Alteraciones gen\u00f3micas en carcinomas neuroendocrinos del sistema gastrointestinal (GIS-NECs). A. Panorama de alteraciones gen\u00f3micas en muestras de pacientes con GIS-NEC. La oncoparcela izquierda muestra datos de secuenciaci\u00f3n del genoma completo (WGS) y datos de expresi\u00f3n g\u00e9nica representativos obtenidos de muestras congeladas. Los casos est\u00e1n dispuestos de izquierda a derecha en orden descendente del n\u00famero de variantes estructurales en cada \u00f3rgano primario. Asteriscos, muestras de organoides. El oncogr\u00e1fico de la derecha muestra datos de secuenciaci\u00f3n del exoma completo de un subconjunto de pacientes diferente de aquellos para los que se dispon\u00eda de datos WGS. B. Tinci\u00f3n H&E e inmunomarcaje de sinaptofisina de organoides de doble knockout (TR-KO) de TP53 y RB1 antes y despu\u00e9s de bloquear la se\u00f1alizaci\u00f3n de Notch con un inhibidor de secretasa (DAPT). El n\u00famero de c\u00e9lulas positivas para sinaptofisina aument\u00f3 con el tratamiento con el inhibidor de Notch. Barra de escala, 100 MC An\u00e1lisis de conglomerados jer\u00e1rquicos no supervisados con 2000 sondas de alta variante para la metilaci\u00f3n del ADN en GIS-NEC. D. Integraci\u00f3n de datos de matrices de metilaci\u00f3n de ADN y RNA-seq que comparan GIS-NEC con tejidos normales. Los datos de RNA-seq se filtraron utilizando genes expresados diferencialmente (DEG) significativos (abs [log2FC]) 1 con valores significativos de tasa de descubrimiento falso (< 0,05). Los datos del ensayo de metilaci\u00f3n del ADN se filtraron utilizando regiones metiladas diferencialmente (DMR) (abs [valor] 0,1) con adjPvals significativos (< 0,05). El \u00e1rea de la figura que muestra un alto nivel de expresi\u00f3n g\u00e9nica e hipermetilaci\u00f3n contiene 199 DMR, de los cuales 39 (19,6 %) son factores de transcripci\u00f3n (TF, puntos rojos), incluidos SOX2 y ASCL1. Por el contrario, el \u00e1rea de la figura que muestra un alto nivel de expresi\u00f3n g\u00e9nica e hipometilaci\u00f3n contiene 424 DMR, de los cuales 28 (6,6%) son TF. CHGA, cromogranina A. Esquema de los genes de fusi\u00f3n NET-AKR detectados en dos NEC g\u00e1stricas. El gen transformante de neuroepitelioma 1 (NET1) es un factor de intercambio de nucle\u00f3tidos de guanina espec\u00edfico para RhoA. Ambos miembros de la familia 1 de aldo-ceto reductasa C3 (AKR1C3) y C4 (AKR1C4) son enzimas reductasas que desempe\u00f1an funciones cr\u00edticas en la biotransformaci\u00f3n de sustratos end\u00f3genos como los esteroides. Los genes quim\u00e9ricos demuestran la fusi\u00f3n en marco del t\u00e9rmino amino de NET1 (exones 13) y el t\u00e9rmino carboxilo de AKR1C3 (exones 29) o el t\u00e9rmino carboxilo de AKR1C4 (exones 69). NLS, se\u00f1al de localizaci\u00f3n nuclear; DH, homolog\u00eda Dbl; PH, homolog\u00eda pleckstrina; PDZ, densidad postsin\u00e1ptica 95; aa, amino\u00e1cidos. ECN g\u00e1strica con poliomavirus de c\u00e9lulas de Merkel (MCPyV) [Caso NE002]. La profundidad de lectura a lo largo del genoma del poliomavirus se muestra en azul, y los pares de lectura que unen el genoma del poliomavirus y el sitio de integraci\u00f3n en el cromosoma 8 se indican con l\u00edneas rojas. Los genes de poliomavirus est\u00e1n indicados por Ant\u00edgeno T grande, Ant\u00edgeno T peque\u00f1o, VP1, VP2 y VP3. Cr\u00e9dito: Shinichi Yachida et al., Cancer Discovery <\/p>\n
Investigadores de la Universidad de Osaka investigaron una forma de c\u00e1ncer altamente letal en un gran grupo de pacientes e identificaron los culpables gen\u00e9ticos que conducen a resultados mortales. <\/p>\n
