ARRIBA: ISTOCK.COM, DKOSIG<\/p>\n
Martha Nelson, bi\u00f3loga s\u00e9nior en el Laboratorio de Enfermedades Parasitarias de el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas de EE. UU. rastrea las variantes del SARS-CoV-2 lo m\u00e1s cerca posible del tiempo real. Sin embargo, vincular los datos de la secuencia gen\u00e9tica viral con los detalles sobre la persona de la que proviene la muestra a menudo es imposible; sin embargo, esos detalles son cruciales para comprender c\u00f3mo se est\u00e1 propagando el virus.<\/p>\n
Ha sido dolorosamente lento porque no existe un sistema nacional para intercambio de datos y montones de tr\u00e1mites burocr\u00e1ticos para obtener los metadatos del paciente necesarios para que una secuencia gen\u00e9tica sea significativa, escribe Nelson a The Scientist <\/em> en un correo electr\u00f3nico. El CDC ha estado liderando los esfuerzos para aumentar la secuenciaci\u00f3n de los EE. UU. en t\u00e9rminos de volumen, pero la falta de coordinaci\u00f3n y el intercambio de datos hace que la informaci\u00f3n est\u00e9 fragmentada y sea dif\u00edcil de interpretar.<\/p>\n Lo que ser\u00eda ideal, dice, es casando los datos de secuencia con la informaci\u00f3n de rastreo de contactos, pero por ahora, ella y sus colegas se ven obligados a reunir la informaci\u00f3n geogr\u00e1fica y cl\u00ednica que puedan para rastrear las variantes del SARS-CoV-2 en todo el pa\u00eds. La cient\u00edfica <\/em>habl\u00f3 con Nelson sobre su investigaci\u00f3n y las barreras que enfrenta.<\/p>\n Martha NelsonAARON SCHWARTZBARD<\/p>\n Martha Nelson: <\/strong>Mis objetivos son comprender c\u00f3mo se transmiten estas variantes en los EE. UU. . Podemos ver que hay una cierta proporci\u00f3n de estos virus que comprenden una proporci\u00f3n de la poblaci\u00f3n estadounidense de virus SARS-CoV-2. Y para algunas de estas variantes, todav\u00eda es muy peque\u00f1o. Pero esa proporci\u00f3n solo te dice mucho. No te dice c\u00f3mo llegan estos virus aqu\u00ed, qu\u00e9 tan bien se est\u00e1n propagando, qu\u00e9 tan r\u00e1pido se est\u00e1n propagando en diferentes lugares, cu\u00e1nto se est\u00e1n propagando en diferentes regiones de los EE. UU. Y eso es lo que podemos inferir de los datos gen\u00e9ticos, de las secuencias gen\u00e9ticas, al ver c\u00f3mo las variantes que vemos en diferentes estados, en diferentes ciudades, qu\u00e9 tan relacionadas gen\u00e9ticamente est\u00e1n, si son parte del mismo linaje de transmisi\u00f3n, o si aparecen ser introducciones separadas.<\/p>\n Aunque hay muchos menos viajes a nivel mundial y dentro de los EE. UU. en este momento debido a la pandemia, todav\u00eda hay muchas personas que vuelan por todo el mundo, y podemos ver c\u00f3mo estas variantes han sido introducido varias veces, probablemente a trav\u00e9s de viajes internacionales.<\/p>\n Entonces nuestra pregunta es, una vez que llegan aqu\u00ed, \u00bfcu\u00e1nto se est\u00e1n propagando? \u00bfParecen estar superando a otros virus? . . . \u00bfAmenazan nuestra estrategia de vacunaci\u00f3n? Mi trabajo es realmente analizar los datos gen\u00e9ticos y comprender lo que eso significa para el curso de la trayectoria de la epidemia en los EE. UU.<\/p>\n MN: <\/strong>En t\u00e9rminos de gran volumen de secuencias de SARS-CoV-2, EE. UU. es el n\u00famero dos detr\u00e1s del Reino Unido y hay un gran volumen de datos gen\u00e9ticos que salen de nuestros laboratorios. . . . Pero, al mismo tiempo, ha habido algunas \u00e1reas que son realmente luchas particulares para los EE. UU., y algunas de ellas simplemente se relacionan con la forma en que nuestro pa\u00eds est\u00e1 descentralizado y la forma en que los datos se recopilan ad hoc, por grupos acad\u00e9micos, por salud p\u00fablica. laboratorios Y no existe una coordinaci\u00f3n central ni un flujo de financiaci\u00f3n.