Los investigadores proporcionan un panorama clínico completo para el gen relacionado con la epilepsia y el autismo
Crédito: CC0 Public Domain
Investigadores del Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP) afiliado a CHOP Epilepsy Neurogenetics Initiative (ENGIN) compilaron un análisis genético y clínico completo de más de 400 personas con un trastorno relacionado con SCN2A, que se ha relacionado con una variedad de trastornos del neurodesarrollo, como la epilepsia y el autismo. Al vincular las características clínicas con las anomalías genéticas en un formato estandarizado, los investigadores esperan que sus hallazgos conduzcan a una mejor identificación e intervención clínica.
El estudio fue publicado en línea por la revista Genetics in Medicine.
Las variantes patogénicas en el gen SCN2A pueden conducir a una amplia gama de características clínicas o fenotipos asociados con trastornos del neurodesarrollo. Varios estudios han descrito la información genética recopilada en individuos con cambios causantes de enfermedades en este gen. Sin embargo, aunque la información genética se recopila de manera estandarizada, los datos sobre fenotipos no están estandarizados y, antes de este estudio, los datos disponibles sobre las características clínicas de estos pacientes no se habían analizado a fondo, lo que significa que muchas correlaciones entre los genotipos y fenotipos de estos pacientes a menudo eran anecdóticos.
Para vincular correctamente los datos genéticos y fenotípicos, los investigadores de CHOP utilizaron la ontología del fenotipo humano (HPO), un método que estandariza las características clínicas de un paciente y permite que los datos se traduzcan de manera similar a los datos genéticos. datos.
«Basándonos en nuestro trabajo anterior con HPO, sabíamos que teníamos la oportunidad de proporcionar a la comunidad clínica y de investigación el panorama fenotípico completo de los trastornos relacionados con SCN2A», dijo Ingo Helbig, MD, asistente médico y director del núcleo de genómica y ciencia de datos de ENGIN e investigador principal del estudio. «Las personas con variantes de SCN2A presentan una amplia variedad de características clínicas, algunas de las cuales han sido difíciles de categorizar fácilmente antes de nuestro estudio».
Los investigadores extrajeron información fenotípica de los trastornos relacionados con SCN2A publicados durante el curso de casi dos décadas, que abarca todas las descripciones de la enfermedad en la literatura médica entre 2001 y 2019, además de los pacientes seguidos por ENGIN. A través de 413 individuos no relacionados, el equipo de estudio obtuvo un total de 10 860 anotaciones clínicas en términos HPO, con un total de 562 términos términos únicos. Esto permitió a los investigadores vincular las características clínicas con variantes genéticas específicas.
Por ejemplo, las variantes de truncamiento de proteínas, que son variantes genéticas que acortan la secuencia de codificación de los genes, se asociaron con autismo y anomalías conductuales. Las variantes sin sentido, o alteraciones del código genético que dan como resultado la producción de un aminoácido diferente al que normalmente se esperaría, se asociaron con espasmos epilépticos y convulsiones de inicio neonatal. Usando un análisis de componentes principales para simplificar la complejidad de los datos, los investigadores encontraron que tres componentes principales representaban un tercio de la variabilidad fenotípica en su conjunto de datos, enfatizando que a pesar de la complejidad de los datos, se pueden derivar grupos clínicos informativos.
«Los trastornos relacionados con SCN2A son el grupo de afecciones en las que se realizó un mapeo sistemático de fenotipos computables. Nuestros hallazgos ayudan a definir subclases dentro de los trastornos relacionados con SCN2A que podrían allanar el camino para futuros enfoques de medicina de precisión para ayudar estos individuos», dijo Helbig. «Este trabajo, basado en nuestros estudios previos, ahora proporciona un marco sobre cómo la terminología HPO puede mapear datos clínicos complejos en una variedad de trastornos raros para obtener respuestas sobre las características clínicas, la historia natural y los resultados que aún no tenemos».
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Causas genéticas de trastornos cerebrales infantiles graves descubiertas mediante nuevos métodos computacionales Más información: Katherine Crawford et al. Análisis computacional de 10 860 anotaciones fenotípicas en individuos con trastornos relacionados con SCN2A, Genetics in Medicine (2021). DOI: 10.1038/s41436-021-01120-1 Información de la revista: Genetics in Medicine
Proporcionado por Children’s Hospital of Philadelphia Cita: Los investigadores proporcionan un panorama clínico completo para los genes vinculado a la epilepsia y el autismo (2021, 17 de marzo) recuperado el 30 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-03-clinical-landscape-gene-linked-epilepsy.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.