{"id":35027,"date":"2022-09-01T04:59:20","date_gmt":"2022-09-01T09:59:20","guid":{"rendered":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/encontrar-potenciadores-con-crispr\/"},"modified":"2022-09-01T04:59:20","modified_gmt":"2022-09-01T09:59:20","slug":"encontrar-potenciadores-con-crispr","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/encontrar-potenciadores-con-crispr\/","title":{"rendered":"Encontrar potenciadores con CRISPR"},"content":{"rendered":"

Estructura cristalina de Cas9 unida a DNAWIKIMEDIA, CAS9 WIKI PROJECTMientras varios grupos est\u00e1n trabajando para aplicar el sistema CRISPR\/Cas9 con fines cl\u00ednicos, algunos est\u00e1n utilizando la herramienta para abordar cuestiones fundamentales sobre biolog\u00eda. Reuven Agami, profesor de gen\u00e9tica en el Instituto del C\u00e1ncer de los Pa\u00edses Bajos en \u00c1msterdam, y sus colegas aplicaron recientemente CRISPR para buscar elementos potenciadores de la regulaci\u00f3n en todo el genoma. Dirigieron la nucleasa Cas9 a elementos potenciadores previamente identificados, secuencias de ADN de uni\u00f3n al factor de transcripci\u00f3n que regulan distalmente la expresi\u00f3n g\u00e9nica, de dos factores de transcripci\u00f3n: p53 y el receptor de estr\u00f3geno alfa (ER\u03b1), que con frecuencia est\u00e1n mutados y desregulados en el c\u00e1ncer. Los hallazgos del equipo, publicados hoy (11 de enero) en Nature Biotechnology, <\/em>destacan secuencias potenciadoras clave de estas dos prote\u00ednas y demuestran la utilidad de CRISPR para el estudio sistem\u00e1tico de secuencias de ADN no codificantes.<\/p>\n

Otros dos grupos hab\u00edan utilizado previamente CRISPR para crear bibliotecas knockout de genes codificadores de prote\u00ednas en c\u00e9lulas humanas…<\/p>\n

Este [enfoque basado en CRISPR] es realmente necesario porque es bastante dif\u00edcil de evaluar la funci\u00f3n de los elementos reguladores en situaciones end\u00f3genas, sin usar ensayos de indicadores, dijo Ramin Shiekhattar, quien estudia el epigenoma humano y las bases moleculares del c\u00e1ncer en la Facultad de Medicina Miller de la Universidad de Miami, pero no form\u00f3 parte del trabajo actual.<\/p>\n

Se sabe que muchas mutaciones en los genes que codifican prote\u00ednas contribuyen al crecimiento del c\u00e1ncer. Encontrar mutaciones en regiones no codificantes que afecten el crecimiento del c\u00e1ncer ha sido un reto.<\/p>\n

El correcto funcionamiento de los potenciadores es esencial para mantener un tejido sano y hay muchos indicios de que su mal funcionamiento en el c\u00e1ncer puede provocar cambios en la expresi\u00f3n g\u00e9nica que favorecen desarrollo tumoral, dijo Agami. Lo que necesit\u00e1bamos era una herramienta para identificar qu\u00e9 potenciadores son potencialmente importantes en el c\u00e1ncer porque es dif\u00edcil saber si una mutaci\u00f3n no codificante en un tumor es la causa del crecimiento del tumor o una consecuencia del mismo.<\/p>\n

El equipo de Agamis construy\u00f3 una biblioteca de ARN de gu\u00eda \u00fanica CRISPR dirigida a 685 sitios gen\u00f3micos, lo que representa alrededor del 90 por ciento de los elementos potenciadores conocidos de p53. M\u00e1s all\u00e1 del ARN de gu\u00eda \u00fanica, las c\u00e9lulas humanas utilizadas para la detecci\u00f3n tambi\u00e9n expresaron p53 y un oncog\u00e9n inducible, Hras<\/em>. La inducci\u00f3n de la expresi\u00f3n aberrante de Hras<\/em> provoca senescencia celular mediada por p53. Pero si el equipo us\u00f3 CRISPR para eliminar un potenciador esencial para la funci\u00f3n p53, la expresi\u00f3n de Hras<\/em> permiti\u00f3 que las c\u00e9lulas siguieran creciendo sin inhibiciones. De esta manera, el equipo identific\u00f3 tres elementos potenciadores importantes para la funci\u00f3n de p53, incluidos dos justo antes de p21, tambi\u00e9n conocido como inhibidor 1A de la cinasa dependiente de ciclina. Aparentemente, p53 necesita unirse a estos dos sitios aguas arriba del gen p21 para activar completamente la senescencia celular.<\/p>\n

En una segunda pantalla, los investigadores construyeron una biblioteca de ARN de gu\u00eda \u00fanica diferente dirigida a 73 sitios de uni\u00f3n potenciadores de ER. Identificaron tres secuencias potenciadoras que, cuando se anulan en las l\u00edneas celulares de c\u00e1ncer de mama humano, dependen de la expresi\u00f3n de ER para el crecimiento.<\/p>\n

Es emocionante ver que esta estrategia funcione, David Root, director de Broad Institutes Genetic Perturbation Plataforma que no particip\u00f3 en el trabajo, escribi\u00f3 en un correo electr\u00f3nico a The Scientist<\/em>. A continuaci\u00f3n, ser\u00e1 \u00fatil aprender qu\u00e9 tan completo es este enfoque. \u00bfQu\u00e9 fracci\u00f3n de todos los sitios candidatos se analiz\u00f3 con precisi\u00f3n con un par de sgRNA [ARN de gu\u00eda \u00fanica] cada uno?<\/p>\n

Habiendo clasificado los elementos de ADN necesarios para la actividad del RE, el equipo de Agamis planea secuenciar estos loci en muestras de tumores de mama de pacientes que desarrollaron resistencia a la terapia con antiestr\u00f3genos. Nos gustar\u00eda saber si estas muestras de tumores han acumulado mutaciones en estos elementos potenciadores que pueden explicar por qu\u00e9 los tumores se volvieron resistentes a la terapia, dijo.<\/p>\n

Una extensi\u00f3n \u00fatil del estudio actual, dijo Shiekhattar, ser\u00eda para observar los potenciadores activos en contextos espec\u00edficos, como momentos precisos durante el desarrollo y en tipos de tumores espec\u00edficos. No podemos recapitular del todo lo que sucede in vivo con el cultivo de tejidos, dijo. Ahora, podr\u00edamos estar usando CRISPR en modelos de ratones.<\/p>\n

Lo que CRISPR\/Cas9 ha hecho por nosotros es hacer que las mutaciones espec\u00edficas sean realmente triviales, dijo Moens. Aplicar esto a [secuencias no codificadas] es inteligente, y me sorprende que haya funcionado. Pero, en principio, la idea es la misma, interrumpir un elemento regulador en lugar del propio gen utilizando un enfoque de p\u00e9rdida de funci\u00f3n.<\/p>\n

G. Korkmaz et al., Pantallas gen\u00e9ticas funcionales para elementos potenciadores en el genoma humano mediante CRISPR-Cas9, Nature Biotechnology, <\/em><\/strong>doi:10.1038\/nbt .3450, 2016.<\/strong><\/p>\n

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