ARRIBA: ISTOCK.COM, KOTO_FEJA <\/p>\n
La cantidad de ARNm expresada por un tumor parece servir como un indicador confiable de la progresi\u00f3n de la enfermedad, un nuevo an\u00e1lisis de hallazgos de muestras de tejido humano. La correlaci\u00f3n, que los investigadores identificaron para 15 tipos de c\u00e1ncer, fue posible gracias a una nueva t\u00e9cnica estad\u00edstica que ayuda a dar sentido a conjuntos masivos de datos intrincados.<\/p>\n
A diferencia de la investigaci\u00f3n realizada sobre los tumores homog\u00e9neos en los que los cient\u00edficos del c\u00e1ncer pueden crecer un laboratorio y usarlos como modelos experimentales, estudiar los c\u00e1nceres que crecen en humanos puede ser un asunto complicado. Las c\u00e9lulas cancerosas, la microbiota y las c\u00e9lulas inmunitarias humanas pueden coexistir muy cerca unas de otras, y los investigadores que intentan secuenciar las c\u00e9lulas tumorales suelen elegir entre la secuenciaci\u00f3n masiva, que genera datos dif\u00edciles de interpretar, o la secuenciaci\u00f3n de una sola c\u00e9lula, que r\u00e1pidamente se vuelve costoso en t\u00e9rminos de tiempo y dinero. Sin embargo, la nueva t\u00e9cnica puede extraer informaci\u00f3n \u00fatil de datos masivos generados a partir de muestras de c\u00e1ncer humano y proporcionar un nivel de resoluci\u00f3n que normalmente solo ofrece la secuenciaci\u00f3n de c\u00e9lulas de una en una, dicen los investigadores detr\u00e1s del trabajo.<\/p>\n
La t\u00e9cnica produce una medida llamada expresi\u00f3n de ARNm total espec\u00edfica del tumor (TmS), que representa la relaci\u00f3n entre la expresi\u00f3n de ARNm de las c\u00e9lulas tumorales y la de las c\u00e9lulas que lo rodean. , seg\u00fan el estudio publicado ayer (13 de junio) en Nature Biotechnology<\/em>. Esencialmente, TmS se calcula estimando primero la expresi\u00f3n de ARN total de una poblaci\u00f3n celular dada, que luego se divide en c\u00e9lulas tumorales y no tumorales en funci\u00f3n de la presencia de biomarcadores. A continuaci\u00f3n, la expresi\u00f3n total se divide por la fracci\u00f3n de cada tipo de c\u00e9lula, lo que da como resultado una medici\u00f3n de la expresi\u00f3n de ARN por c\u00e9lula. Finalmente, ese n\u00famero se divide por la ploid\u00eda celular para asegurarse de que TmS represente la actividad celular en lugar de la cantidad de cromosomas presentes.<\/p>\n La autora principal del estudio, Wenyi Wang, bioestad\u00edstica del Centro de C\u00e1ncer MD Anderson de la Universidad de Texas, cuyo trabajo generalmente se centra en la deconvoluci\u00f3n y el modelado de datos, dice que el descubrimiento de una t\u00e9cnica para medir la expresi\u00f3n total de ARNm de c\u00e9lulas tumorales en datos de secuenciaci\u00f3n a granel fue un accidente. Su objetivo original era medir la expresi\u00f3n de tumores de genes espec\u00edficos, pero no pudo encontrar consistencia entre la secuenciaci\u00f3n de ARN y los datos de secuenciaci\u00f3n de ADN. Mientras intentaba descubrir la ra\u00edz del problema mientras revisaba la literatura, se dio cuenta de que, si bien se sab\u00eda que la expresi\u00f3n total del ARNm de las c\u00e9lulas tumorales era importante, nadie hab\u00eda establecido un v\u00ednculo directo con los resultados de los pacientes ni con otros correlatos biol\u00f3gicos en grandes cohortes, le dice a The Scientist<\/em>.<\/p>\n Fue cuando estaba validando su t\u00e9cnica en 6.590 muestras de tumores humanos que abarcaban 15 tipos de c\u00e1ncer que hizo el tipo de descubrimiento accidental de que la expresi\u00f3n del ARNm en muchos tipos de c\u00e1ncer se correlaciona con la progresi\u00f3n de la enfermedad, explica. En general, los tumores de c\u00e1nceres en etapa tard\u00eda arrojaron \u00edndices de TmS m\u00e1s altos y, en algunos tipos de c\u00e1ncer, los valores de TmS m\u00e1s altos se asociaron con biomarcadores de metabolismo o actividad tumoral mejorados. Estudios previos de otros grupos hab\u00edan identificado una tendencia similar antes, correlacionando el pron\u00f3stico del c\u00e1ncer con la expresi\u00f3n del ARNm, pero esos estudios tend\u00edan a ser m\u00e1s peque\u00f1os, centrados en secuencias gen\u00e9ticas espec\u00edficas o eran espec\u00edficos de un tipo de c\u00e1ncer. Por el contrario, Wang dice que esta es la primera vez que se identifica la correlaci\u00f3n a esta escala y a trav\u00e9s de una metodolog\u00eda aplicable a todos los modelos de c\u00e1ncer.