FONDACI\u00d3N SACHA BOLLET \/ TARA OCEAN<\/p>\n
Un estudio publicado en Science<\/em> hoy (7 de abril) describe miles de virus de ARN reci\u00e9n descubiertos y duplica el n\u00famero de filos en los que se agrupan de 5 a 10.<\/p>\n Un equipo dirigido por el microbi\u00f3logo de la Universidad Estatal de Ohio, Matthew Sullivan, recolect\u00f3 muestras de agua del oc\u00e9ano, principalmente alrededor del C\u00edrculo Polar \u00c1rtico, y los secuenci\u00f3 en busca de ARN viral mediante la b\u00fasqueda de genes que codifican la ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp), que los virus de ARN utilizan para replicarse. Luego, el equipo us\u00f3 una supercomputadora y un algoritmo de aprendizaje autom\u00e1tico para construir un \u00e1rbol filogen\u00e9tico para los virus de ARN que presenta varios filos nuevos, actualiza algunos que ya estaban establecidos y llena algunos de los vac\u00edos que faltan en la historia evolutiva de los virus.<\/p>\n El cient\u00edfico<\/em> habl\u00f3 con Sullivan para obtener m\u00e1s informaci\u00f3n sobre el proyecto y c\u00f3mo los resultados podr\u00edan servir como recurso para comprender mejor los virus de ARN de la Tierra.<\/p>\n Matthew Sullivan:<\/strong> He estudiado virus de ADN durante mucho tiempo y hemos estado trabajando en virus de ADN oce\u00e1nico global. Parte del Consorcio Tara, que tiene como 30 IP de todo el mundo, parte de ese grupo estudia los eucariotas microbianos, y segu\u00edan diciendo, Matt, \u00bfqu\u00e9 pasa con los virus de ARN? Porque esos son los que esperamos que infecten a los eucariotas microbianos. Empec\u00e9 a aprender c\u00f3mo deber\u00edamos tratar de identificar los virus de ARN, y fue una tarea bastante grande. Podr\u00edas hacer una versi\u00f3n muy simple. Pero quer\u00edamos mejorar los an\u00e1lisis. As\u00ed que trabajamos mucho en esa secci\u00f3n.<\/p>\n MS: <\/strong>S\u00ed, eso es una gran cantidad de esfuerzo que el consorcio Tara Oceans lo puso por tres a\u00f1os. Entonces, el proceso es que tenemos un velero, y lo tenemos desde hace varios a\u00f1os, e \u00edbamos a salir a buscar caracter\u00edsticas interesantes en los oc\u00e9anos. Puede usar sensores remotos y sat\u00e9lites, puede usar nuestro conocimiento de las corrientes y puede usar el conocimiento de otros sitios de muestreo para encontrar d\u00f3nde tomar muestras.<\/p>\n Cuando paramos en el barco, literalmente tiramos botellas por la borda. Quiero decir, est\u00e1n en cables, y es un CTD [sensor de conductividad, temperatura y profundidad], y es elegante. Muestrear el agua a diferentes profundidades y luego hacer un mont\u00f3n de filtros sofisticados.<\/p>\n Quiero decir, cuando vimos [los resultados], pasamos tres a\u00f1os pele\u00e1ndonos entre nosotros por eso.<\/p>\n<\/blockquote>\n MS: <\/strong>Las zonas de convergencia donde se encuentran dos tipos de corrientes suelen ser biol\u00f3gicamente interesantes. En uno de ellos, frente a la punta de Sud\u00e1frica, cubrimos estos anillos de corriente de Agulhas. Esos tienen un marco de tiempo de un par de meses y nadie sab\u00eda realmente c\u00f3mo era la biolog\u00eda, as\u00ed que en realidad tratamos de seguir eso. Y luego el \u00c1rtico. Como puedes imaginar, es bastante complicado geopol\u00edticamente. Entonces, incluso la pol\u00edtica de obtener muestras fue un desaf\u00edo. Eso fue un gran problema y, por supuesto, sentimos que [era] realmente importante a la luz de la rapidez con la que se estaba perdiendo el hielo del \u00c1rtico.<\/p>\n MS:<\/strong> No ten\u00eda ninguna expectativa, lo admito. La biolog\u00eda de los virus de ARN es muy diferente de la de los virus de ADN y, en particular, de los fagos de ADN. As\u00ed que empec\u00e9 bastante ingenuo.<\/p>\n Ser\u00e9 honesto, esperaba ver muchos virus nuevos que estuvieran dentro de los cinco [phyla existentes]. Hubo este documento que describi\u00f3 la megataxonom\u00eda de cinco filos recientemente, y ten\u00eda datos de virus oce\u00e1nicos. Entonces, supongo que no ten\u00eda muchas esperanzas de descubrir nuevos filos, y mucho menos duplicar la cantidad de filos.