ARRIBA: ISTOCK.COM, DHDEZVALLE<\/p>\n
Los cambios en el genoma del SARS-CoV-2, incluidos algunos de los que se encuentran en las variantes que circulan actualmente, pueden afectar negativamente la detecci\u00f3n del virus mediante PCR de transcripci\u00f3n inversa (RT), seg\u00fan un estudio publicado el 26 de abril en el Journal of Clinical Microbiology<\/em>. Los investigadores proponen que las mutaciones en los loci reconocidos por los cebadores de ADN pueden reducir la amplificaci\u00f3n de las secuencias virales y, como resultado, dificultar potencialmente la detecci\u00f3n del virus en muestras de individuos positivos para COVID-19.<\/p>\n Este hallazgo no es motivo de p\u00e1nico en toda regla, dicen los autores. Pensamos que tal vez esto podr\u00eda ser m\u00e1s com\u00fan que no. Pero resulta que, en realidad, es bastante raro, dice el coautor David Wang, vir\u00f3logo de la Universidad de Washington. Wang y sus colegas recomiendan que las pruebas de diagn\u00f3stico incluyan m\u00e1s de un objetivo para garantizar una detecci\u00f3n adecuada del SARS-CoV-2. Si bien una serie de productos ya incluyen varios objetivos gen\u00e9ticos, algunos ensayos de RT-PCR de COVID-19 autorizados para uso de emergencia marcan solo uno.<\/p>\n Los cebadores utilizados para los ensayos de RT-PCR se desarrollaron a principios de la pandemia, cuando el virus SARS-CoV-2 fue secuenciado por primera vez. Con base en informaci\u00f3n sobre otros coronavirus, los investigadores dise\u00f1aron cebadores de PCR para amplificar secuencias en el genoma viral que se cree que permanecen relativamente estables. El enfoque se ha utilizado con gran \u00e9xito, detectando SARS-CoV-2 en muestras de hisopos nasofar\u00edngeos, saliva e incluso aguas residuales.<\/p>\n En la Universidad de Washington, el laboratorio de diagn\u00f3stico molecular del Hospital Barnes-Jewish ha estado utilizando la prueba Roche cobas SARS-CoV-2 para procesar muestras de pacientes. Busca el gen viral ORF1ab<\/em> as\u00ed como el gen E, que codifica la prote\u00edna de la cubierta. Para cualquier muestra dada, estos objetivos deber\u00edan tomar aproximadamente la misma cantidad de ciclos de PCR para ser detectados, un valor conocido como el umbral del ciclo.<\/p>\n Si tiene un valor alto en un gen, tiene un valor alto en el otro gen y viceversa, dice el coautor Bijal Parikh, pat\u00f3logo cl\u00ednico de la Universidad de Washington y director m\u00e9dico del laboratorio de diagn\u00f3stico molecular. Si bien la mayor\u00eda de las muestras que su equipo proces\u00f3 ten\u00edan valores de umbral de ciclo similares para los dos objetivos, algunas se desviaron de la correlaci\u00f3n esperada: a veces, el gen E no se amplific\u00f3 en el mismo grado que ORF1ab<\/em>.<\/p>\n A pesar de este curioso resultado, las pruebas a\u00fan identificaron correctamente las muestras positivas para SARS-CoV-2 en funci\u00f3n de la se\u00f1al ORF1ab<\/em>. Para averiguar qu\u00e9 estaba pasando con el gen E, el equipo secuenci\u00f3 un pu\u00f1ado de muestras virales. Descubrieron que tres muestras ten\u00edan una mutaci\u00f3n com\u00fan en el gen E, una que no estaba presente en ninguna de las variantes comunes que ahora circulan en la poblaci\u00f3n. Los investigadores proponen que la mutaci\u00f3n afecta la uni\u00f3n del cebador de PCR e interfiere con la amplificaci\u00f3n.<\/p>\n Desafortunadamente, no pudieron confirmar esta hip\u00f3tesis porque las secuencias del cebador y la sonda de los ensayos no est\u00e1n disponibles p\u00fablicamente. Sin embargo, el sitio mutado se encuentra dentro de la secuencia objetivo de los cebadores utilizados en un ensayo del gen E ampliamente utilizado desarrollado por investigadores de Charit Universittsmedizin Berlin en Alemania.