La ‘huella digital genómica’ nos ayuda a rastrear los brotes de coronavirus. ¿Qué es y cómo funciona?
Credit: United Nations COVID-19 Response/Unsplash
Si me hubieras dicho en enero que «genómica» se convertiría en una palabra de moda en 2020, habría pensado que estabas loco.
Pero la pandemia de COVID-19 ha llevado a la ciencia médica a lo más alto de nuestros boletines de noticias nocturnos. Y ahora, al parecer, todo el mundo habla de genómica.
Durante la primera ola de COVID-19 en Australia, la secuenciación genómica de los primeros grupos de Sídney fue crucial para identificar la diferencia entre los casos importados y las transmisiones comunitarias locales.
Y ahora, con una segunda ola que llega a la frontera de Nueva Gales del Sur, la secuenciación genómica rastreó el origen del clúster de Crossroads Hotel hasta Victoria, al igual que los científicos de Victoria pudieron rastrear los brotes de Melbourne hasta los casos de cuarentena en hoteles. .
La secuenciación genómica nos ofrece una clave para desbloquear el rompecabezas de la transmisión local de COVID-19.
Pero, ¿qué es y cómo funciona?
Mapeando el ‘árbol genealógico’ de COVID-19
La genómica es el estudio de los materiales genéticos dentro de un organismoADN (ácido desoxirribonucleico) y ARN (ácido ribonucleico).
La secuenciación genómica toma efectivamente una «huella digital genética» de un organismo y mapea cómo se ordena el ADN o el ARN en su interior.
COVID-19 es un virus de ARN, y al observar la secuencia genética de diferentes casos, podemos detectar diminutas diferencias en cada nueva infección.
Esto nos permite crear un «árbol genealógico» genético para mostrar qué casos de COVID-19 están estrechamente relacionados e identificar y rastrear grupos.
Cuantas más huellas dactilares tomemos, más más fácil se vuelve identificar si alguien contrajo COVID-19 de un grupo o caso conocido.
Nacido en una tienda de campaña: la prueba de secuenciación genómica de COVID-19
A fines de enero, los viajeros que regresan de puntos críticos en el extranjero mostraban síntomas de este nuevo coronavirus, pero el virus era tan nuevo que aún no teníamos una prueba de secuenciación genómica desarrollada para probar de dónde venía el virus.
En unas vacaciones familiares en un campamento al norte de Sydney durante el fin de semana largo del Día de Australia, me senté en una carpa con mi computadora portátil, diseñando la primera prueba de secuenciación genómica de NSW para COVID-19.
Mientras tanto, mis colegas de la Universidad de Sydney y NSW Health Pathology estaban trabajando en el laboratorio del Hospital Westmead probando y recopilando datos para ver si funcionaba.
A partir de ese momento, recolectamos material genético de pruebas de hisopo positivas para COVID en NSW, y usando la prueba de secuenciación que diseñamos, pudimos generar datos genéticos de 209 casos de COVID-19.
Nuestro estudio publicado recientemente en Nature Medicine revela cómo usó secuenciación genómica y modelado matemático para brindar información importante sobre el «parentesco» de los casos y la posible propagación de la enfermedad en Nueva Gales del Sur durante las primeras diez semanas de COVID-19 en Australia.
Nuestra arma secreta: melones
¿Recuerdas el retiro de rockmelon de 2018? Los supermercados de toda Australia retiraron las frutas (también conocidas como melones) de los estantes debido a un brote mortal de listeria.
La secuenciación genómica se usó para ayudar a rastrear la fuente de ese brote de listeria, y durante muchos años la hemos usado para rastrear otros brotes de intoxicación alimentaria, así como la transmisión de tuberculosis.
Cuando COVID-19 llegó a Australia, tuvimos que actuar rápidamente, por lo que comenzamos a adaptar estas pruebas a este nuevo coronavirus y funcionó.
Muy temprano en nuestra investigación pudimos descubrir casos que no eran vinculado a un grupo o caso conocido.
Identificamos que una cuarta parte de las muestras positivas de COVID-19 eran transmisiones locales y pudimos identificar grupos como los de los hogares de ancianos.
Comparación de nuestras secuencias genómicas con una base de datos internacional , también identificamos de qué países se importaba el virus en Australia.
Informamos la secuenciación genómica a NSW Health para complementar la información epidemiológica del rastreo de contactos e informar y mejorar el seguimiento de salud pública de los casos de COVID-19 .
Esta transmisión de la comunidad de conocimiento que estaba ocurriendo llevó al cierre de las fronteras internacionales del país, la revisión de las políticas de prueba y otras medidas del gobierno federal y estatal diseñadas para minimizar una mayor propagación del virus.
La secuenciación es clave a medida que continuamos la batalla contra el COVID-19
Sabemos que los datos genómicos de la primera ola de infecciones por coronavirus en Australia demostraron ser vitales para comprender la trayectoria de la enfermedad y continúan ayudándonos a descifrar el codigos f los grupos de la segunda ola.
Con una vacuna efectiva aún a muchos meses de distancia en el mejor de los casos, y con un resurgimiento de infecciones en Australia, es fundamental que sigamos invirtiendo en esta investigación para mejorar nuestra capacidad para contener el virus. a largo plazo.
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Seguimiento de la pandemia de COVID-19 en Australia mediante genómica Proporcionado por The Conversation
Este artículo se vuelve a publicar de The Conversation bajo una licencia Creative Commons. Lea el artículo original.
Cita: La ‘huella digital genómica’ nos ayuda a rastrear los brotes de coronavirus. ¿Qué es y cómo funciona? (2020, 21 de julio) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2020-07-genomic-fingerprinting-coronavirus-outbreaks.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.