JT Neal, miembro fundador del comit\u00e9 ejecutivo de la Alianza AVE. Cr\u00e9dito: Allison Dougherty, Broad Communications <\/p>\n
En las dos d\u00e9cadas transcurridas desde que se secuenci\u00f3 por primera vez el genoma humano, los cient\u00edficos han aprendido mucho sobre c\u00f3mo se organiza el genoma y qu\u00e9 tan grande es su variaci\u00f3n entre personas de todo el mundo. Una mejor visi\u00f3n de c\u00f3mo esa variaci\u00f3n gen\u00e9tica influye en los rasgos o el riesgo de enfermedad podr\u00eda conducir a nuevas formas de diagnosticar y tratar enfermedades, pero llegar all\u00ed requerir\u00e1 una gran cantidad de datos sobre c\u00f3mo esas diferencias de ADN alteran el funcionamiento de las prote\u00ednas y las c\u00e9lulas. <\/p>\n
A trav\u00e9s de un proyecto conocido como Atlas of Variant Effects (AVE), lanzado a fines de 2020, investigadores de todo el mundo planean estudiar sistem\u00e1ticamente el impacto de la variaci\u00f3n en el genoma utilizando m\u00e9todos a gran escala. Su objetivo es generar un mapa de alta resoluci\u00f3n de todas las variantes gen\u00e9ticas posibles y sus efectos sobre la funci\u00f3n y la fisiolog\u00eda de las prote\u00ednas. El mapa podr\u00eda ayudar a mejorar el diagn\u00f3stico y el tratamiento de enfermedades humanas, especialmente a trav\u00e9s de enfoques de medicina de precisi\u00f3n, y respaldar estudios de genes, productos gen\u00e9ticos y su regulaci\u00f3n.<\/p>\n
Para obtener m\u00e1s informaci\u00f3n sobre AVE, hablamos con JT Neal , un l\u00edder de grupo s\u00e9nior en el Broad Institute of MIT y Harvard que dirige el proyecto Variant-to-Function en el Broad’s Cancer Program. Su laboratorio en el Broad se centra en el desarrollo de tecnolog\u00eda para estudiar la variaci\u00f3n gen\u00e9tica, incluidas las tecnolog\u00edas unicelulares y la obtenci\u00f3n de im\u00e1genes. Neal es miembro fundador del comit\u00e9 ejecutivo de AVE Alliance, cuyos miembros incluyen a casi 200 cient\u00edficos y m\u00e9dicos de m\u00e1s de 10 pa\u00edses. Los miembros del comit\u00e9 est\u00e1n trabajando juntos para lanzar el proyecto y guiar a sus colaboradores hacia sus ambiciosos objetivos.<\/p>\n
\u00bfQu\u00e9 es Atlas of Variant Effects Alliance?<\/p>\n
La Alianza AVE es una comunidad internacional de investigadores , analistas, m\u00e9dicos, pacientes y financiadores que deseen obtener m\u00e1s informaci\u00f3n sobre c\u00f3mo la diversidad gen\u00e9tica determina qui\u00e9n se enferma y qui\u00e9n se mantiene saludable. Tambi\u00e9n queremos saber c\u00f3mo lo hace bajo ciertas condiciones, como la exposici\u00f3n a pat\u00f3genos o en el desarrollo de c\u00e1ncer. La Alianza AVE ayudar\u00e1 a los laboratorios con ideas afines a unirse, comprometerse con las partes interesadas y los financiadores, y decidir qu\u00e9 genes son la prioridad m\u00e1s alta a seguir.<\/p>\n
La alianza est\u00e1 involucrando y uniendo a una comunidad de investigadores de gen\u00f3mica que utilizan t\u00e9cnicas nuevas y poderosas para crear todos los cambios posibles de amino\u00e1cidos en cada posici\u00f3n de una prote\u00edna, conocidas como mutag\u00e9nesis de saturaci\u00f3n o exploraci\u00f3n mutacional profunda. Luego, los investigadores utilizar\u00e1n ensayos de laboratorio y modelos computacionales para observar los efectos de esas variantes en la funci\u00f3n de la prote\u00edna. Integraremos estos datos en un atlas que describa el panorama de estos efectos variantes, que se compartir\u00e1 libremente con la comunidad investigadora.<\/p>\n
Queremos hacer todo esto con datos cuidadosamente examinados. Uno de los objetivos principales de la alianza es estandarizar los m\u00e9todos para realizar experimentos y analizar y compartir datos, de modo que todos podamos beneficiarnos del trabajo realizado por los miembros de la comunidad en todo el mundo.<\/p>\n
\u00bfLa Alianza AVE se centra en estudiar cualquier \u00bfEnfermedades espec\u00edficas?<\/p>\n
