Cómo rastrear las variantes de la pandemia más rápido
Crédito: Pixabay/CC0 Dominio público
Un grupo mundial de investigadores pide una mejor integración de la genética viral, la bioinformática y la salud pública para permitir una mejor respuesta a la pandemia ahora y una mejor pandemia preparación en el futuro. En un artículo de comentario en la revista Nature, una colaboración internacional de especialistas en análisis viral y genético, dirigida por la científica suiza Dra. Emma Hodcroft de la Universidad de Berna y el Prof. Christophe Dessimoz de la Universidad de Lausana, ambos del SIB Swiss Institute of Bioinformatics, junto con el Dr. Nick Goldman en EMBL-EBI en el Reino Unido, exponen los «cuellos de botella bioinformáticos» que están obstaculizando la respuesta a la pandemia de SARS-CoV-2 y proponen formas de «limpiar el camino» para mejores herramientas y enfoques. Estos son los mensajes clave para llevar a casa y la perspectiva desde el punto de vista suizo.
«Lo que los científicos han logrado en un año desde el descubrimiento de un nuevo virus es verdaderamente notable», dice Emma Hodcroft del Instituto de Medicina Social y Preventiva (ISPM) de la Universidad de Berna, primera autora del artículo. , «pero las herramientas que los científicos están usando para estudiar cómo se transmite y cambia el SARS-CoV-2 nunca se diseñaron para las presiones únicas o los volúmenes de datos de esta pandemia».
El SARS-CoV-2 es ahora uno de los patógenos más secuenciados de todos los tiempos, con más de 600 000 secuencias de genoma completo generadas desde que comenzó la pandemia, y más de 5000 nuevas secuencias provenientes de todo el mundo todos los días. Sin embargo, las herramientas de análisis y visualización que se utilizan hoy en día (incluida Nextstrain, desarrollada conjuntamente por el grupo del Prof. Richard Neher en el SIB y la Universidad de Basilea) nunca se diseñaron para manejar el volumen y la velocidad de las secuencias que se generan hoy en día, o la escala de la participación en la respuesta de salud pública. «En todo el mundo, la vigilancia genómica se basa en la iniciativa de investigadores académicos para encontrar respuestas esenciales. La toma de decisiones de salud pública se beneficiaría de un marco de colaboración más sostenible», dice Christophe Dessimoz en SIB y la Universidad de Lausana.
Lo que permitiría una secuenciación mejorada
Las secuencias genéticas del SARS-CoV-2 contienen información valiosa para implementar políticas pandémicas efectivas y mantenerse a la vanguardia del virus. Comparar cuántas mutaciones comparten diferentes muestras, por ejemplo, permite a los científicos rastrear la transmisión del virus, lo que ayuda a identificar eventos de superpropagación y propagación internacional. Pero por el momento puede ser difícil combinar esta información genética con otras variables clave, como quién asistió a un evento y cuándo aparecieron los síntomas, lo que podría ayudar a que estos métodos sean aún más informativos.
El ‘número R’ se ha ido. de un concepto científico a una palabra familiar en el último año, mide el número promedio de personas a las que transmitirá una persona infectada. Aquí, las secuencias también pueden ayudar, al ayudar a separar los casos importados de la transmisión local. Esto permite una estimación más precisa de Re, pero requiere altos niveles de secuenciación y análisis complejos, que actualmente no se implementan ampliamente.
Finalmente, la secuenciación es la única forma de identificar y rastrear las numerosas mutaciones que surgen. en el SARS-CoV-2. Si bien las mutaciones son una parte normal de la vida del virus, los científicos necesitan saber cuáles son variaciones inofensivas y cuáles podrían cambiar la transmisibilidad o el resultado clínico del virus. La combinación de secuencias, trabajo de laboratorio y predicciones computacionales podría permitir una mejor comprensión de los impactos mutacionales, pero hay poco marco para ayudar a que estas diferentes especialidades trabajen juntas. «Las secuencias de datos virales y los metadatos asociados deben determinarse, recopilarse y armonizarse gracias a infraestructuras estables compatibles con los principios de Open Data para facilitar la revisión por pares de la comunidad y su reutilización», dice Christophe Dessimoz en SIB y la Universidad de Lausana, el pasado autor del comentario.
Beneficios para Suiza
«En Suiza, la población podría beneficiarse de una secuenciación más sistemática y representativa, por ejemplo, a través de un mejor rastreo de contratos, aislamiento específico y cuarentena de pequeños regiones, y orientar el cierre y la apertura de escuelas en función de la presencia de determinadas variantes», explica Emma Hodcroft. La armonización de las prácticas de datos de salud también es un tema crítico. Suiza ya está poniendo mucho esfuerzo a nivel nacional a través de la Red de Salud Personalizada de Suiza (SPHN).
Los investigadores están convencidos de que el potencial de Suiza en términos de experiencia e infraestructura está a la espera de ser aprovechado, para el beneficio de la salud pública. «Las herramientas para permitir la investigación están ahí, y los investigadores se han autoorganizado y han dado el primer paso: para ampliar y sostener estos esfuerzos para acercar la investigación y la salud pública, dependemos de una financiación pública sostenible», dice Christophe Dessimoz.
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En el seguimiento de las mutaciones del virus, la mayoría de los países vuelan a ciegas. Más información: Emma B. Hodcroft et al, ¿Quiere realizar un seguimiento más rápido de las variantes pandémicas? Solucionar el cuello de botella de la bioinformática, Nature (2021). DOI: 10.1038/d41586-021-00525-x Información del diario: Nature
Proporcionado por la Universidad de Berna Cita: Cómo rastrear las variantes de la pandemia más rápido ( 2021, 3 de marzo) recuperado el 30 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-03-track-variants-pandemic-faster.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.