Los puntos de referencia de secuenciaci\u00f3n del genoma del NIST son secuencias de ADN de alta precisi\u00f3n que las cl\u00ednicas y los laboratorios de investigaci\u00f3n pueden usar como una especie de clave de respuesta al probar sus propios m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n. Cr\u00e9dito: B. Hayes\/NIST <\/p>\n
Los tramos de ADN que difieren de persona a persona, llamados variantes, son una parte importante de lo que nos hace \u00fanicos, pero tambi\u00e9n pueden ponernos en mayor riesgo de enfermedad. Aunque actualmente podemos deletrear entre el 80% y el 90% de los millones que se encuentran en el genoma humano, las variantes restantes pueden contener pistas para el tratamiento de una serie de enfermedades. Hoy en d\u00eda, la lista de variantes a\u00fan por decodificar se ha reducido considerablemente. <\/p>\n
Un equipo dirigido por investigadores del Instituto Nacional de Est\u00e1ndares y Tecnolog\u00eda (NIST), el Baylor College of Medicine y DNAnexus ha caracterizado m\u00e1s de 20\u00a0000 variantes en 273 genes de importancia m\u00e9dica. En un estudio publicado en la revista Nature Biotechnology, los investigadores aplicaron m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n de ADN de \u00faltima generaci\u00f3n y de larga data para descifrar los c\u00f3digos gen\u00e9ticos de las variantes con un alto grado de certeza. Usando sus resultados, formularon puntos de referencia que ayudar\u00e1n a los laboratorios y cl\u00ednicas a secuenciar los genes con mayor precisi\u00f3n, lo cual es fundamental para obtener una mejor comprensi\u00f3n de una gran cantidad de enfermedades y, finalmente, desarrollar tratamientos.<\/p>\n
\u00abAlgunos de estos genes, Se sospecha que los que antes eran de muy dif\u00edcil acceso tienen alguna conexi\u00f3n con la enfermedad. Otros tienen una importancia cl\u00ednica muy clara\u00bb, dijo el ingeniero biom\u00e9dico del NIST Justin Zook, coautor del estudio. \u00abSMN1, por ejemplo, es un gen que caracterizamos que est\u00e1 directamente asociado con la atrofia muscular espinal, una condici\u00f3n rara pero grave\u00bb.<\/p>\n
El nuevo punto de referencia es el \u00faltimo producido por Genome in a Bottle (GIAB) consorcio, un esfuerzo de colaboraci\u00f3n patrocinado por el NIST destinado a mejorar las tecnolog\u00edas de secuenciaci\u00f3n de ADN y hacerlas pr\u00e1cticas para la aplicaci\u00f3n cl\u00ednica.<\/p>\n
Estos puntos de referencia son secuencias de ADN de alta precisi\u00f3n que las cl\u00ednicas y los laboratorios de investigaci\u00f3n pueden usar como una especie de clave de respuestas al probar sus propios m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n. Al secuenciar el mismo genoma utilizado para desarrollar un punto de referencia y luego comparar su resultado con el punto de referencia en s\u00ed, podr\u00edan aprender qu\u00e9 tan bien pueden detectar ciertas variantes.<\/p>\n
A lo largo de los a\u00f1os, producir puntos de referencia para algunas regiones del genoma ha demostrado ser mucho m\u00e1s dif\u00edcil que otros. Hay varias razones, muchas de las cuales est\u00e1n relacionadas con el enfoque general que la gente usa para secuenciar el ADN.<\/p>\n
En lugar de secuenciar genomas completos de una sola vez, las tecnolog\u00edas de secuenciaci\u00f3n de ADN leen primero secuencias de peque\u00f1as fracciones de ADN y luego luego intente colocarlos juntos correctamente, de forma similar a un juego de rompecabezas. Los genomas de referencia, el primero de los cuales fue completado por el Proyecto Genoma Humano, son genomas casi completos, unidos a partir del ADN de varias personas, que sirven como gu\u00edas sobre d\u00f3nde colocar las piezas del rompecabezas.<\/p>\n
