-especificos-de-especies\/","title":{"rendered":"\u00bfEfecto por lotes detr\u00e1s de los resultados espec\u00edficos de especies?"},"content":{"rendered":"

WIKIMEDIA, RAMAL A finales del a\u00f1o pasado, los miembros del consorcio Mouse ENCODE informaron en PNAS<\/em> que, en una amplia gama de tejidos, la expresi\u00f3n g\u00e9nica era m\u00e1s probable seguir un patr\u00f3n espec\u00edfico de especie en lugar de espec\u00edfico de tejido. Por ejemplo, los genes en el coraz\u00f3n del rat\u00f3n se expresaron en un patr\u00f3n m\u00e1s similar al de otros tejidos del rat\u00f3n, como el cerebro o el h\u00edgado, que el coraz\u00f3n humano.<\/p>\n

Pero a principios de este mes, Yoav Gilad de la La Universidad de Chicago cuestion\u00f3 estos resultados en Twitter. Con una docena de despachos de 140 caracteres (incluidos tres mapas de calor), Gilad sugiri\u00f3 que los resultados publicados en PNAS<\/em> eran una anomal\u00eda, como resultado de c\u00f3mo se secuenciaron las muestras de tejido en diferentes lotes. Si este “efecto por lotes” fue eliminado, propuso, los tejidos humanos y de rat\u00f3n se agruparon de una manera espec\u00edfica de tejido, lo que confirma los resultados anteriores en lugar de respaldar las conclusiones reportadas por el equipo de Mouse ENCODE.<\/p>\n

“Si puede contestar…<\/p>\n

Ahora, en una preimpresi\u00f3n publicada hoy (19 de mayo) por F1000 Research<\/em>, Gilad y su coautora Orna Mizrahi-Man detallaron c\u00f3mo volvieron a analizar los datos de Mouse ENCODE para llegar a esta conclusi\u00f3n alternativa. Los investigadores obtuvieron datos sin procesar, c\u00f3digo de an\u00e1lisis y otros detalles del equipo Mouse ENCODE. Luego extrajeron informaci\u00f3n sobre cu\u00e1ndo y c\u00f3mo se secuenci\u00f3 cada muestra, y compararon los tejidos humanos y de rat\u00f3n con los carriles en las ejecuciones de secuenciaci\u00f3n. La mayor\u00eda de las muestras, descubrieron Gilad y Mizrahi-Man, hab\u00edan sido secuenciadas en lotes agrupados por especie; tejidos de rat\u00f3n se procesaron en un lote, tejidos humanos en otro. Los investigadores encontraron que solo uno de los cinco lotes secuenciados inclu\u00eda tejidos de ambas especies.<\/p>\n

Cuando Gilad y Mizrahi-Man aplicaron m\u00e9todos estad\u00edsticos para eliminar este aparente efecto de lote, los grupos de expresi\u00f3n g\u00e9nica espec\u00edficos de la especie desaparecieron. Cuando se corrige por el efecto de lote, por las propiedades de c\u00f3mo se dise\u00f1\u00f3 el estudio, no se ven agrupamientos por especie, dijo Gilad. Ver\u00e1 agrupamiento por tejido.<\/p>\n

Efectos por lotes: los resultados potenciales de peque\u00f1as diferencias entre m\u00e9todos, m\u00e1quinas o experimentadores individuales que pueden influir en el resultado experimental se han informado en varios otros estudios. Para evitar el problema, los experimentos generalmente se configuran de modo que los efectos de los lotes no se superpongan con las variables biol\u00f3gicas. En este caso, dijo Gilad, incluir m\u00e1s an\u00e1lisis con muestras de ambas especies podr\u00eda haber resultado \u00fatil. Con solo cuatro muestras de este tipo, no est\u00e1 claro con qu\u00e9 eficacia se pueden controlar los efectos por lotes.<\/p>\n

Sin m\u00e1s datos, las conclusiones de los estudios Mouse ENCODE sobre la expresi\u00f3n g\u00e9nica espec\u00edfica de especies son, en opini\u00f3n de Gilads, inciertas en el mejor de los casos. . Cambia toda la conclusi\u00f3n y argumenta que las conclusiones del art\u00edculo de Nature<\/em> y del art\u00edculo de PNAS<\/em> no est\u00e1n justificadas, le dijo a The Scientist<\/em>. Como m\u00ednimo, existe la duda de si un efecto de lote fue el responsable.<\/p>\n

Steven Salzberg, bi\u00f3logo computacional de la Universidad Johns Hopkins en Baltimore que no particip\u00f3 en el trabajo, calific\u00f3 el rean\u00e1lisis como minucioso y cuidadoso. . . . y realmente bastante convincente.<\/p>\n

El efecto de lote que descubrieron socava los resultados de una manera muy seria, dijo Salzberg a The Scientist<\/em>. No creo que haya forma de escapar al hecho de que la conclusi\u00f3n principal del art\u00edculo de PNAS<\/em> no es cierta.<\/p>\n

Junto con Salzberg y Robine, varios otros investigadores expresaron poca sorpresa por la resultados del rean\u00e1lisis de Gilad y Mizrahi-Mans en Twitter. Para muchos, estos \u00faltimos resultados se hicieron eco de su propia incredulidad de los publicados el a\u00f1o pasado. Por ejemplo, Benoit Bruneau, investigador cardiovascular de los Institutos Gladstone en San Francisco, escribi\u00f3: Eso es un alivio. Esos papeles me desconcertaron. Ahora s\u00e9 por qu\u00e9.<\/p>\n

