El impulso para reemplazar los suplementos de revistas con repositorios

ARRIBA: © ISTOCK.COM, PIXELWELL

A principios de este verano, Vaughn Cooper, biólogo evolutivo de la Universidad de Pittsburgh, estaba ocupado promoviendo un nuevo plan de estudios de secundaria para enseñar evolución a científicos y educadores. Él y sus colegas habían publicado el programa en Evolution: Education and Outreach en abril, y estaban ansiosos por correr la voz antes del comienzo del próximo año escolar. Entonces, cuando Cooper recibió un correo electrónico de un colega que no podía acceder a los archivos complementarios de su manuscrito debido a hipervínculos rotos, la noticia lo frustró.

Los documentos complementarios contenían información importante, como el experimento protocolos para estudiantes que su equipo había probado. Esta no era la primera vez que se encontraba con problemas con este tipo de archivos. “He tenido varios casos de varios editores en los que ha desaparecido el material complementario” dice, y agrega que esto ha ocurrido con sus dos papeles…

Cooper acudió a Twitter para descargar su frustración. En respuesta, otros científicos notaron que ellos también habían experimentado problemas similares. Me temo que esto no es raro, tuiteó Peter Murray-Rust, químico de la Universidad de Cambridge. Muchas (no todas) las revistas suelen considerar los datos complementarios como un dolor de cabeza.

Además de los enlaces rotos, los científicos señalan otros problemas que afectan a estos archivos, como su longitud cada vez mayor y la inaccesibilidad de los formatos en los que se encuentran. publicado en. Como resultado de estos problemas, tanto los académicos como los editores recurren cada vez más a los repositorios en línea independientes como una posible solución.

Por último, pero no menos importante

Los archivos complementarios no son los parte más glamorosa de un artículo científico. Están escondidos al final de los manuscritos, generalmente como enlaces a archivos PDF descargables. Los lectores pueden pasar por alto estos documentos fácilmente, pero para muchos investigadores en ese campo en particular, la carga que llevan es preciosa. A menudo contienen material como datos, métodos y ecuaciones que podrían ser útiles en experimentos futuros y son vitales para evaluar la reproducibilidad de los hallazgos de un estudio.

Algunos editores, como F1000, han dejado de aceptar información complementaria. y en su lugar requieren que los autores envíen los datos a un repositorio aprobado y los citen en su manuscrito.

Los materiales complementarios son una parte clave del registro científico, y si no están accesibles, se convierte en más difícil para otros replicar la investigación, escribe Kat Holt, bióloga computacional de la Universidad de Monash en Australia y la Escuela de Higiene y Medicina Tropical de Londres, en un correo electrónico a The Scientist.

Los materiales complementarios también pueden contener información crítica para comprender el documento en sí. Cada vez más, se les decía que relegaran el material al suplemento, lo que significa que los elementos clave que generalmente pertenecen al artículo, como los resultados, a veces terminan en estos documentos, dice Cooper. Cuando colocas los resultados en los archivos complementarios, significa que las principales afirmaciones del artículo posiblemente estén relegadas a este material que apenas se lee.

Según Cooper, él y sus coautores decidieron trasladar algunos de los resultados en su Evolución: Ecología y Divulgación artículo al suplemento para evitar que el manuscrito se haga demasiado largo. Pensamos que esto sería bueno para los lectores, pero ahora reconocíamos que tal vez deberíamos haber trabajado más duro para que fuera parte del texto principal, le dice a The Scientist.

El Los enlaces rotos en el papel de Coopers fueron una consecuencia no deseada de hacer algunas mejoras en la forma en que todos nuestros artículos están estructurados para hacerlos legibles por máquina, dice Grace Baynes, vicepresidenta de datos de investigación y desarrollo de nuevos productos en Springer Nature, el editor de revistas. Estamos trabajando arduamente tanto para solucionar el problema con este artículo en particular como para garantizar que no vuelva a suceder.

Pero no son solo los hipervínculos rotos los que frustran a los científicos. A medida que los documentos se vuelven más intensivos en datos y complejos, los archivos complementarios a menudo se vuelven mucho más largos que el manuscrito en sí, en algunos casos extremos, llegando a más de 100 páginas. Debido a que estos archivos generalmente se publican como PDF, puede ser complicado navegar por ellos, por lo que incluso si están disponibles, la información que contienen puede pasarse por alto. La mayoría de los materiales complementarios son solo un gran bloque y no son muy útiles, dice Cooper.

