ARRIBA: ISTOCK.COM, THEASIS<\/p>\n
Los cient\u00edficos han identificado m\u00e1s de 2000 genes humanos relacionados con el COVID-19, pero la mayor parte de los la literatura publicada est\u00e1 dominada solo por un peque\u00f1o subconjunto de ellos, un hecho que puede estar limitando el progreso en la lucha contra la pandemia.<\/p>\n
Un equipo de la Universidad Northwestern, dirigido por el cient\u00edfico de datos Thomas Stoeger, hab\u00eda demostrado previamente que Los cient\u00edficos tienden a centrarse en un pu\u00f1ado de genes, espec\u00edficamente, menos del 20 por ciento de todos los genes en el genoma humano representaron m\u00e1s del 90 por ciento de las publicaciones que analizaron. Antes del Proyecto del Genoma Humano, los cient\u00edficos ten\u00edan una visi\u00f3n incompleta del conjunto completo de genes humanos y confiaban m\u00e1s en aquellos que ten\u00edan an\u00e1logos en organismos modelo o que eran m\u00e1s f\u00e1ciles de estudiar mediante experimentos knockout. El advenimiento de la tecnolog\u00eda de secuenciaci\u00f3n moderna, que incluye herramientas complementarias como CRISPR, espectrometr\u00eda de masas y enfoques basados en ARN, ha ampliado lo que saben los investigadores, pero parece que los cient\u00edficos a\u00fan se aferran a patrones antiguos.<\/p>\n
Thomas StoegerHelio Tejedor Navarro<\/p>\n
En un En un estudio publicado hoy (24 de noviembre) en eLife<\/em>, Stoeger y su colega de Northwestern, Lus Amaral, observaron la investigaci\u00f3n de COVID-19 para ver si los cient\u00edficos estaban priorizando de manera similar ciertos genes durante la pandemia en informes de casos e investigaciones sobre mecanismos de infecci\u00f3n y transmisi\u00f3n, herramientas de diagn\u00f3stico y tratamientos. La pareja analiz\u00f3 10\u00a0395 art\u00edculos publicados y preprints y compar\u00f3 los genes estudiados en esas publicaciones con una lista de genes vinculados al virus a trav\u00e9s de estudios de asociaci\u00f3n de genoma completo (GWAS).<\/p>\n A medida que avanza la pandemia, encontraron, los cient\u00edficos se han centrado en un peque\u00f1o subconjunto de genes con exclusi\u00f3n de otros que tambi\u00e9n pueden ser importantes. De los aproximadamente 2000 genes identificados por los informes de GWAS, solo 611 se incluyeron en la literatura que analizaron. En particular, tres genes, que codifican [KG1] para la enzima convertidora de angiotensina 2 (ACE2), un receptor que el virus usa para ingresar a las c\u00e9lulas; prote\u00edna C reactiva, un marcador de inflamaci\u00f3n; y la interleucina 6, una mol\u00e9cula de se\u00f1alizaci\u00f3n involucrada en las respuestas inflamatorias, represent\u00f3 el 25 por ciento de la investigaci\u00f3n total. Cuando compararon estos art\u00edculos sobre la COVID-19 con un conjunto de aproximadamente 466 000 art\u00edculos que no eran sobre la COVID-19 anteriores a 2016, Stoeger y Nunes descubrieron que, independientemente de si la investigaci\u00f3n se relacionaba o no con la pandemia, los mismos tipos de genes que son ventajosos para la experimentaci\u00f3n a\u00fan atraen la mayor atenci\u00f3n. <\/p>\n El cient\u00edfico <\/em>habl\u00f3 con Stoeger sobre c\u00f3mo los investigadores eligen qu\u00e9 genes estudiar, qu\u00e9 informaci\u00f3n podr\u00edan estar perdiendo y las formas en que la investigaci\u00f3n puede abrirse a genes que antes se hab\u00edan pasado por alto. <\/p>\n El cient\u00edfico<\/em><\/strong>:<\/strong> <\/em><\/strong> En el art\u00edculo, usted menciona este sesgo hist\u00f3rico en torno a los genes en los que los cient\u00edficos eligen enfocarse, y habla sobre c\u00f3mo estas elecciones son anteriores al Proyecto Genoma Humano. \u00bfPuedes describir c\u00f3mo seleccionaban las personas los genes para estudiar antes del Proyecto Genoma Humano?