Los autores cargan muestras para la secuenciaci\u00f3n gen\u00f3mica en su laboratorio. Credit: Nathan Langer\/UPMC, CC BY-ND <\/p>\n
La variante omicron se apoder\u00f3 r\u00e1pidamente del panorama mundial del coronavirus despu\u00e9s de que se inform\u00f3 por primera vez en Sud\u00e1frica a fines de noviembre de 2021. EE. UU. se convirti\u00f3 en el pa\u00eds n\u00famero 24 en informar un caso de omicron infecci\u00f3n cuando los funcionarios de salud anunciaron el 1 de diciembre de 2021 que la nueva cepa hab\u00eda sido identificada en un paciente en California. <\/p>\n
\u00bfC\u00f3mo saben los cient\u00edficos qu\u00e9 versiones del coronavirus est\u00e1n presentes? \u00bfQu\u00e9 tan r\u00e1pido pueden ver qu\u00e9 variantes virales est\u00e1n incursionando en una poblaci\u00f3n?<\/p>\n
Alexander Sundermann y Lee Harrison son epidemi\u00f3logos que estudian enfoques novedosos para la detecci\u00f3n de brotes. Aqu\u00ed explican c\u00f3mo funciona el sistema de vigilancia gen\u00f3mica en los EE. UU. y por qu\u00e9 es importante saber qu\u00e9 variantes de virus est\u00e1n circulando.<\/p>\n
\u00bfQu\u00e9 es la vigilancia gen\u00f3mica?<\/p>\n
La vigilancia gen\u00f3mica proporciona un sistema de alerta temprana para el SARS-CoV-2. De la misma manera que una alarma de humo ayuda a los bomberos a saber d\u00f3nde se est\u00e1 produciendo un incendio, la vigilancia gen\u00f3mica ayuda a los funcionarios de salud p\u00fablica a ver qu\u00e9 variantes de coronavirus est\u00e1n apareciendo y d\u00f3nde.<\/p>\n
Los laboratorios secuencian el genoma en muestras de coronavirus tomadas de pacientes con COVID -19 pruebas. Estas son pruebas PCR de diagn\u00f3stico que han dado positivo para SARS-CoV-2. Luego, los cient\u00edficos pueden determinar a partir del genoma del virus qu\u00e9 variante de coronavirus infect\u00f3 al paciente.<\/p>\n
Al secuenciar suficientes genomas de coronavirus, los cient\u00edficos pueden construir una imagen representativa de qu\u00e9 variantes circulan en la poblaci\u00f3n en general. Algunas variantes tienen mutaciones gen\u00e9ticas que tienen implicaciones para la prevenci\u00f3n y el tratamiento de COVID-19. Por lo tanto, la vigilancia gen\u00f3mica puede informar las decisiones sobre las contramedidas correctas que ayudan a controlar y apagar el fuego antes de que se propague.<\/p>\n
Por ejemplo, la variante omicron tiene mutaciones que reducen la eficacia de las vacunas COVID-19 existentes. En respuesta, los funcionarios recomendaron vacunas de refuerzo para mejorar la protecci\u00f3n. Asimismo, las mutaciones en omicron reducen la eficacia de algunos anticuerpos monoclonales, que se utilizan tanto para prevenir como para tratar la COVID-19 en pacientes de alto riesgo. Por lo tanto, saber qu\u00e9 variantes est\u00e1n circulando es crucial para determinar qu\u00e9 anticuerpos monoclonales tienen probabilidades de ser efectivos.<\/p>\n
\u00bfC\u00f3mo funciona la vigilancia gen\u00f3mica en los EE. UU.?<\/p>\n
Los Centros para el Control y la Prevenci\u00f3n de Enfermedades de los EE. UU. lidera un consorcio llamado Sistema Nacional de Vigilancia de Cepas del SARS-CoV-2 (NS3). Re\u00fane alrededor de 750 muestras positivas de SARS-CoV-2 por semana de laboratorios estatales de salud p\u00fablica en los EE. UU. Independientemente de los esfuerzos de los CDC, los laboratorios comerciales, universitarios y del departamento de salud secuencian muestras adicionales.<\/p>\n
Cada tipo de laboratorio tiene sus propios puntos fuertes en la vigilancia gen\u00f3mica. Los laboratorios comerciales pueden secuenciar una gran cantidad de pruebas r\u00e1pidamente. Los socios acad\u00e9micos pueden proporcionar experiencia en investigaci\u00f3n. Y los laboratorios de salud p\u00fablica pueden proporcionar informaci\u00f3n sobre la din\u00e1mica de transmisi\u00f3n local y los brotes.<\/p>\n
