Interferencia de ARN WIKIMEDIA, RICHARD ROBINSON <\/p>\n
Cuando los investigadores del Laboratorio Cold Spring Harbor se propusieron confirmar las c\u00e9lulas cancerosas’ dependencia de MELK,<\/em> un gen que codifica una prote\u00edna quinasa que innumerables estudios de ARN de interferencia (ARNi) han demostrado que es esencial, no esperaban nada inusual. Pero luego descubrieron que eliminar MELK<\/em> con el editor de genes CRISPR-Cas9 no ten\u00eda ning\u00fan efecto observable en las c\u00e9lulas cancerosas, lo que revolucion\u00f3 investigaciones anteriores.<\/p>\n “El estudio fue cuidadosamente hecho, fue meticuloso” Alexey Terskikh, investigador del c\u00e1ncer del Instituto de Descubrimiento M\u00e9dico Sanford Burnham Prebys, que no particip\u00f3 en el trabajo, le dijo a The Scientist<\/em> cuando se public\u00f3 el art\u00edculo en eLife<\/em> el mes pasado. Proporciona un ejemplo de “por qu\u00e9 las personas deber\u00edan usar CRISPR para una forma m\u00e1s rigurosa de hacer sus preguntas” agreg\u00f3.<\/p>\n El estudio estuvo lejos de ser el primero en contradecir los hallazgos informados sobre genes esenciales y, por lo tanto, dianas farmacol\u00f3gicas plausibles, a partir de experimentos realizados con…<\/p>\n Es justo decir que el ARNi ha tenido problemas durante mucho tiempo, dijo Michael Bassik, de la Universidad de Stanford, y agreg\u00f3 que estudios como el art\u00edculo eLife<\/em> sobre MELK <\/em> socavar la confianza en la tecnolog\u00eda. Tiene que hacerlo, en alg\u00fan nivel. Ciertamente, si solo lee este documento y se pregunta, \u00bfdeber\u00eda usar una pantalla RNAi o una pantalla CRISPR? la respuesta ser\u00eda: usar totalmente una pantalla CRISPR.<\/p>\n Pero, \u00bfse\u00f1ala el final del camino para el ARNi como identificador de nuevos objetivos farmacol\u00f3gicos? No necesariamente. Tienes que tener mucho cuidado al hacer ese tipo de declaraciones radicales, dijo Bassik. Esta \u00faltima grieta en la armadura de RNAi no significa que la detecci\u00f3n de RNAi vaya a ser in\u00fatil para identificar interacciones farmacol\u00f3gicas, agreg\u00f3.<\/p>\n Mala reputaci\u00f3n<\/strong><\/p>\n RNAi usa RNA peque\u00f1as mol\u00e9culas de ARN de interferencia (siARN) o ARN de horquilla corta (shARN) para desencadenar la degradaci\u00f3n de los ARN mensajeros diana (ARNm) con secuencias complementarias, amortiguando as\u00ed la expresi\u00f3n de genes espec\u00edficos en una c\u00e9lula. La t\u00e9cnica se volvi\u00f3 particularmente popular para la identificaci\u00f3n de objetivos farmacol\u00f3gicos alrededor de 2007, luego de una pantalla de ARNi de todo el genoma que identific\u00f3 genes relacionados con una mayor sensibilidad a un medicamento de quimioterapia.<\/p>\n Pero la acci\u00f3n del ARNi es notoriamente imprecisa. A estas alturas, creo que todo el mundo es consciente de los efectos no deseados del ARNi, dijo Ren Bernards, del Instituto del C\u00e1ncer de los Pa\u00edses Bajos, que utiliza tanto ARNi como CRISPR en su laboratorio. Es el mayor inconveniente de la tecnolog\u00eda. Las mol\u00e9culas de ARN introducidas no solo pueden interactuar con secuencias de transcripci\u00f3n fuera del objetivo con una especificidad inquietantemente baja, sino que tambi\u00e9n interfieren de manera impredecible con la maquinaria celular que regula la expresi\u00f3n g\u00e9nica.<\/p>\n Eso puede tener efectos bastante generalizados, dijo Bassik, y agreg\u00f3 que cuando esos efectos son t\u00f3xicos, los investigadores pueden terminar con una noci\u00f3n equivocada del papel de los genes en la c\u00e9lula. Hay muchos ejemplos en los que las compa\u00f1\u00edas farmac\u00e9uticas han utilizado los resultados de ARNi para priorizar los objetivos de los medicamentos, solo para descubrir que esos resultados estaban equivocados.<\/p>\n Uno de los ejemplos m\u00e1s infames de un objetivo mal identificado es STK33, un prote\u00edna quinasa que los investigadores identificaron en 2009 como esencial para la viabilidad de las c\u00e9lulas cancerosas humanas que albergan una versi\u00f3n mutante de un oncog\u00e9n conocido. Los resultados de los estudios originales no se pudieron replicar en otros laboratorios, y m\u00e1s tarde se demostr\u00f3 que STK33 no era esencial en absoluto, aunque no antes de que atrajera una considerable atenci\u00f3n de la industria farmac\u00e9utica como un posible objetivo farmacol\u00f3gico.<\/p>\n No es de extra\u00f1ar, luego, que a medida que la edici\u00f3n de genes CRISPR-Cas9 se vuelve cada vez m\u00e1s precisa, ha habido un inter\u00e9s creciente en torno al potencial de las tecnolog\u00edas para superar al ARNi en la b\u00fasqueda de nuevos objetivos farmacol\u00f3gicos. M\u00faltiples laboratorios, incluidos los grupos Bassiks y Bernardss, han llevado a cabo recientemente comparaciones directas de pantallas realizadas con las dos tecnolog\u00edas.