Su concepción teológica es absolutamente bibliocéntrica. Para Calvino, todo asunto, ya sea de naturaleza teológica o social, puede ser analizado y explicado a partir de las Escrituras.
En Christianae Religious Institutio, la obra maestra de Calvino y que por lo menos revisó cinco veces entre 1536 y 1559, se propuso la articulación de la teología bíblica de una manera razonable, siguiendo los artículos del credo apostólico. Los cuatro libros de la edición definitiva (1559) se centran en los artículos “Padre”, “Hijo”, “Espíritu Santo”, e “Iglesia”.
Sobre el Padre
El conocimiento de Dios está relacionado con la conciencia de uno mismo. En el mundo y en la conciencia humana se manifiestan las demandas espirituales. Dios creó el mundo y lo hizo bueno. Pero desde la caída original la humanidad, por sus propios poderes sólo ha podido comprender a Dios de modo excepcional e imperfecto. Por sí solos, los seres humanos nunca pueden alcanzar una auténtica vida religiosa basada en el conocimiento de Dios. Sin embargo, por la gracia de Dios, transmitida por Jesucristo, como se dice en la Biblia, el Creador resolvió este destructivo dilema y permitió a la humanidad obtener una clara visión de la revelación. Estas personas que aprenden la verdad sobre la depravación humana —que incluso las mejores acciones están corrompidas y ninguna es pura— pueden arrepentirse y confiar su salvación en Dios Padre.
Sobre el Hijo
El pecado humano, heredado desde Adán y Eva, produce en cada persona una “fábrica de ídolos”. Todos los individuos merecen destrucción, pero Jesucristo ejerció como profeta, sacerdote y rey para llamar a los elegidos a la vida eterna con Dios. Cristo convoca a los elegidos a una nueva vida, intercediendo por ellos en su expiación, y se halla a la diestra de Dios. Calvino hizo grandes esfuerzos para poner de manifiesto la continuidad de sus doctrinas con la ortodoxia cristiana como aparece expresada en los credos de Nicea y Caledonia.
Sobre el Espíritu
El Espíritu Santo de Dios, la tercera persona de la Trinidad, concede poder a los escritos y a la lectura de la Escritura, a la vida devocional de los creyentes, y al desarrollo cristiano en Cristo (santificación). También permite la confianza en que la resurrección de Dios de los muertos traerá a los salvados a la perfección a la presencia de Dios. Toda seguridad de elección a la gracia es dada por el Espíritu, e incluso la condenación de los réprobos según la justicia de Dios se rige por el poder del Espíritu.
Sobre la Iglesia
La Iglesia de Dios y los sacramentos son también otorgados por la gracia divina para edificación moral de los elegidos y el bien del mundo. La Iglesia, una a través del tiempo, puede ser conocida por la oración, por escuchar la Palabra de Dios y por la administración de los sacramentos. Aunque la verdadera Iglesia sea conocida sólo por Dios, la Iglesia visible está por completo relacionada con Él en la Tierra. Dignatarios y jefes de la Iglesia serían aquellos individuos que intentan con rigor mantenerse en la disciplina cristiana, aunque su autoridad no puede depender de su rectitud. Los cargos deben ser aquellos designados en el Nuevo Testamento.
Doctrina de la Predestinación
Una de los aspectos fundamentales de su visión teológica fue su propuesta de la doctrina de la predestinación.
Al igual que Lutero, Calvino sostenía que el hombre podía acceder a la Gracia a través de la Fe, pero que Dios ya había elegido a quienes habían de ser salvos desde ates de la fundación del mundo.
Lutero y Bucer habían debilitado la creencia en la predestinación fundándola en la presciencia divina: Dios conoce el porvenir y sabe lo que ocurrirá a cada individuo; en consecuencia presciencia y predestinación coinciden. Pero así parece que se establece un vínculo de causa a efecto entre presciencia y predestinación. Parece que Dios esté obligado a hacer lo que ha previsto; en consecuencia, no es exactamente Todopoderoso. Ello es intolerable para un amor ardiente y delicado. “Para Calvino, Dios es libre y lo que él prevé no se confunde con lo que desea de toda eternidad” (Roland Mousnier). La gracia es irresistible y el hombre no la puede repeler; se manifiesta en la vida del elegido por el gusto hacia la doctrina y las obras de fe. (2)
Calvino redujo los sacramentos a solo dos: el bautismo y la comunión (Santa Cena), la cual solo aceptó en un sentido conmemorativo, y suprimió todos los ritos del culto, el crucifijo, el altar y las jerarquías sacerdotales. Los lugares destinados al culto fueron desprovistos de adornos y todo tipo de imágenes.
Instituyó un clero laico y democrático. Los líderes constituidos se denominaron ministros y pastores, ancianos y diáconos. Los primeros tenían incumbencia en asuntos estrictamente profesionales mientras que los segundo se encargaban de los asuntos materiales y costumbristas.