La alianza es independiente de la enfermedad. Si bien nos encantar\u00eda estudiar todas las variantes en las partes del genoma que codifican prote\u00ednas y no codifican prote\u00ednas, AVE fue iniciado por cient\u00edficos interesados en las t\u00e9cnicas de mutag\u00e9nesis de saturaci\u00f3n para generar variantes de codificaci\u00f3n de prote\u00ednas. Por esta raz\u00f3n, primero nos enfocaremos en las enfermedades causadas por mutaciones en las regiones del genoma que codifican prote\u00ednas, especialmente el c\u00e1ncer y las enfermedades mendelianas raras que son causadas por un solo defecto gen\u00e9tico con grandes efectos en la fisiolog\u00eda.<\/p>\n
\u00bfCu\u00e1les son los objetivos de AVE?<\/p>\n
Nuestro objetivo final y m\u00e1s ambicioso es un mapa de resoluci\u00f3n de nucle\u00f3tidos del genoma humano, con informaci\u00f3n sobre el impacto de todos los cambios posibles en cada letra del ADN. En el camino hacia ese objetivo, esperamos producir un mapa de resoluci\u00f3n de nucle\u00f3tidos que incluya todos los genes codificadores de prote\u00ednas.<\/p>\n
Esperamos tener el m\u00e1ximo impacto en la salud humana lo m\u00e1s r\u00e1pido posible, por lo que en el corto plazo plazo, digamos en los pr\u00f3ximos cinco a diez a\u00f1os, nos limitaremos a los genes ya asociados con la enfermedad.<\/p>\n
Una de nuestras primeras tareas es producir y publicar un libro blanco (actualmente disponible como preimpresi\u00f3n manuscrito) que describe un conjunto de recomendaciones para los investigadores de la alianza. Elegiremos aproximadamente 100 genes prioritarios relacionados con enfermedades para abordarlos primero e identificaremos formas de evaluar comparativamente los ensayos funcionales desarrollados por diferentes grupos. Nuestra esperanza es que las tecnolog\u00edas contin\u00faen mejorando para que los laboratorios individuales puedan realizar estos experimentos y contribuir al atlas, no solo los grandes institutos.<\/p>\n
Y continuaremos expandiendo nuestra comunidad, incorporando socios cl\u00ednicos como m\u00e9dicos. , proveedores de atenci\u00f3n m\u00e9dica y socios de la industria. A medida que construimos el atlas, desarrollamos ensayos y acumulamos datos, queremos tener usuarios finales que puedan confiar y beneficiarse de lo que hemos construido.<\/p>\n
\u00bfCu\u00e1les son algunos de los desaf\u00edos que enfrentar\u00e1 la Alianza AVE?<\/p>\n
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Generar una biblioteca de todas las variantes posibles de una prote\u00edna sol\u00eda ser la parte realmente dif\u00edcil, pero hemos visto grandes avances con t\u00e9cnicas, como MITE-seq desarrollado en Broad Technology Labs, que ahora permite a los laboratorios construir estas bibliotecas ellos mismos, o incluso comprarlas directamente a una empresa. Ahora, la parte dif\u00edcil es desarrollar ensayos para leer la funci\u00f3n de las prote\u00ednas codificadas por esas bibliotecas.<\/p>\n
Los ensayos que miden si una c\u00e9lula muere o crece m\u00e1s r\u00e1pido o m\u00e1s lento son f\u00e1ciles de ejecutar, escalables y econ\u00f3micos. . Pero necesitamos pruebas de laboratorio para la funci\u00f3n de las prote\u00ednas que sean m\u00e1s relevantes para la fisiolog\u00eda y las enfermedades humanas.<\/p>\n
Tomemos como ejemplo la gota. Sabemos que hay variantes gen\u00e9ticas que pueden afectar el metabolismo de las purinas, lo que puede aumentar el riesgo de desarrollar la enfermedad, y uno podr\u00eda imaginarse construir un ensayo de laboratorio funcional para encontrar estas variantes. Pero est\u00e1 menos claro c\u00f3mo se dise\u00f1ar\u00eda un ensayo para vincular estas variantes con un s\u00edntoma de enfermedad, como la inflamaci\u00f3n de la articulaci\u00f3n del dedo gordo del pie. Conectar variantes gen\u00e9ticas con funciones a nivel de organismo es uno de los mayores desaf\u00edos que enfrentamos. A trav\u00e9s de la alianza, abordaremos preguntas como esta y confiaremos en nuestra experiencia colectiva para encontrar soluciones escalables.<\/p>\n
Una vez que se construya el atlas, \u00bfc\u00f3mo pueden usarlo otros?<\/p>\n
Un investigador podr\u00eda extraer un gen, una regi\u00f3n codificante o una secuencia de prote\u00edna que le interese y ver, en cada sitio de esta secuencia, cu\u00e1l ser\u00eda la consecuencia funcional de las diferentes alteraciones.<\/p>\n