<\/p>\n Quiero decir, cuando vimos [los resultados], pasamos tres a\u00f1os peleando entre nosotros por eso. . Realmente trabajamos de adentro hacia afuera para tratar de hacer todo lo que pudi\u00e9ramos para convencernos de esos hallazgos recientes.<\/p>\n MS: <\/strong>Creo que la pieza sofisticada es realmente este [an\u00e1lisis] de red de aprendizaje autom\u00e1tico por adelantado. Entonces, para el contexto, el gen objetivo es RdRp<\/em>, que tiene miles de millones de a\u00f1os y tiene una divergencia incre\u00edble entre los virus de ARN, lo que significa que cuando intentas alinear esas secuencias para la filogenia global, incluso solo usando ese gen. , es un desastre. Y ver\u00e1 que hay art\u00edculos de alto perfil en la literatura que discuten de un lado a otro sobre si la gente cree en estas filogenias globales. Entonces, para nosotros, debido a que est\u00e1bamos viendo lo que pens\u00e1bamos que eran muchos filos nuevos, quer\u00edamos organizar esa informaci\u00f3n por adelantado incluso antes de llegar al \u00e1rbol. Ese fue un gran paso: semiautomatizar el proceso para llegar a alineaciones seleccionadas. Y luego, en esas alineaciones, reconociendo que algunos de los filos anteriores en realidad se basaron en lo que considerar\u00edamos informaci\u00f3n deficiente en las alineaciones.<\/p>\n Establecimos algunos puntos de referencia en la filogen\u00e9tica para nosotros mismos decir, Oye, no vamos a confiar en partes de ese gran \u00e1rbol si no tienen ciertas caracter\u00edsticas. Luego dijimos, bueno, est\u00e1 bien, supongamos que el RdRp<\/em> nos est\u00e1 hablando un poco sobre biolog\u00eda. \u00bfQu\u00e9 otras caracter\u00edsticas podr\u00edamos mirar? Ah\u00ed es donde observamos el contexto gen\u00f3mico, los tipos de genes que ten\u00edan, las estructuras 3D del RdRp<\/em>, adem\u00e1s de la secuencia primaria, etc\u00e9tera, para tratar de comprender cu\u00e1nta otra informaci\u00f3n biol\u00f3gica es consistente con esta imagen de diez filos.<\/p>\n MS:<\/strong> Una vez que tienes un \u00e1rbol filogen\u00e9tico global, puedes ver la estructura de estos patrones y hacer preguntas sobre eventos evolutivos tempranos. Este fue realmente el coprimer autor, Ahmed Zayed, quien asumi\u00f3 el desaf\u00edo de ingresar a la literatura sobre virus de ARN y descubrir cu\u00e1les son las preguntas abiertas y qu\u00e9 es controvertido sobre la evoluci\u00f3n temprana del virus de ARN. Parte de eso es identificar el eslab\u00f3n perdido de algunos de los eventos evolutivos tempranos relacionados con las transcriptasas inversas o con algunos de los otros tipos de virus de ARN extra\u00f1os que existen.<\/p>\n MS: <\/strong>Creo que hubo mucho inter\u00e9s. No, realmente era que la secuenciaci\u00f3n metagen\u00f3mica pod\u00eda capturar virus de ADN. Y eso se encendi\u00f3 y escal\u00f3 antes. Y ahora la metatranscript\u00f3mica es m\u00e1s com\u00fan. Durante 20 a\u00f1os, el campo ha estado interesado, pero ha sido realmente dif\u00edcil de encontrar.<\/p>\n MS:<\/strong> La ICTV es antigua y tradicionalmente no ha permitido que los datos del genoma se utilicen solos para definir nuevos taxones de virus a gran escala. Al menos para los tipos de virus de ADN, los tipos de fagos en particular, hemos demostrado cada vez m\u00e1s que si usamos la gen\u00f3mica, en realidad podemos recapitular la taxonom\u00eda ICTV. Ah\u00ed hay una relaci\u00f3n. Y ese mensaje, creo, est\u00e1 resonando bastante bien. Ahora, los virus de ARN evolucionan mucho m\u00e1s r\u00e1pido [que los virus de ADN] en \u00f3rdenes de magnitud m\u00e1s r\u00e1pido.