{"id":35239,"date":"2022-09-01T05:16:39","date_gmt":"2022-09-01T10:16:39","guid":{"rendered":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/contaminacion-por-secuenciacion-de-muestras-cruzadas-en-abundancia\/"},"modified":"2022-09-01T05:16:39","modified_gmt":"2022-09-01T10:16:39","slug":"contaminacion-por-secuenciacion-de-muestras-cruzadas-en-abundancia","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/contaminacion-por-secuenciacion-de-muestras-cruzadas-en-abundancia\/","title":{"rendered":"Contaminaci\u00f3n por secuenciaci\u00f3n de muestras cruzadas en abundancia"},"content":{"rendered":"

FLICKR, SHAURY NASHLa secuenciaci\u00f3n de \u00e1cidos nucleicos subcontratada puede ser una fuente de contaminaci\u00f3n extensa de muestras cruzadas, advierten los autores de un informe publicado en BMC Biology<\/em> la semana pasada ( 29 de Marzo). Aproximadamente el 80 por ciento de las muestras de ARN recolectadas de 180 especies diferentes como parte de un estudio evolutivo se contaminaron con secuencias de ARN de otras especies, seg\u00fan los autores. Y la mayor parte de esta contaminaci\u00f3n ocurri\u00f3 cuando las muestras se enviaron a las empresas para su secuenciaci\u00f3n.<\/p>\n

“El mensaje importante para llevar a casa es que todos los bi\u00f3logos moleculares . . . necesidad de considerar la contaminaci\u00f3n de los materiales de investigaci\u00f3n como un riesgo. Ninguno de nosotros es inmune a la contaminaci\u00f3n, sin importar cu\u00e1n experimentados seamos o cu\u00e1n buena sea nuestra t\u00e9cnica. Debemos ser conscientes de que nuestros preciosos materiales de investigaci\u00f3n pueden contaminarse y pensar en formas de gestionar ese riesgo” Amanda Capes-Davis de CellBank Australia, que no particip\u00f3 en la investigaci\u00f3n, escribi\u00f3 en un correo electr\u00f3nico…<\/p>\n

La coautora del estudio, Marion Ballenghien, era muy consciente de estos riesgos. Mientras trabajaba como investigador en el laboratorio de Nicolas Galtier en el Instituto de Ciencias Evolutivas de Montpellier en Francia, Ballenghien se encarg\u00f3 de recolectar y preparar cientos de muestras de ARN de una variedad de especies como parte de un proyecto de gen\u00e9tica evolutiva comparativa llamado PopPhyl.<\/p>\n

Ten\u00edamos tantas especies. . . en el laboratorio, ten\u00eda miedo de que tal vez [contaminar\u00eda] algo, dijo Ballenghien, quien ahora trabaja en la Estaci\u00f3n Marina Roscoff, parte del Centro Nacional de Investigaci\u00f3n Cient\u00edfica de Francia (CNRS). Hizo todo lo posible para evitar la contaminaci\u00f3n, pero tambi\u00e9n ten\u00eda una forma de detectarla en caso de que ocurriera. Esto fue especialmente importante, explic\u00f3, porque la mayor\u00eda de las muestras eran de especies no modelo, lo que significa que hab\u00eda pocos datos de secuencias transcript\u00f3micas disponibles para realizar comparaciones.<\/p>\n

Despu\u00e9s de una cuidadosa preparaci\u00f3n, el equipo de PopPhyl envi\u00f3 sus muestras a varios centros de secuenciaci\u00f3n diferentes, dijo Ballenghien. Cuando regresaron los datos, el equipo realiz\u00f3 el control de contaminaci\u00f3n para buscar secuencias que se originaran en especies distintas a la que se muestre\u00f3.<\/p>\n

Entre otras cosas, los investigadores examinaron las secuencias de cualquier citocromo oxidasa 1 (cox1 <\/em>) transcripciones presentes en las muestras. Al ser una prote\u00edna mitocondrial altamente expresada presente en todas las c\u00e9lulas eucariotas, la cox1<\/em> se usa com\u00fanmente para determinar el n\u00famero y la identidad de diferentes especies en una muestra determinada.<\/p>\n

