Cr\u00e9dito: Shutterstock\/ktsdesign <\/p>\n
La secuenciaci\u00f3n gen\u00f3mica ha sido una herramienta clave durante la pandemia de COVID-19 de Aotearoa, y los datos generados aqu\u00ed ahora forman parte de los 8,5 millones de genomas compartidos globalmente. <\/p>\n
Nos ha ayudado a comprender c\u00f3mo llegaron los casos aqu\u00ed y el alcance de los brotes comunitarios. Tambi\u00e9n nos ha brindado informaci\u00f3n detallada sobre c\u00f3mo se transmite el virus de persona a persona, en un avi\u00f3n o en un centro de cuarentena.<\/p>\n
A medida que omicron se propaga r\u00e1pidamente por todo el pa\u00eds, es importante considerar cu\u00e1l es la mejor forma de implementar la gen\u00f3mica. para lograr nuestros objetivos de salud p\u00fablica. \u00bfQu\u00e9 casos debemos secuenciar y por qu\u00e9? \u00bfCu\u00e1l es el papel de las aguas residuales cuando sabemos que ya hay casos en nuestras ciudades y regiones?<\/p>\n
Aunque nuestra capacidad de prueba y gen\u00f3mica se vea abrumada por la gran cantidad de casos, la secuenciaci\u00f3n seguir\u00e1 desempe\u00f1ando un papel importante. <\/p>\n
En primer lugar, debemos estar atentos a las nuevas variantes virales y realizar un seguimiento de las que ya circulan en la comunidad. Esta es una funci\u00f3n central de la vigilancia gen\u00f3mica y parte de un esfuerzo global, con cient\u00edficos de todo el mundo secuenciando variantes en su patio trasero. <\/p>\n
Algo que buscamos son cambios (mutaciones) en el virus que puedan afectar su capacidad de transmisi\u00f3n, evadir nuestras vacunas o defensas inmunitarias, o causar una enfermedad a\u00fan m\u00e1s grave. Se presta especial atenci\u00f3n a las mutaciones en la prote\u00edna de pico viral, en el exterior del virus, que le permite adherirse a las c\u00e9lulas e infectarlas. <\/p>\n
La vacuna de Pfizer que hemos usado en Aotearoa esencialmente le presenta al cuerpo una copia de la prote\u00edna espiga para entrenar al sistema inmunitario para que cree anticuerpos y otras defensas contra ella. Los cambios importantes en el pico podr\u00edan permitir que el virus evadiera al menos la primera l\u00ednea de nuestras defensas inmunitarias, como hemos visto con la variante omicron, que contiene m\u00e1s de 30 mutaciones diferentes en la prote\u00edna del pico.<\/p>\n
Los brazos virales raza<\/p>\n
Con relativamente pocos casos en general en Nueva Zelanda, y solo la variante delta que ha persistido en la comunidad durante m\u00e1s de unos pocos meses, hasta ahora no hemos visto que surjan nuevas mutaciones o variantes preocupantes aqu\u00ed. Pero peque\u00f1as mutaciones o deleciones en el c\u00f3digo gen\u00e9tico del virus siguen siendo \u00fatiles para vincular grupos y detectar nuevas introducciones en la comunidad. <\/p>\n
Este \u00e1rbol de secuencias gen\u00f3micas muestra las relaciones entre los casos de omicron en la comunidad. Cr\u00e9dito: proporcionado por el autor, CC BY-ND <\/p>\n
La mayor\u00eda de los neozelandeses ahora est\u00e1n vacunados, lo que significa que existe una presi\u00f3n cada vez mayor sobre el virus para escapar de nuestra inmunidad. Esta es una carrera armamentista que hemos estado jugando con virus durante milenios. El juego ha cambiado un poco ya que la gen\u00f3mica nos permite observar la evoluci\u00f3n viral en tiempo real.<\/p>\n
Al secuenciar el virus de casos individuales, podemos decir exactamente qu\u00e9 variante tiene la persona y, con el tiempo, podemos detectar patrones. de variantes que aumentan en frecuencia o que resultan en una infecci\u00f3n m\u00e1s grave. <\/p>\n
