ARRIBA: © ISTOCK.COM, PIXELWELL<\/p>\n
A principios de este verano, Vaughn Cooper, bi\u00f3logo evolutivo de la Universidad de Pittsburgh, estaba ocupado promoviendo un nuevo plan de estudios de secundaria para ense\u00f1ar evoluci\u00f3n a cient\u00edficos y educadores. \u00c9l y sus colegas hab\u00edan publicado el programa en Evolution: Education and Outreach<\/em> en abril, y estaban ansiosos por correr la voz antes del comienzo del pr\u00f3ximo a\u00f1o escolar. Entonces, cuando Cooper recibi\u00f3 un correo electr\u00f3nico de un colega que no pod\u00eda acceder a los archivos complementarios de su manuscrito debido a hiperv\u00ednculos rotos, la noticia lo frustr\u00f3.<\/p>\n Los documentos complementarios conten\u00edan informaci\u00f3n importante, como el experimento protocolos para estudiantes que su equipo hab\u00eda probado. Esta no era la primera vez que se encontraba con problemas con este tipo de archivos. “He tenido varios casos de varios editores en los que ha desaparecido el material complementario” dice, y agrega que esto ha ocurrido con sus dos papeles…<\/p>\n Cooper acudi\u00f3 a Twitter para descargar su frustraci\u00f3n. En respuesta, otros cient\u00edficos notaron que ellos tambi\u00e9n hab\u00edan experimentado problemas similares. Me temo que esto no es raro, tuite\u00f3 Peter Murray-Rust, qu\u00edmico de la Universidad de Cambridge. Muchas (no todas) las revistas suelen considerar los datos complementarios como un dolor de cabeza.<\/p>\n Adem\u00e1s de los enlaces rotos, los cient\u00edficos se\u00f1alan otros problemas que afectan a estos archivos, como su longitud cada vez mayor y la inaccesibilidad de los formatos en los que se encuentran. publicado en. Como resultado de estos problemas, tanto los acad\u00e9micos como los editores recurren cada vez m\u00e1s a los repositorios en l\u00ednea independientes como una posible soluci\u00f3n.<\/p>\n Los archivos complementarios no son los parte m\u00e1s glamorosa de un art\u00edculo cient\u00edfico. Est\u00e1n escondidos al final de los manuscritos, generalmente como enlaces a archivos PDF descargables. Los lectores pueden pasar por alto estos documentos f\u00e1cilmente, pero para muchos investigadores en ese campo en particular, la carga que llevan es preciosa. A menudo contienen material como datos, m\u00e9todos y ecuaciones que podr\u00edan ser \u00fatiles en experimentos futuros y son vitales para evaluar la reproducibilidad de los hallazgos de un estudio.<\/p>\n Algunos editores, como F1000, han dejado de aceptar informaci\u00f3n complementaria. y en su lugar requieren que los autores env\u00eden los datos a un repositorio aprobado y los citen en su manuscrito.<\/p>\n<\/blockquote>\n Los materiales complementarios son una parte clave del registro cient\u00edfico, y si no est\u00e1n accesibles, se convierte en m\u00e1s dif\u00edcil para otros replicar la investigaci\u00f3n, escribe Kat Holt, bi\u00f3loga computacional de la Universidad de Monash en Australia y la Escuela de Higiene y Medicina Tropical de Londres, en un correo electr\u00f3nico a The Scientist.<\/em><\/p>\n Los materiales complementarios tambi\u00e9n pueden contener informaci\u00f3n cr\u00edtica para comprender el documento en s\u00ed. Cada vez m\u00e1s, se les dec\u00eda que relegaran el material al suplemento, lo que significa que los elementos clave que generalmente pertenecen al art\u00edculo, como los resultados, a veces terminan en estos documentos, dice Cooper. Cuando colocas los resultados en los archivos complementarios, significa que las principales afirmaciones del art\u00edculo posiblemente est\u00e9n relegadas a este material que apenas se lee.<\/p>\n Seg\u00fan Cooper, \u00e9l y sus coautores decidieron trasladar algunos de los resultados en su Evoluci\u00f3n: Ecolog\u00eda y Divulgaci\u00f3n <\/em>art\u00edculo al suplemento para evitar que el manuscrito se haga demasiado largo. Pensamos que esto ser\u00eda bueno para los lectores, pero ahora reconoc\u00edamos que tal vez deber\u00edamos haber trabajado m\u00e1s duro para que fuera parte del texto principal, le dice a The Scientist.