La lucha contra las infecciones intestinales ayuda a prevenir la enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa

Impacto de los ORF candidatos del gen IBD en el transcriptoma HT-29. A Ejemplos seleccionados que ilustran los impactos observados en el transcriptoma de las células HT-29 después de la expresión de diferentes ORF para candidatos a genes de EII. Los HITS se identifican como genes con sondas de cualquiera de las plataformas de microarrays que muestran expresión detectable en HT-29 (endógenamente o después de la expresión de ORF) para los cuales el efecto de pliegue en respuesta a la expresión de un ORF dado es mayor que dos en comparación con la línea base y muestra expresión fuera del rango esperado. Como ejemplos, FUT2 (izquierda), una enzima terminal en una ruta metabólica, no tuvo impacto en el transcriptoma (0 HITS); NOD2 (centro), un receptor PAMP intracelular, solo tuvo un impacto marginal en el transcriptoma (28 HITS) en ausencia de su ligando, y HNF4A, un factor de transcripción conocido por tener un papel central en las células epiteliales intestinales, tuvo el efecto más fuerte ( 1123 ACCESOS). Cada punto representa una única sonda detectable de la matriz de todo el genoma que marca un gen específico en el transcriptoma HT-29. El eje x muestra la expresión de la mediana transformada en log2 en todas las condiciones (línea de base). El eje y representa el efecto de la transducción de un ORF dado, como la inducción de veces transformada log2 en comparación con la línea de base. Los puntos azul cielo son sondas con valor de expresión dentro del rango de variación esperado (