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FLICKR, SAURI NASHAlgunas variantes de secuencia encontradas en muestras de ADN en realidad pueden ser causadas por da\u00f1os durante el procesamiento de la muestra, seg\u00fan un art\u00edculo en Science <\/em> hoy (16 de febrero). Un equipo de investigadores de New England Biolabs (NEB) ha ideado un algoritmo para evaluar el grado de dicho da\u00f1o y sugiere que el uso de enzimas reparadoras de ADN durante la preparaci\u00f3n de muestras podr\u00eda corregir el problema.<\/p>\n “El trabajo demuestra c\u00f3mo distinguir las variantes som\u00e1ticas de aquellas debidas a preparaci\u00f3n del ADN da\u00f1o” Stephen Montgomery de la Universidad de Stanford, que no particip\u00f3 en el trabajo, escribi\u00f3 en un correo electr\u00f3nico a The Scientist<\/em>. “Los beneficios de esto [incluyen] la reducci\u00f3n de falsos positivos. . . en proyectos del genoma del c\u00e1ncer basados en descubrimientos” agreg\u00f3.<\/p>\n Es bien sabido que las muestras de ADN extra\u00eddas de espec\u00edmenes antiguos o de tejidos fijados en formalina e incluidos en parafina son propensas a la fragmentaci\u00f3n y modificaci\u00f3n qu\u00edmica, lo que puede producir mutaciones que no exist\u00edan en los seres vivos. organismo. Pero la evidencia reciente…<\/p>\n Tales mutaciones ocurren rara vez dentro de una muestra y, por lo tanto, en muchos casos, no son problem\u00e1ticas. Pero en la biolog\u00eda del c\u00e1ncer, explic\u00f3 el onc\u00f3logo molecular Marc Ladanyi del Centro de C\u00e1ncer Memorial Sloan Kettering en Nueva York que no particip\u00f3 en el trabajo, hay un \u00e9nfasis creciente en [identificar] mutaciones subclonales [as\u00ed como] detectar mutaciones en tumores libres ADN en el plasma, los cuales pueden estar presentes solo en una proporci\u00f3n muy peque\u00f1a de c\u00e9lulas en la muestra.<\/p>\n [Cuando se trata de variantes en] frecuencias al\u00e9licas tan bajas, este artefacto es una preocupaci\u00f3n genuina, Ladanyi dijo, y el art\u00edculo es un buen recordatorio de que es necesario protegerse contra el artefacto.<\/p>\n Laurence Ettwiller y sus compa\u00f1eros investigadores en NEB en Ipswich, Massachusetts, ahora han ideado un algoritmo que calcula la extensi\u00f3n de dicho da\u00f1o en una muestra de ADN secuenciada. El algoritmo aprovecha el hecho de que el da\u00f1o oxidativo del ADN durante la sonicaci\u00f3n convierte la guanina en 8-oxoguanina, que aparece y act\u00faa como una timina durante las lecturas de secuenciaci\u00f3n. Al comparar las lecturas de secuenciaci\u00f3n de las dos hebras complementarias, estas guaninas convertidas pueden detectarse como desajustes: una hebra lee timina, pero la hebra complementaria revela una citosina asociada (que se empareja con guanina). Las variantes naturales de guanina a timina, por otro lado, tendr\u00edan adenina como pareja natural de las timinas. Por lo tanto, el algoritmo compara la primera y la segunda lectura de secuenciaci\u00f3n para revelar el grado de timinas que no coinciden (o est\u00e1n desequilibradas) para determinar la cantidad de da\u00f1o.<\/p>\n Cuando se aplica a secuencias en las bases de datos 1000 Genomes y The Cancer Genome Atlas, el algoritmo llamado Valor de Desequilibrio Global (GIV) determin\u00f3 que el 41 por ciento de los conjuntos de datos de 1000 Genomas ten\u00edan un puntaje de desequilibrio indicativo de da\u00f1o, mientras que el 73 por ciento de los del Atlas del Genoma del C\u00e1ncer mostraron un da\u00f1o extenso.<\/p>\n El da\u00f1o es m\u00e1s frecuente de lo que hubi\u00e9ramos esperado, dijo el NEB Thomas Evans, coautor del estudio. Es probable que tales errores confundan la identificaci\u00f3n de variantes som\u00e1ticas verdaderas de baja frecuencia, dijo.<\/p>\n En una nota positiva, dijo Ettwiller, una cosa que las personas pueden hacer es observar las muestras que tienen y marque los que est\u00e1n demasiado da\u00f1ados, use el algoritmo GIV, que est\u00e1 disponible gratuitamente en GitHub, como un paso de control de calidad. La puntuaci\u00f3n GIV de una muestra tambi\u00e9n podr\u00eda usarse como gu\u00eda para establecer umbrales estrictos para identificar variantes de baja frecuencia potencialmente genuinas.<\/p>\n Adem\u00e1s, los autores sugieren una forma de rectificar el da\u00f1o antes de que se lleve a cabo la secuenciaci\u00f3n. Cuando se agreg\u00f3 una mezcla de enzimas de reparaci\u00f3n de ADN a la muestra de ADN durante la preparaci\u00f3n, se solucion\u00f3 el da\u00f1o por oxidaci\u00f3n, informaron.<\/p>\n [El documento] proporciona una soluci\u00f3n t\u00e9cnica, que consiste en reparar el ADN con este c\u00f3ctel de enzimas. , dijo Ladanyi. Pero, se\u00f1al\u00f3, los autores son de NEB y la soluci\u00f3n al problema es usar el kit de reparaci\u00f3n de NEB, por lo que existe un conflicto de intereses intr\u00ednseco.<\/p>\n En ese momento, Ettwiller dijo que si bien el equipo no usan enzimas NEB para reparar sus propias muestras de ADN da\u00f1adas, no afirman que funcione para todas las preparaciones de ADN.<\/p>\n Vendemos esa mezcla para reparar el ADN antes de la secuenciaci\u00f3n, pero no queremos hacer nada grandioso reclamaci\u00f3n (es; as\u00ed no es como funciona NEB, dijo Evans. Continuamos evalu\u00e1ndolo.<\/p>\n L. Chen et al., <\/strong>El da\u00f1o en el ADN es una causa generalizada de <\/strong>errores de secuenciaci\u00f3n, lo que confunde directamente la identificaci\u00f3n de variantes, Science<\/em>, 355: 752-56, 2017 .<\/strong><\/p>\n Recibir acceso completo a m\u00e1s de 35 a\u00f1os de archivos<\/strong>, as\u00ed como a TS Digest<\/em><\/strong>, ediciones digitales de The Scientist<\/em><\/strong>, art\u00edculos destacados<\/strong>, \u00a1y mucho m\u00e1s!\u00danase gratis hoy \u00bfYa es miembro?Inicie sesi\u00f3n aqu\u00ed<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" FLICKR, SAURI NASHAlgunas variantes de secuencia encontradas en muestras de ADN en realidad pueden ser causadas por da\u00f1os durante el procesamiento de la muestra, seg\u00fan un art\u00edculo en Science hoy (16 de febrero). 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