<\/em><\/p>\n El Los enlaces rotos en el papel de Coopers fueron una consecuencia no deseada de hacer algunas mejoras en la forma en que todos nuestros art\u00edculos est\u00e1n estructurados para hacerlos legibles por m\u00e1quina, dice Grace Baynes, vicepresidenta de datos de investigaci\u00f3n y desarrollo de nuevos productos en Springer Nature, el editor de revistas. Estamos trabajando arduamente tanto para solucionar el problema con este art\u00edculo en particular como para garantizar que no vuelva a suceder.<\/p>\n Pero no son solo los hiperv\u00ednculos rotos los que frustran a los cient\u00edficos. A medida que los documentos se vuelven m\u00e1s intensivos en datos y complejos, los archivos complementarios a menudo se vuelven mucho m\u00e1s largos que el manuscrito en s\u00ed, en algunos casos extremos, llegando a m\u00e1s de 100 p\u00e1ginas. Debido a que estos archivos generalmente se publican como PDF, puede ser complicado navegar por ellos, por lo que incluso si est\u00e1n disponibles, la informaci\u00f3n que contienen puede pasarse por alto. La mayor\u00eda de los materiales complementarios son solo un gran bloque y no son muy \u00fatiles, dice Cooper.<\/p>\n Otro problema es que estos archivos albergan la mayor\u00eda de los datos publicados de los estudios, y no se pueden extraer datos de archivos PDF, excepto mediante el uso de software complejo y es un proceso lento que tiene errores, le dice Murray-Rust a The Scientist<\/em>. Estos datos a menudo se depositan como una se\u00f1al de dep\u00f3sito de datos, en lugar de que las personas realmente quieran reutilizarlos.<\/p>\n Despu\u00e9s de que Cooper alert\u00f3 a la revista sobre los enlaces rotos, \u00e9l decidi\u00f3 depositar los suplementos en l\u00ednea. Tom\u00e9 el toro por los cuernos y publiqu\u00e9 los materiales complementarios en nuestro sitio web, y se\u00f1al\u00e9 la publicaci\u00f3n, dice. (A d\u00eda de hoy, los archivos siguen siendo inaccesibles en el sitio web de la revista).<\/p>\n Depositar material que terminar\u00eda en archivos complementarios en lugares distintos a la revista se est\u00e1 convirtiendo en una pr\u00e1ctica cada vez m\u00e1s com\u00fan. Algunos acad\u00e9micos optan por publicar esta informaci\u00f3n en sus propios sitios web, pero muchos otros recurren a los repositorios en l\u00ednea ofrecidos por universidades, instituciones de investigaci\u00f3n y empresas. Hay una gran variedad de opciones para que los autores elijan: adem\u00e1s de los repositorios generalistas populares, como figshare, Zenodo y Dryad, hay docenas de bases de datos espec\u00edficas de temas, como GenBank para secuencias gen\u00e9ticas, OpenNeuro para datos de neuroimagen. strong>,<\/strong> y Crystallography Open Database para estructuras cristalinas.<\/p>\n Si las revistas no quieren elim\u00ednelos correctamente, luego perm\u00edtanos usar otro servicio con un DOI y vincularlos, por ejemplo, dataverse, figshare. \u00bfO alojarlos con un DOI separado?<\/p>\n Alan Huett (@ahuett) 30 de julio de 2019<\/p><\/blockquote>\n Hay ventajas que estos repositorios brindan sobre los art\u00edculos de revistas, seg\u00fan Holt. Por un lado, los repositorios ofrecen la capacidad de almacenar e interactuar mejor con grandes cantidades de datos de acceso abierto de lo que suelen hacer las revistas. Adem\u00e1s, los archivos de los repositorios est\u00e1n etiquetados con un identificador de objeto digital (DOI), lo que significa que los investigadores pueden vincularlos f\u00e1cilmente desde un art\u00edculo publicado y asegurarse de obtener cr\u00e9dito por su trabajo.<\/p>\n Hablando personalmente como autor, Prefiero mucho m\u00e1s [el sistema provisto por estos repositorios], porque me permite controlar c\u00f3mo administro mis archivos de datos complementarios, sin que las revistas me impongan qu\u00e9 formatos de archivo puedo usar, dice Holt a The Scientist. <\/em>Adem\u00e1s de facilitar el uso compartido y la reutilizaci\u00f3n de conjuntos de datos, la flexibilidad de los formatos de archivo elimina una de mis molestias favoritas: \u00a1la temida hoja de c\u00e1lculo en formato PDF!