<\/strong><\/p>\n Thomas Stoeger: <\/strong>La ciencia es dif\u00edcil, por lo que los cient\u00edficos comienzan con la problemas de investigaci\u00f3n menos dif\u00edciles. Las preguntas de investigaci\u00f3n en las que trabajaron los cient\u00edficos antes del Proyecto Genoma Humano tend\u00edan a ser sobre genes que son interesantes y muy \u00fatiles para estudiar, pero tambi\u00e9n resultaron ser m\u00e1s f\u00e1ciles de estudiar de diferentes maneras. <\/p>\n Una manera es que los genes humanos [que eligieron] tambi\u00e9n ten\u00edan genes relacionados en organismos modelo, como moscas de la fruta o gusanos, y el gen relacionado ya hab\u00eda sido estudiado. Los genes m\u00e1s cortos tambi\u00e9n se han estudiado mucho m\u00e1s que otros. . . porque son m\u00e1s f\u00e1ciles de trabajar. Y tambi\u00e9n hay algunas otras propiedades qu\u00edmicas, por ejemplo, las prote\u00ednas codificadas por los genes. Cuando las prote\u00ednas se asientan en el exterior de la c\u00e9lula, por ejemplo, es m\u00e1s f\u00e1cil acceder a ellas. Todas estas cosas juntas hicieron que la experimentaci\u00f3n fuera menos dif\u00edcil.<\/p>\n TS<\/em><\/strong>: <\/strong> <\/em><\/strong>\u00bfC\u00f3mo se basa este nuevo art\u00edculo en el trabajo anterior que ha realizado para analizar este sesgo en la elecci\u00f3n de genes para la investigaci\u00f3n?<\/strong><\/p>\n Stoeger: <\/strong>Es nuestro deseo capturar todos los aspectos de la biolog\u00eda y hacer que est\u00e9n interrelacionados para que podamos comparar las cuestiones sociales con las cuestiones de qu\u00edmica [y] biolog\u00eda. Conceptualmente, este documento es un poco diferente del anterior. El \u00faltimo fue principalmente sobre cosas que estaban en el pasado. Ahora, queremos saber para algo muy actual en el que muchos cient\u00edficos est\u00e1n trabajando en lo mismo, \u00bfhasta qu\u00e9 punto nos apegamos al mismo sesgo del pasado o hasta qu\u00e9 punto hacemos algo nuevo? Entonces, tal vez la mejor respuesta ser\u00eda para m\u00ed decir que queremos saber si las amenazas globales emergentes est\u00e1n sujetas a los mismos sesgos que afectan al resto de la literatura m\u00e9dica.<\/p>\n TS<\/em><\/strong>: <\/strong>\u00bfMe puede contar un poco m\u00e1s sobre <\/strong>LitCovid<\/strong>, \u00bfel programa que us\u00f3 para identificar los genes que se est\u00e1n estudiando en la investigaci\u00f3n de COVID-19?<\/strong><\/p>\n Stoeger: <\/strong>Soy un cient\u00edfico de datos que trata de integrar muchos recursos diferentes. Siempre estoy especialmente agradecido cuando otras instituciones ya han limpiado los datos y los han mejorado. <\/p>\n LitCovid es una lista seleccionada de publicaciones relacionadas con COVID-19 [administrada por los Health], y ya han etiquetado computacionalmente conceptos individuales dentro de esos art\u00edculos. Puedes imaginarlo con todos los res\u00famenes, t\u00edtulos y resultados, y cada vez que hay una palabra vinculada a un gen, hay algo insertado en el texto que dice: Aqu\u00ed hay un gen, y cada gen tiene un n\u00famero \u00fanico. Computacionalmente, lo que est\u00e1n haciendo es usar un tipo de procesamiento de lenguaje natural para hacer un modelo de c\u00f3mo funciona el lenguaje y crear etiquetas que se relacionen con genes o enfermedades. comb\u00ednelo con otros datos, como datos del pasado o datos de diferentes experimentos, para ver c\u00f3mo todas estas cosas diferentes se relacionan entre s\u00ed.