ARRIBA: ISTOCK.COM, JuSun <\/p>\n
Una de las muchas sorpresas derivadas de la secuenciaci\u00f3n del genoma humano fue la revelaci\u00f3n de que la prote\u00edna Las secuencias codificantes constituyen una proporci\u00f3n relativamente peque\u00f1a de nuestro ADN. Estos exones, conocidos colectivamente como el exoma, representan menos del 2 por ciento del genoma humano. A\u00fan as\u00ed, los cient\u00edficos a menudo buscan a trav\u00e9s de los exomas la base gen\u00e9tica de las enfermedades y tales b\u00fasquedas han resultado fruct\u00edferas, identificando a los culpables detr\u00e1s de las enfermedades raras y los cambios gen\u00e9ticos patol\u00f3gicos en los tumores. Pero los investigadores se est\u00e1n dando cuenta cada vez m\u00e1s de que la secuenciaci\u00f3n del exoma completo solo cuenta una parte de la historia: las mutaciones en las regiones no codificantes del genoma tambi\u00e9n pueden causar enfermedades, por ejemplo, al afectar la transcripci\u00f3n de un gen.<\/p>\n
Kri Stefnsson CORTES\u00cdA DE DAVID SLIPHER <\/p>\n
Para comenzar a descubrir algunos de estos efectos pasados por alto, los investigadores analizaron recientemente las secuencias gen\u00f3micas completas de m\u00e1s de 150 000 individuos del Biobanco del Reino Unido, una enorme base de datos que contiene muestras de ADN y datos fenot\u00edpicos de 500 000 individuos. Sus hallazgos, publicados el 20 de julio en Nature<\/em>,<\/em> incluyen 12 variantes gen\u00e9ticas no detectadas en la secuenciaci\u00f3n del exoma completo que influyen en rasgos como la altura y la edad de inicio de la menarquia. <\/p>\n El cient\u00edfico<\/em> habl\u00f3 con Kri Stefnsson, fundador de deCODE Genetics, que secuenci\u00f3 la mitad de los genomas analizados en el estudio, sobre la importancia de la secuenciaci\u00f3n del genoma completo. (Amgen, la empresa matriz de deCODE, fue una de las cuatro empresas que contribuyeron a la financiaci\u00f3n de los estudios; la otra mitad de la secuenciaci\u00f3n fue realizada por el Instituto Wellcome Sanger).<\/p>\n Kri Stefnsson: <\/strong>Lo que siempre aspiramos a hacer en estudios de poblaci\u00f3n como este es desarrollar la comprensi\u00f3n de la diversidad humana. La diversidad en el riesgo de enfermedad, la respuesta al tratamiento, la diversidad en lo que respecta al nivel educativo, el nivel socioecon\u00f3mico, etc. cu\u00e1l de estos dos produce los datos m\u00e1s \u00fatiles. <\/p>\n Cuando observamos estos 150,000 genomas, comenzamos a observar regiones que . . . tienen una conservaci\u00f3n de secuencia sustancial. La suposici\u00f3n es que las regiones que son menos tolerantes a la diversidad de secuencias son las regiones que deben ser de mayor importancia funcional. Y cuando observamos el 1 por ciento del genoma que es menos tolerante a la diversidad de secuencias. . . El 83 por ciento de ellos est\u00e1n en las secuencias intrag\u00e9nicas, no en los exones. Por lo tanto, est\u00e1 absolutamente claro que hay una enorme cantidad de informaci\u00f3n que extraer [de] esas regiones. <\/p>\n Los exones son solo una parte muy peque\u00f1a de un genoma, y el resto del genoma no es in\u00fatil. <\/p>\n<\/blockquote>\n En este documento, tambi\u00e9n . . . enumer\u00f3 alrededor de 12 fenotipos donde encontramos variantes en el genoma que se asocian con ellos, donde no pudimos encontrar lo mismo usando la secuenciaci\u00f3n del exoma completo. Es absolutamente claro. . . que la secuenciaci\u00f3n del exoma completo fue extremadamente valiosa, nos dio una visi\u00f3n espectacular del papel de las secuencias de codificaci\u00f3n en la patog\u00e9nesis de todo tipo de enfermedades, pero que la secuenciaci\u00f3n del exoma completo no es suficiente.<\/p>\n KS: <\/strong>La evoluci\u00f3n es absolutamente despiadada y se deshace de todo lo que no necesitamos. . Los exones son solo una parte muy peque\u00f1a de un genoma, y el resto del genoma no es in\u00fatil. Est\u00e1 absolutamente claro que el resto del genoma es funcionalmente muy importante y, por lo tanto, no permite una diversidad de secuencias ilimitada.<\/p>\n KS: <\/strong>Hay todo tipo de desaf\u00edos, pero estamos bastante acostumbrados a escalar y tomar procesos que generalmente se realizan a una escala relativamente peque\u00f1a y hacerlos a gran escala. . . . Ciertamente hay una enorme cantidad de datos que provienen de 150.000 genomas. Hay un desaf\u00edo, por ejemplo, en la llamada de variantes conjuntas [el proceso para identificar variantes gen\u00e9ticas a partir de datos de secuencia], cuando est\u00e1s llamando a las variantes en todos estos genomas simult\u00e1neamente. Existe un desaf\u00edo cuando se trata simplemente de puntuar, administrar y extraer estos datos. Esto se est\u00e1 convirtiendo, ante todo, en un desaf\u00edo inform\u00e1tico.