La secuenciación y detección rápidas del genoma ayudan al hospital a manejar los brotes de COVID-19
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Los investigadores de Cambridge han demostrado cómo la secuenciación rápida del genoma de muestras de virus y las pruebas mejoradas del personal del hospital pueden ayudar a identificar grupos de atención médica. Infecciones asociadas a COVID-19.
Desde el comienzo de la pandemia en el Reino Unido, cuando el virus se propagaba entre las personas, un equipo de científicos y médicos de la Universidad de Cambridge y los Hospitales de la Universidad de Cambridge NHS Foundation Trust (CUH) han estado leyendo el código genético del virus para ver si los casos dentro del hospital están conectados. Esto ha permitido que el hospital investigue a fondo estos brotes y mejore las medidas de control de infecciones para reducir el riesgo de más infecciones.
Además, la introducción de un programa de detección que involucró pruebas repetidas del personal, ha ayudado al hospital para investigar grupos de infecciones por COVID-19, informando las medidas de control de infecciones y rompiendo las cadenas de transmisión. Esto ha ayudado a reducir la cantidad de infecciones adquiridas en el hospital, lo que garantiza la máxima seguridad para los pacientes y el personal, ya que el NHS tiene como objetivo reiniciar otros servicios.
Los investigadores han publicado detalles de estas investigaciones en dos revistas revisadas por pares. , Lancet Infectious Diseases y eLife.
Vigilancia genómica
Los investigadores de Cambridge han sido pioneros en el uso de la secuenciación del genoma como una forma de controlar las infecciones hospitalarias, como el Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (MRSA ), enterococos resistentes a la vancomicina (VRE) y Clostridium difficile. También utilizaron la secuenciación en tiempo real para identificar rápidamente las cadenas de transmisión en epidemias como la del ébola en Sierra Leona.
Los investigadores ahora han centrado su atención en el COVID-19.
El SARS-CoV-2, el coronavirus que causa el COVID-19, es un virus de ARN y, como tal, su código genético es propenso a errores cada vez que se replica. Actualmente se estima que el virus muta a un ritmo de 2,5 nucleótidos (la A, C, G y T del código genético) por mes. Lectura o ‘secuenciación’: el código genético del virus puede proporcionar información valiosa sobre su biología y transmisión.
Como parte del Consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK), los investigadores han estado secuenciando todos los muestras positivas de pacientes ingresados en el hospital con infección por COVID-19, así como una selección de muestras recolectadas de pacientes en hospitales regionales del este de Inglaterra.
En un período de cinco semanas, desde mediados de marzo hasta finales abril, el equipo secuenció más de 1000 genomas virales. Usaron árboles filogenéticos, similares a un ‘árbol genealógico’, para ver cómo se podrían relacionar grupos de muestras de virus, lo que les permitió ayudar a identificar barrios o ubicaciones particulares donde la enfermedad se estaba propagando.
Dr. Este Trk, del Departamento de Medicina de la Universidad de Cambridge, dijo: «La secuenciación del genoma nos brinda una forma rápida y confiable de identificar casos de infección por COVID-19 que están estrechamente relacionados dentro del hospital. Este enfoque puede proporcionar información vital para ayudarnos a investigar las posibles rutas de transmisión y mejorar las medidas de control de infecciones para limitar la propagación de la infección».
Los investigadores analizaron a 299 pacientes con COVID-19 y encontraron 35 grupos de virus genéticamente idénticos que involucraban a 159 pacientes. Al examinar los registros médicos de los pacientes y los datos de ubicación de las salas, los investigadores identificaron fuertes vínculos entre el 58 % de los casos y vínculos plausibles entre el 20 % de los casos. Los datos epidemiológicos y genómicos se enviaron a los equipos de control y gestión de infecciones del hospital, lo que dio como resultado la implementación de una serie de medidas para evitar una mayor transmisión, incluido el aislamiento de pacientes infectados, procedimientos revisados para la limpieza de salas, uso mejorado de equipo de protección personal (PPE) y cambios en el comportamiento de distanciamiento social del personal.
Como ejemplo, seis pacientes de diálisis fueron admitidos en diferentes lugares del hospital con infección por COVID-19 durante un período de tres semanas. La secuenciación reveló que sus genomas virales eran idénticos. La investigación epidemiológica mostró que los pacientes se dializaban en la misma unidad de diálisis ambulatoria los mismos días de la semana e identificaron el transporte compartido de pacientes y las sillas de diálisis vecinas como factores de riesgo para la transmisión. Esto permitió que el equipo de control de infecciones mejorara las medidas de control de infecciones y previniera casos adicionales.
