El seguimiento de las variantes del virus en EE. UU. ha mejorado después de un comienzo lento
James Robson, un estudiante graduado de ingeniería biomédica, sostiene un hisopo y un vial de muestra en el nuevo laboratorio de pruebas de COVID-19 en el campus, el jueves 23 de julio de 2020 en Boston Universidad de Boston. Estados Unidos ha mejorado su sistema de vigilancia para rastrear nuevas variantes de coronavirus como omicron, aumentando su capacidad en decenas de miles de muestras desde principios de 2021. Credit: AP Photo/Charles Krupa, Archivo
Después de un comienzo lento, Estados Unidos ha mejorado su sistema de vigilancia para rastrear nuevas variantes de coronavirus como omicron, aumentando su capacidad en decenas de miles de muestras por semana desde principios de este año.
Los virus mutan constantemente. Para encontrar y rastrear nuevas versiones del coronavirus, los científicos analizan la composición genética de una parte de las muestras que dan positivo.
Están observando las letras químicas del código genético del virus para encontrar nuevos mutantes preocupantes, como omicron, y seguir la propagación de variantes conocidas, como delta.
Es un esfuerzo global, pero hasta hace poco los EE. UU. contribuían muy poco. Con pruebas descoordinadas y dispersas, EE. UU. estaba secuenciando menos del 1% de las muestras positivas a principios de este año. Ahora, está ejecutando esas pruebas en 5% a 10% de las muestras. Eso está más en línea con lo que otras naciones han secuenciado y compartido con rastreadores de enfermedades globales durante el transcurso de la pandemia.
«La vigilancia genómica es sólida», dijo Kelly Wroblewski, directora de enfermedades infecciosas de la Asociación de Laboratorios de salud.
Cerca de 70 laboratorios de salud pública estatales y locales contribuyen al esfuerzo y secuencian entre 15,000 y 20,000 muestras por semana. Otros laboratorios, incluidos los administrados por los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades y sus contratistas, elevan el total de 40 000 a 80 000 por semana.
Hace nueve meses, se analizaban de esta manera unas 12 000 muestras cada semana.
«Estamos en un lugar mucho, mucho mejor que hace un año o incluso hace seis o nueve meses», dijo Kenny Beckman de la Universidad de Minnesota, quien acreditó dólares federales distribuidos a laboratorios públicos y privados . Dirige el laboratorio de genómica de la universidad, que ahora secuencia unas 1.000 muestras a la semana de estados como Minnesota, Arkansas y Dakota del Sur. Hace un año, el laboratorio no realizó ninguna secuenciación.
Con base en $1.7 mil millones en el proyecto de ley de alivio del coronavirus del presidente Joe Biden, EE. UU. ha estado estableciendo una red nacional para rastrear mejor las mutaciones del coronavirus.
Aún así, alrededor de dos docenas de países están secuenciando una mayor proporción de muestras positivas que los EE. UU., dijo el Dr. William Moss de la Escuela de Salud Pública Johns Hopkins Bloomberg. El surgimiento de Omicron podría «estimular a los Estados Unidos a hacer esto mejor».
«Creo que todavía tenemos un largo camino por recorrer», dijo Moss.
Algunos estados están secuenciando solo sobre 1 % de las muestras, mientras que otras están en el rango del 20 %, señaló el Dr. Phil Febbo, director médico de Illumina, una empresa con sede en San Diego que desarrolla tecnologías de secuenciación genómica.
«Podríamos ser más sistemático al respecto y más consistente para asegurarnos de que no haya desiertos de vigilancia genómica en los que podamos pasar por alto la aparición de una variante», dijo Febbo.
Para ayudar en el esfuerzo de vigilancia, las pruebas de PCR estándar que usan hisopos nasales enviadas a los laboratorios pueden detectar una señal de que alguien probablemente tenga la variante omicron. Si una prueba de PCR es positiva para solo dos de los tres genes objetivo, un resultado de la llamada prueba de abandono S, es un marcador para omicron incluso antes del paso adicional de secuenciación genética para probarlo.
«Es fortuito», dijo Trevor Bedford, biólogo y experto en genética del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson. «Si necesita hacer una secuenciación para identificar la variante, siempre se retrasará un poco y será más costoso. Si solo confía en este S-dropout como identificación, entonces es más fácil».
Dijo que otras variantes también han provocado esta peculiaridad en los resultados de las pruebas de PCR, pero no la variante delta. Con delta tan dominante en los EE. UU. en este momento, se notará un resultado de abandono de S, dijo Bedford. (Bedford recibe fondos del Instituto Médico Howard Hughes, que también apoya al Departamento de Salud y Ciencias de The Associated Press).
Dr. Anthony Fauci, el principal experto en enfermedades infecciosas del país, dijo que es «inevitable» que omicron llegue a los Estados Unidos.
Muchos expertos dijeron que probablemente ya esté aquí y que el sistema de vigilancia lo detecte. pronto. Pero la pregunta es, ¿entonces qué?
El investigador del sida de la Universidad de Wisconsin, David O’Connor, señaló: «No tenemos el tipo de restricciones de viaje interestatales que harían posible contener el virus en cualquier lugar».
En cambio, la vigilancia genómica les dirá a los funcionarios si omicron se está propagando inusualmente rápido en algún lugar y si se deben enviar más recursos a esos lugares, dijo.
Cuando omicron emerge, las autoridades de salud pública tendrán que considerar otras variables en sus esfuerzos de clasificación, como el nivel de infección ya presente en esa comunidad y la tasa de vacunación. Los brotes graves en áreas altamente vacunadas serían particularmente preocupantes.
Aún así, Beckman de la Universidad de Minnesota ve pocas ventajas en aumentar enormemente la secuenciación.
«No es necesario secuenciar más que un pequeño porcentaje de casos positivos para tener una idea de lo rápido que está creciendo», dijo.
A diferencia de otros países, los funcionarios del gobierno de EE. UU. no han ejercido la autoridad para obligar a las personas a ponerse en cuarentena si da positivo por variantes preocupantes. Dado eso, la secuenciación es principalmente una herramienta de vigilancia para rastrear la propagación de mutaciones.
«Creo que es importante rastrear variantes, pero no creo que sea práctico pensar que vamos a poder secuencia lo suficientemente rápida y amplia como para detener una variante en seco», dijo Beckman.
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Cita: El seguimiento de las variantes del virus en EE. UU. ha mejorado después de un comienzo lento (30 de noviembre de 2021) consultado el 29 de agosto de 2022 en https://medicalxpress.com/news/2021-11-tracking- virus-variants.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.