Diferentes tipos de cáncer, mismas mutaciones
STOCK.XCHNG SCHULERGDAn una asombrosa variedad de anomalías genéticas pueden hacer que las células sanas se vuelvan cancerosas. Pocos de estos se comparten entre los cánceres del mismo tejido, y menos aún se comparten entre los cánceres de diferentes tejidos. Sin embargo, los científicos que buscan agujas genéticas tan comunes en una variedad de pajares de cáncer documentan sus hallazgos en dos artículos publicados hoy (26 de septiembre) en Nature Genetics.
“Por primera vez tiempo hemos podido analizar, de forma generalizada, un gran número de muestras de tumores. . . y también examinar sistemáticamente diferentes tipos de tumores” dijo Chris Sander, presidente del programa de biología computacional en el Centro de Cáncer Memorial Sloan-Kettering en Nueva York, y autor principal de uno de los nuevos artículos. El objetivo, dijo, era aprender sobre los principios de la biología del cáncer que podrían no haber sido obvios a partir de estudios previos que examinaron un tipo de tumor de forma aislada.
El trabajo…
TCGA se trata de analizar cada tipo de tumor por separado, dijo Josh Stuart, profesor de ingeniería biomolecular en la Universidad de California, Santa Cruz, que no participó en ninguno de los estudios. [Pero] cada vez que hicimos el siguiente cáncer, siempre queríamos compararlo con el anterior que habíamos analizado porque reconoceríamos algunas similitudes, dijo. Así nació el Grupo de Trabajo de Análisis Pan-Cancer de TCGA, coordinado por Stuart.
Un beneficio de observar muestras de cáncer de todos los tipos de tejido es que el grupo de datos se vuelve más grande, ofreciendo más información estadística. poder, explicó Stuart. Por ejemplo, Beroukhim y sus colegas pudieron observar la asombrosa cantidad de 4934 muestras de 11 tipos de cáncer diferentes. Mientras tanto, el equipo de Sanders examinó 3.299 muestras de 12 tipos de cáncer.
El equipo de Beroukhim examinó las alteraciones del número de copias del ADN, características comunes en el cáncer en aproximadamente 1,5 millones de loci en todo el genoma. Encontraron aproximadamente 200 000 alteraciones en el número de copias en total, lo que resultó en unas 39 alteraciones por muestra de cáncer.
Para determinar cuál de estas alteraciones podría estar causando cáncer, los investigadores buscaron solo aquellas que se repitieron en varios tipos de cáncer. tipos Al hacerlo, redujeron los aproximadamente 200 000 loci a solo 140. Solo 35 de estos loci contenían oncogenes conocidos o genes supresores de tumores, lo que significa que los 105 restantes contenían nuevos candidatos causantes de cáncer para investigar.
Sanders El equipo, que estudió las mutaciones genéticas y los cambios en la metilación del ADN, además de las alteraciones del número de copias, redujo de manera similar muchos miles de aberraciones genéticas de este tipo a solo 479 que eran recurrentes en múltiples tipos de cáncer.
El equipo luego preguntó cuál de estos 479 eventos genéticos ocurrió en cada muestra de cáncer, allanando el camino para nuevas categorías de cáncer basadas en las constelaciones particulares de aberraciones que poseían. Curiosamente, el equipo encontró que los cánceres con abundantes mutaciones en un solo gen no tendían a tener muchas alteraciones en el número de copias y viceversa.
A lo que ambos grupos llegan a la conclusión es que tenemos un espectro de tumores que son impulsados por anomalías en el número de copias. . . y luego otro conjunto de tumores que son impulsados principalmente por una serie de eventos mutacionales, dijo Gordon Mills, presidente de biología de sistemas en el Centro de Cáncer MD Anderson de la Universidad de Texas, quien no participó en el trabajo. Los dos documentos proporcionan . . . un argumento muy convincente de que estos son dos de los principales eventos impulsores, dijo.
Más allá de aprender más sobre los mecanismos detrás de los orígenes de las enfermedades, dijo Sander, tales estudios de pan-cáncer podrían conducir a un nuevo tipo de ensayo clínico. Sander describió estos estudios como ensayos de cesta o matriz, en los que los pacientes con diferentes tipos de tumores, por ejemplo, de mama, de ovario o colorrectal, pero con constelaciones similares de alteraciones genéticas, serían tratados con el mismo fármaco o fármacos.
Por supuesto. Mills enfatizó que el tipo de tejido sigue siendo importante. Es posible que la misma mutación en diferentes tipos de cáncer pueda indicar diferentes respuestas a los medicamentos. Hay una oportunidad e incluso una necesidad de pruebas de canasta, dijo, pero si bien esto es extremadamente atractivo, es claramente una hipótesis que requerirá pruebas exhaustivas.
G. Ciriello et al., Panorama emergente de firmas oncogénicas en cánceres humanos, Nature Genetics, doi:10.1038/ng.2762, 2013.
TI Zack et al., Patrones pancancerosos de alteración del número de copias somáticas, Nature Genetics, doi:10.1038/ng.2760, 2013.
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