<\/p>\n Entonces es una pregunta abierta: \u00bfPuede un genoma por s\u00ed solo ser suficiente? Hay especies y luego hay cuasi-especies en los virus de ARN debido a este mayor flujo de genes que puede erosionar los l\u00edmites de las especies. Es un atolladero complejo en el que cavar. Quiz\u00e1s haya un cambio dentro de uno o dos a\u00f1os. Por lo general, eso se hace con un virus a la vez, pero en este estudio hay 5000 nuevas especies virales de ARN. As\u00ed que claramente tenemos que repensar eso.<\/p>\n MS:<\/strong> Creo que una de las preguntas que suelo hacer es: \u00bfHay coronavirus? No vimos ning\u00fan coronavirus en los datos. Pero s\u00ed creo que este esfuerzo que hemos hecho para semiautomatizar este proceso ser\u00e1 \u00fatil a medida que nosotros, como sociedad global, tratamos de averiguar si vale la pena estudiar y monitorear los virus de ARN en los entornos. Creo que muchas personas claramente tambi\u00e9n est\u00e1n comenzando a hacer lo mismo con el SARS-CoV-2.<\/p>\n Creo que la oportunidad aqu\u00ed es, Oye, hay muchos otros virus de ARN por descubrir y ahora tenemos un juego de herramientas. Espero que inspire debates entre lo que yo llamar\u00eda ecologistas virales y vir\u00f3logos del ARN. Realmente no han sucedido porque el enfoque de los vir\u00f3logos del ARN han sido los mecanismos m\u00e9dicos. Y entiendo eso, pero creo que hay una oportunidad perdida de no incorporar ese contexto ecol\u00f3gico. Espero que esto entusiasme a algunas personas.<\/p>\n Nota del editor: esta entrevista ha sido editada para ser breve.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" FONDACI\u00d3N SACHA BOLLET \/ TARA OCEAN Un estudio publicado en Science hoy (7 de abril) describe miles de virus de ARN reci\u00e9n descubiertos y duplica el n\u00famero de filos en los que se agrupan de 5 a 10. 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TS<\/em>: <\/em>Quiero preguntar sobre algunas de las nuevas t\u00e9cnicas. usaste, pero antes de entrar en la metodolog\u00eda, cu\u00e9ntame m\u00e1s sobre la expedici\u00f3n real. \u00bfC\u00f3mo se recopilaron estas muestras y c\u00f3mo decidiste de d\u00f3nde tomarlas?<\/strong><\/h3>\n
Consulte Navegando los mares en busca de microbios<\/h3>\n
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TS<\/em>: \u00bfQu\u00e9 quiere decir con caracter\u00edsticas interesantes? \u00bfQu\u00e9 buscas?<\/strong><\/h3>\n
TS<\/em>: I Estaba realmente intrigado por la escala de sus hallazgos. Quiero decir, 28 terabases de secuencias de ARN, cinco nuevos filos, supuestamente, nuevos virus dentro de los cinco filos que ya estaban all\u00ed, [y] as\u00ed sucesivamente. \u00bfFue esto un shock para ti?<\/strong><\/h3>\n
TS<\/em>: \u00bfQu\u00e9 le hizo confiar en ellos en \u00bfel final?<\/strong><\/h3>\n
Ver Un oc\u00e9ano de virus<\/h3>\n
TS<\/em>: El documento habla bastante sobre la identificaci\u00f3n de virus de ARN que llenan algunos vac\u00edos que faltan en la historia evolutiva. \u00bfPuedes hablar sobre algunas de las observaciones hist\u00f3ricas que pudiste hacer?<\/strong><\/h3>\n
TS<\/em>: Mencionaste que te has centrado mucho m\u00e1s en los virus de ADN en el pasado. \u00bfHay una raz\u00f3n clara por la que el lado del virus de ARN se entendi\u00f3 menos, se explor\u00f3 menos? \u00bfEra cuesti\u00f3n de necesitar mejores m\u00e9todos, m\u00e1s inter\u00e9s o algo m\u00e1s?<\/strong><\/h3>\n
Ver Opini\u00f3n: La pandemia y la brecha en la secuenciaci\u00f3n del ARN<\/h3>\n
TS<\/em>: Cuando hablamos por correo electr\u00f3nico antes de esta llamada, usted mencion\u00f3 que ahora est\u00e1 trabajando para lograr que el Comit\u00e9 Internacional de Taxonom\u00eda de Virus [ICTV] reconozca los nuevos filos. \u00bfQu\u00e9 implica eso?<\/strong><\/h3>\n
Ver <\/strong>Fila procariota recientemente renombrada causa revuelo<\/strong> <\/strong><\/h3>\n
TS<\/em>: \u00bfHay algo m\u00e1s de lo que quisieras asegurarte de que habl\u00e1ramos? <\/strong><\/h3 <\/p>\n
Ver <\/strong>Opini\u00f3n: Comparaci\u00f3n de coronavirus<\/strong><\/strong><\/h3>\n