Controles de secuenciación del cáncer
SONYA PARPART-LIEs una práctica cada vez más común para los investigadores escanear datos de secuencias de ADN de biopsias de tumores de pacientes con cáncer: la idea es que la presencia de mutaciones podría informar tratamientos o pronósticos personalizados. Sin embargo, no es común secuenciar a estos pacientes’ ADN normal, que, según los autores de un estudio publicado hoy (15 de abril) en Science Translational Medicine, es una omisión grave.
“Este artículo realmente enfatiza cuán importante es es comparar el [ADN] tumoral de un paciente individual con la [secuencia normal] de ese paciente individual” dijo el oncólogo George Demetri de la Facultad de Medicina de Harvard y el Instituto del Cáncer Dana-Farber, que no participó en el estudio. «No es tan simple como obtener una parte del tumor, genotipificarla y pensar que tiene la respuesta».
«Uno de los aspectos más básicos de cualquier enfoque científico es tener un análisis y un muy buen control,” dijo Victor Velculescu de Johns Hopkins…
Velculescu explicó que, históricamente hablando, tal vez había una buena razón para analizar solo el tumor: los laboratorios de diagnóstico que comenzaron a genotipificar los tumores observaron puntos críticos específicos en solo unos pocos genes. que estaban comúnmente mutados [en el cáncer], pero que rara vez estaban alterados en el ADN hereditario normal de la línea germinal. Esto significaba que podía salirse con la suya haciendo solo el [tumor], dijo. Sin embargo, el panel de posibles genes para analizar ha crecido, y algunos análisis incluyen el exoma completo, el complemento completo de secuencias de codificación. En esos casos, si haces solo la muestra del tumor. . . realmente obtienes mucha información inexacta, dijo Velculescu, quien cofundó una compañía, Personal Genome Diagnostics, que ofrece comparaciones de ADN tumoral y normal.
Analizar el ADN tumoral y de tejido normal de 815 pacientes con una variedad de diferentes tipos de cáncer, él y sus colegas descubrieron que la mayoría de las mutaciones que se encuentran en un tumor no son específicas del tumor. Cuando los investigadores analizaron el ADN solo de los tumores, encontraron en promedio 382 mutaciones candidatas específicas del tumor por paciente. Sin embargo, si compararon estas secuencias derivadas de tumores con las del tejido normal de los pacientes, solo un tercio resultó ser específico del tumor. Los dos tercios restantes ya estaban presentes en el ADN normal de los pacientes.
La razón de una variación de secuencia tan abundante es simplemente que las secuencias de ADN humano, como cabría esperar de la diversidad de la humanidad, son mucho más complicadas que pensamos cuando se decodificó el genoma humano por primera vez, dijo Demetri.
La gente no se da cuenta de cuántas variantes germinales raras existen. . . que nos hacen a todos diferentes y único con nuestras propias características, agregó Velculescu.
Si bien algunas de las variantes de secuencia encontradas en el ADN normal de un paciente podrían contribuir al cáncer, en la mayoría de los casos, si hay una mutación presente en la línea germinal, debería indicar que la mutación en el tumor es incidental y no está relacionada con la formación del tumor, escribió Daniel Haber, del Hospital General de Massachusetts, en un correo electrónico a The Scientist.
Al analizar En pacientes con secuencias normales de ADN, sería posible no solo descartar estas variantes inofensivas de la línea germinal, sino también detectar mutaciones de la línea germinal que se sabe que aumentan el riesgo de cáncer, han demostrado Velculescu y sus colegas. El equipo encontró, por ejemplo, que 27 de los 815 pacientes (3 por ciento) portaban en su ADN normal mutaciones de alto riesgo en genes conocidos asociados con el cáncer. Además, en todos menos uno de estos pacientes, las mutaciones de la línea germinal no se habían detectado previamente.
Realizar el análisis de ADN de tejido normal adicional de manera rutinaria sin duda sería más costoso que analizar solo el ADN del tumor. Pero vale la pena el gasto, dijo Velculescu. Hay mucho entusiasmo en estos días sobre la medicina personalizada, dijo, pero obviamente no se puede tener medicina de precisión sin tener genómica de precisión. No puede esperar que los médicos proporcionen las terapias adecuadas si no obtienen los resultados correctos de estos ensayos de diagnóstico.
S. Jones et al., Análisis genómicos personalizados para la mutación del cáncer descubrimiento e interpretación, Science Translational Medicine, 7: 283ra53, 2015.
Nota del editor (17 de abril): este artículo se actualizó para aclarar el papel de Velculescu como cofundador de Personal Genome Diagnostics.
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