ARRIBA: ISTOCK.COM, NOBI_PRIZUE<\/p>\n
El genoma humano de referencia es un modelo de ADN que se utiliza como est\u00e1ndar para la comparaci\u00f3n en investigaci\u00f3n b\u00e1sica y entornos cl\u00ednicos. A pesar de las mejoras en la precisi\u00f3n y la integridad que se han realizado a lo largo de los a\u00f1os, todav\u00eda alberga limitaciones que pueden dar lugar a resultados err\u00f3neos.<\/p>\n
En la versi\u00f3n actual de la referencia, denominada GRCh38 o Build 38, el 93 % de los La secuencia proviene de solo 11 individuos y el 70 por ciento de un solo hombre, lo que resulta en una falta de diversidad y al menos 300 millones de letras de ADN faltantes. Adem\u00e1s, un peque\u00f1o porcentaje de los genes en el genoma de referencia est\u00e1n representados por alelos que no son las formas m\u00e1s comunes de los genes.<\/p>\n
Para abordar estos problemas, algunos cient\u00edficos est\u00e1n desarrollando una nueva referencia, denominada pangenoma o genoma gr\u00e1fico, que contiene una vasta colecci\u00f3n de genomas que representan todas las secuencias de ADN posibles para cualquier locus dado. Pero representar estos datos, los 3 mil millones de bases en una sola persona, multiplicado por los cientos o miles de individuos que los cient\u00edficos buscan incluir, es extremadamente complicado.<\/p>\n
El problema con un pangenoma es que incorporarlo a las pr\u00e1cticas de investigaci\u00f3n y software existentes ser\u00eda una empresa enorme porque requiere una representaci\u00f3n gr\u00e1fica en lugar de un solo genoma lineal. Por ejemplo, los m\u00e9todos utilizados para la transcript\u00f3mica, que pueden indicar a los cient\u00edficos qu\u00e9 genes est\u00e1n activos en una c\u00e9lula en particular, necesitar\u00edan una revisi\u00f3n completa.<\/p>\n
\nMientras que una disminuci\u00f3n absoluta de un factor de dos a tres sonidos como una diferencia impresionante, en realidad, va de lo que yo dir\u00eda que es excepcionalmente bueno a un poco m\u00e1s que excepcionalmente bueno.<\/p>\n
Jesse Gillis, Cold Spring Harbor Laboratory<\/p><\/blockquote>\n
La mayor\u00eda de los m\u00e9todos que transcriben la expresi\u00f3n an\u00e1lisis, trabajan en, o esperan como entrada, una sola secuencia como un solo genoma de referencia. No esperan un gr\u00e1fico, dice Christina Boucher, investigadora de bioinform\u00e1tica de la Universidad de Florida. Eso es un gran salto en la entrada. Entonces, los m\u00e9todos que realmente hacen la expresi\u00f3n de transcripci\u00f3n tendr\u00edan que volver a desarrollarse para tomar un gr\u00e1fico en lugar de una sola referencia. Los algoritmos en s\u00ed mismos tendr\u00edan que volver a desarrollarse.<\/p>\n
Es por eso que investigadores como Jesse Gillis, bi\u00f3logo computacional del Laboratorio Cold Spring Harbor, tuvieron una nueva idea: el genoma de consenso. Todav\u00eda es un genoma \u00fanico como la referencia actual, pero representa los alelos m\u00e1s comunes entre miles de individuos en lugar de los pocos individuos que se usaron para hacer la referencia actual que ten\u00edan en su ADN. Esto permite una adopci\u00f3n casi indolora en cuanto a su uso en el software de an\u00e1lisis del genoma existente, dice Gillis.<\/p>\n
En una preimpresi\u00f3n publicada en bioRxiv<\/em> el 22 de diciembre, Gillis y sus colegas, incluyendo a Alexander Dobin de Cold Spring Harbor Laboratory, quien desarroll\u00f3 el popular software de an\u00e1lisis de secuencias de ARN STAR, compara su genoma de consenso con el genoma de referencia actual, as\u00ed como con los genomas de consenso espec\u00edficos de la poblaci\u00f3n que crearon representando superpoblaciones como las de Asia oriental y subpoblaciones como chinos han en Beijing.<\/p>\n
Consulte El pangenoma: \u00bfEst\u00e1n muertos los genomas de referencia \u00fanica? subpoblaciones, agrupadas en cinco superpoblaciones. Probaron el rendimiento de GRCh38 y de cada genoma de consenso durante la transcript\u00f3mica usando STAR, para ver si la mejora en el genoma de referencia de entrada mejorar\u00eda el an\u00e1lisis de expresi\u00f3n g\u00e9nica.<\/p>\n
Al igual que el an\u00e1lisis de ADN, los datos recibidos durante la secuenciaci\u00f3n de ARN vienen en partes llamadas lecturas. . Para determinar de d\u00f3nde provienen estas piezas en el genoma, los investigadores a menudo comparan estas lecturas con un genoma de referencia, un proceso conocido como mapeo o alineaci\u00f3n. Luego, pueden contar cu\u00e1nto ARN mensajero hay para cada gen para cuantificar la actividad del gen.<\/p>\n
