ST. JUDE CHILDREN’S RESEARCH HOSPITAL \/ PETER BARTA<\/p>\n
Jinghui Zhang es una fuerza impulsora detr\u00e1s de St. Jude Cloud, una plataforma que alberga genomas de c\u00e1ncer pedi\u00e1trico, as\u00ed como herramientas de an\u00e1lisis de datos para investigadores. En la reuni\u00f3n de la Asociaci\u00f3n Estadounidense para la Investigaci\u00f3n del C\u00e1ncer de 2019 esta semana en Atlanta, Georgia, Zhang y sus colegas del St. Jude Children’s Research Hospital est\u00e1n celebrando haber alcanzado los 10 000 genomas cargados en la plataforma. Tambi\u00e9n est\u00e1n promocionando un nuevo navegador de genoma llamado GenomePaint dise\u00f1ado para integrar datos gen\u00f3micos, transcript\u00f3micos y epigen\u00f3micos de pacientes.<\/p>\n
El cient\u00edfico<\/em>habl\u00f3 con Zhang para conocer su visi\u00f3n para St. Jude Cloud y c\u00f3mo la plataforma ha cambiado con el tiempo para convertirse en la base de datos con la mayor cantidad de genomas completos recopilados de pacientes y sobrevivientes de c\u00e1ncer pedi\u00e1trico. <\/p>\n El cient\u00edfico<\/em><\/strong>: \u00bfCu\u00e1l fue la inspiraci\u00f3n detr\u00e1s de St. Jude Cloud?<\/p>\n Jinghui Zhang<\/strong>: De hecho, tuve que…<\/p>\n Tambi\u00e9n soy desarrollador de herramientas, as\u00ed que tengo que compartir mis herramientas con la comunidad de investigaci\u00f3n global. Podemos subir nuestras herramientas a la nube y solo haces una instalaci\u00f3n y todos pueden usarlas directamente. <\/p>\n El tercer componente es la visualizaci\u00f3n de datos. Si colocamos los datos en la forma en que las personas pueden visualizarlos, entonces los investigadores que no tienen habilidades inform\u00e1ticas pueden comenzar a analizar los datos.<\/p>\n TS: <\/em><\/strong>\u00bfC\u00f3mo ha evolucionado St. Jude Cloud a lo largo de los a\u00f1os?<\/p>\n JZ: <\/strong>Empezamos nuestro prototipo en 2016. Inicialmente, solo nos enfoc\u00e1bamos en poner herramientas all\u00ed. A partir de 2017 es donde viene la mayor evoluci\u00f3n. Microsoft decidi\u00f3 colaborar con nosotros, por lo que pudimos obtener el espacio de almacenamiento en la nube para alojar estos conjuntos de datos. <\/p>\n El primer hito lleg\u00f3 en 2018, [cuando] pudimos colocar 5000 genomas en la nube La AACR de este a\u00f1o ser\u00e1 el segundo hito de los 10\u00a0000 genomas completos en su lugar. <\/p>\n TS: <\/em><\/strong>\u00bfQui\u00e9n usa el St. Jude Cloud?<\/p>\n JZ: <\/strong>Hay tres entidades de investigaci\u00f3n separadas. Las m\u00e1s obvias son las instituciones de investigaci\u00f3n involucradas en la investigaci\u00f3n del c\u00e1ncer pedi\u00e1trico en todo el mundo. El segundo grupo [son aquellos] involucrados en la investigaci\u00f3n gen\u00f3mica en general porque nuestro recurso es un conjunto de datos muy gen\u00f3mico. Un tercer grupo est\u00e1 realmente m\u00e1s interesado en nuestras herramientas. Hay grupos que ni siquiera est\u00e1n involucrados en la investigaci\u00f3n del c\u00e1ncer, sino en la investigaci\u00f3n de enfermedades humanas gen\u00e9ricas [que] est\u00e1n interesados en utilizar nuestras herramientas para su enfermedad espec\u00edfica.<\/p>\n TS:<\/em><\/strong>\u00bfCu\u00e1les han sido los efectos de St. Jude Cloud en la investigaci\u00f3n del c\u00e1ncer pedi\u00e1trico?<\/p>\n JZ: <\/strong>Tenemos un total de 800 usuarios registrados de 400 institutos en todo el mundo han accedido a los datos. Ya lo s\u00e9 de un grupo en Australia, mencionaron que est\u00e1n usando nuestras herramientas de visualizaci\u00f3n todos los d\u00edas para su trabajo cl\u00ednico.<\/p>\n Para nuestro propio programa de gen\u00f3mica cl\u00ednica en St. Jude, hemos desarrollado este ARN r\u00e1pido -seq herramienta que estaban usando para la detecci\u00f3n de genes de fusi\u00f3n. [Nota del editor: los genes de fusi\u00f3n son h\u00edbridos de genes que pueden causar c\u00e1ncer.<\/em>] Y esta herramienta se usa para determinar realmente si el paciente con c\u00e1ncer se colocar\u00e1 en una rama del ensayo cl\u00ednico o en la otra. , y requiere un tiempo de respuesta muy r\u00e1pido. Con la computaci\u00f3n en la nube, realmente reduce el an\u00e1lisis de datos desde inicialmente hasta una semana o varias horas. Eso nos permite cumplir con el cronograma para tomar una decisi\u00f3n sobre el ensayo cl\u00ednico. <\/p>\n TS: <\/em><\/strong>\u00bfQu\u00e9 sigue para la plataforma?<\/p>\n JZ: <\/strong>Hay un par de cosas. Uno se est\u00e1 expandiendo [a] m\u00e1s pacientes, m\u00e1s muestras, expandiendo el recurso de datos. Lo segundo es incorporar datos epigen\u00e9ticos adicionales que generamos a partir de l\u00edneas celulares de c\u00e1ncer pedi\u00e1trico para que podamos facilitar la interpretaci\u00f3n de la varianza no codificante. El tercer aspecto de esto es. . . estamos discutiendo con el Instituto Nacional del C\u00e1ncer sobre el establecimiento de un sistema de datos federado, para que nuestra base de datos pueda comunicarse con los recursos construidos por el NCI [como su portal de datos], para que no construyamos las bases de datos en silos.<\/p>\n Nota del editor: esta entrevista fue editada por motivos de brevedad.<\/em><\/p>\n Reciba acceso completo a m\u00e1s de 35 a\u00f1os de archivos<\/strong>, as\u00ed como a TS Digest<\/em><\/strong>, \u00a1Ediciones digitales de El cient\u00edfico<\/em><\/strong>, art\u00edculos destacados<\/strong> y mucho m\u00e1s!\u00danase gratis hoy \u00bfYa es miembro?Inicie sesi\u00f3n aqu\u00ed<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" ST. 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