<\/p>\n KS: <\/strong>Todos somos aspirantes a comprender la diversidad humana. Y si observa los datos que provienen del Biobanco del Reino Unido, no es una muestra imparcial de la poblaci\u00f3n de Gran Breta\u00f1a. Hay una representaci\u00f3n excesiva de personas de ascendencia europea. Y lo que tenemos de diversidad de secuencias de personas de ascendencia africana, de ascendencia asi\u00e1tica, etc\u00e9tera, es mucho menos de lo que necesitamos.<\/p>\n Es incre\u00edblemente importante. . . desde un punto de vista cient\u00edfico, para conseguir una mayor representaci\u00f3n de personas de otras etnias. Tambi\u00e9n es, desde un punto de vista social, inaceptable tener esta poca informaci\u00f3n sobre personas de otras ascendencias. La disparidad en el cuidado de la salud en el mundo comienza con el hecho de que sabemos menos sobre la naturaleza de las enfermedades en personas de otros or\u00edgenes que los europeos. . . . Entonces, uno de los desaf\u00edos es asegurarnos de que tengamos cohortes formidables de personas de otras ascendencias para trabajar. <\/p>\n KS: <\/strong>La lecci\u00f3n principal y m\u00e1s importante es . . . c\u00f3mo [un] porcentaje incre\u00edblemente grande de las regiones con alta conservaci\u00f3n de secuencia est\u00e1n fuera de los exones. . . . Significa que tenemos una tarea formidable por delante para anotar las regiones con bajo puntaje de agotamiento o poca tolerancia a la diversidad de secuencias. <\/p>\n KS: <\/strong>Ese es solo el primer paso. Enumeramos alrededor de 12 asociaciones, pero esta es la diversidad de secuencias para que trabaje el resto del mundo, para buscar correlaciones entre las variantes en la secuencia y los fenotipos. Y solo ponemos algunos ejemplos de c\u00f3mo podr\u00edamos hacer esto con la secuenciaci\u00f3n del genoma completo donde no pudimos encontrar esto con la secuenciaci\u00f3n del exoma completo.<\/p>\n KS: <\/strong>Estar\u00e1n disponibles a trav\u00e9s del Biobanco del Reino Unido. Tambi\u00e9n ponemos en nuestro sitio web una base de datos de frecuencias al\u00e9licas. La raz\u00f3n por la que lo hicimos es que cuando realiza la secuenciaci\u00f3n del genoma completo con fines de diagn\u00f3stico, es extremadamente importante tener una referencia a la que pueda acudir, para asegurarse de que est\u00e1 secuenciando a alguien con una enfermedad en particular y encuentra una variante rara. . . que la variante que encuentras en el desafortunado ni\u00f1o no se encuentra en un grupo de individuos sanos. Por lo tanto, es un recurso valioso para quienes desean trabajar en la secuenciaci\u00f3n de diagn\u00f3stico. . . . Sentimos que era nuestro deber ponerlo a disposici\u00f3n de todos los que trabajan en la secuenciaci\u00f3n de diagn\u00f3stico.<\/p>\n Nota del editor: esta entrevista ha sido editada para abreviar.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" ARRIBA: ISTOCK.COM, JuSun Una de las muchas sorpresas derivadas de la secuenciaci\u00f3n del genoma humano fue la revelaci\u00f3n de que la prote\u00edna Las secuencias codificantes constituyen una proporci\u00f3n relativamente peque\u00f1a de nuestro ADN. Estos exones, conocidos colectivamente como el exoma, representan menos del 2 por ciento del genoma humano. 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TS<\/em>: Entonces, \u00bfse intent\u00f3 la secuenciaci\u00f3n del genoma completo porque la secuenciaci\u00f3n del exoma completo no captur\u00f3 la imagen completa?<\/h3>\n
Ver Adaptaci\u00f3n con un poco de ayuda de los genes saltadores<\/h3>\n
TS <\/em>: \u00bfCu\u00e1les fueron los desaf\u00edos t\u00e9cnicos al realizar la secuenciaci\u00f3n del genoma completo a esta gran escala?<\/h3>\n
TS<\/em>: \u00bfCu\u00e1les son los desaf\u00edos pendientes?<\/h3>\n
Vea que los riesgos gen\u00e9ticos para la depresi\u00f3n difieren entre los grupos ancestrales<\/h3>\n
TS<\/em>: \u00bfQu\u00e9 aprendi\u00f3 de la secuenciaci\u00f3n del genoma completo publicada en el art\u00edculo?<\/h3>\n
TS<\/em>: E identific\u00f3 varias variantes asociado con la diversidad fenot\u00edpica?<\/h3>\n
TS<\/em>: Las secuencias del genoma est\u00e1n disponibles en l\u00ednea, para que otros investigadores trabajen en ellos?<\/h3>\n