ARRIBA: Los genomas virales del SARS-CoV-2 revelan su recorrido por todo el mundo. Los c\u00edrculos marcan el tama\u00f1o de los brotes en diferentes regiones y las l\u00edneas de colores representan qu\u00e9 grupos de cepas se propagaron a esas regiones. El mapa incluye datos recopilados hasta el 15 de febrero. NEXTSTRAIN.ORG, Leaflet, Mapbox, OpenStreetMap<\/p>\n
Hace varios a\u00f1os, Richard Neher, bi\u00f3logo evolutivo de la Universidad de Basilea en Suiza, y sus colegas quer\u00edan monitorear los cambios en la composici\u00f3n gen\u00e9tica de la gripe para ver si la los datos ayudar\u00edan a los cient\u00edficos a crear vacunas contra la gripe m\u00e1s eficaces. Desarrollaron una interfaz en l\u00ednea que integr\u00f3 los \u00faltimos datos de secuenciaci\u00f3n viral, los analizaron y publicaron los resultados en un navegador web interactivo disponible p\u00fablicamente. <\/p>\n
Entonces pensamos, \u00bfpor qu\u00e9 solo la gripe, por qu\u00e9 no otros virus? dice Neher. El equipo construy\u00f3 una plataforma similar para trazar la transmisi\u00f3n de MERS y \u00c9bola y llam\u00f3 al sitio NextStrain.org. Ahora, lo han adaptado para realizar un seguimiento de los ajustes gen\u00e9ticos del SARS-CoV-2 a medida que se propaga por todo el mundo y trazar los linajes virales en mapas mundiales para observar, casi en tiempo real, c\u00f3mo el virus se mueve de los principales puntos cr\u00edticos en China a bolsillos m\u00e1s peque\u00f1os en otros pa\u00edses.<\/p>\n
Aqu\u00ed, Neher habla con The Scientist <\/em>sobre lo que NextStrain.org ha descubierto sobre la transmisi\u00f3n del SARS-CoV-2. <\/p>\n Richard Neher: Estos coronavirus tienden a cambiar su genoma, mutan, a un ritmo bastante alto. Estas mutaciones nos permiten agrupar virus en virus m\u00e1s relacionados y virus menos relacionados. Todas las secuencias en el sitio son s\u00faper similares porque estaban estrechamente relacionadas. A medida que pasa el tiempo, los linajes adquieren mutaciones independientes y luego provocan brotes en diferentes partes del mundo. Puede agrupar estas secuencias por composici\u00f3n gen\u00e9tica y reconstruir el \u00e1rbol de transmisi\u00f3n del virus.<\/p>\n Hay 70.000 casos informados, por lo que el n\u00famero de infecciones podr\u00eda ser de 200.000. Podr\u00edan ser 500.000.<\/p>\n<\/blockquote>\n RN: S\u00ed, si miras el \u00e1rbol viral ves diferentes secuencias. Y el \u00e1rbol tendr\u00e1 diferentes formas dependiendo de si el brote se mantiene del mismo tama\u00f1o o crece. Si est\u00e1 creciendo, ver\u00e1 muchos, muchos linajes que se unen en lo m\u00e1s profundo del \u00e1rbol, y eso es lo que tenemos aqu\u00ed. Eso implica que hubo una r\u00e1pida expansi\u00f3n en la base del \u00e1rbol que separ\u00f3 a todos los linajes. Puede estimar la tasa de esa expansi\u00f3n y, si sabe la antig\u00fcedad del brote, puede estimar la cantidad de infecciones.<\/p>\n RN: Es un poco dif\u00edcil interpretar los n\u00fameros de China en este momento. La din\u00e1mica est\u00e1 cambiando; los casos se estancan. Esperamos que esto sea el resultado de estas medidas de contenci\u00f3n draconianas o medidas de cuarentena que impusieron a 500 millones de personas. Hay 70.000 casos reportados por lo que el n\u00famero de contagios podr\u00eda ser de 200.000. Podr\u00edan ser 500.000. No sabemos porque las personas pueden estar enfermas en casa y quedarse en casa porque los hospitales est\u00e1n abarrotados y ah\u00ed es donde podr\u00edas infectarte. No creo que sepamos bien cu\u00e1ntos casos hubo que simplemente no aparecen en ninguna estad\u00edstica. Yo [estimar\u00eda] una subnotificaci\u00f3n de al menos tres veces.