Independientemente de la fuente, los datos de secuencia generalmente se ponen a disposici\u00f3n del p\u00fablico y, por lo tanto, contribuyen a la vigilancia gen\u00f3mica. <\/p>\n
\u00bfQu\u00e9 datos se rastrean?<\/p>\n
Cuando un laboratorio secuencia un genoma del SARS-CoV-2, carga los resultados en una base de datos p\u00fablica que incluye cu\u00e1ndo y d\u00f3nde se recolect\u00f3 la muestra de coronavirus. <\/p>\n
La Iniciativa mundial de acceso abierto para compartir datos sobre la influenza aviar (GISAID) es un ejemplo de una de estas bases de datos. Los cient\u00edficos lanzaron GISAID en 2008 para proporcionar una manera r\u00e1pida y f\u00e1cil de ver qu\u00e9 cepas de influenza circulaban en todo el mundo. Desde entonces, GISAID ha crecido y girado para proporcionar ahora acceso a secuencias gen\u00f3micas de SARS-CoV-2.<\/p>\n
Los datos de las semanas que terminaron el 25\/12 y el 1\/1 son estimaciones \u00abahora\u00bb, que son proyecciones modeladas que pueden ser actualizado m\u00e1s tarde. Cr\u00e9dito: Gr\u00e1fico: The Conversation, CC-BY-ND Fuente: CDC COVID Data Tracker <\/p>\n
La base de datos compara la informaci\u00f3n gen\u00e9tica de una muestra con todas las dem\u00e1s muestras recolectadas y muestra c\u00f3mo ha evolucionado esa cepa en particular. Hasta la fecha, se han cargado en GISAID m\u00e1s de 6,7 millones de secuencias de SARS-CoV-2 de 241 pa\u00edses y territorios.<\/p>\n
En conjunto, este mosaico de datos de vigilancia gen\u00f3mica proporciona una imagen de las variantes actuales que se est\u00e1n propagando en los EE. UU. Por ejemplo, el 4 de diciembre de 2021, el CDC proyect\u00f3 que omicron representaba el 0,6 % de los casos de COVID-19 en los EE. UU. La proporci\u00f3n estimada aument\u00f3 al 95 % para el 1 de enero de 2022. esta variante se estaba volviendo predominante, lo que permit\u00eda a los investigadores estudiar qu\u00e9 contramedidas funcionar\u00edan mejor.<\/p>\n
Es importante se\u00f1alar, sin embargo, que los datos de vigilancia gen\u00f3mica a menudo est\u00e1n fechados. El tiempo entre que un paciente se hace una prueba de COVID-19 y la secuencia del genoma viral se carga en GISAID puede ser de muchos d\u00edas o incluso semanas. Debido a los m\u00faltiples pasos del proceso, el tiempo promedio desde la recopilaci\u00f3n hasta GISAID en los EE. UU. oscila entre siete d\u00edas (Kansas) y 27 d\u00edas (Alaska). El CDC usa m\u00e9todos estad\u00edsticos para estimar proporciones variantes para el pasado m\u00e1s reciente hasta que se reciben los datos oficiales.<\/p>\n
\u00bfCu\u00e1ntas muestras de COVID-19 se secuencian?<\/p>\n
A principios de 2021, el Los CDC y otros laboratorios de salud p\u00fablica estaban secuenciando alrededor de 10,000 muestras de COVID-19 por semana en total. Teniendo en cuenta que se han diagnosticado cientos de miles de casos semanalmente durante la mayor parte de la pandemia, los epidemi\u00f3logos consideraron que ese n\u00famero era una proporci\u00f3n demasiado peque\u00f1a para proporcionar una imagen completa de las cepas circulantes. M\u00e1s recientemente, los laboratorios de salud p\u00fablica y los CDC han estado secuenciando cerca de 60 000 casos por semana. <\/p>\n
A pesar de esta mejora, todav\u00eda existe una gran brecha en los porcentajes de casos de COVID-19 secuenciados de estado a estado, que van desde un m\u00ednimo de 0,19 % en Oklahoma hasta un m\u00e1ximo de 10,0 % en Dakota del Norte dentro de los \u00faltimos 30 d\u00edas.<\/p>\n
Adem\u00e1s, EE. UU. en general secuencia un porcentaje mucho menor de casos de COVID-19 en comparaci\u00f3n con otros pa\u00edses: 2,3 % en EE. UU. en comparaci\u00f3n con el 7,0 % en el Reino Unido, 14,8 % en Nueva Zelanda y 17% en Israel. <\/p>\n
\u00bfQu\u00e9 pruebas de COVID-19 se secuencian?<\/p>\n
Imag\u00ednese si los investigadores recolectaran pruebas de COVID-19 de un solo vecindario en todo el estado. Los datos de vigilancia estar\u00edan sesgados hacia la variante que circula en ese vecindario, ya que es probable que las personas transmitan la misma cepa localmente. Es posible que el sistema ni siquiera registre otra variante que est\u00e9 cobrando fuerza en una ciudad diferente.<\/p>\n