El profesor Ian Goodfellow, del Departamento de Patología de la Universidad de Cambridge, dijo: «Podemos combinar datos genómicos con registros médicos de los pacientes para proporcionar información en tiempo real para ayudar al hospital a revisar su control de infecciones semanalmente. También se destacan posibles redes de transmisión menos documentadas, como residencias de ancianos, unidades ambulatorias y servicios de ambulancia».
El COVID-19 Genomics UK Consortium cuenta con el apoyo financiero del Consejo de Investigación Médica, parte de Investigación e Innovación del Reino Unido (UKRI), el Instituto Nacional de Investigación en Salud y el Instituto Wellcome Sanger.
Detección de pacientes asintomáticos y trabajadores de la salud sintomáticos
Además de la vigilancia genómica, CUH ha implementado un programa de detección en el que se evalúa a todo el personal, tanto sintomático como asintomático.
En mayo, los investigadores de Cambridge informan d que de los más de 1,000 miembros del personal que se reportaron aptos para el trabajo durante abril, el 3 % dio positivo por el coronavirus.
Ahora, en un estudio de seguimiento publicado en eLife, encontraron que, junto con un disminución en las admisiones de pacientes con COVID-19, la proporción de trabajadores de la salud tanto asintomáticos como sintomáticos que dieron positivo disminuyó rápidamente durante el mes siguiente.
El equipo realizó 3388 pruebas en CUH entre el 25 de abril y el 24 de mayo. Estos incluyeron 2.611 pruebas en trabajadores de la salud asintomáticos. Las muestras se analizaron mediante una técnica llamada PCR para detectar información genética del virus en el hisopo.
Los investigadores encontraron que solo 21 (0,8 %) de las 2611 pruebas realizadas en trabajadores de la salud asintomáticos dieron positivo. un gran descenso respecto al mes anterior.
De las 771 pruebas realizadas a sanitarios sintomáticos o que conviven con alguien con posible infección, solo 13 (1,7%) dieron positivo frente al 13% del mes anterior.
Dra. Mike Weekes, del Instituto de Inmunología Terapéutica y Enfermedades Infecciosas de Cambridge (CITIID), dijo: «Evaluar a todo el personal del hospital, independientemente de si muestran síntomas, nos ha ayudado a ver una caída dramática en la cantidad de infecciones adquiridas en el hospital». significa que podemos detectar nuevos brotes más rápido, lo que limita su oportunidad de propagarse.
«Sin embargo, es importante no ser complaciente. Inevitablemente habrá nuevos brotes que ocurrirán, esa es, desafortunadamente, la naturaleza de una pandemia. Pero esperamos que nuestro enfoque ayude a asegurar tanto al personal como a los pacientes que el hospital sigue siendo un lugar seguro para brindar y recibir atención».
En su informe, el equipo da un ejemplo de cómo cuatro miembros del personal sintomáticos del mismo la sala de medicina general dio positivo. En respuesta, el equipo pudo llevar a cabo una evaluación específica del personal de la sala, lo que les permitió identificar un grupo de infecciones y prevenir una mayor transmisión.
«La existencia de grupos de infección en áreas específicas del hospital muestra el potencial de que el personal y los pacientes se infecten dentro del entorno hospitalario», dijo el profesor Steve Baker de CITIID. «Si no se controlan, estos grupos podrían conducir a brotes autosostenidos. Las pruebas frecuentes en CUH nos permitieron detectar estos grupos rápidamente y detener cualquier transmisión adicional».
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Las pruebas sugieren que el 3% del personal del hospital del NHS puede estar infectado con coronavirus sin saberlo. Más información: Luke W Meredith et al, Implementación rápida de la secuenciación del SARS-CoV-2 para investigar casos de COVID-19 asociado a la atención médica: un estudio prospectivo de vigilancia genómica, The Lancet Infectious Diseases (2020).DOI: 10.1016/S1473-3099( 20)30562-4 Información de la revista: Lancet Infectious Diseases
Proporcionado por la Universidad de Cambridge Cita: La secuenciación y detección rápidas del genoma ayudan al hospital a manejar los brotes de COVID-19 (2020) , 15 de julio) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2020-07-rapid-genome-sequencing-screening-hospital.html Este documento está sujeto a derechos de autor. estudio privado o investigación, ninguna parte puede ser reproducida sin el permiso por escrito en. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.