Actualmente, la vigilancia gen\u00f3mica nos dice que hay una mezcla de omicron (incluidas las principales variantes BA.1 y BA.2) y una cola obstinada de delta. <\/p>\n
El linaje BA.1 recibi\u00f3 un impulso temprano en un evento de superpropagaci\u00f3n relacionado con bodas y ahora representa el 74 % de los casos de omicron. El 26% restante de los casos de omicron son BA.2, que se difundi\u00f3 al principio del festival SoundSplash. En la \u00faltima semana, alrededor del 7% de los casos secuenciados fueron delta. Sin la secuenciaci\u00f3n, estar\u00edamos ciegos a esto.<\/p>\n
Para mantener una vigilancia de alta calidad frente a un n\u00famero de casos muy alto, debemos ser selectivos en las muestras que secuenciamos y equilibrar las prioridades contrapuestas. La m\u00e1xima prioridad es la prevenci\u00f3n de enfermedades graves y habr\u00e1 un enfoque en los genomas de los casos en el hospital. En el extranjero, muchos de los casos hospitalizados graves son delta, no omicron. <\/p>\n
Nuevas variantes de preocupaci\u00f3n<\/p>\n
Algunos pacientes pueden tener la desgracia de infecciones cr\u00f3nicas por COVID-19. En tales casos, se pueden secuenciar m\u00faltiples muestras para ver si el virus est\u00e1 cambiando dentro de un solo paciente. <\/p>\n
Una hip\u00f3tesis principal de c\u00f3mo han surgido variantes preocupantes como omicron y delta es a trav\u00e9s de pacientes con infecci\u00f3n cr\u00f3nica que act\u00faan como incubadora del virus. Necesitamos continuar monitoreando a los pacientes con COVID de larga distancia.<\/p>\n
Tambi\u00e9n necesitaremos continuar monitoreando y secuenciando los nuevos casos que llegan a la frontera, ya sea en MIQ o en viajeros que regresaron recientemente y dieron positivo. Casi toda la variaci\u00f3n gen\u00e9tica del SARS-CoV-2 que hemos visto en Aotearoa ha sido importada (a diferencia de la desarrollada aqu\u00ed), y este es un patr\u00f3n com\u00fan que vemos con otras enfermedades como la influenza. Al secuenciar los casos fronterizos, obtenemos una visi\u00f3n temprana de para qu\u00e9 debemos prepararnos.<\/p>\n
Este mapa muestra los n\u00fameros regionales de casos delta, agrupados por la Junta de Salud del Distrito. Cr\u00e9dito: proporcionado por el autor, CC BY-ND <\/p>\n
Finalmente, para obtener una visi\u00f3n de alto nivel de los casos y las mutaciones, secuenciamos una muestra aleatoria de casos en todo el pa\u00eds. Las secuencias gen\u00f3micas tomadas a trav\u00e9s del tiempo y el espacio construyen una imagen de qu\u00e9 partes del pa\u00eds albergan qu\u00e9 variantes y linajes. Es en gran medida un caso de \u00abconoce a tu enemigo\u00bb.<\/p>\n
Actualmente estamos monitoreando las \u00e1reas donde persiste delta. Tambi\u00e9n podemos monitorizar c\u00f3mo afecta el estado vacunal de un individuo a la variante que se detecta. Dichos datos ayudan a construir una imagen de la eficacia de la vacuna y la protecci\u00f3n a nivel de la poblaci\u00f3n contra un virus que cambia r\u00e1pidamente.<\/p>\n
Pruebas de aguas residuales<\/p>\n
La \u00faltima pieza del rompecabezas de secuenciaci\u00f3n gen\u00f3mica es la prueba de aguas residuales para SARS-CoV-2. Si bien la secuenciaci\u00f3n de muestras de aguas residuales se ha utilizado para investigaciones espec\u00edficas de salud p\u00fablica en el pasado, el bajo n\u00famero de casos y las cantidades en la mayor\u00eda de las muestras de aguas residuales lo han dificultado. En cambio, las pruebas de aguas residuales se han centrado en utilizar un m\u00e9todo sensible para permitir la detecci\u00f3n temprana del virus. <\/p>\n
