Equipo científico encuentra mutación nueva y única en estudio de coronavirus
Una eliminación del genoma elimina 27 componentes básicos de proteínas, llamados aminoácidos, de la proteína accesoria ORF7a del SARS-CoV-2. La proteína es muy similar al antagonista inmune del SARS-CoV de 2003, ORF7a/X4. Crédito: Efrem Lim, ASU Biodesign Institute
A medida que la pandemia de coronavirus se ha extendido por los EE. UU., además de rastrear la cantidad de casos diarios de COVID, existe una comunidad científica mundial dedicada a rastrear el virus SARS-CoV-2 en sí.
Efrem Lim dirige un equipo en ASU que analiza cómo el virus puede propagarse, mutar y adaptarse con el tiempo.
Para rastrear el rastro del virus en todo el mundo, el equipo de Lim está utilizando una nueva tecnología llamada secuenciación de próxima generación en las instalaciones de genómica de ASU, para leer rápidamente las 30 000 letras químicas del código genético del SARS-CoV-2, llamado genoma.
Cada secuencia se deposita en un banco de genes mundial, administrado por una organización científica sin fines de lucro llamada GISAID. Hasta la fecha, se han depositado más de 16 000 secuencias de SARS-CoV-2 en la base de datos EpiCoVTM de GISAID. Los datos de secuencia muestran que el SARS-CoV-2 se originó en una sola fuente de Wuhan, China, mientras que muchos de los primeros casos de Arizona analizados mostraron que los viajes desde Europa eran la fuente más probable.
Ahora, usando un grupo de Con 382 muestras de hisopos nasales obtenidas de posibles casos de COVID-19 en Arizona, el equipo de Lim identificó una mutación del SARS-CoV-2 que nunca antes se había encontrado donde 81 de las letras desaparecieron, eliminadas permanentemente del genoma.
El estudio fue publicado en la versión en línea del Journal of Virology.
Lim dice que tan pronto como puso a disposición los datos del manuscrito en un servidor de preimpresión medRxiv, atrajo el interés mundial de la comunidad científica, incluyendo la Organización Mundial de la Salud.
«Una de las razones por las que esta mutación es de interés es porque refleja una gran eliminación que surgió en el brote de SARS de 2003», dijo Lim, profesor asistente en el Instituto de Biodiseño de ASU. Durante las fases media y tardía de la epidemia de SARS, el SARS-CoV acumuló mutaciones que atenuaron el virus. Los científicos creen que un virus debilitado que causa una enfermedad menos grave puede tener una ventaja selectiva si es capaz de propagarse de manera eficiente a través de las poblaciones por personas que están infectadas sin saberlo.
Descifrar qué significa exactamente esto es de profundo interés para Lim y sus colegas. El equipo de investigación de ASU incluye a LaRinda A. Holland, Emily A. Kaelin, Rabia Maqsood, Bereket Estifanos, Lily I. Wu, Arvind Varsani, Rolf U. Halden, Brenda G. Hogue y Matthew Scotch.
El El equipo de virología de ASU se había configurado para realizar investigaciones sobre los virus de la gripe estacional, pero cuando se encontró el tercer caso de COVID-19 en un individuo de Arizona el 26 de enero de 2020, sabían que tenían toda la destreza técnica y científica para pasar rápidamente a examinar el propagación del SARS-CoV-2.
«Esta fue la oportunidad científica de su vida para que ASU pudiera contribuir a comprender cómo se está propagando este virus en nuestra comunidad», dijo Lim. «Como equipo, sabíamos que podíamos marcar una diferencia significativa».
Todos los casos positivos muestran que los genomas virales del SARS-CoV-2 eran diferentes entre sí, lo que significa que eran independientes entre sí. Esto indica que los nuevos casos no estaban relacionados con el primer caso de Arizona en enero, sino el resultado de viajes recientes desde diferentes lugares.
En el caso de la mutación de 81 pares de bases, porque nunca ha sido encontrado antes en la base de datos GISAID, también podría proporcionar una pista sobre cómo el virus enferma a las personas. También podría constituir un nuevo punto de partida para que otros científicos desarrollen medicamentos antivirales o formulen nuevas vacunas.
El SARS-CoV-2 produce proteínas accesorias que lo ayudan a infectar a su huésped humano, replicarse y eventualmente propagarse de persona a persona. persona. La eliminación del genoma elimina 27 componentes básicos de proteínas, llamados aminoácidos, de la proteína accesoria ORF7a del SARS-CoV-2. La proteína es muy similar al antagonista inmunológico ORF7a/X4 del SARS-CoV de 2003.
El equipo de ASU ahora está trabajando arduamente para realizar más experimentos para comprender las consecuencias funcionales de la mutación viral. Se cree que la proteína viral ayuda al SARS-CoV-2 a evadir las defensas humanas y finalmente mata a la célula. Esto libera al virus para que infecte a otras células en una reacción en cadena en cascada que puede hacer que el virus rápidamente haga copias de sí mismo en todo el cuerpo, lo que eventualmente causa los síntomas graves de COVID-19 entre 8 y 14 días después de la infección inicial.
Lim señala que hasta la fecha solo se han secuenciado 16 000 genomas del SARS-CoV-2, lo que representa menos del 0,5 % de las cepas que circulan. Actualmente hay más de 3,5 millones de casos confirmados de COVID-19 en todo el mundo.
El grupo de Lim se ha asociado con TGen, UA y la Universidad del Norte de Arizona para seguir rastreando diferentes cepas genéticas del nuevo coronavirus. Juntos, la recién formada Unión de Genómica COVID-19 de Arizona (ACGU, por sus siglas en inglés) espera usar el análisis de big data y el mapeo genético para brindarles a los proveedores de atención médica y a los formuladores de políticas públicas de Arizona una ventaja en la lucha contra la creciente pandemia.
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Investigadores de infecciones identifican puntos de partida para el desarrollo de vacunas y terapias contra el SARS-CoV-2 2 ORF7a identificado a partir de vigilancia centinela en Arizona (enero-marzo de 2020), Journal of Virology (2020). DOI: 10.1128/JVI.00711-20 Información de la revista: Journal of Virology
Proporcionado por la Universidad Estatal de Arizona Cita: El equipo científico encuentra una mutación nueva y única en el estudio del coronavirus (4 de mayo de 2020) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2020-05-scientific-team-unique-mutation-coronavirus.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.