<\/p>\n Los efectos fuera del objetivo son obviamente mucho menos graves cuando tratamos con reactivos CRISPR, dijo Bernards. La [tecnolog\u00eda] es mucho m\u00e1s selectiva. A partir de su comparaci\u00f3n de grupos de la reproducibilidad de los m\u00e9todos, est\u00e1 muy claro que las pantallas CRISPR son menos ruidosas, agreg\u00f3. Creo que todos los laboratorios han llegado a la misma conclusi\u00f3n.<\/p>\n Como resultado, algunos laboratorios realmente se han alejado de RNAi y han sustituido a CRISPR, dijo Tim Mitchison, de la Escuela de Medicina de Harvard, quien trabaj\u00f3 anteriormente en MELK. Mucha gente piensa que CRISPR es simplemente una mejor manera de hacer las cosas.<\/p>\n No es el final<\/strong><\/p>\n A pesar de una aparente falta de confianza en las pruebas de ARNi, muchos los investigadores a\u00fan no est\u00e1n listos para renunciar a la tecnolog\u00eda para la identificaci\u00f3n de objetivos farmacol\u00f3gicos. La eliminaci\u00f3n de ARNi y la eliminaci\u00f3n de CRISPR funcionan de diferentes maneras: activando la inhibici\u00f3n parcial y total de la expresi\u00f3n g\u00e9nica, respectivamente. Esta distinci\u00f3n se vuelve particularmente relevante cuando se considera el desarrollo de f\u00e1rmacos.<\/p>\n Es muy raro que un f\u00e1rmaco produzca una inhibici\u00f3n del 100 por ciento de un objetivo, se\u00f1al\u00f3 Bernards. Podr\u00eda argumentar que si necesita eliminar por completo toda la prote\u00edna para provocar un fenotipo, \u00bfcu\u00e1l es la probabilidad de que un f\u00e1rmaco [reproduzca] eso? La respuesta quiz\u00e1s no sea muy probable.<\/p>\n El ARNi puede tener la ventaja en este aspecto por ahora, agreg\u00f3, aunque CRISPR pronto podr\u00eda ponerse al d\u00eda, gracias a la interferencia de CRISPR (CRISPRi), una tecnolog\u00eda que aprovecha la especificidad de CRISPR. para mediar en la inhibici\u00f3n parcial de la transcripci\u00f3n.<\/p>\n Otra raz\u00f3n por la que el ARNi podr\u00eda sobrevivir a los baches recientes en el camino, argumentan algunos investigadores, es que los errores del pasado se reflejan menos en la tecnolog\u00eda que en la metodolog\u00eda defectuosa que a veces se usa en su aplicaci\u00f3n. Idealmente, los resultados de la eliminaci\u00f3n del ARNi deber\u00edan validarse con lo que los investigadores llaman el est\u00e1ndar de oro, explic\u00f3 Bernards.<\/p>\n Usted recupera una versi\u00f3n del [gen] que es resistente al ARNi, por ejemplo, con una secuencia de sitio objetivo mutada y ve si eso rescata el fenotipo, dijo, y agreg\u00f3 que este procedimiento falta en muchos estudios de ARNi sobre posibles objetivos farmacol\u00f3gicos. Si no haces eso, te expones a posibles problemas. (MELK recibi\u00f3 el tratamiento de rescate en c\u00e9lulas de glioblastoma en 2013, aparentemente sin contratiempos).<\/p>\n CRISPR, por supuesto, todav\u00eda tiene sus propios problemas. Ralph Garippa, director de RNAi Core en el Memorial Sloan Kettering Cancer Center en la ciudad de Nueva York, se\u00f1al\u00f3 que las mejoras en las bibliotecas de RNA que gu\u00edan CRISPR a sitios espec\u00edficos en el genoma lograron menos efectos fuera del objetivo solo recientemente. No cero, sino menos, enfatiz\u00f3, y agreg\u00f3 que las bibliotecas de ARNi, mientras tanto, se mejoran continuamente. Con cualquier tecnolog\u00eda emergente, hay que luchar contra los matices y las deficiencias, dijo Garippa a The Scientist<\/em>.<\/p>\n Mientras tanto, una soluci\u00f3n obvia al problema de la identificaci\u00f3n y validaci\u00f3n de objetivos es utilizar tanto CRISPR como RNAi para validar un objetivo antes de pasar a la investigaci\u00f3n cl\u00ednica, en lugar de depender de un solo m\u00e9todo. Tenemos reactivos CRISPR y de horquilla corta para cada gen en el genoma humano, dijo Bernards. Entonces, cuando vemos un fenotipo con CRISPR, lo validamos con horquilla corta y viceversa. Creo que ser\u00eda ideal.<\/p>\n Reciba acceso completo a m\u00e1s de 35 a\u00f1os de archivos<\/strong>, as\u00ed como a TS Digest<\/em><\/strong>, ediciones digitales de The Scientist <\/em><\/strong>, art\u00edculos destacados<\/strong>, \u00a1y mucho m\u00e1s!\u00danase gratis hoy \u00bfYa es miembro?Inicie sesi\u00f3n aqu\u00ed<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Interferencia de ARN WIKIMEDIA, RICHARD ROBINSON Cuando los investigadores del Laboratorio Cold Spring Harbor se propusieron confirmar las c\u00e9lulas cancerosas’ dependencia de MELK, un gen que codifica una prote\u00edna quinasa que innumerables estudios de ARN de interferencia (ARNi) han demostrado que es esencial, no esperaban nada inusual. 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