Otro problema es que estos archivos albergan la mayoría de los datos publicados de los estudios, y no se pueden extraer datos de archivos PDF, excepto mediante el uso de software complejo y es un proceso lento que tiene errores, le dice Murray-Rust a The Scientist. Estos datos a menudo se depositan como una señal de depósito de datos, en lugar de que las personas realmente quieran reutilizarlos.

Repositorios en aumento

Después de que Cooper alertó a la revista sobre los enlaces rotos, él decidió depositar los suplementos en línea. Tomé el toro por los cuernos y publiqué los materiales complementarios en nuestro sitio web, y señalé la publicación, dice. (A día de hoy, los archivos siguen siendo inaccesibles en el sitio web de la revista).

Depositar material que terminaría en archivos complementarios en lugares distintos a la revista se está convirtiendo en una práctica cada vez más común. Algunos académicos optan por publicar esta información en sus propios sitios web, pero muchos otros recurren a los repositorios en línea ofrecidos por universidades, instituciones de investigación y empresas. Hay una gran variedad de opciones para que los autores elijan: además de los repositorios generalistas populares, como figshare, Zenodo y Dryad, hay docenas de bases de datos específicas de temas, como GenBank para secuencias genéticas, OpenNeuro para datos de neuroimagen. strong>, y Crystallography Open Database para estructuras cristalinas.

Si las revistas no quieren elimínelos correctamente, luego permítanos usar otro servicio con un DOI y vincularlos, por ejemplo, dataverse, figshare. ¿O alojarlos con un DOI separado?

Alan Huett (@ahuett) 30 de julio de 2019

Hay ventajas que estos repositorios brindan sobre los artículos de revistas, según Holt. Por un lado, los repositorios ofrecen la capacidad de almacenar e interactuar mejor con grandes cantidades de datos de acceso abierto de lo que suelen hacer las revistas. Además, los archivos de los repositorios están etiquetados con un identificador de objeto digital (DOI), lo que significa que los investigadores pueden vincularlos fácilmente desde un artículo publicado y asegurarse de obtener crédito por su trabajo.

Hablando personalmente como autor, Prefiero mucho más [el sistema provisto por estos repositorios], porque me permite controlar cómo administro mis archivos de datos complementarios, sin que las revistas me impongan qué formatos de archivo puedo usar, dice Holt a The Scientist.  Además de facilitar el uso compartido y la reutilización de conjuntos de datos, la flexibilidad de los formatos de archivo elimina una de mis molestias favoritas: ¡la temida hoja de cálculo en formato PDF!

Mark Hahnel, director ejecutivo y fundador de figshare, dice que comenzó la empresa durante sus estudios de doctorado debido a la frustración con las limitaciones de los archivos complementarios. Esperábamos desempeñar este papel para las personas que producían resultados de investigación que no encajaban en el modelo de publicación de archivos PDF, le dice a The Scientist. Pero cada vez más, los académicos también usan figshare por otras razones, agrega, como poder reutilizar libremente el material asociado con un artículo publicado sin preocuparse por infringir los derechos de autor. (Si bien los resultados de la investigación, como las cifras en una revista tradicional, pueden estar sujetos a las políticas de derechos de autor de los editores, los depositados en repositorios como figshare generalmente se publican con una licencia creative common que permite que otros usen el material sin restricciones).

Los editores fomentan el uso de repositorios

Los editores también están recurriendo a los repositorios. Por ejemplo, la Sociedad de Microbiología, una organización profesional y editora, recomienda que los autores que envían a su revista depositen sus archivos complementarios en repositorios independientes como figshare y Microreact para datos, y en protocols.io para métodos. Aunque los investigadores tienen la opción de publicar archivos complementarios junto con sus manuscritos, la sociedad prefiere el uso de repositorios, según Holt, quien es el actual editor en jefe de Microbial Genomics, una publicación de la Sociedad de Microbiología.

Algunos editores, como F1000, han dejado de aceptar material complementario y, en cambio, requieren que los autores envíen datos a un repositorio aprobado y los citen en su manuscrito. Las revistas pueden cambiar muy rápidamente, los sistemas cambian, los flujos de trabajo editoriales cambian y los enlaces complementarios no están en la vanguardia de la mente de un editor, dice Michael Markie, director de publicación de ciencias de la vida en F1000. Decimos que necesita poner [los datos] en un repositorio, de esa manera podemos garantizar que los lectores siempre podrán encontrar esa información.