Con el aumento de omicron, ahora estamos viendo un aumento tanto en la cantidad de muestras positivas de aguas residuales como en la cantidad de virus en esas muestras. Esto significa que podemos usar las aguas residuales para indicar tendencias crecientes o decrecientes en los casos a nivel comunitario, y tambi\u00e9n para monitorear variantes nuevas y conocidas a trav\u00e9s de la secuenciaci\u00f3n y otras herramientas.<\/p>\n
En las pr\u00f3ximas semanas, habr\u00e1 suficientes virales importante para hacer evidentes las tendencias en los datos de aguas residuales. En algunas ciudades, donde se realizan muestreos regulares, veremos que las cargas virales de aguas residuales aumentan y disminuyen con los n\u00fameros de casos. Esta informaci\u00f3n, junto con el informe regular de casos, informar\u00e1 al p\u00fablico sobre el riesgo relativo de varias regiones. Dichos datos pueden ayudar a las personas a comprender los riesgos de viajar a una determinada regi\u00f3n o ciudad.<\/p>\n
La gen\u00f3mica sigue siendo una herramienta clave en nuestra gesti\u00f3n de pandemias. Habr\u00e1 cambios en la forma en que lo usamos, pero sigue siendo una parte central de nuestro conjunto de herramientas de vigilancia. Antes de la era de la gen\u00f3mica, los cambios en el plano gen\u00e9tico viral eran invisibles para nosotros. Si bien muchos temer\u00e1n otra historia sobre una nueva variante, estar\u00edamos en una posici\u00f3n mucho peor sin esta informaci\u00f3n.<\/p>\n
Si salimos de nuestra burbuja COVID-19 por un segundo, el uso de soluciones r\u00e1pidas y asequibles La tecnolog\u00eda gen\u00f3mica en esta pandemia tambi\u00e9n brinda una idea de c\u00f3mo puede ser la medicina gen\u00f3mica en el futuro, pero esa es una discusi\u00f3n para otro d\u00eda. <\/p>\n
Explore m\u00e1s<\/p>\n
Un estudio revisado por pares de EE. UU. sobre los resultados de los pacientes con Omicron revela diferencias significativas en el comportamiento de infecci\u00f3n Proporcionado por The Conversation <\/p>\n
Este art\u00edculo se vuelve a publicar de The Conversation bajo una licencia Creative Commons. Lea el art\u00edculo original. <\/p>\n
Cita<\/strong>: A medida que las infecciones por omicron en Nueva Zelanda aumentan r\u00e1pidamente, la vigilancia del genoma est\u00e1 cambiando de marcha (2022, 23 de febrero) consultado el 29 de agosto de 2022 en https:\/\/medicalxpress.com\/news\/2022-02 -zealand-omicron-infections-rapidly-genome.html Este documento est\u00e1 sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigaci\u00f3n privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona \u00fanicamente con fines informativos.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Cr\u00e9dito: Shutterstock\/ktsdesign La secuenciaci\u00f3n gen\u00f3mica ha sido una herramienta clave durante la pandemia de COVID-19 de Aotearoa, y los datos generados aqu\u00ed ahora forman parte de los 8,5 millones de genomas compartidos globalmente. Nos ha ayudado a comprender c\u00f3mo llegaron los casos aqu\u00ed y el alcance de los brotes comunitarios. Tambi\u00e9n nos ha brindado informaci\u00f3n … Continuar leyendo \u00abA medida que las infecciones por omicrones aumentan r\u00e1pidamente en Nueva Zelanda, la vigilancia del genoma cambia de marcha\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-7838","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/7838","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=7838"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/7838\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=7838"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=7838"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=7838"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}