<\/p>\n Mark Hahnel, director ejecutivo y fundador de figshare, dice que comenz\u00f3 la empresa durante sus estudios de doctorado debido a la frustraci\u00f3n con las limitaciones de los archivos complementarios. Esper\u00e1bamos desempe\u00f1ar este papel para las personas que produc\u00edan resultados de investigaci\u00f3n que no encajaban en el modelo de publicaci\u00f3n de archivos PDF, le dice a The Scientist<\/em>. Pero cada vez m\u00e1s, los acad\u00e9micos tambi\u00e9n usan figshare por otras razones, agrega, como poder reutilizar libremente el material asociado con un art\u00edculo publicado sin preocuparse por infringir los derechos de autor. (Si bien los resultados de la investigaci\u00f3n, como las cifras en una revista tradicional, pueden estar sujetos a las pol\u00edticas de derechos de autor de los editores, los depositados en repositorios como figshare generalmente se publican con una licencia creative common que permite que otros usen el material sin restricciones).<\/p>\n Los editores tambi\u00e9n est\u00e1n recurriendo a los repositorios. Por ejemplo, la Sociedad de Microbiolog\u00eda, una organizaci\u00f3n profesional y editora, recomienda que los autores que env\u00edan a su revista depositen sus archivos complementarios en repositorios independientes como figshare y Microreact para datos, y en protocols.io para m\u00e9todos. Aunque los investigadores tienen la opci\u00f3n de publicar archivos complementarios junto con sus manuscritos, la sociedad prefiere el uso de repositorios, seg\u00fan Holt, quien es el actual editor en jefe de Microbial Genomics<\/em>, una publicaci\u00f3n de la Sociedad de Microbiolog\u00eda.<\/p>\n Algunos editores, como F1000, han dejado de aceptar material complementario y, en cambio, requieren que los autores env\u00eden datos a un repositorio aprobado y los citen en su manuscrito. Las revistas pueden cambiar muy r\u00e1pidamente, los sistemas cambian, los flujos de trabajo editoriales cambian y los enlaces complementarios no est\u00e1n en la vanguardia de la mente de un editor, dice Michael Markie, director de publicaci\u00f3n de ciencias de la vida en F1000. Decimos que necesita poner [los datos] en un repositorio, de esa manera podemos garantizar que los lectores siempre podr\u00e1n encontrar esa informaci\u00f3n.<\/p>\n Al igual que la Sociedad de Microbiolog\u00eda, Springer Nature recomienda que los investigadores depositen sus datos en repositorios adecuados. Adem\u00e1s de este respaldo, el editor tambi\u00e9n est\u00e1 trabajando con figshare para hacer que el dep\u00f3sito en repositorios sea una parte integral del proceso de env\u00edo de revistas, seg\u00fan Baynes. Figshare tambi\u00e9n brinda servicios para F1000, la Sociedad de Microbiolog\u00eda, Wiley, PNAS y PLOS. Lo hacemos para casi todas las grandes editoriales excepto Elsevier, que tienen sus propios planes, dice Hahnel.<\/p>\n Seg\u00fan una encuesta de Springer Nature de 2017 a m\u00e1s de 7700 acad\u00e9micos de todo el mundo, aproximadamente el 63 % de los investigadores compartieron datos cuando estaban publicando un manuscrito, pero la proporci\u00f3n de personas que usaban archivos complementarios era ligeramente superior a la de los que usaban repositorios. Reemplazar los archivos complementarios con repositorios en el futuro es, en mi opini\u00f3n personal, lo que deber\u00edamos esforzarnos, dice Baynes.<\/p>\n Algunos investigadores todav\u00eda ven las revistas acad\u00e9micas como una mejor opci\u00f3n para publicar archivos complementarios que los repositorios independientes. El sistema tradicional de revistas est\u00e1 muy arraigado en la ciencia y solo necesita modernizarse, dice Mark Gerstein, bioinform\u00e1tico de la Universidad de Yale. Una soluci\u00f3n que Gerstein y sus colegas han propuesto es un suplemento estructurado, que ser\u00eda paralelo al texto principal y ser\u00eda f\u00e1cilmente navegable a trav\u00e9s de enlaces desde el manuscrito principal. El objetivo del suplemento es hacer que el documento sea m\u00e1s f\u00e1cil de leer, agrega Gerstein. Queremos que las personas tengan secciones en el documento que lean r\u00e1pidamente y disfruten, y queremos que sepan d\u00f3nde profundizar cuando lo deseen.<\/p>\n Los archivos de informaci\u00f3n complementaria siguen siendo la forma m\u00e1s f\u00e1cil para que los investigadores [compartir datos] de una forma que les resulte familiar. . . y por el momento, no hay suficientes incentivos para que los investigadores dediquen su tiempo a poner datos en un dep\u00f3sito, dice Baynes a The Scientist<\/em>. Toda la comunidad [cient\u00edfica] debe trabajar en conjunto para que los investigadores valgan la pena administrar y compartir sus datos de manera m\u00e1s \u00f3ptima que los archivos complementarios.