Al igual que la Sociedad de Microbiología, Springer Nature recomienda que los investigadores depositen sus datos en repositorios adecuados. Además de este respaldo, el editor también está trabajando con figshare para hacer que el depósito en repositorios sea una parte integral del proceso de envío de revistas, según Baynes. Figshare también brinda servicios para F1000, la Sociedad de Microbiología, Wiley, PNAS y PLOS. Lo hacemos para casi todas las grandes editoriales excepto Elsevier, que tienen sus propios planes, dice Hahnel.

Según una encuesta de Springer Nature de 2017 a más de 7700 académicos de todo el mundo, aproximadamente el 63 % de los investigadores compartieron datos cuando estaban publicando un manuscrito, pero la proporción de personas que usaban archivos complementarios era ligeramente superior a la de los que usaban repositorios. Reemplazar los archivos complementarios con repositorios en el futuro es, en mi opinión personal, lo que deberíamos esforzarnos, dice Baynes.

Algunos investigadores todavía ven las revistas académicas como una mejor opción para publicar archivos complementarios que los repositorios independientes. El sistema tradicional de revistas está muy arraigado en la ciencia y solo necesita modernizarse, dice Mark Gerstein, bioinformático de la Universidad de Yale. Una solución que Gerstein y sus colegas han propuesto es un suplemento estructurado, que sería paralelo al texto principal y sería fácilmente navegable a través de enlaces desde el manuscrito principal. El objetivo del suplemento es hacer que el documento sea más fácil de leer, agrega Gerstein. Queremos que las personas tengan secciones en el documento que lean rápidamente y disfruten, y queremos que sepan dónde profundizar cuando lo deseen.

Los archivos de información complementaria siguen siendo la forma más fácil para que los investigadores [compartir datos] de una forma que les resulte familiar. . . y por el momento, no hay suficientes incentivos para que los investigadores dediquen su tiempo a poner datos en un depósito, dice Baynes a The Scientist. Toda la comunidad [científica] debe trabajar en conjunto para que los investigadores valgan la pena administrar y compartir sus datos de manera más óptima que los archivos complementarios.

¿Dónde compartir?

Hay más de 1.000 repositorios donde los científicos pueden depositar datos y documentos asociados a sus manuscritos. La mayoría de estos son específicos de la materia; hay algunos especializados en estructuras químicas y moleculares (Crystallography Open Database, Protein Data Bank, Coherent X-ray Imaging Data Bank), datos de neuroimagen (OpenNeuro, NeuroVault) y modelos matemáticos (BioModels, The Network Intercambio de datos), solo por nombrar algunos. Varios editores recomiendan que los autores envíen su material a tales repositorios de temas específicos siempre que sea posible.

Los repositorios de temas específicos brindan algunas ventajas, según Grace Baynes, vicepresidenta de datos de investigación y desarrollo de nuevos productos en Springer Naturaleza: están diseñados teniendo en cuenta la comunidad de investigación específica que usa esos datos, y colocar los datos en un repositorio que usan sus pares puede optimizar sus posibilidades de conectarse con un futuro colaborador. Pero tales repositorios todavía no existen para muchas áreas de investigación, y ahí es donde los repositorios generales pueden desempeñar un papel clave, agrega.

Aquí hay una breve guía de algunos de los repositorios de propósito general más utilizados.

Nombre del repositorioTipo de archivos aceptadosLímites de tamañoTarifa de envíoAsignación DOI disponibleDryadCualquier formatoNinguno en la lista$120 US por paquete de datos (todos los datos asociados con una publicación)SífigshareCualquier formato5 GB por archivo para cuentas gratuitas, pero archivos de hasta 5 TB de tamaño Gratis para individuos, cuentas pagas para institucionesSíHarvard DataverseCualquier formato2 GB por archivo (múltiples cargas posibles)Gratis hasta 1 TBSíOpen Science Framework (Center for Open Science)No se enumeran restricciones5 GB por archivo (los archivos más grandes se pueden almacenar como complementos de otros proveedores)GratisSíMendeley Data (Elsevier)Cualquiera formato10 GB por conjunto de datosGratisSíZenodo (CERN)Cualquier formato50 GB por conjunto de datos (se permiten archivos más grandes según el caso)GratisSí

Diana Kwon es una periodista independiente con sede en Berlín. Síguela en Twitter @DianaMKwon. un miembro de

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