<\/p>\n RN: El La primera conclusi\u00f3n es que todas estas secuencias son muy, muy similares, alrededor de ocho mutaciones diferentes a la ra\u00edz. Son ocho mutaciones en una secuencia de 30.000 bases. Lo que esto nos dice es que el virus vino de una fuente, no hace mucho tiempo, entre mediados de noviembre y principios de diciembre.<\/p>\n No hay muchas dudas de que se convertir\u00e1 en una pandemia.<\/p>\n<\/blockquote>\n RN: Podemos ver d\u00f3nde las mutaciones cambian los codones y d\u00f3nde cambian los amino\u00e1cidos. La mayor\u00eda de las mutaciones son probablemente completamente intrascendentes. Simplemente suceden; es a un ritmo de aproximadamente una mutaci\u00f3n por mes. Pero estamos atentos a las mutaciones que podr\u00edan marcar la diferencia.<\/p>\n RN: Las mutaciones agrupan transmisiones similares. Entonces, las familias que ten\u00edan el virus tienden a compartir una mutaci\u00f3n viral similar porque ten\u00edan el mismo virus. Son un grupo de transmisi\u00f3n. Para que pueda observar los grupos y ver a d\u00f3nde van alrededor del mundo y mapear su propagaci\u00f3n. Si luego secuencia genomas virales en una nueva regi\u00f3n, digamos, Italia, donde el virus se ha propagado, y todos eran parte del mismo grupo, podr\u00edamos estar razonablemente seguros de que hubo una introducci\u00f3n del virus en la regi\u00f3n. Pero si los genomas virales son de diferentes grupos, eso significar\u00eda que hay muchos eventos de siembra, que luego forman peque\u00f1os grupos all\u00ed.<\/p>\n RN: Realmente no te da informaci\u00f3n sobre la severidad de los brotes. Le dice c\u00f3mo se agrupan los diferentes brotes y qu\u00e9 tan locales son los diferentes brotes. Entonces, si me preguntan, no hay muchas dudas de que se convertir\u00e1 en una pandemia.<\/p>\n Nota del editor: esta entrevista ha sido editada para ser breve.<\/em><\/p>\n Ashley Yeager es editora asociada de <\/em>The Scientist. Env\u00edele un correo electr\u00f3nico a <\/em>ayeager@the-scientist.com<\/em>.<\/em> S\u00edgala en Twitter <\/em>@AshleyJYeager<\/em>.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" ARRIBA: Los genomas virales del SARS-CoV-2 revelan su recorrido por todo el mundo. Los c\u00edrculos marcan el tama\u00f1o de los brotes en diferentes regiones y las l\u00edneas de colores representan qu\u00e9 grupos de cepas se propagaron a esas regiones. El mapa incluye datos recopilados hasta el 15 de febrero. 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TS<\/em>: \u00bfPuedes estimar el n\u00famero de infecciones del \u00e1rbol?<\/h3>\n
TS<\/em>: \u00bfQu\u00e9 tipo de estimaciones obtiene utilizando esta t\u00e9cnica?<\/h3>\n
TS<\/em>: \u00bfQu\u00e9 pueden decir los datos sobre los or\u00edgenes del virus?<\/h3>\n
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TS<\/em>: \u00bfPueden los datos de mutaci\u00f3n decirle si el virus se est\u00e1 volviendo m\u00e1s virulento?<\/h3>\n
TS<\/em>: \u00bfC\u00f3mo ayudan los linajes virales a rastrear la transmisi\u00f3n de la enfermedad?<\/h3>\n
TS<\/em>: \u00bfNextStrain le da alguna pista sobre la severidad de los brotes y si los brotes se convertir\u00e1n en una pandemia?<\/h3>\n