Ya que compartimos cerca al 99,9% de nuestra composici\u00f3n gen\u00e9tica como especie, cualquier genoma humano tendr\u00e1 casi el mismo c\u00f3digo que el genoma de referencia. Esto significa que armar un genoma es una cuesti\u00f3n de colocar las piezas en funci\u00f3n de d\u00f3nde coincidan con la referencia. La mayor\u00eda de las variantes se alinean usando este proceso. Ciertos tipos arrojan una llave en \u00e9l.<\/p>\n
En particular, un tipo llamado variante estructural puede crear grandes diferencias entre un genoma y un genoma de referencia. Van desde 50 hasta miles de letras o bases, y toman muchas formas, incluido el c\u00f3digo insertado, eliminado o reorganizado. Cuanto m\u00e1s distinto es un genoma de la referencia, m\u00e1s dif\u00edcil es usar la referencia como gu\u00eda, dijo Zook.<\/p>\n
Las variantes estructurales podr\u00edan hacer que los laboratorios extrav\u00eden involuntariamente fragmentos de ADN y, en un entorno cl\u00ednico , ese tipo de error puede hacer que una variante relacionada con una enfermedad eluda la detecci\u00f3n o que una variante inofensiva genere una alarma. Adem\u00e1s de los costos humanos, los tratamientos prescritos innecesariamente o demasiado tarde debido a estos errores de medici\u00f3n podr\u00edan establecer la necesidad de tratamientos m\u00e1s costosos o invasivos para los pacientes en el futuro, lo que aumentar\u00eda dr\u00e1sticamente los costos de atenci\u00f3n m\u00e9dica.<\/p>\n
Sin embargo, recientes Los avances en la tecnolog\u00eda de secuenciaci\u00f3n han eliminado algunos de estos obst\u00e1culos. En el nuevo estudio, el consorcio GIAB aplic\u00f3 la \u00faltima tecnolog\u00eda para descifrar algunas de las regiones m\u00e1s esquivas del genoma humano con una conexi\u00f3n conocida o sospechada con enfermedades. <\/p>\n
Un factor clave en el esfuerzo fue la secuenciaci\u00f3n de alta fidelidad, o HiFi, que puede secuenciar tramos m\u00e1s largos de ADN. Los m\u00e9todos comunes de secuenciaci\u00f3n de ADN pueden leer alrededor de cien bases, pero con la secuenciaci\u00f3n HiFi, puede leer con precisi\u00f3n decenas de miles a la vez, dijo Zook.<\/p>\n
\u00abEn lugar de tener un rompecabezas de mil piezas, donde tiene estas peque\u00f1as y diminutas piezas que tienes que armar, es m\u00e1s como tener un rompecabezas de cien piezas donde tienes piezas m\u00e1s grandes que puedes armar\u00bb, dijo Zook.<\/p>\n
El equipo emple\u00f3 espec\u00edficamente HiFi con hifiasm , una herramienta de software de \u00faltima generaci\u00f3n que resuelve simult\u00e1neamente otro problema que ha dificultado la secuenciaci\u00f3n del ADN.<\/p>\n
En lugar de leer ambas copias de los cromosomas de un individuo (uno de la madre y el otro del padre), la lectura previa Los m\u00e9todos secuenciaron una amalgama de ambos, lo que provoc\u00f3 que se cometieran errores y se perdieran detalles importantes exclusivos de cada copia.<\/p>\n
Con hifiasm, los investigadores pudieron deletrear de forma independiente las copias separadas del genoma de una persona. En el caso de este estudio, el genoma era de una sola persona, designada HG002, que hab\u00eda dado su consentimiento para publicar su c\u00f3digo gen\u00e9tico a trav\u00e9s del Proyecto Genoma Personal.<\/p>\n
Los autores utilizaron estas tecnolog\u00edas adem\u00e1s de los m\u00e9todos previamente establecidos. , aprovechando las fortalezas de cada uno a la vez. Al final, su enfoque les permiti\u00f3 descubrir las secuencias de m\u00e1s de 20\u00a0000 variantes, incluidas docenas de variantes estructurales dif\u00edciles de evaluar en 273 genes, y lo hicieron con mayor precisi\u00f3n de la que se podr\u00eda lograr con un solo m\u00e9todo.<\/p>\n
Adem\u00e1s de la atrofia muscular espinal, los investigadores caracterizaron variantes en genes relacionados con enfermedades card\u00edacas, diabetes, enfermedad cel\u00edaca y muchas otras afecciones.<\/p>\n