Para Robine, el problema en cuesti\u00f3n es simple. Si tiene afirmaciones excepcionales, necesita datos excepcionales, le dijo a The Scientist<\/em>. Las conclusiones principales [del art\u00edculo de PNAS<\/em>] probablemente sean incorrectas, pero el dise\u00f1o experimental tampoco pudo responder la pregunta.<\/p>\n

Los datos se recopilaron para una pregunta o proyecto en particular. , \u00e9l continu\u00f3. Si va a volver a analizar los datos para una pregunta diferente, debe ver si su pregunta es compatible con la forma en que se recopilaron los datos.<\/p>\n

Michael Snyder de la Universidad de Stanford, coautor del estudio Mouse ENCODE publicado en PNAS<\/em>, no est\u00e1 convencido de estos \u00faltimos resultados. El nuevo an\u00e1lisis realmente est\u00e1 haciendo algo que ya sab\u00edamos, le dijo a The Scientist<\/em>. Terminaron restando el efecto de especie en el nuevo an\u00e1lisis y, por lo tanto, vieron los efectos espec\u00edficos de tejido, y eso es lo que tambi\u00e9n publicamos.<\/p>\n

Snyder agreg\u00f3 que aunque las muestras se analizaron en carriles separados, los experimentos fueron todo hecho al mismo tiempo por la misma persona. B\u00e1sicamente eso elimina el efecto laboratorio y los efectos persona. Nunca hemos visto efectos de carril, pero ahora lo documentaremos, le dijo a The Scientist<\/em>. La conclusi\u00f3n es que tenemos bastante confianza en nuestros resultados y en el hecho de que se estudi\u00f3 en muchos laboratorios diferentes. De hecho, pasamos dos a\u00f1os en esto, no fue algo superficial.<\/p>\n

Seg\u00fan recuerda Snyders, no surgieron preguntas sobre los posibles efectos de los lotes durante la revisi\u00f3n por pares de ninguno de los art\u00edculos de Mouse ENCODE. Los investigadores no participaron en la discusi\u00f3n de Twitter que, como dijo Snyder, puede hacer que las personas personales comiencen a hacer comentarios negativos sobre los autores muy r\u00e1pidamente.<\/p>\n

Las redes sociales son un gran foro para otras discusiones, pero no cuando est\u00e1s criticando el trabajo de alguien en este formato, dijo Snyder, y agreg\u00f3 que \u00e9l y sus colegas est\u00e1n planeando una respuesta en l\u00ednea a la versi\u00f3n preliminar, que a\u00fan no ha sido revisada por pares.<\/p>\n

Se le pidi\u00f3 a Gilad que hiciera el nuevo an\u00e1lisis porque se public\u00f3 los resultados no me sentaron bien, dijo. Debido a que los resultados fueron informados por un consorcio en lugar de un solo laboratorio de investigadores, opt\u00f3 por compartir sus hallazgos a trav\u00e9s de Twitter en lugar de medios m\u00e1s convencionales, como contactar a los autores del estudio o la revista. Compartimos nuestro an\u00e1lisis de la misma manera que los datos originales [fueron] compartidos para que toda la comunidad lo averig\u00fce, explic\u00f3.<\/p>\n

Al igual que Snyder, Gilad se sorprendi\u00f3 por la falta de preguntas que recibi\u00f3 sobre su propia cuenta. trabajar en Twitter. No me sorprendi\u00f3 la cantidad de personas que se unieron a la discusi\u00f3n, retuitearon y todo eso, dijo. Pero me sorprendi\u00f3 que nadie dijera: No puedes simplemente compartir los titulares; esto es ciencia, necesitas compartir los detalles.<\/p>\n

Para el bi\u00f3logo integrador Steve Phelps de la Universidad de Texas en Austin, discutir resultados experimentales en tiempo real en Twitter es un poco inusual, pero un reflejo de c\u00f3mo la ciencia est\u00e1 cambiando.<\/p>\n

En general, el rean\u00e1lisis y la participaci\u00f3n [de los investigadores de ENCODE] es algo bastante positivo para la ciencia, dijo Phelps. Los autores originales pusieron sus datos y fuentes a disposici\u00f3n del p\u00fablico y los compartieron f\u00e1cilmente. [Gilad y Mizrahi-Man] ten\u00edan preocupaciones, y pudieron analizar los datos y crear una versi\u00f3n alternativa.<\/p>\n

Creo que [la discusi\u00f3n] es realmente bastante saludable y se refleja bien en ambos grupos, a\u00f1adi\u00f3.<\/p>\n

O. Mizrahi-Man y Y. Gilad, Un nuevo an\u00e1lisis de datos de expresi\u00f3n g\u00e9nica comparativa ENCODE de rat\u00f3n, F1000 Research<\/em>, doi:10.12688\/f1000research.6536.1, 2015.<\/strong><\/p>\n

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WIKIMEDIA, RAMAL A finales del a\u00f1o pasado, los miembros del consorcio Mouse ENCODE informaron en PNAS que, en una amplia gama de tejidos, la expresi\u00f3n g\u00e9nica era m\u00e1s probable seguir un patr\u00f3n espec\u00edfico de especie en lugar de espec\u00edfico de tejido. Por ejemplo, los genes en el coraz\u00f3n del rat\u00f3n se expresaron en un patr\u00f3n … Continuar leyendo \u00ab\u00bfEfecto por lotes detr\u00e1s de los resultados espec\u00edficos de especies?\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-34938","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/34938","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=34938"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/34938\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=34938"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=34938"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=34938"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}