El atlas puede ser \u00fatil en futuras aplicaciones de medicina de precisi\u00f3n. Podr\u00eda ayudarnos a identificar un medicamento contra el c\u00e1ncer que ayudar\u00eda a curar el tumor de un paciente, porque sabremos c\u00f3mo las mutaciones particulares del paciente ayudan a que las c\u00e9lulas cancerosas crezcan y se propaguen. El atlas puede ayudar a los m\u00e9dicos a decidir qu\u00e9 medicamento administrar a cada paciente o qu\u00e9 medicamento evitar para evitar efectos secundarios innecesarios o p\u00e9rdida de tiempo.<\/p>\n
Si podemos generar un atlas de una calidad incre\u00edblemente alta, tal vez podamos capaz de usarlo para ayudar a predecir el riesgo de enfermedad de un paciente en funci\u00f3n de sus alteraciones gen\u00e9ticas, con aplicaciones potenciales en el asesoramiento gen\u00e9tico y prenatal. Sin embargo, la carga de la prueba para la intervenci\u00f3n preventiva suele ser muy alta.<\/p>\n
\u00bfQu\u00e9 objetivos ha logrado la Alianza AVE hasta ahora y hacia d\u00f3nde se dirige ahora?<\/p>\n
Desde nuestro inicio reunida el verano pasado, la Alianza AVE ha reunido un conjunto de flujos de trabajo paralelos que ser\u00e1n responsables de lograr nuestros objetivos en \u00e1reas clave mediante el establecimiento de est\u00e1ndares, el suministro de herramientas y la difusi\u00f3n de informaci\u00f3n.<\/p>\n
Hemos creado Outreach, Diversity y el Comit\u00e9 de Inclusi\u00f3n para facilitar las alianzas entre la alianza y las comunidades de partes interesadas. Fuimos coanfitriones del Simposio anual de escaneo mutacional, que fue virtual este a\u00f1o y que (con suerte) se llevar\u00e1 a cabo en persona en Toronto el pr\u00f3ximo a\u00f1o. Tambi\u00e9n nos hemos involucrado en actividades de desarrollo de la comunidad mediante la creaci\u00f3n de una serie de canales de Slack de la alianza y el lanzamiento de un club de revistas AVE para que los aprendices compartan su trabajo.<\/p>\n
En el futuro, esperamos seguir haciendo crecer nuestra comunidad, as\u00ed como para expandir nuestro compromiso con otras grandes comunidades gen\u00f3micas como la Alianza Global para la Gen\u00f3mica y la Salud (GA4GH) y la Alianza Internacional de Enfermedades Comunes (ICDA), as\u00ed como para identificar nuevas oportunidades de financiaci\u00f3n para apoyar proyectos alineados con AVE. Nuestro informe t\u00e9cnico se encuentra actualmente en revisi\u00f3n y, con suerte, se publicar\u00e1 a principios del pr\u00f3ximo a\u00f1o. <\/p>\n
Explore m\u00e1s<\/p>\n
Por qu\u00e9 algunas personas pueden correr un mayor riesgo de deficiencia de folato Proporcionado por Broad Institute of MIT y Harvard Cita<\/strong>: Mapeo de los efectos de la variaci\u00f3n gen\u00e9tica, una letra a la vez ( 2021, 14 de octubre) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https:\/\/medicalxpress.com\/news\/2021-10-effects-genetic-variation-letter.html Este documento est\u00e1 sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigaci\u00f3n privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona \u00fanicamente con fines informativos.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" JT Neal, miembro fundador del comit\u00e9 ejecutivo de la Alianza AVE. Cr\u00e9dito: Allison Dougherty, Broad Communications En las dos d\u00e9cadas transcurridas desde que se secuenci\u00f3 por primera vez el genoma humano, los cient\u00edficos han aprendido mucho sobre c\u00f3mo se organiza el genoma y qu\u00e9 tan grande es su variaci\u00f3n entre personas de todo el mundo. … Continuar leyendo \u00abMapeando los efectos de la variaci\u00f3n gen\u00e9tica, una letra a la vez\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-740","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/740","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=740"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/740\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=740"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=740"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=740"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}