<\/p>\n Hay m\u00e1s de 1.000 repositorios donde los cient\u00edficos pueden depositar datos y documentos asociados a sus manuscritos. La mayor\u00eda de estos son espec\u00edficos de la materia; hay algunos especializados en estructuras qu\u00edmicas y moleculares (Crystallography Open Database, Protein Data Bank, Coherent X-ray Imaging Data Bank), datos de neuroimagen (OpenNeuro, NeuroVault) y modelos matem\u00e1ticos (BioModels, The Network Intercambio de datos), solo por nombrar algunos. Varios editores recomiendan que los autores env\u00eden su material a tales repositorios de temas espec\u00edficos siempre que sea posible.<\/p>\n Los repositorios de temas espec\u00edficos brindan algunas ventajas, seg\u00fan Grace Baynes, vicepresidenta de datos de investigaci\u00f3n y desarrollo de nuevos productos en Springer Naturaleza: est\u00e1n dise\u00f1ados teniendo en cuenta la comunidad de investigaci\u00f3n espec\u00edfica que usa esos datos, y colocar los datos en un repositorio que usan sus pares puede optimizar sus posibilidades de conectarse con un futuro colaborador. Pero tales repositorios todav\u00eda no existen para muchas \u00e1reas de investigaci\u00f3n, y ah\u00ed es donde los repositorios generales pueden desempe\u00f1ar un papel clave, agrega.<\/p>\n Aqu\u00ed hay una breve gu\u00eda de algunos de los repositorios de prop\u00f3sito general m\u00e1s utilizados.<\/p>\n Nombre del repositorioTipo de archivos aceptadosL\u00edmites de tama\u00f1oTarifa de env\u00edoAsignaci\u00f3n DOI disponibleDryadCualquier formatoNinguno en la lista$120 US por paquete de datos (todos los datos asociados con una publicaci\u00f3n)S\u00edfigshareCualquier formato5 GB por archivo para cuentas gratuitas, pero archivos de hasta 5 TB de tama\u00f1o Gratis para individuos, cuentas pagas para institucionesS\u00edHarvard DataverseCualquier formato2 GB por archivo (m\u00faltiples cargas posibles)Gratis hasta 1 TBS\u00edOpen Science Framework (Center for Open Science)No se enumeran restricciones5 GB por archivo (los archivos m\u00e1s grandes se pueden almacenar como complementos de otros proveedores)GratisS\u00edMendeley Data (Elsevier)Cualquiera formato10 GB por conjunto de datosGratisS\u00edZenodo (CERN)Cualquier formato50 GB por conjunto de datos (se permiten archivos m\u00e1s grandes seg\u00fan el caso)GratisS\u00ed<\/p>\n Diana Kwon es una periodista independiente con sede en Berl\u00edn. S\u00edguela en Twitter @DianaMKwon. un miembro de<\/h2>\n Reciba acceso completo a m\u00e1s de 35 a\u00f1os de archivos<\/strong>, as\u00ed como a TS Digest<\/em><\/strong>, ediciones digitales de El cient\u00edfico<\/em><\/strong>, art\u00edculos destacados<\/strong>, \u00a1y mucho m\u00e1s!\u00danase gratis hoy \u00bfYa es miembro?Inicie sesi\u00f3n aqu\u00ed<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" ARRIBA: © ISTOCK.COM, PIXELWELL A principios de este verano, Vaughn Cooper, bi\u00f3logo evolutivo de la Universidad de Pittsburgh, estaba ocupado promoviendo un nuevo plan de estudios de secundaria para ense\u00f1ar evoluci\u00f3n a cient\u00edficos y educadores. \u00c9l y sus colegas hab\u00edan publicado el programa en Evolution: Education and Outreach en abril, y estaban ansiosos por correr … Continuar leyendo \u00abEl impulso para reemplazar los suplementos de revistas con repositorios\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-36192","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/36192","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=36192"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/36192\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=36192"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=36192"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=36192"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}Por \u00faltimo, pero no menos importante<\/h2>\n
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Repositorios en aumento<\/h2>\n
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Los editores fomentan el uso de repositorios<\/h2>\n
\u00bfD\u00f3nde compartir?<\/h2>\n