<\/p>\n GISAID y GenBank son estas bases de datos donde se puede acceder muy f\u00e1cilmente a la secuencia gen\u00e9tica. . . . Lo que es realmente importante es poner esa secuencia gen\u00e9tica en contexto, y para hacerlo necesitas saber un poco sobre la persona de la que se obtuvo. Ser\u00eda realmente \u00fatil, por ejemplo, si ve variantes que se han recopilado en un determinado estado, \u00bfson todas de un solo hogar en ese estado? \u00bfEs esa una peque\u00f1a cadena de transmisi\u00f3n? \u00bfO se recopilan de varios condados diferentes separados por cientos de millas que podr\u00edan ser algo que est\u00e1 muy extendido en todo el estado?<\/p>\n Existen protecciones de la privacidad del paciente, pero la barrera real es compartirla a nivel nacional. , para que pueda obtener una imagen nacional, o incluso una imagen regional, y conectar los datos recopilados por diferentes grupos y obtener una imagen m\u00e1s hol\u00edstica de lo que est\u00e1 sucediendo con estas variantes en el pa\u00eds. Y eso es lo realmente dif\u00edcil de hacer.<\/p>\n MN: <\/strong>Algunos de \u00e9l es de personas que conozco que han secuenciado virus de una poblaci\u00f3n en particular. Muchos de los datos provienen de GISAID y son datos disponibles p\u00fablicamente. Intento usar la mayor cantidad de datos disponibles que puedo para obtener una imagen m\u00e1s amplia de lo que sucede en los EE. UU. Pero [cuando se trata de compartir datos], todav\u00eda es muy dif\u00edcil obtener datos adicionales.<\/p>\n Tenemos esta incre\u00edble herramienta de estos datos gen\u00e9ticos, pero creo que, de alguna manera, el poder de los datos gen\u00e9ticos tambi\u00e9n puede generar alarmas y hacer que la gente desconf\u00ede de que pueda usar estos datos gen\u00e9ticos para rastrear a un paciente individual y, a veces, se han informado en las noticias. Y no quiere tener este paciente cero que estuvo asociado con todo este brote de esta variante que demuestra socavar toda la vacuna. Las personas pueden imaginar estas narrativas que resultar\u00edan contraproducentes y potencialmente las castigar\u00edan por divulgar datos.<\/p>\n Usted comprende por qu\u00e9 las personas son reacias a compartir los datos. Nadie quiere compartir informaci\u00f3n que termine metiendo a alguien en problemas o viole la privacidad de alguien. Pero la cuesti\u00f3n es que todos est\u00e1n interpretando c\u00f3mo proteger la privacidad por su cuenta. Realmente no hay un est\u00e1ndar s\u00f3lido en este momento, y es algo donde una mayor claridad ser\u00eda realmente \u00fatil.<\/p>\n MN: <\/strong>Algunas de las ideas que han surgido son la creaci\u00f3n de nuevas bases de datos que estar\u00edan casi protegidas. As\u00ed que hay diferentes niveles de protecci\u00f3n para los datos gen\u00e9ticos. GenBank es completamente p\u00fablico, cualquiera puede usar esos datos, no hay restricciones. Luego tiene GISAID, donde puede acceder a los datos y puede verlos, pero no puede compartirlos directamente con nadie m\u00e1s. Debe reconocer la fuente de los datos en la tabla complementaria. Lo alentamos a que trabaje con las personas que enviaron los datos.<\/p>\n Es algo as\u00ed como la recta final, y si podemos controlarlo hasta que tengamos suficientes personas vacunadas, realmente podr\u00edamos evitar este problema de variante.<\/p>\n<\/blockquote>\n Pero entonces existe la posibilidad de que se necesite otra base de datos, donde las personas se sentir\u00edan m\u00e1s c\u00f3modas enviando metadatos de pacientes potencialmente m\u00e1s privados que estar\u00edan restringidos a un cierto n\u00famero de personas que pueden interpretan los datos de forma rigurosa y que cuentan con herramientas bioinform\u00e1ticas de visualizaci\u00f3n de los datos para que las personas que los env\u00edan puedan interpretarlos r\u00e1pidamente. Y tenemos este dise\u00f1o en mente de este ecosistema perfecto donde las personas podr\u00edan enviar sus secuencias y sus metadatos, y las herramientas de visualizaci\u00f3n los ayudar\u00edan a interpretarlos en tiempo real, y eso fomentar\u00eda el env\u00edo de datos, y eso tambi\u00e9n permitir\u00eda a las personas obtener una imagen m\u00e1s hol\u00edstica que incluye datos de muchos grupos de todo el pa\u00eds. Eso es algo que creo que es una de las formas m\u00e1s realistas de avanzar.