El equipo encontr\u00f3 que, de De 446 muestras de ARN enviadas para secuenciaci\u00f3n (que representan 116 especies distintas), 353 exhibieron contaminaci\u00f3n entre especies. Y 205 de estas muestras estaban contaminadas por al menos dos especies diferentes.<\/p>\n

Debido a que Ballenghien hab\u00eda sido responsable de preparar la mayor\u00eda de las muestras de ARN, su pensamiento inicial fue Oh, mierda.<\/p>\n

Pero debido a que tambi\u00e9n hab\u00eda sido meticulosa al documentar qu\u00e9 muestras se prepararon, cu\u00e1ndo y por qui\u00e9n, as\u00ed como cu\u00e1ndo y d\u00f3nde se enviaron, ella y sus colegas pudieron reducir los puntos en los que se produjo la contaminaci\u00f3n.<\/p>\n

De hecho , el equipo descubri\u00f3 que las especies que se enviaron juntas ten\u00edan una probabilidad mucho mayor de contaminarse entre s\u00ed que las que fueron preparadas por la misma persona o durante el mismo per\u00edodo (aunque tambi\u00e9n se demostr\u00f3 que \u00e9stas influyen en la contaminaci\u00f3n). La mayor\u00eda de los eventos de contaminaci\u00f3n aparente, dijo Ballenghien, probablemente ocurrieron durante el procesamiento de muestras en las instalaciones de secuenciaci\u00f3n. Pens\u00e9 que las empresas tendr\u00edan m\u00e1s puntos de control, dijo, pero me sorprende que no los tengan.<\/p>\n

Aunque la friolera del 80 por ciento de las muestras estudiadas estaban contaminadas, en la mayor\u00eda de los casos el da\u00f1o fue m\u00ednimo y, por lo tanto, no habr\u00edan un impacto para muchas aplicaciones, escribi\u00f3 Capes-Davis.<\/p>\n

Independientemente, debemos tener cuidado, escribi\u00f3 el bi\u00f3logo evolutivo Stephen Smith de la Universidad de Michigan en un correo electr\u00f3nico a The Scientist.<\/em> Deber\u00edamos esperar que los autores aborden la posibilidad de [contaminaci\u00f3n] cuando informan resultados que pueden parecer fuera de lo com\u00fan.<\/p>\n

\u00bfSe puede hacer algo para prevenir la contaminaci\u00f3n? En \u00faltima instancia, es un problema interminable porque est\u00e1s tratando con mol\u00e9culas. . . est\u00e1n flotando y si pasan de un contenedor a otro no se ve que suceda, dijo Steven Salzberg de la Escuela de Medicina Johns Hopkins en Baltimore. Puedes ser muy cuidadoso pero. . . No creo que haya ninguna soluci\u00f3n f\u00edsica para mantener el ADN contaminante fuera de cada muestra, a\u00f1adi\u00f3.<\/p>\n

El panorama no es del todo sombr\u00edo. La conciencia del problema ayuda, dijo Salzberg. Cuanta m\u00e1s gente escriba documentos como este que hagan que otros se den cuenta de la contaminaci\u00f3n, mejor, dijo. Adem\u00e1s, a medida que crece nuestra base de datos de genomas conocidos, somos cada vez m\u00e1s capaces de reconocer m\u00e1s y m\u00e1s organismos extra\u00f1os que podr\u00edan estar en una muestra.<\/p>\n

M. Ballenghien et al., Patrones de contaminaci\u00f3n cruzada en un proyecto de gen\u00f3mica de poblaciones multiespecies: detecci\u00f3n, cuantificaci\u00f3n, impacto y soluciones, BMC Biology<\/em>, doi:10.1186\/s12915-017-0366-6, 2017. <\/strong><\/p>\n

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