Es por eso que los cient\u00edficos pretenden recopilar una muestra diversa de una regi\u00f3n. El muestreo aleatorio representativo desde el punto de vista geogr\u00e1fico y demogr\u00e1fico brinda a los investigadores una buena idea del panorama general en t\u00e9rminos de qu\u00e9 variantes son predominantes o est\u00e1n disminuyendo.<\/p>\n
\u00bfPor qu\u00e9 los pacientes en los EE. UU. no obtienen resultados variantes?<\/p>\n
Hay algunas razones por las que los pacientes generalmente no son informados sobre los resultados si su muestra se secuencia.<\/p>\n
Primero, el tiempo que transcurre desde la recolecci\u00f3n de la muestra hasta la secuenciaci\u00f3n de los resultados suele ser demasiado largo para que la informaci\u00f3n sea cl\u00ednicamente \u00fatil. Muchos pacientes habr\u00e1n progresado mucho en su enfermedad cuando se identifique su variante.<\/p>\n
En segundo lugar, la informaci\u00f3n a menudo no es relevante para la atenci\u00f3n del paciente. Las opciones de tratamiento son en gran medida las mismas, independientemente de qu\u00e9 variante haya causado una infecci\u00f3n por COVID-19. En algunos casos, un m\u00e9dico puede seleccionar los anticuerpos monoclonales m\u00e1s apropiados para el tratamiento seg\u00fan la variante que tenga un paciente, pero esta informaci\u00f3n a menudo se puede obtener de m\u00e9todos de laboratorio m\u00e1s r\u00e1pidos.<\/p>\n
A medida que comenzamos el 2022, es m\u00e1s Es m\u00e1s importante que nunca contar con un programa s\u00f3lido de vigilancia gen\u00f3mica que pueda capturar cualquiera que sea la pr\u00f3xima nueva variante de coronavirus. Un sistema que proporcione una imagen representativa de las variantes actuales y un tiempo de respuesta r\u00e1pido es ideal. La inversi\u00f3n adecuada en la vigilancia gen\u00f3mica del SARS-CoV-2 y otros pat\u00f3genos y la infraestructura de datos ayudar\u00e1n a los EE. UU. a combatir futuras oleadas de COVID-19 y otras enfermedades infecciosas. <\/p>\n
Explore m\u00e1s<\/p>\n
El informe destaca las caracter\u00edsticas de la variante Omicron SARS-CoV-2 en EE. UU. Proporcionado por The Conversation <\/p>\n
Este art\u00edculo se vuelve a publicar de The Conversation bajo una licencia Creative Commons. Lea el art\u00edculo original. <\/p>\n
Cita<\/strong>: De delta a omicron: c\u00f3mo los cient\u00edficos saben qu\u00e9 variantes est\u00e1n circulando en los EE. UU. (2022, 10 de enero) consultado el 29 de agosto de 2022 en https:\/\/medicalxpress.com\/news\/2022 -01-delta-omicron-scientists-variants-circulating.html Este documento est\u00e1 sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigaci\u00f3n privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona \u00fanicamente con fines informativos.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Los autores cargan muestras para la secuenciaci\u00f3n gen\u00f3mica en su laboratorio. Credit: Nathan Langer\/UPMC, CC BY-ND La variante omicron se apoder\u00f3 r\u00e1pidamente del panorama mundial del coronavirus despu\u00e9s de que se inform\u00f3 por primera vez en Sud\u00e1frica a fines de noviembre de 2021. EE. UU. se convirti\u00f3 en el pa\u00eds n\u00famero 24 en informar un … Continuar leyendo \u00abDe delta a omicron: C\u00f3mo saben los cient\u00edficos qu\u00e9 variantes est\u00e1n circulando en los EE. UU.\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-7109","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/7109","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=7109"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/7109\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=7109"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=7109"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=7109"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}