Microbios mal etiquetados causan dos retractaciones
Plantas de arrozWIKPEDIA, IRRI IMAGESTDos muestras de bacterias que fueron mal etiquetadas hace varios años han llevado a la retractación de dos artículos, incluido uno muy citado publicado en Science .
En 2009, un equipo de científicos de la Universidad de California, Davis, dirigido por la genetista de plantas Pamela Ronald, identificó una molécula bacteriana que es reconocida por el sistema inmunológico de las plantas de arroz. Fue la culminación de la larga búsqueda del laboratorio para comprender cómo este cultivo vital frustra las infecciones, y desde entonces el artículo ha sido citado 131 veces.
Pero cuando los nuevos miembros del laboratorio no pudieron repetir los resultados anteriores, el El equipo descubrió que uno de los experimentos anteriores se había realizado con cepas bacterianas mal etiquetadas, mientras que otro había utilizado una prueba poco fiable. Ronald anunció los problemas a otros en el campo en conferencias, y ahora se ha retractado del artículo.
“Nunca hubo ninguna pregunta, incluso de las personas que…
El Las causas más comunes de las retractaciones científicas son la mala conducta o el fraude, descubiertos a través de las acciones de los denunciantes o de los compañeros vigilantes. Es más raro ver a los laboratorios descubrir y admitir sus propios errores honestos. Con demasiada frecuencia, los científicos, sus instituciones y las revistas encuentran formas de esconder la dolorosa realidad debajo de la alfombra, o hacen intentos poco entusiastas de corregir la literatura, dice Ivan Oransky, un periodista que monitorea las retractaciones científicas a través de su blog Retraction Mira. Desafortunadamente, es muy inusual que una investigadora se esfuerce por dar a conocer sus errores. A algunos científicos les preocupa que las retractaciones lleven a desconfiar de la ciencia, pero cuando se manejan adecuadamente como lo ha hecho Ronalds, solo aumentan la confianza pública en la investigación.
En 1995, el equipo de Ronalds demostró que una proteína receptora llamada XA21 permite plantas de arroz para resistir una devastadora bacteria causante de enfermedades llamada Xanthomonas oryzae. Más tarde se descubrieron muchas proteínas similares en humanos, ratones y otros animales. Conocidos como receptores de reconocimiento de patrones (PRR), su sello distintivo es la capacidad de reconocer moléculas que se encuentran en una amplia gama de bacterias y desencadenar una reacción inmunitaria.
Casi 15 años después, el equipo reveló que XA21 reconoce una bacteria proteína llamada Ax21, la llave de su cerradura. En un experimento crítico, demostraron que una cepa mutante de X.oryzae, que carecía del gen para Ax21, puede infectar con éxito las hojas de arroz. Sin esta insignia de identidad bacteriana, XA21 no podría generar una respuesta inmune. El descubrimiento tenía mucho sentido para nosotros y parecía encajar con todo lo que nosotros y otros habíamos mostrado antes, dijo Ronald, cuyos resultados se publicaron en 2009 en Science. Fue un momento muy emocionante.
El primer indicio de problemas llegó en junio de 2012. Como es tradicional en el laboratorio de Ronald, un par de nuevos miembros intentaron repetir los experimentos anteriores. Pero una y otra vez fracasaron. Los nuevos experimentos mostraron repetidamente que las plantas de arroz aún podían resistir X. oryzae que carecían de Ax21.
Es complicado trabajar con arroz, y pensaron que estaban haciendo mal los experimentos, dijo Ronald. Pero eventualmente encontraron que 2 de las 12 cepas mutantes originales habían sido mal etiquetadas. En lugar de Ax21, les faltaba una proteína diferente llamada RaxSt. Por lo que podemos averiguar, fue solo una confusión, dijo Ronald. Un miembro del equipo se lo dio a otro, y el que hizo el experimento no lo verificó dos veces. Deberíamos haberlo detectado antes.