El equipo tambi\u00e9n encontr\u00f3 inesperadamente errores en los dos genomas de referencia que estaban usando. Algunos podr\u00edan hacer que los m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n interpreten mal los genes que provocan enfermedades graves, incluida la homocistinuria, que se asocia con trastornos del sistema \u00f3seo, cardiovascular y nervioso y que, por lo general, se detecta a trav\u00e9s de pruebas de detecci\u00f3n en reci\u00e9n nacidos, dijo Zook. Con sus variantes recientemente evaluadas, los autores propusieron correcciones a los genomas de referencia que usaron.<\/p>\n
Las evaluaciones comparativas en s\u00ed mismas ahora est\u00e1n disponibles p\u00fablicamente para que los laboratorios las utilicen bien. Para hacerlo, los investigadores o m\u00e9dicos interesados primero tendr\u00edan que secuenciar muestras de HG002, a las que se puede acceder a trav\u00e9s de la Oficina de Materiales de Referencia del NIST, y luego comparar sus resultados con los puntos de referencia.<\/p>\n
El estudio marca un paso significativo en el viaje en curso del consorcio GIAB para mejorar la precisi\u00f3n de la secuenciaci\u00f3n del ADN. Pero con miles de genes importantes que quedan por caracterizar que contienen variantes que son dif\u00edciles de precisar, los investigadores pretenden seguir adelante, aplicando las \u00faltimas y mejores tecnolog\u00edas a medida que est\u00e9n disponibles. <\/p>\n
Explore m\u00e1s<\/p>\n
El equipo desarrolla un punto de referencia para detectar grandes mutaciones gen\u00e9ticas vinculadas a enfermedades importantes M\u00e1s informaci\u00f3n:<\/strong> Chen-Shan Chin, Puntos de referencia de variaci\u00f3n seleccionados para desafiar genes autos\u00f3micos m\u00e9dicamente relevantes, Nature Biotechnology (2022) ). DOI: 10.1038\/s41587-021-01158-1. www.nature.com\/articles\/s41587-021-01158-1 Informaci\u00f3n de la revista:<\/strong> Nature Biotechnology <\/p>\n Proporcionado por el Instituto Nacional de Est\u00e1ndares y Tecnolog\u00eda Cita<\/strong>: Nuevo punto de referencia podr\u00eda mejorar la detecci\u00f3n de variantes gen\u00e9ticas vinculadas a la atrofia muscular espinal, otras enfermedades (2022, 7 de febrero) consultado el 29 de agosto de 2022 de https:\/\/medicalxpress.com\/news\/2022-02-benchmark-genetic-variants-linked-spinal.html Este documento est\u00e1 sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigaci\u00f3n privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona \u00fanicamente con fines informativos.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Los puntos de referencia de secuenciaci\u00f3n del genoma del NIST son secuencias de ADN de alta precisi\u00f3n que las cl\u00ednicas y los laboratorios de investigaci\u00f3n pueden usar como una especie de clave de respuesta al probar sus propios m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n. Cr\u00e9dito: B. Hayes\/NIST Los tramos de ADN que difieren de persona a persona, llamados … Continuar leyendo \u00abUn nuevo punto de referencia podr\u00eda mejorar la detecci\u00f3n de variantes gen\u00e9ticas relacionadas con la atrofia muscular espinal, otras enfermedades\u00bb<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-8972","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-general"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/8972","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=8972"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/8972\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=8972"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=8972"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.biblia.work\/articulos-salud\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=8972"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}