En un estudio publicado en Cancer Discovery, una revista de la Asociaci\u00f3n Estadounidense para la Investigaci\u00f3n del C\u00e1ncer, investigadores de la Universidad de Osaka han revelado a fondo la base gen\u00e9tica de la patogenia del carcinoma neuroendocrino (NEC) del sistema gastrointestinal, un c\u00e1ncer raro y mortal. que es altamente resistente al tratamiento.<\/p>\n
Los NEC son c\u00e1nceres que se originan en la mayor\u00eda de los \u00f3rganos epiteliales del cuerpo y con mayor frecuencia en el sistema digestivo, t\u00edpicamente el p\u00e1ncreas. Adem\u00e1s de que la NEC es un c\u00e1ncer raro, los pacientes con NEC no suelen someterse a cirug\u00eda, por lo que es dif\u00edcil encontrar muestras de tejido que puedan usarse con fines de investigaci\u00f3n.<\/p>\n
\u00abDebido a esto, los cambios gen\u00e9ticos que contribuyen al desarrollo de este c\u00e1ncer han permanecido en gran parte inexplorados hasta ahora\u00bb, dice el autor principal del estudio, Shinichi Yachida. \u00abAl participar en una colaboraci\u00f3n internacional, pudimos realizar un an\u00e1lisis gen\u00f3mico completo de un n\u00famero relativamente grande de casos\u00bb.<\/p>\n
Para investigar la base gen\u00e9tica de NEC en estos pacientes, los investigadores realizaron una variedad de de an\u00e1lisis, incluida la secuenciaci\u00f3n del genoma completo, la secuenciaci\u00f3n del transcriptoma, el an\u00e1lisis de metilaci\u00f3n del ADN, el ensayo de la secuenciaci\u00f3n de la cromatina accesible por transposasa y la secuenciaci\u00f3n del exoma completo en muestras de tejido tomadas de los pacientes.<\/p>\n
Diagrama esquem\u00e1tico de las alteraciones gen\u00f3micas implicadas en la g\u00e9nesis del carcinoma neuroendocrino, tumor neuroendocrino pancre\u00e1tico y carcinoma neuroendocrino no pancre\u00e1tico del sistema gastrointestinal. NE-TFs, factores de transcripci\u00f3n de diferenciaci\u00f3n neuroendocrina. Cr\u00e9dito: 2021 Shinichi Yachida et al., Cancer Discovery <\/p>\n
\u00abLos resultados nos brindaron un nivel de conocimiento sin precedentes sobre los mecanismos patog\u00e9nicos de la NEC\u00bb, afirma Tatsuhiro Shibata, autor principal. \u00abPor ejemplo, descubrimos que los NEC pancre\u00e1ticos son gen\u00e9ticamente distintos de los tumores neuroendocrinos pancre\u00e1ticos y pueden no estar involucrados en la misma carcinog\u00e9nesis\u00bb. Carcinoma neuroendocrino pancre\u00e1tico (Panc-NEC) en un paciente autopsiado. A. Modelo de evoluci\u00f3n clonal propuesto seg\u00fan el \u00e1rbol de linaje evolutivo basado en la frecuencia al\u00e9lica variante de las mutaciones (LICHeE) en 20 regiones primarias y cinco met\u00e1stasis hep\u00e1ticas. Los n\u00fameros dentro de los c\u00edrculos indican mutaciones utilizadas por LICHeE para inferir la estructura subclonal. Los colores de cada subdivisi\u00f3n describen los grupos de mutaci\u00f3n que caracterizan a las c\u00e9lulas de esta subpoblaci\u00f3n. Los n\u00fameros y colores dentro de los cuadrados indican los n\u00fameros de regi\u00f3n que se muestran en B. y la composici\u00f3n de las subpoblaciones, respectivamente. Vista macrosc\u00f3pica de una secci\u00f3n de la mayor parte del Panc-NEC primario. Las diferentes \u00e1reas est\u00e1n marcadas con colores correspondientes a los subclones predichos basados en el \u00e1rbol de linaje evolutivo. C. Vista microsc\u00f3pica de la regi\u00f3n 12 del Panc-NEC primario (tinci\u00f3n H&E). El an\u00e1lisis del n\u00famero de copias demostr\u00f3 que la duplicaci\u00f3n del genoma completo ocurri\u00f3 solo en las regiones adyacentes 12, 16 y 17. Se observ\u00f3 un componente de adenocarcinoma junto con NEC solo en la regi\u00f3n 12. NEC, componente NEC; Ad., componente de adenocarcinoma. D. Gr\u00e1fico circular que muestra la relaci\u00f3n entre las mutaciones detectadas en el ADN libre de c\u00e9lulas plasm\u00e1ticas y en muestras de tejido (20 regiones primarias y cinco met\u00e1stasis hep\u00e1ticas). Credit: 2021 Shinichi Yachida et al., Cancer Discovery <\/p>\n