<\/p>\n Subhamoy Dasgupta, bi\u00f3logo molecular del Roswell Park Comprehensive Cancer Center que no funcion\u00f3 en el estudio, dice que la nueva t\u00e9cnica brinda una visi\u00f3n m\u00e1s completa dentro del ARNm del c\u00e1ncer de una manera mucho m\u00e1s l\u00facida.<\/p>\n Es posible obtener los niveles de expresi\u00f3n del ARNm de las c\u00e9lulas tumorales usando la secuenciaci\u00f3n de una sola c\u00e9lula, Wang dice, pero hacerlo ser\u00eda prohibitivamente costoso para un tama\u00f1o de muestra grande y dif\u00edcil de hacer, ya que los tumores reales de los pacientes aparecen tal cual, lo que significa que puede ser dif\u00edcil trabajar con ellos, especialmente al aislar y secuenciar c\u00e9lulas individuales espec\u00edficas.<\/p>\n Seg\u00fan mi comprensi\u00f3n de una descripci\u00f3n general de su m\u00e9todo, creo que es un trabajo realmente bueno, dice Dasgupta. Agrega que el estudio fue impresionante porque incluy\u00f3 datos de una cantidad sin precedentes de muestras de tejido y los reuni\u00f3 de una manera muy imparcial y s\u00f3lida.<\/p>\n Las v\u00edas biol\u00f3gicas que subyacen a la conexi\u00f3n entre los niveles de ARNm y la progresi\u00f3n del c\u00e1ncer Permanece sin aclarar. Dasgupta sugiere que TmS podr\u00eda servir como una medida indirecta para el estado metab\u00f3lico de un tumor, en el sentido de que un tumor necesitar\u00eda generar m\u00e1s ARNm para sintetizar prote\u00ednas a fin de mantenerse. Si ese es el caso, sugiere que tener esos datos metab\u00f3licos a mano puede afectar el pron\u00f3stico o el plan de tratamiento. Wangs dice que ya comenz\u00f3 a trabajar con m\u00e9dicos para explorar ensayos cl\u00ednicos guiados por TmS en los que se calcular\u00eda TmS para nuevos pacientes con c\u00e1ncer y se usar\u00eda para ayudar a determinar el tratamiento adecuado.<\/p>\n Wang dice que la correlaci\u00f3n probablemente se aplicar\u00e1 a tipos de c\u00e1ncer adem\u00e1s de los 15 estudiados aqu\u00ed. El estudio estuvo limitado por la disponibilidad de datos, tama\u00f1os de muestra m\u00e1s peque\u00f1os para algunos tipos de c\u00e1ncer y el efecto de confusi\u00f3n de la quimioterapia (especialmente en muestras de c\u00e1ncer de mama triple negativo), todo lo cual obstaculiz\u00f3 la capacidad de los investigadores para buscar la misma correlaci\u00f3n en otros tipos de c\u00e1ncer. , se\u00f1ala. Dasgupta dice que sospecha que los c\u00e1nceres de tumores s\u00f3lidos demostrar\u00e1n una correlaci\u00f3n similar, pero que los llamados c\u00e1nceres l\u00edquidos como la leucemia pueden diferir.<\/p>\n Tanto Wang como Dasgupta dicen que son optimistas de que la bioinform\u00e1tica detr\u00e1s del c\u00e1lculo de TmS y especialmente la forma en que El equipo pudo derivar que la medici\u00f3n de los datos de secuenciaci\u00f3n a granel podr\u00eda dar lugar a otros descubrimientos. La m\u00e9trica podr\u00eda aplicarse directamente a muestras ya recolectadas de grandes estudios de c\u00e1ncer, se\u00f1ala Wang, lo que quiz\u00e1s conduzca a hallazgos cl\u00ednicamente relevantes.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" ARRIBA: ISTOCK.COM, KOTO_FEJA La cantidad de ARNm expresada por un tumor parece servir como un indicador confiable de la progresi\u00f3n de la enfermedad, un nuevo an\u00e1lisis de hallazgos de muestras de tejido humano. 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