La simulación de proteínas colaborativa supera a las supercomputadoras’ Power

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Un esfuerzo de dos décadas para predecir el plegamiento de proteínas basado en una secuencia de aminoácidos utilizando una red de computadoras y consolas de juegos ha cruzado un umbral de computación conocido como la barrera exaFLOP, anunciaron los organizadores del proyecto en Twitter el 25 de marzo. Esto se debe en parte a una explosión de usuarios en los últimos meses en respuesta a la necesidad de comprender el SARS-CoV-2, el virus detrás de la pandemia de coronavirus. El proyecto Folding@Home ahora puede realizar más de 1 000 000 000 000 000 000 de operaciones por segundo, varias veces más que la supercomputadora más poderosa del mundo.

Folding@Home comenzó cuando el entonces profesor de química de la Universidad de Stanford, Vijay Pande, comenzó a reclutar usuarios de computadoras y consolas de juegos para agregar sus máquinas a una red que les permitió realizar cálculos para el proyecto cuando no estaban en uso. A lo largo de los años, el esfuerzo colaborativo ha dado lugar a 223 publicaciones sobre estructuras de proteínas, según el sitio web del proyecto, incluidas investigaciones de proteínas relacionadas con enfermedades.

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El número de participantes de Folding@Home aumentó de 30 000 en febrero de este año a 400 000 en marzo, y desde entonces ha aumentado en otros 300 000, informa Ars Technica, y ahora tiene un rendimiento máximo de 1,5 exaFLOPS, lo que lo hace siete veces más rápido que la supercomputadora más poderosa del mundo.

Una simulación generada por Folding@Home muestra cómo la proteína de punta SARS-CoV-2 se abre para permitir la unión a las células huésped ACE2 receptor.FOLDING@HOME

Una de las principales prioridades actuales de Folding@Home es discernir la dinámica de las proteínas codificadas por el SARS-CoV-2. Eso incluye el funcionamiento de su proteína de pico, que se une al receptor ACE2 en las células humanas para iniciar la infección.

Está bien establecido que el pico debe experimentar un movimiento de apertura espectacular para revelar la interfaz que finalmente se une a una célula humana. Comprender cómo se abre la espiga. . . podría ser extremadamente útil. Cada paso en el camino podría potencialmente ser objeto de terapias, dice Greg Bowman, profesor de la Universidad de Washington en St. Louis y ex alumno de Pande que está involucrado en el proyecto, a The Guardian. 

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Espero que la gente se quede una vez que controlemos este virus y nos ayude a controlar enfermedades como el cáncer y Ébola, dice Bowman a Ars Technica. Queríamos saber por qué esto es mucho más infeccioso. En el futuro previsible, creo que estaremos bastante ocupados con esto.