Las variantes estructurales, en las que parte de un cromosoma se inserta, elimina o invierte, fueron mucho m\u00e1s comunes en las NEC no pancre\u00e1ticas que en las pancre\u00e1ticas. Adem\u00e1s, las NEC pancre\u00e1ticas podr\u00edan clasificarse en dos grupos diferentes (\u00abtipo ductal\u00bb y \u00abtipo acinar\u00bb) en funci\u00f3n de sus caracter\u00edsticas gen\u00f3micas. Curiosamente, los investigadores tambi\u00e9n identificaron niveles inusualmente altos de metilaci\u00f3n en el promotor de un factor de transcripci\u00f3n asociado con NEC; un evento gen\u00e9tico previamente desconocido donde dos genes se fusionaron, creando un nuevo gen h\u00edbrido que interrumpi\u00f3 la funci\u00f3n celular; y eliminaci\u00f3n de un factor de empalme de ARN que no se ha relacionado previamente con NEC.<\/p>\n
\u00abNuestro estudio sugiere que surgen diferentes tipos de NEC debido a conjuntos muy diferentes de mutaciones impulsoras y cambios gen\u00f3micos, lo que podr\u00eda tener implicaciones importantes para el tratamiento de los pacientes\u00bb, explica Yachida.<\/p>\n
Dado que este es uno de los estudios m\u00e1s completos de este c\u00e1ncer hasta la fecha, es probable que los hallazgos ayuden a desarrollar tratamientos nuevos y m\u00e1s efectivos para los pacientes afectados. Los medicamentos existentes podr\u00edan usarse en algunos de estos pacientes para atacar espec\u00edficamente los cambios gen\u00f3micos que conducen a la enfermedad, y los objetivos definidos en este estudio podr\u00edan incluso promover el descubrimiento de nuevos medicamentos. <\/p>\n
Explore m\u00e1s<\/p>\n
Revelando el gen mutado m\u00e1s com\u00fan en todos los c\u00e1nceres M\u00e1s informaci\u00f3n:<\/strong> \u00abPerfil gen\u00f3mico completo de carcinomas neuroendocrinos del sistema gastrointestinal\u00bb, Cancer Discovery (2021). DOI: 10.1158\/2159-8290.CD-21-0669 Informaci\u00f3n de la revista:<\/strong> Cancer Discovery <\/p>\n Proporcionado por la Universidad de Osaka Cita<\/strong>: An\u00e1lisis gen\u00f3mico en profundidad de un carcinoma (2021, 8 de diciembre) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https:\/\/medicalxpress.com\/news\/2021-12-in-depth-genomic-analysis-rare-carcinoma.html Este documento est\u00e1 sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigaci\u00f3n privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona \u00fanicamente con fines informativos.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Alteraciones gen\u00f3micas en carcinomas neuroendocrinos del sistema gastrointestinal (GIS-NECs). A. Panorama de alteraciones gen\u00f3micas en muestras de pacientes con GIS-NEC. La oncoparcela izquierda muestra datos de secuenciaci\u00f3n del genoma completo (WGS) y datos de expresi\u00f3n g\u00e9nica representativos obtenidos de muestras congeladas. Los casos est\u00e1n dispuestos de izquierda a derecha en orden descendente del n\u00famero de … Continuar leyendo \u00abAn\u00e1lisis gen\u00f3mico en profundidad de un carcinoma raro\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-5013","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5013","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=5013"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5013\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=5013"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=5013"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=5013"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}