El nuevo software proporciona una imagen detallada de la diversidad de las variantes del virus COVID-19
Crédito: Unsplash/CC0 Dominio público
«B.1.1.7». «B.1.351». Antes de la pandemia de COVID-19, estos eran solo una serie de letras y números arbitrarios. Ahora, las entendemos como ‘variantes preocupantes’, versiones del virus SARS-CoV-2 con códigos genéticos únicos.
Estas variantes representan solo dos ramas de un enorme árbol de la diversidad genética del virus. A medida que el virus se transmite de persona a persona, evoluciona y adquiere mutaciones genéticas, creando un dosel en expansión de diferentes linajes y variantes de virus. La representación visual de eso de una manera accesible para los investigadores, los expertos en salud pública y los miembros de la comunidad es el núcleo de una aplicación web y una tubería bioinformática de código abierto desarrollada en Occidente llamada CoVizu.
Los programas de vigilancia genómica en todo el mundo El mundo recopila datos sobre estas mutaciones a diario y, hasta el momento, ha identificado más de 300 000 versiones genéticas únicas del virus COVID-19, que se recopilan en categorías denominadas «linajes» o «variantes».
A diferencia de B .1.1.7 y B.1.351, cuyas mutaciones hacen que el virus sea potencialmente más infeccioso, muchas variantes no cambian significativamente el comportamiento del virus. Sin embargo, ayudan a pintar un cuadro epidemiológico informativo. Examinar de cerca esta amplitud de información genética puede ayudar a rastrear cómo el virus se está moviendo a través de la población, identificar brotes y, potencialmente, identificar la próxima variante de preocupación.
«Lo que estamos tratando de hacer es proporcionar una estimación de cómo el virus se está moviendo», dijo Art Poon, Ph.D., profesor asociado de la Escuela de Medicina y Odontología de Schulich, y el principal desarrollador de CoVizu. Mediante el seguimiento de todas estas variaciones, la aplicación web representa visualmente todas las mutaciones del virus y cómo cambia genéticamente a medida que se transmite globalmente.
«También nos dimos cuenta de inmediato de que hay tantos datos que necesitaba tener alguna forma de permitir a los usuarios buscar a través de él de una manera significativa», dijo Poon.
Al crear CoVizu, él y su equipo de investigación han destilado esta enorme cantidad de información de vigilancia genómica recopilada de más de la mitad un millón de muestras de virus de todo el mundo en una representación visual fácil de entender. Un gráfico de árbol muestra cómo se relacionan las diferentes variantes entre sí, y un «diagrama de cuentas» muestra cuándo y en qué parte del mundo se ha muestreado esa variante, así como también cómo se relacionan esas muestras.
Todas los datos para el software son proporcionados por la iniciativa científica global GISAIDa que brinda acceso abierto a datos genómicos de virus en tiempo real. Hasta la fecha, CoVizu es una de las 15 colaboraciones de software autorizadas en el mundo habilitadas por GISAID y la única desarrollada en Canadá.
El software desarrollado en Occidente permite a los usuarios filtrar los datos por número de muestras, la fecha fue tomada o su país de origen. También muestra una representación visual de cuántas mutaciones ha acumulado cada linaje del virus desde que se separó del ancestro común.
«Una parte importante de este proyecto es hacer que estos datos sean accesibles e informativos para que la persona promedio pueda mírelo y comprenda lo que significan los números para ellos», dijo Emmanuel Wong, un estudiante de maestría supervisado por Poon que es parte del equipo de desarrollo de CoVizu. «Lo que hace es permitir que las personas vean estas variantes y entiendan cómo llegaron aquí y de dónde vinieron».
El equipo, que incluye a Roux-Cil Ferreira, Molly Liu, Kaitlyn Wade, Laura Muoz- Baena, Gopi Gugan y Abayomi Olabode, espera que el software ayude a los epidemiólogos y expertos en salud pública a rastrear cómo se mueve el virus entre la población e identificar variantes de interés.
«CoVizu es un esfuerzo por proporcionar otra herramienta en nuestro conjunto de herramientas para comprender la diversidad genética de estos virus», dijo Poon. «Sabemos que la epidemiología genómica es importante y tener estos datos es importante, porque el hecho de que podamos ver e identificar variantes preocupantes es posible gracias al intercambio de datos».
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El experto analiza las ‘variantes preocupantes’ del coronavirus Proporcionado por la Universidad de Western Ontario Cita: El nuevo software proporciona una imagen detallada de la diversidad de las variantes del virus COVID-19 (2021, 15 de marzo ) recuperado el 30 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-03-software-picture-diversity-covid-virus.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.