La revelación significa que la molécula que reconoce XA21 sigue siendo un misterio. Ronald cree que las cepas mal etiquetadas superaron las defensas del arroz porque RaxSt modifica la molécula desconocida para que XA21 pueda reconocerla. Todavía no sabemos qué es y estamos tratando de encontrarlo, dijo Ronald. Ha vuelto a la mesa de dibujo.
Para empeorar las cosas, el equipo descubrió que otro resultado clave de que una versión sintética de Ax21 podría desencadenar una respuesta inmunitaria en el arroz dependía de una prueba poco fiable y tampoco podía repetirse de forma constante. .
Aunque Ronald siente que otros aspectos del artículo siguen siendo válidos, no quería que los errores acecharan a otros laboratorios mientras su equipo repetía los demás experimentos. Anunció los problemas en una conferencia sobre inmunidad vegetal en abril pasado y se puso en contacto con Science para retractarse del artículo. Quería estar segura de que difundimos la noticia temprano, dijo. La cepa mal etiquetada también se usó en experimentos en un segundo artículo, que se publicó en 2011 en PLOS ONE y también se retractó el mes pasado.
Resolver la situación fue personal y profesional. doloroso para todos los involucrados, escribió Ronald en una nueva publicación de blog. Los antiguos miembros del laboratorio que habían comenzado nuevos puestos como profesores en Corea y Tailandia quedaron devastados al saber que [nosotros] no podíamos repetir su trabajo. Los jóvenes científicos del laboratorio temían que sus carreras se vieran empañadas. . . . Se necesitó persistencia, coraje y confianza para mantenerse unidos como equipo a lo largo de este año desafiante.
Es posible que los errores nunca se hubieran encontrado si su laboratorio no repitiera comúnmente los experimentos antiguos, pero Ronald es reticente a prescribir el mismo enfoque para otros grupos. Simplemente no es realista para la mayoría de los laboratorios, le dijo a The Scientist. Los científicos avanzan, los proyectos avanzan, hay problemas de financiación. La lección más grande es probablemente lo que ya sabemos: no se puede confiar en un solo informe publicado, o incluso más que eso.
Otros científicos en el campo han tomado las retractaciones de buena fe. Estoy absolutamente seguro de que no hubo trampa intencional, dijo Markus Albert, biólogo de plantas de la Universidad de Tubinga. Purificar e identificar las moléculas que son reconocidas por los PRR fue, y sigue siendo, un tema difícil, dijo. De lo contrario, se habrían identificado más [a estas alturas].
Para complicar las cosas, al menos tres laboratorios chinos han replicado con éxito los experimentos de Ronalds Ax21. He hablado con todos los demás laboratorios y todos confían en sus resultados, dijo Ronald. Wenxian Sun de la Universidad Agrícola de China, quien dirigió uno de los estudios publicados en línea en Phytopathology, dijo que ha retrasado la publicación formal hasta que pueda repetir los resultados clave. Los otros equipos no respondieron a las solicitudes de comentarios.
El hecho de que varios laboratorios hayan informado lo que ahora podría verse como datos cuestionables hace que uno se detenga, dijo Sophien Kamoun, bióloga de plantas en el Laboratorio Sainsbury. Junto con los estudios chinos, señala otros tres artículos que están comprometidos o son cuestionables porque también involucran a Ax21: uno del grupo de Ronalds, que descubrió que XA21 se corta y se reubica después de la exposición a Ax21; uno que enumera a Ronald como colaborador, que descubrió que Ax21 interactúa con otro receptor inmunitario llamado FLS2; y un tercero de un laboratorio independiente, que descubrió que algunas bacterias usan Ax21 para comunicarse entre sí, un resultado similar al del artículo PLOS ONE de Ronald ahora retractado.
Realmente espero para ver a los autores de artículos que se basan en Ax21 presentarse para aclarar su trabajo, dijo Kamoun.
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