Un nuevo recurso clasifica a las sondas químicas para proteínas humanas

ISTOCK, SHUNYUFAN Las sondas químicas (pequeñas moléculas utilizadas para manipular la función de las proteínas) a menudo no son tan selectivas o efectivas como podrían esperar los investigadores que las utilizan. Ahora, un recurso llamado Probe Miner tiene como objetivo avisar a los científicos si su elección no es buena y ofrecer mejores opciones. En un estudio publicado hoy (14 de diciembre) en Cell Chemical Biology, investigadores del Instituto de Investigación del Cáncer (ICR) en Londres describen la herramienta, que evalúa millones de sondas químicas basadas en datos y resultados disponibles públicamente. una lista que clasifica las sondas en orden de efectividad contra un objetivo.

“Reunir todos los datos es una tarea monumental, pero ahora está en una forma visual muy simple” dice Michael Walters, un químico médico de la Universidad de Minnesota que no participó en el estudio. “Este portal debería permitir que las personas sean más eficientes y efectivas en sus investigaciones porque realmente…

Los reactivos deficientes son un factor importante en los 28 000 millones de dólares gastados cada año en EE. UU. en investigaciones que no pueden ser replicado. Existe un mal uso generalizado de las herramientas químicas, dice el coautor Paul Workman, que trabaja en el descubrimiento de fármacos en el ICR. Los biólogos a menudo usan compuestos de mala calidad o seleccionan una sonda química que interactúa con muchas proteínas de cierto tipo, como una quinasa, en lugar de solo el objetivo de interés, agrega.

Y estos malos hábitos son autosuficientes. -reforzando, el coautor y científico de datos de ICR Bissan Al-Lazikani le dice a The Scientist. Las personas seleccionarán una sonda porque realizan una búsqueda en PubMed y es la más citada. Y publican, y se convierte en una contaminación exponencial, dice ella.

Podemos cubrir 10 veces más objetivos que los expertos porque es basado en datos, automático y objetivo. Bissan Al-Lazikani, Instituto de Investigación del Cáncer

Al-Lazikani, Workman y sus colegas comenzaron con los datos subyacentes dentro de un recurso que crearon previamente llamado canSAR, que selecciona información sobre lo que se sabe sobre la presencia de proteínas, las interacciones y actividad en estados de enfermedad y tipos de células de la literatura científica y bases de datos públicas para ayudar al descubrimiento de fármacos para el cáncer. Desarrollaron un algoritmo informático que utiliza los datos de canSAR para evaluar la idoneidad de casi 2 millones de compuestos como sondas químicas para objetivos de proteínas humanas.

Basado en los niveles mínimos establecidos que los compuestos debían alcanzar en términos de su capacidad. para ingresar a las células, su selectividad contra los objetivos predichos y su potencia, los autores encontraron que las sondas químicas que cumplen con todos los criterios están disponibles solo para alrededor del 1 por ciento de las proteínas humanas, cuando los investigadores han predicho que entre el 20 y el 40 por ciento de las proteínas debe ser drogable.

El grupo Al-Lazikanis incorporó los datos y el algoritmo en el recurso Probe Miner, donde cualquiera puede recibir una lista clasificada de sondas sugeridas para un objetivo en particular.

Probe Miner es una gran idea, y el mundo necesita mucha más gente pensando en esto, dice el bioquímico de la Universidad de Toronto, Aled Edwards, que no participó en el trabajo. Advierte que las listas de datos de Probe Miners pueden ser difíciles de interpretar a menos que se complementen con la opinión de expertos.

De hecho, los autores recomiendan que los investigadores utilicen Probe Miner junto con Chemical Probes Portal, una organización sin fines de lucro basada en la web. recurso curado por expertos en biología química voluntarios, donde los investigadores pueden buscar una sonda química adecuada para su objetivo previsto. Edwards y Workman forman parte de la junta directiva del Portal.

El Portal de sondas químicas es absolutamente brillante porque los diferentes expertos le brindan sus propias reservas sobre una sonda en particular, pero el rendimiento es limitado. dice Al-Lazikani. Con Probe Miner, podemos cubrir 10 veces más objetivos que los expertos porque se basa en datos, es automático y objetivo, agrega. Para combinar los beneficios de ambos recursos, los investigadores integraron enlaces al portal de sondas químicas dentro de Probe Miner.

Al-Lazikani, Workman y sus colegas ya tienen actualizaciones planificadas para Probe Miner, como la integración de la versión más reciente. del recurso canSAR en las próximas semanas. Pero ahora, lo que más les preocupa es asegurarse de que las personas adecuadas sepan que la herramienta está disponible en línea para que cualquiera pueda usarla.

Lo que hemos tratado de hacer es capacitar a los biólogos para que tomen buenas decisiones en áreas que no son naturalmente útiles. cómodo, dice Workman. Lograr que los biólogos utilicen [Probe Miner] es probablemente incluso más importante en este momento que mejorarlo aún más, lo que de todos modos sucederá.

AA Antolin et al., Evaluación objetiva, cuantitativa y basada en datos de sondas químicas, Biología química celular, doi:10.1016/j.chembiol.2017.11.004, 2017.

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