Como l\u00ednea de base, Gillis y sus colegas primero alinearon las lecturas de un individuo con su propio genoma y midieron el gen. expresi\u00f3n. Luego hicieron lo mismo usando los genomas de referencia y de consenso y compararon los resultados con la l\u00ednea base, cuantificando las diferencias, o la cantidad de error, entre ellos.<\/p>\n
Descubrieron que, mientras que las imprecisiones producidas por el genoma de referencia durante la alineaci\u00f3n y la medici\u00f3n de la expresi\u00f3n g\u00e9nica son menores, seg\u00fan Gillis, los genomas de consenso ten\u00edan incluso menos errores. Espec\u00edficamente, en comparaci\u00f3n con el genoma de referencia, los genomas de consenso arrojaron una mejora en la tasa de error de mapeo de alrededor del 9 por ciento a alrededor del 4 por ciento. Y debido a que los errores en el mapeo dar\u00e1n como resultado errores al contar el ARN mensajero, la referencia tambi\u00e9n gener\u00f3 errores en la medici\u00f3n de la expresi\u00f3n g\u00e9nica en casi seis veces m\u00e1s genes que el consenso.<\/p>\n
Si bien hubo una disminuci\u00f3n absoluta de un factor de dos a tres suena como una diferencia impresionante, en realidad, va de lo que yo dir\u00eda que es excepcionalmente bueno a un poco m\u00e1s que excepcionalmente bueno, dice Gillis. Y eso deber\u00eda ser un alivio porque llevamos mucho tiempo haciendo ciencia usando la referencia. Si descubri\u00e9ramos que esta es una diferencia que cambia la vida, ser\u00eda preocupante.<\/p>\n
Gillis y su equipo tambi\u00e9n encontraron que los genomas espec\u00edficos de la poblaci\u00f3n solo ten\u00edan una mejora marginal en la reducci\u00f3n de errores m\u00e1s all\u00e1 del consenso general, un m\u00e1ximo diferencia de alrededor del 1 por ciento. Esto sugiere que tener referencias dedicadas para cada poblaci\u00f3n puede ser innecesario para el an\u00e1lisis de secuenciaci\u00f3n de ARN.<\/p>\n
Esta es una buena noticia para Elizabeth Atkinson del Hospital General de Massachusetts y el Instituto Broad del MIT y Harvard, que estudia poblaciones mixtas cuya ascendencia reciente proviene de m\u00faltiples fuentes. Ella dice que los genomas espec\u00edficos de la poblaci\u00f3n no solo dificultar\u00edan la comparaci\u00f3n de individuos con m\u00faltiples ancestros entre s\u00ed, sino que simplemente asignar personas a esos grupos es un desaf\u00edo.<\/p>\n
Si tiene a alguien de ascendencia mixta, \u00bfqu\u00e9 ascendencia Qu\u00e9 eliges para su genoma de consenso de poblaci\u00f3n? dice Atkinson. La poblaci\u00f3n se est\u00e1 mezclando m\u00e1s con el tiempo, por lo que tiene sentido para m\u00ed que, si la opci\u00f3n de [consenso] pan-especies parece funcionar tan bien [como el consenso espec\u00edfico de la poblaci\u00f3n], eso solucionar\u00eda algunas de esas arrugas en t\u00e9rminos de comparaci\u00f3n entre poblaciones y decidir c\u00f3mo asignar personas a su poblaci\u00f3n correcta.<\/p>\n
Aunque Gillis dice que cree que otros investigadores podr\u00edan replicar estos genomas de consenso con bastante rapidez, \u00e9l y sus colegas han desarrollado un software para que puedan construir su propio consenso y realizar la secuenciaci\u00f3n del ARN. Los programas son gratuitos, de c\u00f3digo abierto y est\u00e1n disponibles en GitHub.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
ARRIBA: ISTOCK.COM, NOBI_PRIZUE El genoma humano de referencia es un modelo de ADN que se utiliza como est\u00e1ndar para la comparaci\u00f3n en investigaci\u00f3n b\u00e1sica y entornos cl\u00ednicos. A pesar de las mejoras en la precisi\u00f3n y la integridad que se han realizado a lo largo de los a\u00f1os, todav\u00eda alberga limitaciones que pueden dar lugar a resultados … Continuar leyendo \u00abUn nuevo genoma humano de referencia representa las secuencias m\u00e1s comunes\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-37054","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/37054","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=37054"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/37054\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=37054"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=37054"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=37054"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}