Una plataforma de recomendaciones de objetivos de vacunas para COVID-19
La nueva plataforma, COVIDep, reúne periódicamente datos de secuencias de SARS-CoV-2 y las compara con epítopos de SARS-CoV determinados experimentalmente, para proporcionar a los científicos de todo el mundo una información actualizada. -Conjunto de fechas de recomendaciones de objetivos de vacunas para COVID-19. Crédito: HKUST
Como las secuencias genéticas del SARS-CoV-2, la causa de la nueva neumonía (COVID-19), son similares a las del virus del SARS de 2003, el SARS-CoV, el conocimiento y los datos del SARS-CoV pueden ser útil para encontrar formas de combatir el COVID-19. Este enfoque fue utilizado por un equipo de investigación de la Universidad de Ciencia y Tecnología de Hong Kong (HKUST) dirigido por el Prof. Matthew McKay, de los Departamentos de Ingeniería Electrónica e Informática e Ingeniería Química y Biológica, y el Dr. Ahmed Abdul Quadeer, para establecer una plataforma basada en la web, la primera de su tipo, para informar las recomendaciones de objetivos de vacunas para COVID-19, para ayudar a los científicos de todo el mundo en la búsqueda de una vacuna efectiva para COVID-19.
La plataforma, llamada ‘COVIDep’, implementa ideas presentadas por el equipo en un estudio anterior para informar sobre fragmentos virales, llamados epítopos, que pueden desencadenar respuestas inmunitarias humanas contra el SARS-CoV y que también tienen una estrecha coincidencia genética con el SARS. -CoV-2. Los epítopos identificados pueden guiar el diseño de vacunas para el SARS-CoV-2, ya que representan partes del virus para las que se puede montar una respuesta inmunitaria protectora sólida. También puede ayudar a guiar los experimentos de laboratorio para comprender las respuestas inmunitarias generadas por las personas infectadas con COVID-19 y para investigar las respuestas inmunitarias desencadenadas por las vacunas candidatas existentes.
La nueva plataforma reúne todos los SARS-COV disponibles. -2 secuencias diarias, que supera las 33.000 al 28 de junio, y proporciona a la comunidad científica información actualizada de objetivos inmunitarios (epítopos de células B y células T) potencialmente capaces de inducir una respuesta inmunitaria protectora contra el virus. Es importante actualizar periódicamente el sistema, ya que las secuencias del SARS-CoV-2 están disponibles a un ritmo sin precedentes, y la recomendación de los objetivos de la vacuna está influenciada por la variación genética observada recientemente en el SARS-CoV-2. Para los epítopos de células T recomendados, la plataforma informa una estimación de la cobertura de la población, a nivel mundial y para regiones específicas. Esto puede ser útil para determinar el porcentaje de individuos en una población específica que se espera que generen una respuesta inmune contra un epítopo, si se seleccionara como objetivo de la vacuna.
Las recomendaciones proporcionadas por COVIDep pueden usarse para guiar ampliamente los diseños de vacunas y los estudios experimentales asociados, y puede ayudar a acelerar el descubrimiento de una vacuna efectiva para COVID-19. Muchos de los objetivos de la vacuna, o inmunes, recomendados por COVIDep están respaldados por estudios experimentales emergentes de SARS-CoV-2. Es decir, se han observado respuestas inmunitarias contra ellas en muestras de sangre extraídas de pacientes recuperados de COVID-19 y en algunos ensayos preclínicos de vacunas.
Prof. McKay es profesor en los Departamentos de Ingeniería Electrónica e Informática e Ingeniería Química y Biológica en HKUST; El Dr. Quadeer es becario postdoctoral en el Departamento de Ingeniería Electrónica e Informática. Esta plataforma fue publicada recientemente en la revista científica Nature Protocols.
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Los científicos arrojan luz sobre el desarrollo de la vacuna COVID-19 Más información: Syed Faraz Ahmed et al. COVIDep: una plataforma basada en la web para informes en tiempo real de recomendaciones de vacunas contra el SARS-CoV-2, Nature Protocols (2020). DOI: 10.1038/s41596-020-0358-9
Para obtener más información sobre la plataforma, visite el sitio web covidep.ust.hk/. Información de la revista: Nature Protocols