Sí, lo es. Nos lo dice en las Escrituras:

Entonces el Señor dijo a (Moisés): "¿Quién dio la boca al hombre? ¿Quién lo hace mudo, sordo, vidente o ciego? ¿No soy yo, el Señor?” (Éxodo 4:11)

Al pasar él, vio a un hombre ciego de nacimiento. Y sus discípulos le preguntaron: ‘Rabbí, ¿quién ha pecado, éste o sus padres, para que sea ¿Ciego de nacimiento? Jesús respondió: «No es que éste haya pecado, ni sus padres, sino para que las obras de Dios se manifiesten en él». (Juan 9:1-3)

Para ser claros, la soberanía de Dios no significa que simplemente permite la discapacidad. Estos versículos nos muestran que soberanamente tiene la intención de hacerlo, tanto para su gloria como para nuestro bien: «para que se manifiesten las obras de Dios».

Con eso en mente, ¿qué piensas acerca de esta expansión del Salmo 139:13-16? He agregado algunos descriptores adicionales en cursiva para resaltar lo que realmente queremos decir si creemos que Dios es soberano sobre la discapacidad:

Porque tú formaste mis entrañas con síndrome de Down;
me entretejiste en el vientre de mi madre sin ojos.
Te alabo, porque estoy maravillosa y maravillosamente hecho con problemas cognitivos. 
Maravillosas son tus obras al crearme sin miembros;
mi alma lo sabe muy bien aunque mis oídos nunca escucharán sonido.
Mi estructura no te fue ocultada como me hiciste con el síndrome de Apert,
cuando me hacían en secreto con autismo,
intrincadamente tejida en las profundidades de la tierra sin Hexosaminidasa A.
Tus ojos vieron mi sustancia informe con espina bífida;
en tu libro estaban escritos, cada uno de ellos,
los días que se formaron para mí con parálisis cerebral,
cuando aún no había ninguno de ellos.