<\/p>\n MN: <\/strong>Realmente estamos en una carrera contra el tiempo con el lanzamiento de la vacuna y estas variantes comienzan a surgir. Quiero decir, lo sabemos por lo que hemos visto en Europa y en otros pa\u00edses, Brasil, Sud\u00e1frica. . . e incluso algunas de nuestras variantes de cosecha propia en California, en Nueva York, que estas variantes tienen la capacidad de despegar r\u00e1pidamente en las poblaciones. Y sabemos que est\u00e1n hirviendo a fuego lento en niveles bajos. . . . Estuvimos algo as\u00ed como [en] la calma antes de la tormenta, ya que es probable que ocurran r\u00e1fagas de transmisi\u00f3n. Y cu\u00e1ntas personas hemos vacunado para cuando comiencen estos brotes es realmente la pregunta de la carrera contra el tiempo.<\/p>\n Pero s\u00ed enfatiza que estamos en este per\u00edodo de inflexi\u00f3n realmente importante en este momento, donde hay muchas motivaci\u00f3n para levantar restricciones y abrir negocios y abrir restaurantes. Y hacer eso bien, ya que estas variantes se transmiten debajo de nuestras narices y crean las condiciones para nuevas epidemias es algo as\u00ed como la recta final, y si podemos mantener un l\u00edmite hasta que tengamos suficientes personas vacunadas, realmente podr\u00edamos prevenir este problema de variantes.<\/p>\n Creo que los pr\u00f3ximos meses van a ser muy interesantes para ver c\u00f3mo se desarrollan las variantes con esta combinaci\u00f3n de una proporci\u00f3n que se vacuna, variantes . . . que ya estaban viendo comenzar a despegar en ciertos lugares, y el levantamiento de restricciones que facilita esa [propagaci\u00f3n].<\/p>\n Puedo decirles a partir de nuestros datos iniciales que la baja proporci\u00f3n de variantes que vemos en general, sin duda para algunas de estas variantes en ciertos lugares, desmiente una historia en la que si miras la gen\u00e9tica, puedes ver que hay grupos de transmisi\u00f3n. . . . Hay tanta heterogeneidad en la transmisi\u00f3n del SARS-CoV-2. As\u00ed que tienes este sistema en el que se filtra y se filtra, y luego tienes algo de superpropagaci\u00f3n y eso simplemente facilita un cambio completo en la forma en que se desarrolla la epidemia.<\/p>\n Nota del editor: esta entrevista fue editado por razones de brevedad. <\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" ARRIBA: ISTOCK.COM, DKOSIG Martha Nelson, bi\u00f3loga s\u00e9nior en el Laboratorio de Enfermedades Parasitarias de el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas de EE. UU. rastrea las variantes del SARS-CoV-2 lo m\u00e1s cerca posible del tiempo real. Sin embargo, vincular los datos de la secuencia gen\u00e9tica viral con los detalles sobre la persona de la que … Continuar leyendo \u00abPreguntas y respuestas: Las lagunas en los datos dificultan el seguimiento de las variantes del SARS-COV-2\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-37186","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/37186","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=37186"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/37186\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=37186"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=37186"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=37186"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}La cient\u00edfica<\/em>: \u00bfCu\u00e1l es su papel en el seguimiento del SARS-CoV-2? variantes en los EE. UU. y \u00bfcu\u00e1les son sus principales objetivos en este trabajo?<\/h3>\n
TS<\/em>: Me dijiste en un correo electr\u00f3nico que el progreso hab\u00eda sido dolorosamente lento. \u00bfPuede dar m\u00e1s detalles sobre los desaf\u00edos hasta la fecha?<\/h3>\n
TS<\/em>: \u00bfDe d\u00f3nde provienen sus datos?<\/h3>\n
TS<\/em>: Eso lleva muy bien a mi siguiente pregunta, que es: \u00bfC\u00f3mo \u00bfCrees que podemos mejorar el sistema para rastrear mejor las variantes en el futuro? \u00bfC\u00f3mo podemos superar estos problemas?<\/h3>\n
\n
TS<\/em>: S\u00e9 que todav\u00eda tiene que publicar sobre esta investigaci\u00f3n, pero \u00bfhay algo preliminar que pueda cu\u00e9ntame en este punto sobre las variantes que circulan en este pa\u00eds? Y relacionado, \u00bfc\u00f3mo espera que evolucione esta situaci\u00f3n?<\/h3>\n