Se cuestiona la precisión de los chips de genotipado

ARRIBA: © ISTOCK.COM, DRA_SCHWARTZ

Los chips utilizados para detectar polimorfismos de un solo nucleótido, el tipo de micromatrices de ADN que utilizan las empresas de pruebas genéticas directas al consumidor para detectar variantes en el genoma de una persona, tienen un descubrimiento falso tasa de más del 85 por ciento cuando se detectan variantes muy raras, según una preimpresión publicada en bioRxiv el 9 de junio. 

Charleston Chiang, un genetista humano de la Facultad de Medicina Keck de la Universidad del Sur de California que no participó en el estudio, dice que cree que el documento crea conciencia sobre un problema potencialmente importante en la industria de las pruebas genéticas directas al consumidor (DTC). Los resultados no confiables pueden llegar a los clientes, quienes podrían «interpretar los resultados en estas raras variantes literalmente, sin tener en cuenta los posibles errores de laboratorio». dice Chiang. «Esa sería una preocupación legítima».

Los chips probados en el estudio fueron suministrados por el fabricante Affymetrix, propiedad de Thermo Fisher Scientific. Estos chips específicos son…

Incluso para las empresas de pruebas genéticas DTC como  MyHeritage y 23andMe, que afirman usar chips con mayor precisión, las variantes muy raras serán susceptibles a tales falsos positivos, dice un estudio. la coautora Caroline Wright, genómica de la Facultad de Medicina y Salud de la Universidad de Exeter.

Para investigar la precisión de los chips de Affymetrix, Wright y sus colegas evaluaron datos de 50 000 participantes del Biobanco de acceso abierto del Reino Unido. Descubrieron que, mientras que las variantes genéticas que prevalecen en más del 0,1 % de las personas se detectaron con precisión más del 99 % de las veces, las variantes clasificadas como muy raras, las que se encuentran en menos del 0,001 % de las personas en el conjunto de datos, tenían una tasa de falsos positivos de más del 84 %. por ciento, cuando se valida por secuenciación.   

Wright dice que espera que los resultados del estudio lleguen a los consumidores de estas pruebas genéticas por correo y a los médicos por igual. Quiere que quede claro que cuanto más rara es la variante, menos probable es que [el resultado] sea preciso. Thermo Fisher Scientific no respondió a múltiples solicitudes de comentarios antes de la fecha límite.

Un ejemplo de variantes de tal rareza son las variantes genéticas BRCA que están relacionadas con los cánceres de mama y de ovario. Hay miles de variantes conocidas de BRCA1 y BRCA2, y cada una es bastante poco común. La plataforma de genealogía en línea MyHeritage, que tiene más de 105 millones de usuarios, anunció en mayo de este año que ampliaría sus servicios de pruebas de ADN para ofrecer informes de salud que incluyeran el riesgo genético de cáncer de mama hereditario. En marzo de 2018, 23andMe, que tiene más de 10 millones de clientes en todo el mundo, también anunció que había recibido la autorización de la Administración de Drogas y Alimentos de los EE. UU. para comenzar a proporcionar una prueba genética DTC para tres variantes genéticas encontradas en el BRCA1 y BRCA2.

Mira MyHeritage lanza una prueba genética relacionada con la salud, enciende el debate

MyHeritage le dice a The Scientist que es consciente de las cuestiones que destaca el estudio. Por lo tanto, los investigadores de la compañía han desarrollado múltiples capas que aumentan sustancialmente el [valor predictivo positivo] de las pruebas MyHeritages BRCA, escribe la compañía en un comunicado enviado por correo electrónico. Los empleados verifican y validan cada variante potencialmente patógena mediante secuenciación. Además, tienen un promedio de 2,6 sondas de ADN para cada variante de BRCA, mientras que el artículo analizó solo una sonda; múltiples sondas aumentan la precisión.   

23andMe también secuencia los genes BRCA antes de brindar un informe de las variantes identificadas, y además señala que los consumidores no deben confiar en los resultados de los servicios de terceros. En un comunicado enviado por correo electrónico, la compañía escribe que los datos sin procesar no deben usarse para nada más allá de los fines educativos y de investigación y no deben considerarse pruebas médicas o de diagnóstico.

Philippe Froguel, genómico del Imperial College London que no participó en el estudio, está de acuerdo con los autores del estudio sobre los peligros de depender únicamente de matrices de ADN para identificar variantes genéticas. Y, de hecho, si los médicos necesitan secuenciar el ADN de un paciente para obtener una lectura precisa del genoma, es mejor que comiencen allí. Si desea identificar mutaciones patógenas causantes de enfermedades. . . lo único que se puede hacer es desarrollar una prueba [basada en secuenciación] de alta calidad, dice en un correo electrónico.    

Frederick Roth, un investigador de genética de la Universidad de Toronto que no participó en la investigación, dice en un correo electrónico que el nuevo estudio está en línea con una comprensión cada vez mayor de los mejores enfoques genéticos para identificar marcadores genéticos de interés. [E]stos resultados nos llevan en la misma dirección en la que ya va el campo, escribe. Si le preocupan las variantes extremadamente raras, ¡entonces la secuenciación es el camino a seguir!

Wright está de acuerdo, y enfatiza que estas pruebas genéticas DTC no son en absoluto una prueba de reemplazo para un diagnóstico de un profesional de la salud. Le preocupa que los pacientes que no comprendan la incertidumbre que rodea a los resultados proporcionados por servicios de terceros puedan actuar sobre los resultados antes de intentar confirmar el diagnóstico en un entorno clínico. Estas pruebas podrían estar causando mucha preocupación y daño físico potencial real, por algo que no existe, dice Wright.

Grace Browne es una escritora científica independiente que vive en Dublín, Irlanda. Síguela @gracefbrowne. 

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