<\/p>\n Otro estudio publicado en septiembre en el Journal of Clinical Microbiology<\/em> <\/em>inform\u00f3 resultados similares, donde las mutaciones en un sitio diferente dentro de la secuencia del gen E, objetivo del conjunto de sonda de cebador Charit, tambi\u00e9n interfirieron con RT-PCR en Roche cobas Ensayo SARS-CoV-2. Y en diciembre de 2020, Emily Crawford, bioqu\u00edmica de la Universidad de California, San Francisco, y sus colegas informaron en el Journal of Clinical Microbiology<\/em> un hallazgo relacionado: mutaciones en el gen N del SARS-CoV-2, que codifica la prote\u00edna de la nucleoc\u00e1pside del virus, redujo la sensibilidad de la prueba de RT-PCR al interferir con la uni\u00f3n del cebador.<\/p>\n Todav\u00eda estamos aprendiendo cu\u00e1les son las regiones m\u00e1s conservadas del virus y cu\u00e1les son las menos conservadas, dice Crawford. Hasta que realmente determinemos eso, tenemos que estar alerta, para estar preparados para que aparezca una mutaci\u00f3n en cualquier lugar.<\/p>\n La comunidad cient\u00edfica necesita m\u00e1s de este tipo de estudios, dice Chantal Vogels, vir\u00f3loga. en la Escuela de Salud P\u00fablica de Yale, que no particip\u00f3 en el nuevo trabajo. Dirigi\u00f3 un estudio publicado en julio de 2020 en Nature Microbiology<\/em> que analiz\u00f3 la sensibilidad y la eficiencia de los conjuntos de cebadores de SARS-CoV-2. Los investigadores descubrieron que una discrepancia entre un cebador y su secuencia objetivo result\u00f3 en una disminuci\u00f3n de la sensibilidad de la prueba.<\/p>\n La Administraci\u00f3n de Drogas y Alimentos de los EE. UU. (FDA) ha reconoci\u00f3 que las mutaciones del SARS-CoV-2 podr\u00edan interferir con las pruebas de COVID-19 y contin\u00faa monitoreando las variantes y evaluando los efectos potenciales en los ensayos de diagn\u00f3stico. La agencia tambi\u00e9n ha brindado recomendaciones a los desarrolladores para dise\u00f1ar pruebas de modo que las mutaciones virales tengan una evasi\u00f3n m\u00ednima, por ejemplo, al incluir m\u00faltiples objetivos gen\u00e9ticos. La FDA tambi\u00e9n aconseja a los desarrolladores que est\u00e9n atentos a las mutaciones que podr\u00edan alterar el rendimiento de la prueba y transmitir claramente las limitaciones de la prueba.<\/p>\n Desde el principio, hemos estado muy atentos a todas las diferentes variantes, dice Palani Kumaresan, el jefe de investigaci\u00f3n y desarrollo de Roche Diagnostic Solutions. En este momento, la compa\u00f1\u00eda no planea cambiar su prueba. La se\u00f1al del gen E es pan-sarbecovirus, el subg\u00e9nero de virus que incluye tanto el SARS-CoV como el SARS-CoV-2. Una se\u00f1al espec\u00edfica del SARS-CoV-2 proviene de Orf1ab<\/em>. Cuando combinamos esos dos, no vemos ning\u00fan impacto, dice Kumaresan. A\u00fan as\u00ed, Roche est\u00e1 monitoreando las variantes de coronavirus para detectar cualquier reducci\u00f3n en el rendimiento y ha lanzado una prueba de variante SARS-CoV-2 por separado con fines de investigaci\u00f3n.<\/p>\n Los Centros para el Control y la Prevenci\u00f3n de Enfermedades (CDC) de EE. UU. monitorean regularmente los cebadores. y sondas para su panel de diagn\u00f3stico de COVID-19 y prueba multiplex para la gripe y el COVID-19, le dice un representante de los medios de comunicaci\u00f3n de los CDC a The Scientist<\/em> por correo electr\u00f3nico. Los CDC tambi\u00e9n rastrean y caracterizan activamente las variantes del coronavirus a trav\u00e9s de los esfuerzos de vigilancia gen\u00f3mica.<\/p>\n Mientras el virus siga cambiando, lo cual es algo natural, solo necesita seguir monitoreando, dice Vogels. Tener estos estudios disponibles que analizan eso solo mejora nuestras pruebas.<\/p>\n S. Tahan et al., La variante del gen E del SARS-CoV-2 altera las caracter\u00edsticas de sensibilidad anal\u00edtica de la detecci\u00f3n viral mediante un ensayo comercial de RT-PCR, <\/strong>J Clin Microbiol<\/em><\/strong>, doi:10.1128\/JCM.00075-21, 2021.<\/strong><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" ARRIBA: ISTOCK.COM, DHDEZVALLE Los cambios en el genoma del SARS-CoV-2, incluidos algunos de los que se encuentran en las variantes que circulan actualmente, pueden afectar negativamente la detecci\u00f3n del virus mediante PCR de transcripci\u00f3n inversa (RT), seg\u00fan un estudio publicado el 26 de abril en el Journal of Clinical Microbiology. 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