<\/p>\n TS<\/em><\/strong> :<\/strong> <\/em><\/strong>\u00bfQu\u00e9 tipo de informaci\u00f3n podr\u00edamos estar perdiendo si nos enfocamos solo en este peque\u00f1o subconjunto de genes?<\/strong> ><\/p>\n Stoeger: <\/strong>La respuesta honesta es que realmente no lo sabemos. No sabemos qu\u00e9 hacen todos estos otros genes que aparecen en grandes experimentos relacionados con COVID-19. Muchos de los genes m\u00e1s estudiados en la literatura sobre COVID-19 son genes muy importantes y deben estudiarse, pero no son la historia completa.<\/p>\n TS<\/em><\/strong> :<\/strong> <\/em><\/strong>\u00bfC\u00f3mo pueden los cient\u00edficos salir de esta rutina y llevar algunos de estos genes inexplorados al trabajo de los cient\u00edficos?<\/strong> <\/p>\n Stoeger: <\/strong>Esto es algo que trataremos de responder en un pr\u00f3ximo trabajo al analizar hist\u00f3ricamente casos en los que las personas lograron hacer que algunos genes fueran m\u00e1s populares, [aunque] nos damos cuenta de que es muy raro que las personas tengan \u00e9xito. <\/p>\n Pero hay algunas estrategias que podr\u00edan funcionar mejor que otras. Una estrategia es b\u00e1sicamente . . . Tome estos experimentos que examinan nuestros genes y enf\u00f3quese realmente en los nuevos. Otra cosa para fomentar el trabajo en este sector [ser\u00eda] iniciativas que soliciten subvenciones de investigaci\u00f3n individuales. En este momento, estos solo incluyen un par de genes, pero tal vez haya 10,000 o m\u00e1s genes que valdr\u00eda la pena estudiar. Y luego hay una estrategia que yo personalmente sigo, que es tomar un contexto biol\u00f3gico realmente importante que ya se ha estudiado mucho, como el envejecimiento, y tomar toda la evidencia que existe y enfocarse en estos genes que se han pasado por alto pero que tienen alguna evidencia creciente de que son importantes.<\/p>\n TS<\/em><\/strong>:<\/strong> Dijiste que si miras en la historia , hay ejemplos de genes que se est\u00e1n volviendo m\u00e1s populares. \u00bfTiene alg\u00fan ejemplo de eso que le venga a la mente?<\/strong><\/p>\n Stoeger:<\/strong> Hay un gen llamado C9orf72 <\/em>que ahora es uno de los genes m\u00e1s populares de los \u00faltimos 10 a\u00f1os. Un grupo [llev\u00f3 a cabo] estudios de asociaci\u00f3n de genoma completo para la asociaci\u00f3n entre algunas enfermedades neurol\u00f3gicas y diferentes mutaciones en el genoma humano. Descubrieron que las mutaciones en este gen estaban asociadas con [demencia y esclerosis lateral amiotr\u00f3fica (ELA)]. La gente no esperaba que este gen estuviera relacionado con estas enfermedades, pero de repente se demostr\u00f3 que este gen por s\u00ed solo era mejor para explicar qu\u00e9 pacientes sufrir\u00edan las enfermedades que cualquier otro gen que ya se hab\u00eda estudiado.<\/p>\n T. Stoeger, LAN Amaral, la investigaci\u00f3n sobre la COVID-19 corre el riesgo de ignorar genes importantes del hu\u00e9sped debido a patrones de investigaci\u00f3n preestablecidos, <\/strong>eLife<\/em><\/strong>, doi:10.7554 \/eLife.61981, 2020.<\/strong><\/p>\n Nota del editor: la entrevista fue editada por motivos de brevedad.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" ARRIBA: ISTOCK.COM, THEASIS Los cient\u00edficos han identificado m\u00e1s de 2000 genes humanos relacionados con el COVID-19, pero la mayor parte de los la literatura publicada est\u00e1 dominada solo por un peque\u00f1o subconjunto de ellos, un hecho que puede estar limitando el progreso en la lucha contra la pandemia. 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He aqu\u00ed por qu\u00e9.<\/h3>\n
Ver dos regiones gen\u00e9ticas vinculadas con COVID grave -19<\/h3>\n