Dos regiones genéticas vinculadas con COVID-19 grave

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Aún no está claro por qué algunas personas infectadas con SARS-CoV-2, el virus que causa COVID- 19, se enferman mucho, mientras que otros solo tienen síntomas leves. Hay alguna evidencia de que las condiciones de salud crónicas, como la hipertensión y la diabetes, pueden desempeñar un papel, y los científicos saben que los genes de las personas pueden influir en la forma en que sus cuerpos reaccionan a otros virus. En una preimpresión publicada en medRxiv el 2 de junio, los investigadores describen un estudio de asociación de todo el genoma (GWAS) de muestras de 1610 pacientes hospitalizados con COVID-19 y 2205 controles sanos. Los autores identificaron variantes en dos regiones: el locus que codifica el tipo de sangre y un grupo de múltiples genes en el cromosoma 3 que se relacionaron con la insuficiencia respiratoria durante la infección por SARS-CoV-2.

Sabemos que las personas varían en su susceptibilidad a enfermedades infecciosas y la variación en el genoma humano juegan un papel importante. . . Charlotte Houldcroft, quien estudia las interacciones entre virus y huéspedes en la Universidad de Cambridge y no participó en el trabajo, escribe en un correo electrónico a The Scientist. Se está realizando un estudio de asociación del genoma completo. una muy buena manera de ver muchas variantes en el genoma humano a la vez, sin una idea preconcebida sobre qué genes podrían estar involucrados.

Cada variante que se encuentra aquí solo aumenta un poco el riesgo de una persona bit, y no tenemos idea de cómo.

Charlotte Houldcroft, Universidad de Cambridge

Encontrar algo significativo en un GWAS depende de tener suficientes genomas para analizar. En una pandemia, eso es especialmente complicado. Según Andre Franke, genetista de la Universidad Christian-Albrechts de Kiel en Alemania, fueron las conexiones que su colega Tom Hemming Karlsen, médico científico de la Universidad de Oslo en Noruega, tiene con médicos e investigadores en COVID-19. puntos críticos en España e Italia que hicieron posible el estudio. de 775 pacientes y 950 controles de España y 835 pacientes y 1.255 controles de Italia. Todos los pacientes fueron hospitalizados y necesitaban ventilación mecánica u oxígeno suplementario, los cuales los investigadores clasificaron como insuficiencia respiratoria. Sacaron dos regiones genómicas en las que ciertas variantes aparecían más en pacientes hospitalizados por COVID-19 que en personas no hospitalizadas de la misma región geográfica.

Idealmente, un análisis GWAS analizaría los genomas de personas con COVID-19. -19 y comparar a los que no se enfermaron mucho con los que experimentaron síntomas graves, en lugar de usar controles basados en la población cuya exposición al virus se desconoce, dice Priya Duggal, epidemióloga genética de la Escuela de Salud Pública Bloomberg de Johns Hopkins que hizo no participar en el estudio. Sin embargo, es realmente increíble ver cuánto trabajo se hizo en tan poco tiempo. En aproximadamente dos meses, estos investigadores pasaron de la identificación de casos en los hospitales al genotipado para la identificación de dos regiones putativas.

Una región que identificaron los autores es el locus que codifica el tipo de sangre. Descubrieron que las personas con sangre tipo A tenían un mayor riesgo de insuficiencia respiratoria, mientras que el grupo sanguíneo O parecía ser protector. Las probabilidades de que las personas con sangre tipo A fueran hospitalizadas con síntomas respiratorios graves eran casi 1,5 veces mayores que las de las personas con otros tipos de sangre. Y aquellos con tipo O tenían alrededor de dos tercios de probabilidades de ser hospitalizados que aquellos con otros tipos de sangre. Este análisis se hace eco de los hallazgos de la preimpresión de los conjuntos de datos de pacientes recopilados en China y Nueva York, lo que, según Franke, hace que el equipo de investigación tenga más confianza en que se trata de una asociación real.

La otra región genómica que identificaron los investigadores aparece en el cromosoma humano. 3 y contiene varios genes de interés. Uno es SLC6A20, que codifica un transportador de aminoácidos que interactúa con ACE2, el receptor principal que usa el SARS-CoV-2 para ingresar a las células humanas. Otros dos genes en este grupo codifican receptores de quimiocinas relacionados con el sistema inmunitario: el receptor de quimiocinas con motivo CXC 6 y el receptor de quimiocinas con motivo CC 9. Ambas proteínas juegan un papel en la diferenciación y el reclutamiento de células T durante las infecciones virales de influenza. Esta región también aparece en los resultados disponibles públicamente de la Iniciativa de Genética del Huésped COVID-19, lo que le da peso, escriben los autores.

Los receptores de quimiocinas son importantes en muchas manifestaciones de múltiples enfermedades, por lo que es interesante, dice Benjamin Fairfax, genetista de la Universidad de Oxford que no participó en el estudio. Agrega que la asociación SLC6A20  también es intrigante debido a la interacción con ACE2, pero que los hallazgos para los loci del cromosoma 3 y del grupo sanguíneo deben replicarse para brindar más información sobre los mecanismos biológicos subyacentes. de la enfermedad.

Desde la perspectiva individual de un paciente o de aquellas personas con el grupo sanguíneo A que pueden pensar que tienen un mayor riesgo, estos tamaños de efecto van a ser muy, muy pequeños en comparación con un riesgo mayor factores como la edad y el sexo, dice Fairfax.

El grupo de genes en el cromosoma 3 tiene un tamaño de efecto aún mayor que el del locus ABO , dice Franke, pero no podemos decir en este momento cuál de los muchos genes candidatos es el más importante. Todos ellos son muy atractivos en esta región. Las probabilidades de ser hospitalizado con insuficiencia respiratoria por COVID-19 fueron 1,77 veces mayores para las personas con las variantes en el cromosoma 3 que para las personas sin este genotipo.

Ver el gen de la enfermedad de Alzheimer relacionado con un mayor riesgo de COVID-19 grave

Cada variante que se encuentra aquí solo aumenta un poco el riesgo de una persona, y no tenemos idea de cómo, dice Houldcroft. No nos permite predecir quién será un caso grave y no abre ninguna opción de tratamiento. Sin embargo, nos brinda un lugar plausible para comenzar a buscar.

El trabajo es un muy buen primer paso, dice Duggal. Espero que lo que sigue sean algunos estudios adicionales de otros grupos e investigadores que puedan evaluar qué más puede estar impulsando esto o qué podrían significar realmente estas asociaciones genéticas.

D. Ellinghaus et al., El locus del grupo sanguíneo ABO y un grupo de genes del cromosoma 3 se asocian con la insuficiencia respiratoria del SARS-CoV-2 en un análisis de asociación del genoma completo italiano-español, medRxiv, doi:10.1101/2020.05.31.20114991, 2020.